cmscan - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cmscan - ລຳ​ດັບ​ການ​ຄົ້ນ​ຫາ​ຕໍ່​ກັບ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ​ແບບ​ຈໍາ​ລອງ​ຄູ່​ສົມ​ລົດ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cmscan [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

cmscan ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄົ້ນຫາລໍາດັບຕໍ່ກັບການລວບລວມຂອງແບບຈໍາລອງຄວາມແຕກຕ່າງກັນ. ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ລໍາດັບໃນ , ໃຊ້ລໍາດັບແບບສອບຖາມເພື່ອຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍຂອງ CMs ໃນ
, ແລະຜົນໄດ້ຮັບອັນດັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ CMs ທີ່ມີຄໍາສໍາຄັນທີ່ສຸດທີ່ກົງກັນກັບ
ລໍາດັບ.

ໄດ້ ອາດມີຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງລຳດັບການສອບຖາມ. ມັນສາມາດຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA, ຫຼື
ຫຼາຍໆຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບທົ່ວໄປອື່ນໆ (genbank, embl, ແລະອື່ນໆ), ຫຼືໃນ
ການຈັດຮຽງຮູບແບບໄຟລ໌ (ສະຕັອກໂຮມ, fasta ສອດຄ່ອງ, ແລະອື່ນໆ). ເບິ່ງ --qformat ທາງເລືອກ
ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ.

ໄດ້ ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ກົດ​ດັນ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ ບີບອັດ ກ່ອນທີ່ຈະສາມາດຄົ້ນຫາດ້ວຍ cmscan. ນີ້
ສ້າງສີ່ໄຟລ໌ໄບນາຣີ, ຕໍ່ທ້າຍ .i1{fimp}. ນອກຈາກນັ້ນ, ຕ້ອງໄດ້ເປັນ
calibrated ສໍາລັບ E-values ​​ກັບ cmcalibrate ກ່ອນທີ່ຈະຖືກກົດດັນ ບີບອັດ.

ການສອບຖາມ ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີທີ່ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນ
ອ່ານຈາກ ກ ທໍ່ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌. ໄດ້ ບໍ່ສາມາດອ່ານໄດ້ຈາກ a
stream, ເນື່ອງຈາກວ່າມັນຈໍາເປັນຕ້ອງມີສີ່ໄຟລ໌ binary auxiliary ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ ບີບອັດ.

ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອໃຫ້ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ແຕ່ມັກຈະມີປະລິມານຫຼາຍ
ການອ່ານມັນບໍ່ມີປະໂຫຍດ, ແລະການແຍກມັນເປັນເລື່ອງເຈັບປວດ. ໄດ້ --tblout ທາງເລືອກຊ່ວຍປະຢັດຜົນຜະລິດໃນ a
ຮູບແບບຕາຕະລາງທີ່ງ່າຍດາຍທີ່ຫຍໍ້ ແລະງ່າຍຕໍ່ການວິເຄາະ. ໄດ້ -o ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​
ການປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ, ລວມທັງການຖິ້ມມັນອອກໄປໃນ /dev/null.

cmscan ກວດເບິ່ງຄືນ 5' ແລະ 3' termini ຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ພິເສດ
ສໍາລັບການກວດພົບ ຖືກຕັດອອກ hits, ໃນສ່ວນໃດຂອງ 5' ແລະ/ຫຼື 3' ຕອນທ້າຍຂອງເຕັມຕົວຈິງ
ລໍາດັບ homologous ຄວາມຍາວແມ່ນຫາຍໄປໃນໄຟລ໌ລໍາດັບເປົ້າຫມາຍ. ປະເພດເຫຼົ່ານີ້ຂອງ hits
ຈະພົບເລື້ອຍທີ່ສຸດໃນໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ປະກອບດ້ວຍການອ່ານລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ປະກອບ. ໂດຍ
ໃນຕອນຕົ້ນ, ທຸກໆ 5' ທີ່ຖືກຕັດຕັດແມ່ນຕ້ອງການເພື່ອລວມເອົາສ່ວນທີ່ເຫຼືອຂອງເປົ້າຫມາຍທໍາອິດ
ລໍາດັບມັນມາຈາກໃນ , ແລະການຕີ 3' ທີ່ຖືກຕັດອອກແມ່ນຕ້ອງການເພື່ອປະກອບມີ
ຕົກຄ້າງສຸດທ້າຍຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທີ່ມັນມາຈາກ. ຕ້ອງຕີ 5' ແລະ 3' ທີ່ຖືກຕັດອອກ
ປະກອບມີສານຕົກຄ້າງທໍາອິດແລະສຸດທ້າຍຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທີ່ມັນມາຈາກ. ໄດ້ --anytrunc
ທາງ​ເລືອກ​ຈະ​ຜ່ອນ​ຄາຍ​ຄວາມ​ຕ້ອງ​ການ​ສໍາ​ລັບ​ການ hit ລວມ​ຂອງ​ຈຸດ​ສຸດ​ທ້າຍ​ລໍາ​ດັບ​, ແລະ​ຕັດ​ອອກ​
hits ແມ່ນອະນຸຍາດໃຫ້ເລີ່ມຕົ້ນແລະຢຸດຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງໃດໆຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍ. ສໍາຄັນ
ເຖິງແມ່ນວ່າ, ກັບ --anytrunc, ຕີຄ່າ E-values ​​ຈະມີຄວາມຖືກຕ້ອງໜ້ອຍລົງເນື່ອງຈາກການປັບຕົວແບບຈຳລອງເຮັດ
ຢ່າພິຈາລະນາຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການຕີທີ່ຖືກຕັດ, ດັ່ງນັ້ນຈົ່ງໃຊ້ມັນດ້ວຍຄວາມລະມັດລະວັງ. ໄດ້ --notrunc
ທາງ​ເລືອກ​ສາ​ມາດ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ປິດ​ການ​ກວດ​ສອບ​ການ​ຖືກ​ຕັດ​ອອກ​. --notrunc ຈະຫຼຸດຜ່ອນການແລ່ນ
ທີ່ໃຊ້ເວລາຂອງ cmscan, ສໍາຄັນທີ່ສຸດສໍາລັບເປົ້າຫມາຍ ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບມີຫຼາຍອັນສັ້ນ
ລໍາດັບ. ການກວດຫາການຕີທີ່ຖືກຕັດຈະຖືກປິດໂດຍອັດຕະໂນມັດເມື່ອ --ສູງສຸດ, --nohm,
--qdb, or -- nonbanded ທາງ​ເລືອກ​ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ເນື່ອງ​ຈາກ​ວ່າ​ມັນ​ອີງ​ໃສ່​ການ​ນໍາ​ໃຊ້ HMM ເລັ່ງ​
ຍຸດທະສາດການຈັດວາງແຖບທີ່ຖືກປິດໂດຍທາງເລືອກໃດໆເຫຼົ່ານັ້ນ.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

-g ເປີດຕົວ ຊ່ອງຫວ່າງ algorithm ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ທົ່ວໂລກກ່ຽວກັບຮູບແບບການສອບຖາມແລະ
ທ້ອງຖິ່ນກ່ຽວກັບຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ
algorithm ຖືກນໍາໃຊ້ເຊິ່ງຢູ່ໃນທ້ອງຖິ່ນກ່ຽວກັບທັງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍແລະ
ຕົວແບບ. ໃນ​ຮູບ​ແບບ​ທ້ອງ​ຖິ່ນ​, ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ຂະ​ຫຍາຍ​ສອງ​ຫຼື​ຫຼາຍ​ຕໍ່​ມາ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຈໍາ​ເປັນ​
(ຕົວຢ່າງ: ຖ້າໂຄງສ້າງຂອງແບບສອບຖາມແລະລໍາດັບເປົ້າຫມາຍແມ່ນພຽງແຕ່ບາງສ່ວນ
ແບ່ງປັນ), ອະນຸຍາດໃຫ້ສະແດງກິ່ງງ່າຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ແນ່ນອນແລະລຶບໃນໂຄງສ້າງທີ່ຈະເປັນ
ການລົງໂທດທີ່ແຕກຕ່າງຈາກ indels ປົກກະຕິ. ໂຫມດທ້ອງຖິ່ນປະຕິບັດໄດ້ດີກວ່າໃນແບບ empirical
benchmarks ແລະມີຄວາມອ່ອນໄຫວຫຼາຍສໍາລັບການກວດພົບ homology ຫ່າງໄກສອກຫຼີກ.
ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວ, ການຄົ້ນຫາ glocal ກັບຄືນມາຫຼາຍຫນ້ອຍກ່ວາການຄົ້ນຫາໃນທ້ອງຖິ່ນ, ສະນັ້ນ glocal
ອາດຈະຕ້ອງການສໍາລັບບາງຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ.

-Z ຄິດໄລ່ E-values ​​ຄືກັບວ່າຂະຫນາດພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາແມ່ນ megabases (Mb). ໂດຍບໍ່ມີການ
ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກນີ້, ຂະຫນາດການຊອກຫາການປ່ຽນແປງສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບການສອບຖາມ, ມັນແມ່ນ
ກໍາ​ນົດ​ເປັນ​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ໃນ​ປັດ​ຈຸ​ບັນ 2 (ເນື່ອງ​ຈາກ​ວ່າ​ທັງ​ສອງ strands​
ຂອງລໍາດັບຈະຖືກຄົ້ນຫາ) ຄັ້ງຂອງຈໍານວນ CMs ໃນ .

-- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ
ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອ, ເຊັ່ນດຽວກັບ -h , ແຕ່ຍັງລວມເອົາທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານທີ່ບໍ່ໄດ້ສະແດງ
ກັບ -h . ທາງເລືອກຂອງຜູ້ຊ່ຽວຊານເຫຼົ່ານີ້ບໍ່ຄາດວ່າຈະມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງສໍາລັບຂະຫນາດໃຫຍ່
ຜູ້ໃຊ້ສ່ວນໃຫຍ່ແລະດັ່ງນັ້ນບໍ່ໄດ້ຖືກອະທິບາຍຢູ່ໃນຫນ້າຄູ່ມື. ຊັບພະຍາກອນພຽງແຕ່
ສໍາລັບການເຂົ້າໃຈສິ່ງທີ່ເຂົາເຈົ້າເຮັດຕົວຈິງແມ່ນຜົນໄດ້ຮັບຄໍາອະທິບາຍຫນຶ່ງແຖວສັ້ນໆ
ໃນເວລາທີ່ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ຖືກເປີດໃຊ້ງານ, ແລະລະຫັດແຫຼ່ງ.

OPTIONS FOR ການຄວບຄຸມ OUTPUT

-o ຊີ້ທິດທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້ໄປຫາໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນ stdout ເລີ່ມຕົ້ນ.

--tblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງແບບງ່າຍໆ (ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່) ສະຫຼຸບຍອດນິຍົມທີ່ພົບເຫັນ, ມີອັນດຽວ
ເສັ້ນຂໍ້ມູນຕໍ່ການຕີ. ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ນີ້ແມ່ນອະທິບາຍຢູ່ໃນຜູ້ໃຊ້ Infernal
ແນະນໍາ.

--acc ໃຊ້ການເຂົ້າໃຊ້ແທນຊື່ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ, ບ່ອນທີ່ມີໃຫ້ກັບໂປຣໄຟລ໌
ແລະ/ຫຼື ລຳດັບ.

--ໂນອາລີ
ຂ້າມພາກສ່ວນການຈັດຮຽງຈາກຜົນຜະລິດຫຼັກ. ນີ້ສາມາດຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຜົນຜະລິດ
ປະລິມານ.

--notextw
ບໍ່ຈໍາກັດຄວາມຍາວຂອງແຕ່ລະເສັ້ນໃນຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈໍາກັດ 120
ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ຕໍ່​ແຖວ​, ເຊິ່ງ​ຈະ​ຊ່ວຍ​ໃນ​ການ​ສະ​ແດງ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​ຢ່າງ​ສະ​ອາດ​ຢູ່​ໃນ terminals ແລະ​
ໃນບັນນາທິການ, ແຕ່ສາມາດຕັດເສັ້ນລາຍລະອຽດໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍ.

--textw
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຍາວເສັ້ນຂອງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍເປັນ ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
120​.

-- verbose
ລວມເອົາສະຖິຕິຂອງທໍ່ຄົ້ນຫາເພີ່ມເຕີມໃນຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ, ລວມທັງຕົວກອງ
ສະຖິຕິການຢູ່ລອດສຳລັບການກວດພົບການຕີທີ່ຖືກຕັດ ແລະຈຳນວນຊອງຈົດໝາຍທີ່ຖືກຍົກເລີກ
ເນື່ອງຈາກຂະໜາດ matrix overflows.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ການລາຍງານ ເກນກຳນົດ

ຂອບເຂດການລາຍງານຄວບຄຸມວ່າ hits ໃດຖືກລາຍງານຢູ່ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍແລະ
--tblout) Hits ຖືກຈັດອັນດັບໂດຍຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິ (E-value). ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, hits ທັງຫມົດ
ກັບ E-value <= 10 ຖືກລາຍງານ. ຕົວເລືອກຕໍ່ໄປນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານປ່ຽນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ເກນການລາຍງານມູນຄ່າອີເລັກໂທຣນິກ, ຫຼືໃຊ້ເກນຄະແນນບິດແທນ.

-E ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ເປົ້າຫມາຍ, ລາຍງານລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທີ່ມີ E-value ຂອງ <= . ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0, ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 10 ບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງຈະຖືກລາຍງານ
ຕໍ່​ການ​ສອບ​ຖາມ, ດັ່ງ​ນັ້ນ​ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ເບິ່ງ​ດ້ານ​ເທິງ​ຂອງ​ສິ່ງ​ລົບ​ກວນ​ແລະ​ການ​ຕັດ​ສິນ​ໃຈ​ສໍາ​ລັບ​ຕົວ​ທ່ານ​ເອງ​ວ່າ​ມັນ​ເປັນ
ສິ່ງລົບກວນແທ້ໆ.

-T ແທນ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຕໍ່ CM ໃນ E-value, ລາຍ​ງານ​ລໍາ​ດັບ​ເປົ້າ​ຫມາຍ​ທີ່​ມີ
ຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= .

OPTIONS FOR ລວມເຂົ້າ ເກນກຳນົດ

ເກນການລວມແມ່ນເຂັ້ມງວດກວ່າການລາຍງານ. ການຄວບຄຸມການລວມເຂົ້າກັນ
ເຊິ່ງ hits ແມ່ນຖືວ່າມີຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືພຽງພໍທີ່ຈະຖືກລວມເຂົ້າໃນລາຍການຕໍ່ໄປທີ່ເປັນໄປໄດ້
ຮອບຄົ້ນຫາ, ຫຼືຫມາຍເປັນທີ່ສໍາຄັນ ("!") ກົງກັນຂ້າມກັບຄໍາຖາມ ("?") ໃນ hit
ຜົນຜະລິດ.

--incE
ໃຊ້ E-value ຂອງ <= ໃນ​ຖາ​ນະ​ເປັນ​ຈຸດ​ສຸມ​ລວມ​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.01,
ຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 1 false positive ຄາດວ່າຈະຢູ່ໃນທຸກໆ 100
ຄົ້ນຫາດ້ວຍລໍາດັບຄໍາຖາມທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

--incT
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ E-values ​​ສໍາລັບກໍານົດຂອບເຂດການລວມ, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ເລັກນ້ອຍ
ຄະແນນຂອງ >= ໃນ​ຖາ​ນະ​ເປັນ​ຈຸດ​ສຸມ​ລວມ​. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັ້ງ.

OPTIONS FOR MODEL-SPECIFIC ຄະແນນ ເກນກຳນົດ

ຖານຂໍ້ມູນ CM ທີ່ໄດ້ຮັບການຄັດເລືອກອາດຈະກໍານົດຂອບເຂດຄະແນນບິດສະເພາະສໍາລັບແຕ່ລະ CM, ແທນທີ່ໃດໆ
thresholding ອີງໃສ່ຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິຢ່າງດຽວ.

ເພື່ອໃຊ້ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້, ໂປຣໄຟລ໌ຈະຕ້ອງມີຂໍ້ມູນທີ່ເຫມາະສົມ (GA, TC, ແລະ/ຫຼື NC)
annotation ເກນຄະແນນທາງເລືອກ; ນີ້ແມ່ນເກັບຂຶ້ນໂດຍ cmbuild ຈາກ​ຮູບ​ແບບ Stockholm​
ໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ແຕ່ລະທາງເລືອກເກນມີຄະແນນ bits, ແລະປະຕິບັດເປັນຖ້າຫາກວ່າ -T
--incT ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ໂດຍ​ສະ​ເພາະ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ມາດ​ຕະ​ຖານ curated ຂອງ​ແຕ່​ລະ​ແບບ​.

--cut_ga
ໃຊ້ GA (ການລວບລວມ) ຄະແນນບິດໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດການລາຍງານການຕີແລະການລວມ
ເກນ. ເກນ GA ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວແມ່ນຖືວ່າເປັນຈຸດທີ່ໜ້າເຊື່ອຖືໄດ້
ເກນກຳນົດການເປັນສະມາຊິກຄອບຄົວ; ຕົວຢ່າງ, ໃນ Rfam, ຂອບເຂດເຫຼົ່ານີ້
ກໍານົດສິ່ງທີ່ລວມຢູ່ໃນ Rfam ການຈັດລໍາດັບເຕັມໂດຍອີງໃສ່ການຄົ້ນຫາທີ່ມີ Rfam Seed
ແບບຈໍາລອງ.

--cut_nc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດຂອງ NC (noise cutoff) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດການລາຍງານການຕີ
ແລະເກນລວມ. ເກນ NC ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວຖືວ່າເປັນຄະແນນຂອງ
ຄະແນນສູງສຸດທີ່ຮູ້ຈັກເປັນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ.

--cut_tc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດ TC (ການຕັດທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດການລາຍງານການຕີ
ແລະເກນລວມ. ເກນ TC ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວຖືວ່າເປັນຄະແນນຂອງ
ຄະແນນບວກທີ່ແທ້ຈິງທີ່ຮູ້ຈັກຕໍ່າສຸດທີ່ເໜືອກວ່າຜົນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງທີ່ຮູ້ຈັກທັງໝົດ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ການ ACCELERATION ທໍ່

ການຄົ້ນຫາ Infernal 1.1 ຖືກເລັ່ງໃນທໍ່ການກັ່ນຕອງຫົກຂັ້ນຕອນ. ຫ້າຄັ້ງທໍາອິດ
ຂັ້ນ​ຕອນ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ໂປ​ຣ​ໄຟ​ລ໌ HMM ເພື່ອ​ກໍາ​ນົດ​ຊອງ​ຈົດ​ຫມາຍ​ທີ່​ຖືກ​ສົ່ງ​ໄປ​ໃນ​ຂັ້ນ​ຕອນ​ຂອງ​ການ​ຫົກ CM CYK​
ການກັ່ນຕອງ. ຊອງຈົດໝາຍໃດໆກໍຕາມທີ່ລອດຕົວກອງທັງໝົດແມ່ນໄດ້ຮັບຄະແນນສຸດທ້າຍໂດຍໃຊ້ CM
ສູດການຄິດໄລ່ພາຍໃນ.

ຕົວກອງ HMM ໂປຣໄຟລ໌ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍ cmbuild ໂຄງ​ການ​ແລະ​ຖືກ​ເກັບ​ຮັກ​ສາ​ໄວ້​ໃນ​ .

ແຕ່​ລະ​ຕົວ​ກັ່ນ​ຕອງ​ຜົນ​ສໍາ​ເລັດ​ແມ່ນ​ຊ້າ​ກ​່​ວາ​ທີ່​ຜ່ານ​ມາ​, ແຕ່​ດີກ​ວ່າ​ມັນ​ຢູ່​ທີ່​
ການຈໍາແນກລະຫວ່າງຜົນຕໍ່ໆມາທີ່ອາດມີຄະແນນສູງ CM hits ແລະສິ່ງທີ່ເຮັດໄດ້
ບໍ່. ສາມຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ HMM ທໍາອິດແມ່ນຄືກັນກັບທີ່ໃຊ້ໃນ HMMER3. ໄລຍະ 1 (F1)
ແມ່ນຕົວກອງ HMM SSV ທ້ອງຖິ່ນທີ່ຖືກດັດແກ້ສໍາລັບລໍາດັບຍາວ. ໄລຍະ 2 (F2) ແມ່ນ HMM ທ້ອງຖິ່ນ
ການກັ່ນຕອງ Viterbi. ຂັ້ນຕອນ 3 (F3) ແມ່ນຕົວກອງ HMM Forward ທ້ອງຖິ່ນ. ແຕ່ລະສາມຄັ້ງທໍາອິດ
ຂັ້ນ​ຕອນ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້ profile HMM ໃນ​ຮູບ​ແບບ​ທ້ອງ​ຖິ່ນ​, ເຊິ່ງ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ​ເປົ້າ​ຫມາຍ​ທີ່​ຈະ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​
ເຂດໃດນຶ່ງຂອງ HMM. ຂັ້ນຕອນທີ 4 (F4) ເປັນຕົວກອງ HMM ທ້ອງຖິ່ນ, ເຊິ່ງຕ້ອງການເປົ້າໝາຍ
ຕໍ່ໄປເພື່ອຈັດຮຽງກັບໂປຣໄຟລ໌ HMM ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ຂັ້ນຕອນທີ 5 (F5) ແມ່ນ HMM ທ້ອງຖິ່ນ
ການກັ່ນຕອງການກໍານົດ envelope, ເຊິ່ງໃຊ້ heursitics ການກໍານົດໂດເມນຂອງ HMMER3 ເພື່ອກໍານົດ.
ຂອບເຂດຂອງຊອງຈົດໝາຍ. ຫຼັງຈາກແຕ່ລະຂັ້ນຕອນຈາກ 2 ຫາ 5 ຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງອະຄະຕິ (F2b, F3b, F4b, ແລະ
F5b) ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເອົາລໍາດັບທີ່ເບິ່ງຄືວ່າໄດ້ຜ່ານການກັ່ນຕອງເນື່ອງຈາກຄວາມລໍາອຽງ
ອົງ​ປະ​ກອບ​ຢ່າງ​ດຽວ​. ຊອງຈົດໝາຍໃດໆກໍຕາມທີ່ຢູ່ລອດໄລຍະ F1 ຫາ F5b ແມ່ນຜ່ານໄປດ້ວຍ
ຕົວກອງ CM CYK ທ້ອງຖິ່ນ. ຕົວກອງ CYK ໃຊ້ຂໍ້ຈໍາກັດ (ແຖບ) ທີ່ມາຈາກ HMM
ການຈັດລຽງຂອງ envelope ເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຈໍານວນຂອງການຄິດໄລ່ທີ່ຕ້ອງການແລະປະຫຍັດເວລາ.
ຊອງຈົດໝາຍໃດໆກໍຕາມທີ່ຜ່ານ CYK ແມ່ນໄດ້ຄະແນນດ້ວຍ CM Inside algorithm, ອີກເທື່ອໜຶ່ງໂດຍໃຊ້ HMM
ແຖບສໍາລັບການເລັ່ງ.

ເກນຕົວກອງເລີ່ມຕົ້ນທີ່ກຳນົດຄະແນນຕໍ່າສຸດທີ່ຕ້ອງການສຳລັບຜົນຕໍ່ໆໄປ
ຄວາມຢູ່ລອດແຕ່ລະຂັ້ນຕອນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍອີງໃສ່ຂະຫນາດຂອງພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາ (Z), ເຊິ່ງຖືກກໍານົດ
ເປັນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບການສອບຖາມໃນປະຈຸບັນເວລາ 2 (ເນື່ອງຈາກວ່າທັງສອງ strands ຈະເປັນ
ຄົ້ນ​ຫາ​) ເທົ່າ​ກັບ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ຂໍ້​ມູນ​ໃນ​ . ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຖ້າຫາກວ່າບໍ່ວ່າຈະ -Z or --FZ
ທາງເລືອກຖືກນໍາໃຊ້ຫຼັງຈາກນັ້ນພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາຈະຖືກພິຈາລະນາເປັນ ສໍາ​ລັບ​ຈຸດ​ປະ​ສົງ​ຂອງ​
ການກໍານົດຂອບເຂດການກັ່ນຕອງ.

ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ, ການກັ່ນຕອງແມ່ນເຄັ່ງຄັດທີ່ນໍາໄປສູ່ການເລັ່ງຫຼາຍຂຶ້ນແຕ່
ອາດຈະສູນເສຍຄວາມອ່ອນໄຫວຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ເຫດຜົນແມ່ນວ່າສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່,
hits ຕ້ອງມີຄະແນນສູງກວ່າເພື່ອບັນລຸຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິ, ດັ່ງນັ້ນການກັ່ນຕອງທີ່ເຂັ້ມງວດ
ທີ່ເອົາການຕີທີ່ບໍ່ສໍາຄັນຄະແນນຕໍ່າລົງແມ່ນຍອມຮັບໄດ້.

P-value thresholds ສໍາລັບຂະຫນາດພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາທີ່ເປັນໄປໄດ້ທັງຫມົດແລະຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງທັງຫມົດແມ່ນ
ລາຍຊື່ຕໍ່ໄປ. (ເກນ P-value ຂອງ 0.01 ຫມາຍຄວາມວ່າປະມານ 1% ຂອງຄະແນນສູງສຸດ.
nonhomologous ຕໍ່ມາຄາດວ່າຈະຜ່ານການກັ່ນຕອງ.) Z ຖືກກໍານົດເປັນຈໍານວນຂອງ
nucleotides ໃນໄຟລ໌ລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທີ່ສົມບູນເວລາ 2 ເນື່ອງຈາກວ່າທັງສອງ strands ຈະເປັນ
ຄົ້ນຫາດ້ວຍແຕ່ລະແບບ.

ຖ້າ Z ຫນ້ອຍກວ່າ 2 Mb: F1 ແມ່ນ 0.35; F2 ແລະ F2b ປິດ; F3, F3b, F4, F4b ແລະ F5 ແມ່ນ 0.02;
F6 ແມ່ນ 0.0001.

ຖ້າ Z ແມ່ນລະຫວ່າງ 2 Mb ແລະ 20 Mb: F1 ແມ່ນ 0.35; F2 ແລະ F2b ປິດ; F3, F3b, F4, F4b ແລະ F5
ແມ່ນ 0.005; F6 ແມ່ນ 0.0001.

ຖ້າ Z ແມ່ນລະຫວ່າງ 20 Mb ແລະ 200 Mb: F1 ແມ່ນ 0.35; F2 ແລະ F2b ແມ່ນ 0.15; F3, F3b, F4, F4b ແລະ F5
ແມ່ນ 0.003; F6 ແມ່ນ 0.0001.

ຖ້າ Z ແມ່ນລະຫວ່າງ 200 Mb ແລະ 2 Gb: F1 ແມ່ນ 0.15; F2 ແລະ F2b ແມ່ນ 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5,
ແລະ F5b ແມ່ນ 0.0008; ແລະ F6 ແມ່ນ 0.0001.

ຖ້າ Z ຢູ່ໃນລະຫວ່າງ 2 Gb ແລະ 20 Gb: F1 ແມ່ນ 0.15; F2 ແລະ F2b ແມ່ນ 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5, ແລະ
F5b ແມ່ນ 0.0002; ແລະ F6 ແມ່ນ 0.0001.

ຖ້າ Z ຫຼາຍກວ່າ 20 Gb: F1 ແມ່ນ 0.06; F2 ແລະ F2b ແມ່ນ 0.02; F3, F3b, F4, F4b, F5, ແລະ F5b
ແມ່ນ 0.0002; ແລະ F6 ແມ່ນ 0.0001.

ເກນເຫຼົ່ານີ້ຖືກເລືອກໂດຍອີງໃສ່ການປະຕິບັດໃນການທົດສອບມາດຕະຖານພາຍໃນຈໍານວນຫຼາຍ
ການຕັ້ງຄ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

ມີຫ້າທາງເລືອກໃນການຄວບຄຸມລະດັບການກັ່ນຕອງທົ່ວໄປ. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນ, ໃນ
ສັ່ງ​ຈາກ​ຢ່າງ​ເຄັ່ງ​ຄັດ (ຊ້າ​ສຸດ​ແຕ່​ລະ​ອຽດ​ອ່ອນ​ທີ່​ສຸດ​) ໄປ​ທີ່​ເຄັ່ງ​ຄັດ​ທີ່​ສຸດ (ໄວ​ທີ່​ສຸດ​ແຕ່​ຢ່າງ​ຫນ້ອຍ​
ອ່ອນໄຫວ): --ສູງສຸດ, --nohm, --ກາງ, -- ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, (ນີ້ແມ່ນການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) --rfam. ແລະ
--hmmonly. ກັບ --ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ ເກນຕົວກອງຈະຂຶ້ນກັບຂະໜາດຖານຂໍ້ມູນ. ເບິ່ງ
ຄໍາອະທິບາຍຂອງແຕ່ລະທາງເລືອກສ່ວນບຸກຄົນເຫຼົ່ານີ້ຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

ນອກຈາກນັ້ນ, ຜູ້ໃຊ້ທີ່ຊ່ຽວຊານສາມາດຄວບຄຸມແຕ່ລະຂັ້ນຕອນຂອງການກັ່ນຕອງໄດ້ຊັດເຈນຂອບເຂດຄະແນນທີ່ມີ
ໄດ້ --F1, --F1b, --F2, --F2b, --F3, --F3b, --F4, --F4b, --F5, --F5b, ແລະ --F6 ທາງເລືອກ. ເປັນ
ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເປີດຫຼືປິດເວທີແຕ່ລະຄົນດ້ວຍ --noF1, --doF1b, --noF2, --noF2b, --noF3,
--noF3b, --noF4, --noF4b, --noF5, ແລະ --noF6. ທາງເລືອກ. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນພຽງແຕ່ສະແດງ
ຖ້າຫາກວ່າ -- ພັດທະນາການຊ່ວຍເຫຼືອ ທາງເລືອກແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຮັກສາຈໍານວນຂອງທາງເລືອກທີ່ສະແດງດ້ວຍ -h
ສົມເຫດສົມຜົນ, ແລະຍ້ອນວ່າພວກເຂົາພຽງແຕ່ຄາດວ່າຈະເປັນປະໂຫຍດຕໍ່ຜູ້ໃຊ້ຈໍານວນຫນ້ອຍຫນຶ່ງ.

ເປັນກໍລະນີພິເສດ, ສໍາລັບຮູບແບບໃດໃນ ເຊິ່ງມີສູນຖານຄູ່, ໂປຣໄຟລ໌ HMM
ການຊອກຫາແມ່ນດໍາເນີນການແທນທີ່ຈະຊອກຫາ CM. HMM algorithms ມີປະສິດທິພາບຫຼາຍກ່ວາ CM
algorithms, ແລະຜົນປະໂຫຍດຂອງ CM algorithms ແມ່ນສູນເສຍສໍາລັບຕົວແບບທີ່ບໍ່ມີຕົວຮອງ
ໂຄງປະກອບການ (ສູນ basepairs). ການຊອກຫາ HMM ໂປຣໄຟລ໌ເຫຼົ່ານີ້ຈະແລ່ນໄວກວ່າ
CM ຄົ້ນຫາ. ທ່ານສາມາດບັງຄັບການຄົ້ນຫາ HMM ເທົ່ານັ້ນດ້ວຍ --hmmonly ທາງເລືອກ. ສໍາລັບການເພີ່ມເຕີມ
ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບການຊອກຫາ HMM ເທົ່ານັ້ນ ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້.

--ສູງສຸດ ປິດຕົວກອງທັງໝົດ, ແລະແລ່ນພາຍໃນແບບບໍ່ມີແຖບໃນທຸກເປົ້າໝາຍທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ
ລຳດັບ. ນີ້ຈະເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ດ້ວຍຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ໃຫຍ່ຫຼວງຫຼາຍໃນຄວາມໄວ.

--nohm
ປິດທຸກຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ HMM (F1 ຫາ F5b). ການກັ່ນຕອງ CYK, ໂດຍໃຊ້ QDBs, ຈະ
ດໍາເນີນການຢູ່ໃນທຸກໆລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມແລະຈະບັງຄັບໃຊ້ຂອບເຂດ P-value ຂອງ
0.0001. ແຕ່ລະລໍາດັບທີ່ລອດ CYK ຈະຖືກສົ່ງຕໍ່ພາຍໃນ, ເຊິ່ງຈະ
ຍັງໃຊ້ QDBs (ແຕ່ຊຸດວ່າງກວ່າ). ນີ້ເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ຢູ່ໃນຫຼາຍ
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂະຫນາດໃຫຍ່ໃນຄວາມໄວ.

--ກາງ ປິດຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ HMM SSV ແລະ Viterbi (F1 ເຖິງ F2b). ຕັ້ງ HMM ທີ່ຍັງເຫຼືອ
ເກນການກັ່ນຕອງ (F3 ຫາ F5b) ເປັນ 0.02 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ສາມາດປ່ຽນເປັນ ກັບ
--Fmid ລຳດັບ. ນີ້ອາດຈະເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວ, ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ສໍາຄັນໃນຄວາມໄວ.

--ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ໃຊ້ກົນລະຍຸດການກັ່ນຕອງເລີ່ມຕົ້ນ. ຕົວເລືອກນີ້ເປີດຢູ່ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ການກັ່ນຕອງ
ເກນຖືກກຳນົດໂດຍອີງໃສ່ຂະໜາດຂອງຖານຂໍ້ມູນ.

--rfam ໃຊ້ກົນລະຍຸດການກັ່ນຕອງທີ່ເຄັ່ງຄັດທີ່ວາງແຜນໄວ້ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ (ຫຼາຍກວ່າ 20 Gb). ນີ້
ຈະເລັ່ງການຄົ້ນຫາໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ມີທ່າແຮງຕໍ່ຄວາມອ່ອນໄຫວ.

--hmmonly
ໃຊ້ພຽງແຕ່ໂປຣໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ HMM ສໍາລັບການຄົ້ນຫາ, ຢ່າໃຊ້ CM. ພຽງແຕ່ການກັ່ນຕອງ
ຂັ້ນ​ຕອນ F1 ເຖິງ F3 ຈະ​ຖືກ​ປະ​ຕິ​ບັດ, ການ​ນໍາ​ໃຊ້ P-value thresholds ທີ່​ເຄັ່ງ​ຄັດ (0.02 ສໍາ​ລັບ​ການ
F1, 0.001 ສໍາລັບ F2 ແລະ 0.00001 ສໍາລັບ F3). ນອກຈາກນັ້ນ, ການກັ່ນຕອງອົງປະກອບທີ່ລໍາອຽງແມ່ນ
ໃຊ້ຫຼັງຈາກຂັ້ນຕອນ F1 (ກັບ P = 0.02 ເກນການຢູ່ລອດ). ຕີອັນໃດກໍ່ລອດ
ທຸກຂັ້ນຕອນແລະມີ HMM E-value ຫຼືຄະແນນບິດສູງກວ່າເກນການລາຍງານຈະ
ເປັນຜົນຜະລິດ. ຜູ້ໃຊ້ສາມາດປ່ຽນຂອບເຂດການກັ່ນຕອງ HMM ເທົ່ານັ້ນແລະທາງເລືອກທີ່ມີ
--hmmF1, --hmmF2, --hmmF3, --hmmnobias, --hmmnonull2, ແລະ --hmmmax. ໂດຍຕົວຢ່າງ,
ການຄົ້ນຫາສໍາລັບທຸກຕົວແບບທີ່ມີສູນ basepairs ຈະຖືກດໍາເນີນການໃນໂຫມດ HMM ເທົ່ານັ້ນ. ນີ້ສາມາດ
ຖືກປິດ, ບັງຄັບໃຫ້ຊອກຫາ CM ສໍາລັບຕົວແບບເຫຼົ່ານີ້ດ້ວຍ -- nohmmonly ທາງເລືອກ.

--FZ
ກໍານົດຂອບເຂດການກັ່ນຕອງເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ໃຊ້ຖ້າຖານຂໍ້ມູນແມ່ນ megabases (Mb).
ຖ້າໃຊ້ກັບ ຫຼາຍກ່ວາ 20000 (20 Gb) ທາງເລືອກນີ້ມີຜົນກະທົບເຊັ່ນດຽວກັນກັບ
--rfam.

--Fmid
ມີ --ກາງ ທາງເລືອກກໍານົດຂອບເຂດການກັ່ນຕອງ HMM (F3 ຫາ F5b) ເປັນ . By
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແມ່ນ 0.02.

ອື່ນໆ OPTIONS

--notrunc
ປິດການກວດຫາການຕີທີ່ຖືກຕັດອອກ.

--anytrunc
ອະນຸຍາດໃຫ້ຕັດ hits ເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດໃນຕໍາແຫນ່ງໃດກໍ່ຕາມໃນລໍາດັບເປົ້າຫມາຍ. ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, 5' hits ທີ່ຖືກຕັດຕ້ອງປະກອບມີ residue ທໍາອິດຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍຂອງພວກເຂົາ
ແລະ 3' hits ທີ່ຖືກຕັດຕ້ອງລວມເອົາສ່ວນທີ່ເຫຼືອສຸດທ້າຍຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍຂອງພວກເຂົາ. ກັບ
ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ທ່ານ​ອາດ​ຈະ​ສັງ​ເກດ​ເບິ່ງ hits ຄວາມ​ຍາວ​ເຕັມ​ຫນ້ອຍ​ທີ່​ຂະ​ຫຍາຍ​ໄປ​ເຖິງ​ການ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ແລະ​
ສິ້ນສຸດການສອບຖາມ CM.

--nonull3
ປິດການແກ້ໄຂຄະແນນ null3 CM ສໍາລັບອົງປະກອບອະຄະຕິ. ການແກ້ໄຂນີ້ແມ່ນ
ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ HMM.

--mxsize
ກໍານົດຂະຫນາດສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ CM DP matrix ເປັນ ເມກາໄບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂະຫນາດນີ້
ແມ່ນ 128 Mb. ນີ້ຄວນຈະມີຂະຫນາດໃຫຍ່ພຽງພໍສໍາລັບສ່ວນໃຫຍ່ຂອງການຊອກຫາ,
ໂດຍສະເພາະກັບຕົວແບບຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ. ຖ້າ cmsearch ພົບກັບຊອງຈົດໝາຍໃນ CYK ຫຼື
ພາຍໃນຂັ້ນຕອນທີ່ຕ້ອງການ matrix ຂະຫນາດໃຫຍ່, ຊອງຈົດຫມາຍຈະໄດ້ຮັບການຫຼຸດຈາກ
ການພິຈາລະນາ. ພຶດຕິກໍານີ້ແມ່ນຄ້າຍຄືຕົວກອງເພີ່ມເຕີມທີ່ປ້ອງກັນບໍ່ໃຫ້ມີລາຄາແພງ
(ຊ້າ) ການຄໍານວນ CM DP, ແຕ່ຢູ່ໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ມີທ່າແຮງຕໍ່ຄວາມອ່ອນໄຫວ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຖ້າ
cmsearch ກໍາລັງດໍາເນີນການຢູ່ໃນ ຫຼາຍກະທູ້ຢູ່ໃນເຄື່ອງ multicore ຫຼັງຈາກນັ້ນແຕ່ລະຄົນ
ກະທູ້ອາດມີເມທຣິກທີ່ຈັດສັນໃຫ້ເຖິງຂະໜາດ Mb ໄດ້ທຸກເວລາ.

--smxsize
ກໍານົດຂະຫນາດສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ CM ຊອກຫາ DP matrix ເປັນ ເມກາໄບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຂະຫນາດນີ້ແມ່ນ 128 Mb. ຕົວເລືອກນີ້ມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງພຽງແຕ່ຖ້າ CM ຈະບໍ່ໃຊ້ HMM
banded matrices, ie ຖ້າໄດ້ --ສູງສຸດ, --nohm, --qdb, --fqdb, -- nonbanded, or
--fnonbanded ທາງ​ເລືອກ​ຍັງ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຖ້າ cmsearch ກໍາລັງດໍາເນີນການຢູ່ໃນ
ຫຼາຍກະທູ້ຢູ່ໃນເຄື່ອງ multicore ຫຼັງຈາກນັ້ນແຕ່ລະ thread ອາດມີການຈັດສັນ
ມາຕຣິກເບື້ອງເຖິງຂະຫນາດ Mb ໄດ້ທຸກເວລາ.

--cyk ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ CYK, ບໍ່ແມ່ນພາຍໃນ, ເພື່ອກໍານົດຄະແນນສຸດທ້າຍຂອງ hits ທັງຫມົດ.

--acyk ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ CYK ເພື່ອຈັດຮຽງ hits. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, Durbin/Holmes ຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດ
algorithm ຖືກນໍາໃຊ້, ເຊິ່ງຊອກຫາການຈັດລໍາດັບທີ່ເພີ່ມຄວາມຖືກຕ້ອງທີ່ຄາດໄວ້
ຂອງ residues ສອດຄ່ອງທັງຫມົດ.

--wcx
ສໍາລັບແຕ່ລະ CM, ກໍານົດພາລາມິເຕີ W, ຄວາມຍາວສູງສຸດທີ່ຄາດໄວ້ຂອງ hit, ເປັນ
ເທົ່າຂອງຄວາມຍາວເປັນເອກະສັນກັນຂອງຕົວແບບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ພາລາມິເຕີ W ຖືກອ່ານຈາກ
ໄຟລ໌ CM ແລະຖືກຄິດໄລ່ໂດຍອີງໃສ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການປ່ຽນແປງຂອງຕົວແບບ
by cmbuild. ເຈົ້າສາມາດຊອກຫາສິ່ງທີ່ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ W ແມ່ນສໍາລັບຕົວແບບທີ່ໃຊ້ cmstat. ນີ້
ທາງເລືອກຄວນໄດ້ຮັບການນໍາໃຊ້ຢ່າງລະມັດລະວັງຍ້ອນວ່າມັນສົ່ງຜົນກະທົບຕໍ່ທໍ່ການກັ່ນຕອງຫຼາຍຄັ້ງ
ຂັ້ນຕອນທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນທາງທີ່ບໍ່ມີຊື່ສຽງ. ມັນແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ພຽງແຕ່ຜູ້ໃຊ້ຜູ້ຊ່ຽວຊານ
ຄົ້ນຫາ hits ທີ່ມີຄວາມຍາວຫຼາຍກ່ວາ homologs ໃດໆທີ່ໃຊ້ໃນການສ້າງ
ຕົວແບບໃນ cmbuild, ຕົວຢ່າງ: ມີ introns ຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼື insertions ຂະຫນາດໃຫຍ່ອື່ນໆ. ມັນ
ບໍ່ສາມາດໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ --nohm, --fqdb or --qdb ທາງເລືອກເພາະວ່າໃນ
ກໍລະນີເຫຼົ່ານັ້ນ W ຖືກຈໍາກັດໂດຍແຖບທີ່ຂຶ້ນກັບການສອບຖາມ.

-- ສະເພາະ
ຄົ້ນຫາພຽງແຕ່ເທິງ (Watson) strand ຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໃນ . ໂດຍຕົວຢ່າງ,
ທັງສອງ strands ຖືກຄົ້ນຫາ. ນີ້ຈະຫຼຸດຂະໜາດພື້ນທີ່ຊອກຫາ (Z).

-- ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວ
ພຽງແຕ່ຄົ້ນຫາທາງລຸ່ມ (Crick) strand ຂອງລໍາດັບເປົ້າຫມາຍໃນ . By
ເລີ່ມຕົ້ນ, ທັງສອງ strands ຖືກຄົ້ນຫາ. ນີ້ຈະຫຼຸດຂະໜາດພື້ນທີ່ຊອກຫາ (Z).

--qformat
ຢືນຢັນວ່າໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບ
ປະກອບດ້ວຍ ໄວ​, ສັນຍາລັກ, genbank, ddbj, ຫຼັກ​ຊັບ​ໂຮມ​, pfam, a2m, ອາຟາ, ກຸ່ມ, ແລະ ຟີລິບ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ໂດຍອັດຕະໂນມັດ.

--glist
ຕັ້ງຄ່າຊຸດຍ່ອຍຂອງແບບຈໍາລອງຈາກ ໃນ​ຮູບ​ແບບ​ການ​ຈັດ​ວາງ glocal​, ແທນ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​
ຮູບແບບທ້ອງຖິ່ນ, ຄືແບບຈໍາລອງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ . ຕັ້ງຄ່າຕົວແບບອື່ນໆທັງໝົດ
(ທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນ ) ໃນ​ຮູບ​ແບບ​ທ້ອງ​ຖິ່ນ​. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ -ກ.
ເອກະສານ ຕ້ອງບອກຊື່ທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງຕົວແບບຈາກ , ແຕ່​ລະ​ຄົນ​ແຍກ​ອອກ​ໂດຍ​ໃດ​ຫນຶ່ງ​
ຕົວອັກສອນຊ່ອງຫວ່າງ (ເຊັ່ນ: ຕົວອັກສອນແຖວໃໝ່).

--cpu
ກໍານົດຈໍານວນຂອງກະທູ້ພະນັກງານຂະຫນານເປັນ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, Infernal ກໍານົດສິ່ງນີ້
ເຖິງຈໍານວນຂອງ CPU cores ທີ່ມັນກວດພົບໃນເຄື່ອງຂອງທ່ານ - ນັ້ນແມ່ນ, ມັນພະຍາຍາມ
ຂະຫຍາຍການໃຊ້ແກນປະມວນຜົນທີ່ມີຢູ່ຂອງທ່ານໃຫ້ສູງສຸດ. ການຕັ້ງຄ່າ ສູງກ່ວາ
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ແກນ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​ແມ່ນ​ມີ​ພຽງ​ເລັກ​ນ້ອຍ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ມີ​ຄ່າ​ໃດໆ​, ແຕ່​ວ່າ​ທ່ານ​ອາດ​ຈະ​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ຕັ້ງ​ມັນ​ເປັນ​
ບາງສິ່ງບາງຢ່າງຫນ້ອຍ. ທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມຕົວເລກນີ້ໄດ້ໂດຍການຕັ້ງສະພາບແວດລ້ອມ
ຕົວແປ, INFERNAL_NCPU. ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າ Infernal ຖືກລວບລວມ
ສະຫນັບສະຫນູນກະທູ້ POSIX. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ມັນອາດຈະຖືກປິດໄວ້ຢູ່
compile-time ສໍາລັບເວັບໄຊຫຼືເຄື່ອງຈັກຂອງທ່ານສໍາລັບບາງເຫດຜົນ.

--ຮ້ານ
ສໍາລັບການດີບັກ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ເວີຊັ່ນຜູ້ເຮັດວຽກ: ຢຸດຊົ່ວຄາວຫຼັງຈາກເລີ່ມຕົ້ນ, ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານ
ນັກພັດທະນາເພື່ອຄັດຕິດຕົວດີບັກກັບຂະບວນການແມ່ບົດແລະຜູ້ເຮັດວຽກທີ່ເຮັດວຽກ. ສົ່ງ
ສັນຍານ SIGCONT ເພື່ອປົດປ່ອຍການຢຸດຊົ່ວຄາວ. (ພາຍໃຕ້ gdb: (GDB) signal SIGCONT) (ເທົ່ານັ້ນ
ມີໃຫ້ຖ້າການຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກໄດ້ຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

--mpi ດໍາເນີນການໃນ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ຮູບແບບພະນັກງານ, ການນໍາໃຊ້ ໄພຣຸນ. (ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າເປັນທາງເລືອກ MPI
ການ​ສະ​ຫນັບ​ສະ​ຫນູນ​ໄດ້​ຖືກ​ເປີດ​ໃຫ້​ໃຊ້​ງານ​ໃນ​ເວ​ລາ​ສັງ​ລວມ​.)

ໃຊ້ cmscan ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net