ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cdhit-2d ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cdhit-2d - ຈັດລໍາດັບກຸ່ມຢ່າງໄວວາໃນຮູບແບບ db1 ຫຼື db2
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cdhit-2d [ທາງເລືອກໃນການ]
ລາຍລະອຽດ
====== CD-HIT ລຸ້ນ 4.6 (ສ້າງໃນວັນທີ 23 ມັງກອນ 2016) ======
ທາງເລືອກໃນການ
-i ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບ db1 ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ
-i2 ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບ db2 ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ
-o ອອກຊື່ໄຟລ໌, ຕ້ອງການ
-c sequence identity threshold, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.9 ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ cd-hit's "global
ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບ" ຄິດໄລ່ເປັນ: ຈໍານວນຂອງອາຊິດ amino ທີ່ຄືກັນໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ແບ່ງຕາມຄວາມຍາວເຕັມຂອງລໍາດັບສັ້ນກວ່າ
-G ໃຊ້ຕົວຕົນຂອງລຳດັບທົ່ວໂລກ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0, ຈາກນັ້ນໃຊ້ລຳດັບທ້ອງຖິ່ນ
ເອກະລັກ, ຄິດໄລ່ເປັນ : ຈໍານວນຂອງອາຊິດ amino ທີ່ຄືກັນໃນການຈັດຮຽງແບ່ງດ້ວຍ
ຄວາມຍາວຂອງການຈັດສັນຫມາຍເຫດ !!! ຢ່າໃຊ້ -G 0 ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ
ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງເບິ່ງທາງເລືອກ -aL, -AL, -aS, -AS
-b band_width ຂອງການຈັດຮຽງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 20
-M ຈໍາກັດຄວາມຈໍາ (ໃນ MB) ສໍາລັບໂຄງການ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 800; 0 ສໍາລັບການບໍ່ຈໍາກັດ;
-T ຈຳນວນກະທູ້, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1; ດ້ວຍ 0, CPU ທັງໝົດຈະຖືກໃຊ້
-n word_length, default 5, ເບິ່ງຄູ່ມືຂອງຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການເລືອກມັນ
-l ຄວາມຍາວຂອງ throw_away_sequences, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10
-t ຄວາມທົນທານຕໍ່ການຊໍ້າຊ້ອນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2
-d ຄວາມຍາວຂອງຄໍາອະທິບາຍໃນໄຟລ໌ .clstr, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 20 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0, ມັນຈະໃຊ້ fasta
defline ແລະຢຸດຢູ່ໃນຊ່ອງທໍາອິດ
-s ຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 0.9, ລຳດັບທີ່ສັ້ນກວ່າຈະຕ້ອງ
ຕ້ອງມີຄວາມຍາວຢ່າງໜ້ອຍ 90% ຂອງຕົວແທນຂອງກຸ່ມ
-S ຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວໃນອາຊິດ amino, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 60, ຄວາມຍາວ
ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າແລະຕົວແທນຂອງກຸ່ມສາມາດ
ບໍ່ໃຫຍ່ກວ່າ 60
-s2 ການຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຄວາມຍາວສໍາລັບ db1, default 1.0 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, seqs ໃນ db1 >= seqs ໃນ
db2 ໃນກຸ່ມດຽວກັນຖ້າຕັ້ງເປັນ 0.9, seqs ໃນ db1 ອາດຈະພຽງແຕ່ >= 90% seqs ໃນ db2
ສ .2 ການຕັດຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຄວາມຍາວ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, seqs ໃນ db1 >= seqs ໃນ db2 ໃນ a
ກຸ່ມດຽວກັນຖ້າຕັ້ງເປັນ 60, seqs ໃນ db2 ອາດຈະ 60aa ຍາວກວ່າ seqs ໃນ db1
-aL ການຄຸ້ມຄອງການຈັດຕັ້ງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຍາວກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.9, ໄດ້
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ
-AL ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງການຈັດວາງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຍາວກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງຄ່າເປັນ 60,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ
-aS ການຄຸ້ມຄອງການຈັດຕັ້ງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.9, ໄດ້
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ
-AS ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງການຈັດວາງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 60,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ
-A ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງການຈັດລຽງຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການທັງສອງລໍາດັບ, ການຈັດຕັ້ງເລີ່ມຕົ້ນ 0 ຕ້ອງ
cover >= ຄ່ານີ້ສໍາລັບທັງສອງລໍາດັບ
-uL ອັດຕາສ່ວນທີ່ບໍ່ກົງກັນສູງສຸດສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຍາວກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.1,
ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ (ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10%
ຂອງລໍາດັບ
-ພວກເຮົາ ອັດຕາສ່ວນທີ່ບໍ່ກົງກັນສູງສຸດສໍາລັບລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.1,
ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ (ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10%
ຂອງລໍາດັບ
-U ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ບໍ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 10, ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ກົງກັນ
(ບໍ່ລວມຊ່ອງຫວ່າງຊັ້ນນໍາ ແລະຫາງ) ຈະຕ້ອງບໍ່ເກີນ 10 ຖານ
-B 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0, ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບຈະຖືກເກັບໄວ້ໃນ RAM ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ລໍາດັບ.
ຖືກເກັບໄວ້ໃນຮາດໄດມັນແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ -B 1 ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່
-p 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ການຈັດຮຽງການຈັດວາງທັບຊ້ອນກັນໃນໄຟລ໌ .clstr
-g 1 ຫຼື 0, default 0 ໂດຍ cd-hit's algorithm default, ລໍາດັບແມ່ນ clustered ກັບ the
ກຸ່ມທໍາອິດທີ່ກົງກັບເກນ (ກຸ່ມໄວ). ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ໂຄງການຈະ
ຈັດກຸ່ມມັນເຂົ້າໄປໃນກຸ່ມທີ່ຄ້າຍຄືກັນທີ່ສຸດທີ່ກົງກັບເກນ (ຖືກຕ້ອງແຕ່ຊ້າ
mode) ແຕ່ 1 ຫຼື 0 ຈະບໍ່ປ່ຽນຕົວແທນຂອງກຸ່ມສຸດທ້າຍ
- ບັກ ຂຽນໄຟລ໌ກຸ່ມສຳຮອງ (1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0)
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້
ຄໍາຖາມ, ແມງໄມ້, ຕິດຕໍ່ Weizhong Li ທີ່ [email protected]
ຖ້າທ່ານເຫັນວ່າ cd-hit ມີປະໂຫຍດ, ກະລຸນາອ້າງອີງ:
"ການຈັດກຸ່ມຂອງລໍາດັບ homologous ສູງເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຂະຫນາດຂອງທາດໂປຼຕີນຂະຫນາດໃຫຍ່
ຖານຂໍ້ມູນ", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski ແລະ Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: ໂຄງການໄວສໍາລັບການຈັດກຸ່ມແລະການປຽບທຽບຊຸດຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງ
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຫຼື nucleotide", Weizhong Li & Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2006)
22: 1658-1659
ໃຊ້ cdhit-2d ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
