ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cmalign ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cmalign - ຮຽງລໍາດັບໄປຫາຕົວແບບຄວາມປ່ຽນແປງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cmalign
[ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
cmalign ຈັດລໍາດັບ RNA ໃນ ກັບຕົວແບບຄວາມແປປວນ (CM) ໃນ .
ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃຫມ່ແມ່ນຜົນຜະລິດໄປຫາ stdout ໃນຮູບແບບ Stockholm, ແຕ່ສາມາດຖືກໂອນໄປຫາໄຟລ໌
ກັບ -o ທາງເລືອກ.
ບໍ່ວ່າຈະ or (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງສອງ) ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານນີ້
ປ້ອນຂໍ້ມູນຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.
ໄຟລ໌ລໍາດັບ ຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA ຫຼື Genbank.
cmalign ໃຊ້ເຕັກນິກການວາງແຖບ HMM ເພື່ອເລັ່ງການຈັດຮຽງຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຕາມທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້
ຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບ --hbanded ທາງເລືອກ. ແຖບ HMM ສາມາດຖືກປິດດ້ວຍ -- nonbanded ທາງເລືອກ.
ໂດຍຕົວຢ່າງ, cmalign ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງດ້ວຍຄວາມຖືກຕ້ອງສູງສຸດທີ່ຄາດໄວ້
ສອດຄ້ອງກັບຂໍ້ຈໍາກັດ (ແຖບ) ທີ່ມາຈາກ HMM, ໂດຍໃຊ້ຮູບແບບ banded ຂອງ
Durbin/Holmes ສູດການຄິດໄລ່ຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດ. ພຶດຕິກໍານີ້ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍ --cyk or
--ຕົວຢ່າງ ຕົວເລືອກ
cmalign ເອົາໃຈໃສ່ເປັນພິເສດເພື່ອຈັດລຽງລຳດັບທີ່ຖືກຕັດອອກຢ່າງຖືກຕ້ອງ, ບ່ອນທີ່ມີ nucleotides ບາງອັນ
ຈາກຈຸດເລີ່ມຕົ້ນ (5') ແລະ/ຫຼືສິ້ນສຸດ (3') ຂອງລໍາດັບຊີວະພາບທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມຕົວຈິງແມ່ນ
ບໍ່ມີຢູ່ໃນລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ເບິ່ງ DL Kolbe ແລະ SR Eddy, Bioinformatics, 25:1236-1243,
2009). ພຶດຕິກຳນີ້ຖືກເປີດໃຊ້ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ສາມາດປິດໄດ້ດ້ວຍ --notrunc. ໃນທີ່ຜ່ານມາ
ຮຸ່ນຂອງ cmalign ໄດ້ -- ຍ່ອຍ ທາງເລືອກແມ່ນຕ້ອງການເພື່ອຈັດການກັບການຕັດຢ່າງເຫມາະສົມ
ລໍາດັບ. ໄດ້ -- ຍ່ອຍ ທາງເລືອກແມ່ນຍັງມີຢູ່ໃນສະບັບນີ້, ແຕ່ວິທີການເລີ່ມຕົ້ນໃຫມ່
ສໍາລັບການຈັດການລໍາດັບທີ່ຖືກຕັດອອກຄວນຈະເປັນດີຫຼືດີກວ່າວິທີການຍ່ອຍໃນເກືອບ
ທຸກໆກໍລະນີ.
ໄດ້ --mapali ທາງເລືອກທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ລວມຂອງການສອດຄ່ອງກັບການຝຶກອົບຮົມຄົງທີ່ນໍາໃຊ້ໃນການກໍ່ສ້າງ
CM ຈາກໄຟລ໌ ພາຍໃນການຈັດລຽງຜົນຜະລິດຂອງ cmalign.
ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະລວມສອງຫຼືຫຼາຍການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ CM ດຽວກັນໂດຍໃຊ້ Easel
ແອັບນ້ອຍ esl-alimerge (ລວມຢູ່ໃນ easel/miniapps/ subdirectory ຂອງ Infernal). ທີ່ຜ່ານມາ
ຮຸ່ນຂອງ cmalign ລວມມີທາງເລືອກໃນການລວມການຈັດຮຽງແຕ່ພວກມັນຖືກປະຕິເສດ
ການພັດທະນາຂອງ esl-alimerge, ເຊິ່ງມີຄວາມຊົງຈໍາທີ່ມີປະສິດທິພາບຫຼາຍ.
ໂດຍຕົວຢ່າງ, cmalign ຈະອອກຜົນການຈັດລຽງເປັນ stdout. ການຈັດຕໍາແຫນ່ງສາມາດຖືກປ່ຽນເສັ້ນທາງ
ໄປຫາໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ ກັບ -o ທາງເລືອກ. ກັບ -o, ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບການຕິດຕັ້ງແຕ່ລະຄົນ
ລໍາດັບ, ລວມທັງຄະແນນແລະຂອບເຂດການຈັດຕໍາແຫນ່ງແບບຈໍາລອງຈະຖືກພິມອອກເປັນ stdout (ເພີ່ມເຕີມ
ຂ້າງລຸ່ມນີ້).
ການຈັດຮຽງຜົນຜະລິດຈະຢູ່ໃນຮູບແບບສະຕັອກໂຮມໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ນີ້ສາມາດປ່ຽນເປັນ Pfam,
ຈັດຮຽງຮູບແບບ FASTA (AFA), A2M, Clustal, ຫຼື Phylip ໂດຍໃຊ້ -- ຮູບແບບ ທາງເລືອກ,
ບ່ອນທີ່ ແມ່ນຊື່ຂອງຮູບແບບທີ່ຕ້ອງການ. ໃນຖານະເປັນກໍລະນີພິເສດ, ຖ້າຫາກວ່າການສອດຄ່ອງຜົນຜະລິດໄດ້
ມີຂະຫນາດໃຫຍ່ (ຫຼາຍກວ່າ 10,000 ລໍາດັບຫຼືຫຼາຍກວ່າ 10,000,000 nucleotides ທັງຫມົດ) ກ່ວາ
ຮູບແບບຜົນຜະລິດຈະເປັນຮູບແບບ Pfam, ແຕ່ລະລໍາດັບປະກົດຢູ່ໃນເສັ້ນດຽວ, ສໍາລັບ
ເຫດຜົນຂອງປະສິດທິພາບຄວາມຊົງຈໍາ. ສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ໃຫຍ່ກວ່ານີ້, ການນໍາໃຊ້ --leaved ຈະບັງຄັບ
interleaved Stockholm ຮູບແບບ, ແຕ່ຜູ້ໃຊ້ຄວນຈະຮູ້ວ່ານີ້ອາດຈະຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີຫຼາຍ
ຄວາມຊົງ ຈຳ. --leaved ຈະເຮັດວຽກພຽງແຕ່ 100,000 ລໍາດັບຫຼື 100,000,000 ເທົ່ານັ້ນ.
nucleotides ທັງໝົດ.
ຖ້າຮູບແບບການຈັດຮຽງຜົນຜະລິດແມ່ນ Stockholm ຫຼື Pfam, ການຈັດລໍາດັບຜົນຜະລິດຈະເປັນ
ໝາຍເຫດດ້ວຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງທີ່ຄາດຄະເນລະດັບຄວາມໝັ້ນໃຈຂອງແຕ່ລະການຈັດຮຽງ
ນິວຄລີໂອທີນ. ຄໍາບັນຍາຍນີ້ປາກົດເປັນແຖວທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ "#=GR PP", ຫນຶ່ງຕໍ່
ລໍາດັບ, ແຕ່ລະທັນທີພາຍໃຕ້ລໍາດັບສອດຄ່ອງທີ່ສອດຄ້ອງກັນ " ".
ຕົວອັກສອນໃນສາຍ PP ມີ 12 ຄ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້: "0-9", "*", ຫຼື ".". ຖ້າ ".", ຕໍາແຫນ່ງ
ເທົ່າກັບຊ່ອງຫວ່າງໃນລໍາດັບ. ຄ່າຂອງ "0" ຊີ້ໃຫ້ເຫັນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງຂອງ
ລະຫວ່າງ 0.0 ແລະ 0.05, "1" ຊີ້ໃຫ້ເຫັນລະຫວ່າງ 0.05 ແລະ 0.15, "2" ຊີ້ໃຫ້ເຫັນລະຫວ່າງ 0.15 ແລະ
0.25 ແລະອື່ນໆເຖິງ "9" ເຊິ່ງຊີ້ໃຫ້ເຫັນລະຫວ່າງ 0.85 ແລະ 0.95. ຄ່າຂອງ "*" ສະແດງເຖິງ a
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງຂອງລະຫວ່າງ 0.95 ຫາ 1.0. ຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ສູງກວ່າຫຼັງຈາກນັ້ນສອດຄ້ອງກັນ
ເພື່ອຄວາມໝັ້ນໃຈຫຼາຍຂຶ້ນວ່າ nucleotide ທີ່ສອດຄ່ອງກັນນັ້ນເປັນບ່ອນທີ່ມັນປາກົດຢູ່ໃນ
ການຈັດວາງ. ກັບ -- nonbanded, ການຄິດໄລ່ຂອງຄວາມເປັນໄປໄດ້ posterior ພິຈາລະນາທັງຫມົດ
ການຈັດລໍາດັບທີ່ເປັນໄປໄດ້ຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໄປຫາ CM. ໂດຍບໍ່ມີການ -- nonbanded (ເຊັ່ນໃນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຮູບແບບ), ການຄິດໄລ່ພິຈາລະນາພຽງແຕ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ເປັນໄປໄດ້ພາຍໃນແຖບ HMM. ນອກຈາກນັ້ນ,
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງມີເງື່ອນໄຂຢູ່ໃນຮູບແບບການຕັດຂອງການຈັດຮຽງ. ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ, ຖ້າການຈັດລໍາດັບຖືກຕັດ 5', ຄ່າ PP ຂອງ "9" ຊີ້ໃຫ້ເຫັນລະຫວ່າງ.
0.85 ແລະ 0.95 ຂອງທັງຫມົດ 5' ການຈັດລຽງລໍາດັບລວມມີ nucleotide ທີ່ໄດ້ຮັບທີ່ໄດ້ຮັບໃຫ້
ຕໍາແຫນ່ງ. ຄຳອະທິບາຍປະກອບຫຼັງສາມາດປິດໄດ້ດ້ວຍ --noprob ທາງເລືອກ. ຖ້າ --ນ້ອຍ
ຖືກເປີດໃຊ້ງານ, ຄຳອະທິບາຍປະກອບຫຼັງຕ້ອງຖືກປິດການນຳໃຊ້ --noprob.
ຜົນຜະລິດຕາຕະລາງທີ່ຖືກພິມອອກໄປ stdout ຖ້າຫາກວ່າ -o ທາງເລືອກແມ່ນການນໍາໃຊ້ປະກອບມີຫນຶ່ງແຖວ
ຕໍ່ລໍາດັບແລະສິບສອງຊ່ອງຕໍ່ແຖວ: "idx": ດັດຊະນີຂອງລໍາດັບໃນການປ້ອນຂໍ້ມູນ
file, "ຊື່ seq": ຊື່ລໍາດັບ; "length": ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ; "cm ຈາກ" ແລະ
"cm to": ຕົວແບບເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດຕໍາແຫນ່ງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ; "trunc": "ບໍ່" ຖ້າລໍາດັບ
ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັດ, "5'" ຖ້າຈຸດເລີ່ມຕົ້ນຂອງລໍາດັບຖືກຕັດອອກ 5', "3'" ຖ້າສິ້ນສຸດຂອງ
ລຳດັບຖືກຕັດອອກ, ແລະ "5'&3'" ຖ້າທັງຕົ້ນ ແລະຈຸດຈົບຖືກຕັດອອກ;
"bit sc": ຄະແນນບິດຂອງການຈັດລໍາດັບ, "avg pp" ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສະເລ່ຍຂອງ posterior
nucleotides ທີ່ສອດຄ່ອງທັງຫມົດໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ; "band calc", "alignment" ແລະ "total": ເວລາ
ໃນວິນາທີທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການຄິດໄລ່ແຖບ HMM, ຄິດໄລ່ການຈັດລໍາດັບ, ແລະສໍາເລັດ
ການປະມວນຜົນຂອງລໍາດັບ, ຕາມລໍາດັບ; "mem (Mb)": ຂະໜາດໃນ Mb ຂອງແບບເຄື່ອນໄຫວທັງໝົດ
matrices ການຂຽນໂປລແກລມທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການຈັດລໍາດັບລໍາດັບ. ຂໍ້ມູນຕາຕະລາງນີ້ສາມາດຖືກບັນທຶກໄວ້
ຍື່ນ ກັບ --sfile ທາງເລືອກ.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່.
-o ບັນທຶກການຈັດຮຽງໃນຮູບແບບ Stockholm ໄວ້ໃນໄຟລ໌ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການຂຽນມັນ
ຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
-g ຕັ້ງຄ່າຕົວແບບສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທົ່ວໂລກຂອງແບບສອບຖາມໄປຫາເປົ້າຫມາຍ
ລໍາດັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຮູບແບບແມ່ນຖືກຕັ້ງຄ່າສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ. ທ້ອງຖິ່ນ
ການຈັດວາງສາມາດບັນຈຸການແຊກຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະການລຶບທີ່ເອີ້ນວ່າ "ທ້ອງຖິ່ນ" ໃນ
ໂຄງສ້າງທີ່ຈະຖືກລົງໂທດແຕກຕ່າງຈາກ indels ປົກກະຕິ. ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນບັນທຶກໄວ້ເປັນ
ຖັນ "~" ໃນແຖວ RF ຂອງການຈັດລຽງຜົນຜະລິດ. ໄດ້ -g ທາງເລືອກສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ
ບໍ່ອະນຸຍາດໃຫ້ສິ້ນສຸດທ້ອງຖິ່ນເຫຼົ່ານີ້. ໄດ້ -g ທາງເລືອກແມ່ນຕ້ອງການຖ້າຫາກວ່າ -- ຍ່ອຍ ທາງເລືອກຍັງ
ໃຊ້ແລ້ວ.
OPTIONS FOR ການຄວບຄຸມ ການ ການຈັດການ ອັລເກີຣິດ
--optacc
ຈັດຮຽງລໍາດັບໂດຍໃຊ້ລະບົບຄວາມຖືກຕ້ອງສູງສຸດຂອງ Durbin/Holmes. ນີ້ແມ່ນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ການຈັດວາງຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດຈະຖືກຈໍາກັດໂດຍແຖບ HMM ສໍາລັບ
ການເລັ່ງ ເວັ້ນ ເສຍ ແຕ່ -- nonbanded ທາງເລືອກແມ່ນເປີດໃຊ້ງານ. ຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດ
algorithm ກໍານົດການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ເພີ່ມຄວາມເປັນໄປໄດ້ posterior ຂອງ
nucleotides ສອດຄ່ອງພາຍໃນມັນ. ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້
(ອາດຈະເປັນ HMM banded) ຕົວແປຂອງ algorithms ພາຍໃນ ແລະ ພາຍນອກ.
--cyk ຢ່າໃຊ້ Durbin / Holmes ການຈັດວາງຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດເພື່ອຈັດລໍາດັບ,
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ CYK algorithm ທີ່ກໍານົດການໃຫ້ຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ (ສູງສຸດ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້) ການຈັດລຽງລໍາດັບຂອງຕົວແບບ, ໃຫ້ແຖບ HMM (ເວັ້ນເສຍແຕ່
-- nonbanded ຍັງໄດ້ຮັບການເປີດໃຊ້ງານ).
--ຕົວຢ່າງ
ຕົວຢ່າງການຈັດຮຽງຈາກການແຈກຢາຍການຈັດຮຽງດ້ານຫຼັງ. ຫລັງ
ການແຈກຢາຍແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້ແຖບ HMM (ເວັ້ນເສຍແຕ່ -- nonbanded) variant ຂອງ
ສູດການຄິດໄລ່ພາຍໃນ.
-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດພຽງແຕ່
ຖືກນໍາໃຊ້ໃນການປະສົມປະສານກັບ --ຕົວຢ່າງ. If ບໍ່ແມ່ນສູນ, ການເກັບຕົວຢ່າງ stochastic ຂອງ
ການຈັດວາງຈະແຜ່ພັນໄດ້; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບດຽວກັນ. ຖ້າ
ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກແບບສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ stochastic.
ຕົວຢ່າງອາດຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ເມັດພືດເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 181.
--notrunc
ປິດລະບົບການຈັດຮຽງທີ່ຕັດອອກ. ລໍາດັບທັງຫມົດໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຈະເປັນ
ສົມມຸດວ່າມີຄວາມຍາວເຕັມ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ -- ຍ່ອຍ ຍັງຖືກນໍາໃຊ້, ໃນກໍລະນີໂຄງການສາມາດ
ຍັງຈັດການລໍາດັບທີ່ຖືກຕັດອອກແຕ່ຈະໃຊ້ຍຸດທະສາດທາງເລືອກສໍາລັບພວກມັນ
ການຈັດວາງ.
-- ຍ່ອຍ ເປີດຂັ້ນຕອນການສ້າງແບບຈໍາລອງຍ່ອຍ ແລະການຈັດວາງ. ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບ, a
HMM ຖືກນໍາໃຊ້ຄັ້ງທໍາອິດເພື່ອຄາດຄະເນຮູບແບບການເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນ, ແລະໃຫມ່
CM ຍ່ອຍຖືກສ້າງຂື້ນພຽງແຕ່ສ້າງແບບຈໍາລອງຄໍລໍາ consensus ຈາກຕົ້ນຫາທ້າຍ. ໄດ້
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ CM ຍ່ອຍນີ້. ການຈັດຮຽງຍ່ອຍແມ່ນວິທີການເກົ່າກວ່າ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສຳລັບການຈັດຮຽງລຳດັບທີ່ອາດຈະຖືກຕັດອອກ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, cmalign
ໃຊ້ DP algorithms ພິເສດເພື່ອຈັດການລໍາດັບທີ່ຖືກຕັດທີ່ຄວນຈະມີຫຼາຍກວ່ານັ້ນ
ຖືກຕ້ອງກ່ວາວິທີການຍ່ອຍໃນກໍລະນີຫຼາຍທີ່ສຸດ. -- ຍ່ອຍ ຍັງຖືກລວມເຂົ້າເປັນທາງເລືອກ
ສ່ວນໃຫຍ່ສໍາລັບການທົດສອບຕໍ່ກັບການຈັດການລໍາດັບການຕັດໃນຕອນຕົ້ນນີ້. ນີ້ "CM ຍ່ອຍ"
ຂັ້ນຕອນບໍ່ຄືກັນກັບ "CMs ຍ່ອຍ" ທີ່ອະທິບາຍໂດຍ Weinberg ແລະ Ruzzo.
OPTIONS FOR ການຄວບຄຸມ SPEED ແລະ ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ ສິ່ງທີ່ຕ້ອງມີ
--hbanded
ຕົວເລືອກນີ້ຖືກເປີດໃຊ້ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ເລັ່ງການຈັດຮຽງໂດຍການຕັດອອກຕາມພື້ນທີ່ຫ່າງໆ
ຂອງ CM DP matrix ທີ່ HMM ຖືວ່າມີໜ້ອຍ. ຫນ້າທໍາອິດ, ແຕ່ລະລໍາດັບແມ່ນ
ໄດ້ຄະແນນດ້ວຍແຜນ CM 9 HMM ທີ່ມາຈາກ CM ໂດຍໃຊ້ HMM ຂ້າງໜ້າ ແລະ ຖອຍຫຼັງ
ສູດການຄິດໄລ່ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງທີ່ແຕ່ລະ nucleotide ສອດຄ່ອງກັນ
ສະຖານະຂອງ HMM. ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງເຫຼົ່ານີ້ຖືກໃຊ້ເພື່ອສ້າງຂໍ້ຈຳກັດ
(ແຖບ) ໃນ CM DP matrix. ສຸດທ້າຍ, ລໍາດັບເປົ້າຫມາຍແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ CM
ການນໍາໃຊ້ banded DP matrix, ໃນໄລຍະທີ່ຈຸລັງຢູ່ນອກແຖບຖືກລະເລີຍ.
ປົກກະຕິແລ້ວສ່ວນໃຫຍ່ຂອງ DP matrix ເຕັມແມ່ນຢູ່ນອກແຖບ (ມັກຈະຫຼາຍກວ່າ 95%),
ເຮັດໃຫ້ເຕັກນິກນີ້ໄວຂຶ້ນເພາະວ່າການຄິດໄລ່ DP ຫນ້ອຍແມ່ນຕ້ອງການ, ແລະອື່ນໆອີກ
ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາມີປະສິດທິພາບເພາະວ່າພຽງແຕ່ຈຸລັງພາຍໃນແຖບຕ້ອງໄດ້ຮັບການຈັດສັນ.
ສິ່ງສໍາຄັນ, ແຖບ HMM ເປັນການເສຍສະລະການຮັບປະກັນການກໍານົດທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຄວາມຖືກຕ້ອງຫຼືການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ດີທີ່ສຸດ, ເຊິ່ງຈະຖືກພາດຖ້າມັນຢູ່ນອກແຖບ.
ຕົວກໍານົດການ tau ແມ່ນຈໍານວນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງມະຫາຊົນທີ່ຖືວ່າເປັນການລະເລີຍໃນລະຫວ່າງ
ການຄິດໄລ່ແຖບ HMM; ຄ່າຕ່ໍາຂອງ tau yields speedups ຫຼາຍກວ່າແຕ່ຍັງຫຼາຍ
ໂອກາດທີ່ຈະຂາດການຈັດລໍາດັບທີ່ດີທີ່ສຸດ. tau ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1E-7, ກໍານົດ
empirically ເປັນການຄ້າທີ່ດີລະຫວ່າງຄວາມອ່ອນໄຫວແລະຄວາມໄວ, ເຖິງແມ່ນວ່າມູນຄ່ານີ້ສາມາດ
ມີການປ່ຽນແປງກັບ --tau ທາງເລືອກ. ລະດັບການເລັ່ງເພີ່ມຂຶ້ນດ້ວຍ
ທັງຄວາມຍາວ ແລະລະດັບການອະນຸລັກຫຼັກຂອງຄອບຄົວ. ຍົກຕົວຢ່າງ,
ກັບ tau ເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 1E-7, ແບບຈໍາລອງ tRNA (ການອະນຸລັກລໍາດັບຂັ້ນຕົ້ນຕ່ໍາກັບ
ຄວາມຍາວປະມານ 75 nucleotides) ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງການເລັ່ງ 10X, ແລະ SSU bacterial rRNA
ແບບຈໍາລອງ (ການອະນຸລັກລໍາດັບຂັ້ນຕົ້ນສູງທີ່ມີຄວາມຍາວປະມານ 1500 nucleotides)
ສະແດງໃຫ້ເຫັນປະມານ 700X. ແຖບ HMM ສາມາດຖືກປິດດ້ວຍ -- nonbanded ທາງເລືອກ.
--tau
ກໍານົດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການສູນເສຍຫາງທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການຄິດໄລ່ແຖບ HMM ເປັນ . ນີ້ແມ່ນ
ຈໍານວນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງມະຫາຊົນພາຍໃນ HMM ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງທີ່ເປັນ
ຖືວ່າບໍ່ມີເຫດຜົນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1E-7. ໂດຍທົ່ວໄປ, ມູນຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນຈະ
ສົ່ງຜົນໃຫ້ມີການເລັ່ງຫຼາຍກວ່າເກົ່າ, ແຕ່ເພີ່ມໂອກາດທີ່ຈະຂາດທີ່ດີທີ່ສຸດ
ການສອດຄ່ອງເນື່ອງຈາກແຖບ HMM.
--mxsize
ກຳນົດຂະໜາດ DP matrix ທັງໝົດທີ່ອະນຸຍາດສູງສຸດເປັນ ເມກາໄບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນນີ້
ຂະຫນາດ 1028 Mb. ອັນນີ້ຄວນມີຂະໜາດໃຫຍ່ພໍສຳລັບການຈັດຮຽງສ່ວນຫຼວງຫຼາຍ,
ແນວໃດກໍ່ຕາມຖ້າມັນບໍ່ແມ່ນ cmalign ຈະພະຍາຍາມຮັດແຖບ HMM ຄືນໃໝ່
ໃຊ້ເພື່ອຈໍາກັດການຈັດລໍາດັບໂດຍການເພີ່ມພາລາມິເຕີ tau ແລະຄິດໄລ່ຄືນໃຫມ່
bands ຈົນກ່ວາຂະຫນາດ matrix ທັງຫມົດທີ່ຈໍາເປັນຫຼຸດລົງຂ້າງລຸ່ມນີ້ megabytes ຫຼືສູງສຸດ
ຄ່າ tau ອະນຸຍາດ (0.05 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍ --maxtau) ບັນລຸໄດ້. ທີ່
ແຕ່ລະເທື່ອຂອງການຮັດແຖບ, tau ແມ່ນຄູນດ້ວຍ 2.0. ແຖບຮັດແຫນ້ນ
ຍຸດທະສາດສາມາດຖືກປິດດ້ວຍ -- fixedtau ທາງເລືອກ. ຖ້າໄດ້ສູງສຸດແມ່ນ
ບັນລຸແລະຂະຫນາດ matrix ທີ່ກໍານົດໄວ້ຍັງເກີນ ຫຼື ຖ້າ HMM banding ບໍ່ແມ່ນ
ຖືກນໍາໃຊ້ແລະຂະຫນາດ matrix ທີ່ຕ້ອງການເກີນ ຫຼັງຈາກນັ້ນ cmalign ຈະອອກຈາກ
ກ່ອນໄວອັນຄວນ ແລະລາຍງານຂໍ້ຜິດພາດວ່າ matrix ເກີນຄ່າສູງສຸດຂອງມັນ
ຂະຫນາດທີ່ອະນຸຍາດ. ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວນີ້, ໄດ້ --mxsize ສາມາດນໍາໃຊ້ເພື່ອຍົກສູງຂະຫນາດຈໍາກັດຫຼື
tau ສູງ ສຸດ ສາ ມາດ ໄດ້ ຮັບ ການ ຍົກ ຂຶ້ນ ມາ ກັບ --maxtau. ປົກກະຕິແລ້ວຈະເກີນຂອບເຂດຈໍາກັດ
ໃນເວລາທີ່ -- nonbanded ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍບໍ່ມີການ --ນ້ອຍ ທາງເລືອກ, ແຕ່ຍັງສາມາດເກີດຂຶ້ນໄດ້
ໃນເວລາທີ່ -- nonbanded ບໍ່ໄດ້ໃຊ້. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຖ້າ cmalign ກໍາລັງດໍາເນີນການຢູ່ໃນ ຫຼາຍ
ກະທູ້ຢູ່ໃນເຄື່ອງ multicore ຫຼັງຈາກນັ້ນແຕ່ລະ thread ອາດຈະມີ matrix ທີ່ຈັດສັນ
ຂະຫນາດ Mb ໄດ້ທຸກເວລາ.
-- fixedtau
ປິດຍຸດທະສາດການຮັດແຖບ HMM ທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນຄໍາອະທິບາຍຂອງ
--mxsize ທາງເລືອກຂ້າງເທິງ.
--maxtau
ກໍານົດຄ່າສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບ tau ໃນລະຫວ່າງການແຫນ້ນແຖບ, ອະທິບາຍຢູ່ໃນ
ຄໍາອະທິບາຍຂອງ --mxsize ຂ້າງເທິງ, ເຖິງ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນນີ້ແມ່ນ 0.05.
-- nonbanded
ປິດແຖບ HMM. ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ກັບຄືນມາແມ່ນຮັບປະກັນວ່າຈະເປັນທົ່ວໂລກ
ອັນທີ່ເໝາະສົມທີ່ສຸດ (ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ຫຼື ຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດທົ່ວໂລກ (ຖ້າ --cyk
ຖືກເປີດໃຊ້). ໄດ້ --ນ້ອຍ ທາງເລືອກແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ປະສົມປະສານກັບທາງເລືອກນີ້,
ເນື່ອງຈາກວ່າການຈັດວາງມາດຕະຖານໂດຍບໍ່ມີແຖບ HMM ຕ້ອງການຄວາມຊົງຈໍາຫຼາຍ (ເບິ່ງ
--ນ້ອຍ ).
--ນ້ອຍ
ໃຊ້ການແບ່ງແລະເອົາຊະນະລະບົບການຈັດຮຽງ CYK ທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນ SR Eddy, BMC
Bioinformatics 3:18, 2002. The -- nonbanded ທາງເລືອກຕ້ອງໄດ້ຮັບການນໍາໃຊ້ໃນການປະສົມກັບ
ທາງເລືອກນີ້. ນອກຈາກນີ້, ມັນແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ທຸກຄັ້ງ -- nonbanded ຖືກນໍາໃຊ້ --ນ້ອຍ is
ຍັງຖືກນໍາໃຊ້ເພາະວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງ CM ມາດຕະຖານໂດຍບໍ່ມີການແຖບ HMM ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີຫຼາຍ
ຄວາມຊົງຈໍາ, ໂດຍສະເພາະສໍາລັບ RNAs ຂະຫນາດໃຫຍ່. --ນ້ອຍ ອະນຸຍາດໃຫ້ສອດຄ່ອງ CM ພາຍໃນພາກປະຕິບັດ
ຈໍາກັດຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ການຫຼຸດຜ່ອນຄວາມຈໍາທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການສອດຄ່ອງ LSU rRNA, ທີ່ໃຫຍ່ທີ່ສຸດ
RNAs ທີ່ຮູ້ຈັກ, ຈາກ 150 Gb ຫາໜ້ອຍກວ່າ 300 Mb. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ໃນ
ປະສົມປະສານກັບ -- nonbanded, --notrunc, ແລະ --cyk.
ທາງເລືອກ OUTPUT ເອກະສານ
--sfile
ຖິ້ມຄະແນນການຈັດຮຽງຕາມລຳດັບ ແລະຂໍ້ມູນເວລາເພື່ອຍື່ນ . ຮູບແບບຂອງ
ໄຟລ໌ນີ້ຖືກອະທິບາຍຂ້າງເທິງ (ມັນເປັນຂໍ້ມູນດຽວກັນໃນຮູບແບບດຽວກັນກັບຕາຕະລາງ
stdout ຜົນຜະລິດໃນເວລາທີ່ -o ທາງເລືອກແມ່ນການນໍາໃຊ້).
--tfile
dump tracebacks ລໍາດັບຕາຕະລາງສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບບຸກຄົນໄປຫາໄຟລ໌ .
ເປັນປະໂຫຍດຕົ້ນຕໍສໍາລັບການດີບັກ.
--ifile
ຖິ້ມຂໍ້ມູນໃສ່ແຕ່ລະລໍາດັບໃສ່ໄຟລ໌ . ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ແມ່ນ
ອະທິບາຍໂດຍ "#" - ແຖວຄໍາຄິດເຫັນຄໍານໍາຫນ້າລວມຢູ່ດ້ານເທິງຂອງໄຟລ໌ . ໄດ້
ໃສ່ຂໍ້ມູນແມ່ນຖືກຕ້ອງເຖິງແມ່ນວ່າໃນເວລາທີ່ -- ກົງກັນ ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້.
--elfile
Dump per-sequence EL state (local end) ໃສ່ຂໍ້ມູນໃສ່ໄຟລ໌ . ຮູບແບບ
ຂອງໄຟລ໌ໄດ້ຖືກອະທິບາຍໂດຍ "#" - ແຖວຄໍາຄິດເຫັນຄໍານໍາຫນ້າລວມຢູ່ດ້ານເທິງຂອງ
ເອກະສານ . ຂໍ້ມູນໃສ່ EL ແມ່ນຖືກຕ້ອງເຖິງແມ່ນວ່າໃນເວລາທີ່ -- ກົງກັນ ທາງເລືອກແມ່ນ
ໃຊ້ແລ້ວ.
ອື່ນໆ OPTIONS
--mapali
ອ່ານການຈັດຮຽງຈາກໄຟລ໌ ໃຊ້ເພື່ອສ້າງຕົວແບບຈັດວາງມັນເປັນອັນດຽວ
ຄັດຄ້ານ CM; e.g. ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃນ ແມ່ນໄດ້ຮັບການສ້ອມແຊມ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານ
ຈັດລໍາດັບກັບຕົວແບບທີ່ມີ cmalign ແລະເບິ່ງພວກມັນຢູ່ໃນສະພາບການທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ການຈັດຕັ້ງທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ຫຼາຍ. ຕ້ອງເປັນໄຟລ໌ການຈັດຮຽງທີ່ CM ຖືກສ້າງຂຶ້ນ
ຈາກ. ໂປຣແກຣມກວດສອບວ່າ checksum ຂອງໄຟລ໌ກົງກັບໄຟລ໌ນັ້ນ
ໃຊ້ເພື່ອສ້າງ CM. ທາງເລືອກທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບອັນນີ້ເອີ້ນວ່າ --withali in
ສະບັບກ່ອນ ໜ້າ ຂອງ cmalign.
--ແຜນທີ່
ຕ້ອງໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ --mapali . ເຜີຍແຜ່ຂໍ້ມູນໂຄງສ້າງ
ສໍາລັບ pseudoknots ທີ່ມີຢູ່ໃນ ກັບການຈັດລຽງຜົນຜະລິດ. ທາງເລືອກທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບ
ອັນນີ້ຖືກເອີ້ນ --withstr ໃນສະບັບທີ່ຜ່ານມາຂອງ cmalign.
-- ຂໍ້ມູນ
ຢືນຢັນວ່າການປ້ອນຂໍ້ມູນ ຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຢ່າແລ່ນຮູບແບບ Babelfish
ອັດຕະໂນມັດ. ນີ້ເພີ່ມຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຂອງໂຄງການບາງຢ່າງ, ເນື່ອງຈາກວ່າ
Babelfish ສາມາດເຮັດຜິດພາດ; ແນະນໍາໂດຍສະເພາະແມ່ນສໍາລັບການບໍ່ໄດ້ຮັບການດູແລສູງ,
ແລ່ນຜ່ານຂອງ Infernal. ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບໄດ້ແມ່ນ: FASTA, GENBANK, ແລະ DDBJ.
ແມ່ນຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ.
-- ຮູບແບບ
ລະບຸຮູບແບບການຈັດລຽງຜົນຜະລິດເປັນ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບແມ່ນ: Pfam, AFA,
A2M, Clustal, ແລະ Phylip. AFA ແມ່ນສອດຄ່ອງ fasta. ສອດຄ່ອງ Pfam ແລະ Stockholm ເທົ່ານັ້ນ
ຮູບແບບຈະປະກອບມີຄໍາອະທິບາຍໂຄງປະກອບການເປັນເອກະພາບແລະຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງ
ຄໍາບັນຍາຍຂອງສານຕົກຄ້າງທີ່ສອດຄ່ອງກັນ.
--dnaout
ຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງເປັນການຈັດລໍາດັບ DNA, ແທນທີ່ຈະເປັນ RNA.
--noprob
ຫ້າມສະແດງຜົນການຈັດລຽງຂອງຜົນໄດ້ຮັບກັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງ.
-- ກົງກັນ
ພຽງແຕ່ລວມເອົາຄໍລໍາທີ່ກົງກັນຢູ່ໃນການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບ, ບໍ່ລວມເອົາການແຊກໃດໆ
ທຽບກັບຮູບແບບການເຫັນດີ. ຕົວເລືອກນີ້ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ການສ້າງຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍ
ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ຕ້ອງການຫຼາຍຫນ່ວຍຄວາມຈໍາແລະພື້ນທີ່ດິດ, ສ່ວນຫຼາຍແມ່ນມີຄວາມຈໍາເປັນ
ພຽງແຕ່ຈັດການກັບຖັນແຊກທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ໃນລໍາດັບສ່ວນໃຫຍ່.
--leaved
ຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃນຮູບແບບ interleaved Stockholm ຂອງ width ຄົງທີ່ອາດຈະເປັນ
ສະດວກກວ່າສໍາລັບການສອບເສັງ. ນີ້ແມ່ນຮູບແບບການຈັດວາງຜົນຜະລິດເລີ່ມຕົ້ນຂອງ
ສະບັບກ່ອນ ໜ້າ ຂອງ cmalign. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ cmalign ຕ້ອງການຄວາມຊົງຈໍາຫຼາຍເມື່ອນີ້
ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້. ສໍາລັບເຫດຜົນນີ້, --leaved ຈະເຮັດວຽກພຽງແຕ່ສໍາລັບການສອດຄ່ອງເຖິງ
100,000 ລຳດັບ ຫຼື ທັງໝົດ 100,000,000 nucleotides ທີ່ສອດຄ່ອງກັນ.
-- ເລື່ອນຄືນ
ບັນທຶກສໍາເນົາເພີ່ມເຕີມຂອງການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບທີ່ບໍ່ມີຂໍ້ມູນຜູ້ຂຽນທີ່ຈະຍື່ນ
.
-- verbose
ຕື່ມຂໍ້ມູນໃສ່ໃນຕາຕະລາງຄະແນນຜົນຜະລິດ (ອອກເປັນ stdout if -o
ຖືກນໍາໃຊ້, ຫຼືເພື່ອ if --sfile ຖືກນໍາໃຊ້). ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການທົດສອບແລະ
ການດີບັກ.
--cpu
ລະບຸວ່າ ພະນັກງານ CPU ຂະຫນານຖືກນໍາໃຊ້. ຖ້າ ຖືກກໍານົດເປັນ "0", ຫຼັງຈາກນັ້ນ
ໂຄງການຈະໄດ້ຮັບການດໍາເນີນການໃນຮູບແບບ serial, ໂດຍບໍ່ມີການນໍາໃຊ້ກະທູ້. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມ
ຕົວເລກນີ້ໂດຍການຕັ້ງຄ່າຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ, INFERNAL_NCPU. ທາງເລືອກນີ້ຈະ
ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າເຄື່ອງທີ່ Infernal ຖືກສ້າງຂຶ້ນແມ່ນສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້
POSIX threading (ເບິ່ງພາກການຕິດຕັ້ງຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການເພີ່ມເຕີມ
ຂໍ້ມູນ).
--mpi ດໍາເນີນການເປັນໂຄງການຂະຫນານ MPI. ທາງເລືອກນີ້ຈະມີໃຫ້ພຽງແຕ່ຖ້າ Infernal ມີ
ໄດ້ຖືກຕັ້ງຄ່າແລະສ້າງດ້ວຍທຸງ "--enable-mpi" (ເບິ່ງການຕິດຕັ້ງ
ພາກສ່ວນຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ).
ໃຊ້ cmalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
