bp_seqfeature_loadp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_seqfeature_load.pl - ໂຫລດ GFF ເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນ SeqFeature

ລາຍລະອຽດ

ຜ່ານຈໍານວນໄຟລ໌ຮູບແບບ GFF ຫຼື fasta (ຫຼື GFF ກັບ fasta ຝັງ) ເພື່ອໂຫລດ
ລັກສະນະແລະລໍາດັບເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນ SeqFeature. ຖານຂໍ້ມູນ (ແລະອະແດບເຕີ) ທີ່ຈະໃຊ້ແມ່ນ
ລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ. ໃຊ້ທຸງ --create ເພື່ອສ້າງຖານຂໍ້ມູນ SeqFeature ໃຫມ່.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bp_seqfeature_load.pl [ຕົວເລືອກ] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [... ]]

ລອງ 'bp_seqfeature_load.pl --help' ຫຼື '--man' ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

OPTIONS

-d, --dsn
ແຫຼ່ງຂໍ້ມູນ DBI (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ dbi:mysql:test)

-n, --namespace
ຄໍານໍາຫນ້າຕາຕະລາງທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ undef) ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄຸນສົມບັດລໍາດັບເອກະລາດຫຼາຍອັນ
ຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະເກັບໄວ້ໃນຖານຂໍ້ມູນດຽວ

-s, --seqfeature
ປະເພດຂອງ SeqFeature ເພື່ອສ້າງ... RTSC (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ Bio::DB::SeqFeature)

-a, --ອະແດບເຕີ
ອະແດບເຕີບ່ອນເກັບຂໍ້ມູນ (ຊັ້ນຮຽນ) ທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ DBI::mysql)

-v, --verbose
ເປີດໃຊ້ການລາຍງານຄວາມຄືບໜ້າຂອງ verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ true) ໃຊ້ --noverbose ເພື່ອປິດສິ່ງນີ້.

-f, --ໄວ
ເປີດໃຊ້ການໂຫຼດໄວ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0) ສາມາດໃຊ້ໄດ້ກັບບາງຕົວດັດແປງ.

-T, --temporary-directory
ລະບຸໄດເລກະທໍລີຊົ່ວຄາວສໍາລັບການໂຫຼດໄວ (ໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນ::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
ຖ້າເປັນຈິງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນບໍ່ສົນໃຈ ## ຄໍາສັ່ງພາກພື້ນລໍາດັບໃນໄຟລ໌ GFF3 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ສ້າງເປັນ
ຄຸນ​ນະ​ສົມ​ບັດ​ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ​ພາກ​ພື້ນ​)

-c, --ສ້າງ
ສ້າງຖານຂໍ້ມູນແລະ reinitialize ມັນ (default false) ຫມາຍເຫດ, ນີ້ຈະລົບລ້າງທີ່ຜ່ານມາ
ເນື້ອໃນຖານຂໍ້ມູນ, ຖ້າມີ.

-u, --user
ຜູ້ໃຊ້ເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນເປັນ

-p, --password
ລະຫັດຜ່ານເພື່ອໃຊ້ເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນ

-z, --zip
ບີບອັດຕາຕະລາງຖານຂໍ້ມູນເພື່ອປະຫຍັດພື້ນທີ່ (ບໍ່ຖືກຕ້ອງໃນຕອນຕົ້ນ)

-S, --ຄຸນສົມບັດຍ່ອຍ
ເປີດການດັດສະນີຄຸນສົມບັດຍ່ອຍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນຄວາມຈິງ) ໃຊ້ --nosubfeatures ເພື່ອປິດສິ່ງນີ້.

-- ສະຫຼຸບ
ສ້າງສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບກາຟການປົກຫຸ້ມຂອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ) ນີ້ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ a
ຖານຂໍ້ມູນທີ່ໂຫລດກ່ອນຫນ້ານີ້ຫຼືໃນລະຫວ່າງການໂຫຼດ. ມັນຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ true ຖ້າ --create ແມ່ນ
ໃຊ້ແລ້ວ.

-N, --nosummary
ຢ່າສ້າງສະຖິຕິສະຫຼຸບເພື່ອຊ່ວຍປະຢັດພື້ນທີ່ແລະເວລາໂຫຼດບາງຢ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຖ້າ
--create ບໍ່ໄດ້ລະບຸ, ໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້ເພື່ອປິດສະຖິຕິສະຫຼຸບຢ່າງຈະແຈ້ງ
ເມື່ອ --create ຖືກລະບຸ)

--noalias-ເປົ້າໝາຍ
ຢ່າສ້າງຄຸນສົມບັດ Alias ​​ທີ່ມີຄ່າເປັນ target_id ໃນຄຸນລັກສະນະເປົ້າໝາຍ (ຖ້າ
ຄຸນສົມບັດປະກອບມີຄຸນສົມບັດເປົ້າໝາຍ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອສ້າງຄຸນສົມບັດ Alias
ຄ່າຂອງມັນແມ່ນ target_id ໃນຄຸນລັກສະນະເປົ້າໝາຍ)

ກະລຸນາເບິ່ງ http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml ສໍາລັບຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບ GFF3
ຮູບແບບ. BioPerl ຂະຫຍາຍຮູບແບບເລັກນ້ອຍໂດຍການເພີ່ມຄໍາສັ່ງ ##index-subfeatures. ຕັ້ງ
ນີ້ເປັນມູນຄ່າທີ່ແທ້ຈິງຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະສາມາດດຶງຂໍ້ມູນຄຸນນະສົມບັດ
ພາກສ່ວນສ່ວນບຸກຄົນ (ເຊັ່ນ: exons ຂອງ transcript) ເປັນເອກະລາດຂອງລະດັບເທິງ
ຄຸນນະສົມບັດ:

##index-subfeatures 1

ມັນຍັງສາມາດຄວບຄຸມການດັດສະນີຂອງຄຸນສົມບັດຍ່ອຍເປັນກໍລະນີໂດຍກໍລະນີ
ການເພີ່ມ "index=1" ຫຼື "index=0" ໃສ່ລາຍການຄຸນລັກສະນະຂອງຄຸນສົມບັດ. ອັນນີ້ຄວນໃຊ້ເທົ່ານັ້ນ
ສໍາລັບຄຸນສົມບັດຍ່ອຍ.

ການຈັດດັດສະນີຄຸນສົມບັດຍ່ອຍແມ່ນຖືກຕ້ອງຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ຕັ້ງເປັນ false (0) ເພື່ອປະຫຍັດພື້ນທີ່ຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍ
ແລະ​ການ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ຄວາມ​ໄວ​. ເຈົ້າອາດຈະໃຊ້ --nosubfeatures ເພື່ອບັງຄັບອັນນີ້.

ໃຊ້ bp_seqfeature_loadp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net