ຄະແນນທີ 2 - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

2ndscore - ຊອກຫາ hairpin ທີ່ດີທີ່ສຸດສະມໍໃນແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຄະແນນ 2nds in.fasta > out.hairpins

ລາຍລະອຽດ

ສໍາລັບທຸກໆຕໍາແຫນ່ງໃນລໍາດັບ, ມັນຈະອອກເສັ້ນ:

-0.6 52.. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(ຄະແນນ) (ເລີ່ມຕົ້ນ..ສິ້ນສຸດ) (ບໍລິບົດຊ້າຍ) (hairpin) (ເນື້ອໃນຂວາ)

ສຳລັບຕຳແໜ່ງທີ່ຢູ່ໃກ້ກັບທ້າຍຂອງລຳດັບ, ບໍລິບົດອາດຈະຖືກໃສ່ດ້ວຍ 'x'
ຕົວລະຄອນ. ຖ້າບໍ່ພົບ hairpin, ຄະແນນຈະເປັນ 'ບໍ່ມີ'.

ສາມາດໃຫ້ຫຼາຍໄຟລ໌ fasta ແລະຫຼາຍລໍາດັບສາມາດຢູ່ໃນແຕ່ລະໄຟລ໌ fasta. ໄດ້
ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ​ລໍາ​ດັບ​ຈະ​ຖືກ​ແຍກ​ອອກ​ໂດຍ​ເສັ້ນ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ດ້ວຍ '>' ແລະ​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ
ລາຍ​ລະ​ອຽດ FASTA ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​.

ເນື່ອງຈາກວ່າຄະແນນ hairpin ຂອງ plus-strand ແລະ minus-strand ອາດຈະແຕກຕ່າງກັນ (ເນື່ອງຈາກ GU.
ການຜູກມັດໃນ RNA), ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2ndscore ຜົນໄດ້ຮັບສອງຊຸດຂອງ hairpins ສໍາລັບທຸກໆລໍາດັບ: the
ສືບຕໍ່ hairpins ແລະ hairpins ກັບຄືນ. hairpins ທັງ​ຫມົດ​ຕໍ່​ຫນ້າ​ແມ່ນ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ທໍາ​ອິດ​, ແລະ​
ຖືກລະບຸໂດຍການມີຄໍາວ່າ 'FORWARD' ໃນຕອນທ້າຍຂອງແຖວ '>' ທີ່ຢູ່ຂ້າງຫນ້າ.
ເຊັ່ນດຽວກັນ, ເສັ້ນຜົມແບບ REVERSE ແມ່ນລະບຸໄວ້ຫຼັງຈາກເສັ້ນ '>' ທີ່ລົງທ້າຍດ້ວຍ 'ຍ້ອນກັບ'. ຖ້າ​ເຈົ້າ
ຕ້ອງ​ການ​ຄົ້ນ​ຫາ​ພຽງ​ແຕ່​ຫນຶ່ງ​ຫຼື​ສາຍ​ອື່ນໆ​, ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ນໍາ​ໃຊ້​:

--no-fwd ຢ່າພິມ hairpins ຕໍ່ໄປ
--no-rvs ຢ່າພິມ hairpins ກັບຄືນ

ທ່ານສາມາດກໍານົດການທໍາງານຂອງພະລັງງານທີ່ໃຊ້, ຄືກັນກັບ transterm ກັບ --gc, --au, --gu,
--mm, --ຕົວເລືອກຊ່ອງຫວ່າງ. ຕົວເລືອກ --min-loop, --max-loop, ແລະ --max-len ຍັງຮອງຮັບ.

ຮູບແບບ OF ການ .ຖົງ ເອກະສານ
ຖັນສໍາລັບໄຟລ໌ .bag ແມ່ນ, ຕາມລໍາດັບ:

1. gene_name
2. terminator_start
3. terminator_end
4. hairpin_score
5. tail_score
6. terminator_sequence

7. terminator_confidence: ການປະສົມປະສານຂອງ hairpin ແລະຫາງຄະແນນທີ່
ຄຳນຶງເຖິງຄວາມເປັນໄປໄດ້ວ່າຄະແນນດັ່ງກ່າວຢູ່ໃນລຳດັບແບບສຸ່ມ. ນີ້
ແມ່ນ "ຄະແນນ" ຕົ້ນຕໍສໍາລັບ terminator ແລະຖືກຄິດໄລ່ຕາມທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
ເຈ້ຍ.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: ຈຳນວນ *ປະມານ* ຂອງຖານ
ຄູ່ລະຫວ່າງຈຸດສິ້ນສຸດຂອງ gene ແລະຈຸດເລີ່ມຕົ້ນຂອງ terminator. ນີ້
ແມ່ນປະມານໃນຫຼາຍວິທີ: ທໍາອິດ, (ແລະສໍາຄັນທີ່ສຸດ) TransTermHP
ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ gene ທີ່ແທ້ຈິງສະເຫມີ. ຂຶ້ນຢູ່ກັບທາງເລືອກທີ່ທ່ານໃຫ້
ມັນ​ອາດ​ຈະ​ຕັດ​ບາງ​ສ່ວນ​ຂອງ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ໃນ​ການ​ຈັດ​ການ terminators ທີ່​
ທັບຊ້ອນກັນບາງສ່ວນກັບພັນທຸກໍາ. ອັນທີສອງ, ບ່ອນທີ່ terminator "ເລີ່ມຕົ້ນ"
ບໍ່ໄດ້ກໍານົດໄດ້ດີ. ຊ່ອງຂໍ້ມູນນີ້ແມ່ນມີຈຸດປະສົງເພື່ອກວດກາສຸຂະພາບເທົ່ານັ້ນ
(terminators ລາຍ​ງານ​ວ່າ​ເປັນ​ທີ່​ດີ​ທີ່​ສຸດ​ຢູ່​ໃກ້​ທີ່​ສຸດ​ຂອງ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ບໍ່​ຄວນ​ຈະ​ເປັນ​
_ໄກເກີນໄປ_ຈາກຈຸດສິ້ນສຸດຂອງ gene).

ການ ນຳ ໃຊ້ ແປ ບໍ່ມີ genome ຄຳບັນຍາຍ
TransTermHP ໃຊ້ຂໍ້ມູນ gene ທີ່ຮູ້ຈັກພຽງແຕ່ 3 ຢ່າງ: (1) tagging putative
terminators ເປັນທັງ "genes ພາຍໃນ" ຫຼື "intergenic," (2) ການເລືອກພື້ນຖານ GC-
ເປີເຊັນເນື້ອຫາເພື່ອຄິດໄລ່ຄະແນນ, ເພາະວ່າພັນທຸກໍາມັກຈະມີເນື້ອຫາ GC ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ກ​່​ວາ​ພາກ​ພື້ນ intergenic​, ແລະ (3​) ການ​ຜະ​ລິດ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ທີ່​ອ່ານ​ໄດ້​ຫຼາຍ​ເລັກ​ນ້ອຍ​. ລາຍການ (1)
ແລະ (3) ບໍ່ຈໍາເປັນແທ້ໆ, ແລະ (2) ບໍ່ມີຜົນກະທົບໃດໆຖ້າພັນທຸກໍາຂອງເຈົ້າມີຄືກັນ
GC-ເນື້ອໃນເປັນພາກພື້ນ intergenic ຂອງທ່ານ.

ແຕ່ຫນ້າເສຍດາຍ, TransTermHP ຍັງບໍ່ທັນມີທາງເລືອກທີ່ງ່າຍດາຍທີ່ຈະດໍາເນີນການໂດຍບໍ່ມີຄໍາບັນຍາຍ
ໄຟລ໌ (ທັງ .ptt ຫຼື .coords), ແລະຕ້ອງການຢ່າງໜ້ອຍ 2 genes. ການແກ້ໄຂ
ແມ່ນການສ້າງ genes ຂະຫນາດນ້ອຍປອມທີ່ flank ແຕ່ລະ chromosome. ເພື່ອເຮັດສິ່ງນີ້, ສ້າງ fake.coords
ໄຟລ໌ທີ່ມີພຽງແຕ່ສອງແຖວນີ້:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

ບ່ອນທີ່ L ແມ່ນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນແລະ L-1 ແມ່ນ 1 ຫນ້ອຍກວ່າຄວາມຍາວຂອງວັດສະດຸປ້ອນ
ລຳດັບ. "chrom_id" ຄວນເປັນຄຳທີ່ຕິດຕາມໂດຍກົງຈາກ ">" ໃນໄຟລ໌ .fasta
ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ລໍາ​ດັບ​ຂອງ​ທ່ານ​. (ເຊັ່ນ: ຖ້າໄຟລ໌ .fasta ຂອງທ່ານເລີ່ມດ້ວຍ ">seq1", ຈາກນັ້ນ
chrom_id = seq1).

ອັນນີ້ສ້າງຄໍາບັນຍາຍ "ປອມ" ທີ່ມີສອງພັນທຸກໍາຍາວ 1 ໂຄນຢູ່ຂ້າງລໍາດັບໃນ
ການຈັດລຽງຫາງ---> <--. ຈາກນັ້ນ TransTermHP ສາມາດແລ່ນດ້ວຍ:

transterm -p expterm.dat sequence.fasta fake.coords

ຖ້າເນື້ອໃນຂອງ G/C ຂອງພາກພື້ນ intergenic ຂອງທ່ານແມ່ນກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາຂອງທ່ານ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ
ຈະບໍ່ມີຜົນກະທົບຫຼາຍເກີນໄປຕໍ່ກັບຄະແນນທີ່ຜູ້ສິ້ນສຸດໄດ້ຮັບ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ,
ການນໍາໃຊ້ TransTermHP ນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກທົດສອບຫຼາຍ, ສະນັ້ນມັນເປັນການຍາກທີ່ຈະຢັ້ງຢືນສໍາລັບມັນ.
ຄວາມຖືກຕ້ອງ.

ໃຊ້ 2ndscore ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net