cmfetch - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cmfetch - ດຶງເອົາແບບຈໍາລອງຄວາມແຕກຕ່າງກັນຈາກໄຟລ໌

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cmfetch [ທາງເລືອກ]
(ເອົາ CM ຊື່ )

cmfetch -f [ທາງເລືອກ]
(ດຶງເອົາ CMs ທັງໝົດທີ່ມີລາຍຊື່ຢູ່ໃນ )

cmfetch --index [ທາງເລືອກ]
(ດັດຊະນີ ສໍາ​ລັບ​ການ​ດຶງ​ຂໍ້​ມູນ​)

ລາຍລະອຽດ

ດຶງເອົາໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍ CMs ຈາກອັນ (ຕົວຢ່າງຖານຂໍ້ມູນ Rfam ຂະຫນາດໃຫຍ່).

ເພື່ອເປີດໃຊ້ການດຶງຂໍ້ມູນໄວຫຼາຍ, ໃຫ້ດັດສະນີ ທໍາອິດ, ການນໍາໃຊ້ cmfetch --index. ດັດຊະນີ
ເປັນໄຟລ໌ສອງຊື່ .ssi.

ຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອດຶງເອົາ CM ດຽວໂດຍຊື່ຫຼືການເຂົ້າ, ເອີ້ນວ່າ the . ສໍາລັບການ
ຍົກຕົວຢ່າງ:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

ມີ -f ທາງເລືອກ, ກ ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍກະແຈຖືກອ່ານແທນ.
ຊ່ອງຫວ່າງທໍາອິດທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ໃນແຕ່ລະແຖວທີ່ບໍ່ແມ່ນຄໍາຄິດເຫັນທີ່ບໍ່ຫວ່າງເປົ່າຂອງ
ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນ , ແລະຂໍ້ມູນໃດໆທີ່ຍັງເຫຼືອຢູ່ໃນສາຍນັ້ນຖືກລະເລີຍ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມຫລາກຫລາຍ
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອໃຊ້ເປັນ ດ.

ເມື່ອນໍາໃຊ້ -f ແລະ , if ໄດ້​ຖືກ​ດັດ​ຊະ​ນີ​, ກະ​ແຈ​ແມ່ນ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ດຶງ​ຂໍ້​ມູນ​ໃນ​
ສັ່ງ​ໃຫ້​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ເກີດ​ຂຶ້ນ​ໃນ​ , ແຕ່ຖ້າ ບໍ່ໄດ້ຖືກດັດສະນີ, ລະຫັດຈະຖືກດຶງເຂົ້າມາ
ຄໍາສັ່ງທີ່ເຂົາເຈົ້າເກີດຂຶ້ນໃນ . ນີ້ແມ່ນຜົນກະທົບຂ້າງຄຽງຂອງການປະຕິບັດທີ່
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຫຼາຍ​ກະ​ແຈ​ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ເຖິງ​ແມ່ນ​ວ່າ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ ເປັນກະແສທີ່ບໍ່ rewindable, ຄື
ທໍ່ວັດສະດຸປ້ອນມາດຕະຖານ.

ໃນການນໍາໃຊ້ປົກກະຕິ (ໂດຍບໍ່ມີການ --index or -f ທາງ​ເລືອກ​) ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າ
ການ​ອ່ານ​ຂໍ້​ມູນ​ຈາກ​ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌. ກັບ --index ທາງເລືອກ, ອາດຈະບໍ່ເປັນ
'-'; ມັນບໍ່ມີຄວາມຫມາຍທີ່ຈະດັດສະນີກະແສການປ້ອນຂໍ້ມູນມາດຕະຖານ. ກັບ -f ທາງເລືອກ, ບໍ່ວ່າຈະ
or (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງສອງ) ອາດຈະເປັນ '-'. ມັນມັກຈະເປັນປະໂຫຍດໂດຍສະເພາະໃນການອ່ານ
ຈາກການປ້ອນຂໍ້ມູນມາດຕະຖານ, ເນື່ອງຈາກວ່ານີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ນໍາໃຊ້ເພື່ອນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ arbitrary
ການຮຽກຮ້ອງເພື່ອສ້າງລາຍຊື່ CM ຫຼືການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ, ຫຼັງຈາກນັ້ນເອົາພວກມັນທັງຫມົດໄປຫາໄຟລ໌ໃຫມ່,
ພຽງແຕ່ມີຄໍາສັ່ງຫນຶ່ງ.

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, CM ຖືກພິມອອກເປັນມາດຕະຖານຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບ Infernal-1.1.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

-f ການໂຕ້ຖຽງຄໍາສັ່ງທີສອງແມ່ນ a ແທນທີ່ຈະເປັນອັນດຽວ . ໄດ້
ພາກສະຫນາມທໍາອິດໃນແຕ່ລະເສັ້ນຂອງ ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນການດຶງຂໍ້ມູນ (ຊື່ CM
ຫຼືການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ). ເສັ້ນເປົ່າແລະເສັ້ນສະແດງຄວາມຄິດເຫັນ (ທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍຕົວອັກສອນ #) ແມ່ນ
ບໍ່ສົນໃຈ.

-o ສົ່ງອອກ CM(s) ໄປຫາໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.

-O ສົ່ງອອກ CM(s) ໄປຫາແຕ່ລະໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ. ກັບ
-f ທາງ​ເລືອກ​, ນີ້​ສາ​ມາດ​ສົ່ງ​ຜົນ​ໃຫ້​ຫຼາຍ​ໄຟລ​໌​ໄດ້​ຖືກ​ສ້າງ​ຕັ້ງ​ຂຶ້ນ​.

--index
ແທນ​ທີ່​ຈະ​ດຶງ​ຂໍ້​ມູນ​ຫນຶ່ງ​ຫຼື​ຫຼາຍ​ຈາກ​ , ດັດສະນີ ສໍາລັບການ
ການ​ຄົ້ນ​ຫາ​ໃນ​ອະ​ນາ​ຄົດ​. ນີ້ສ້າງເປັນ .ssi ໄຟລ໌ດັດຊະນີຖານສອງ.

ໃຊ້ cmfetch ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net