ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cmstat ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cmstat - ສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບໄຟລ໌ຮູບແບບທີ່ຄູ່ສົມລົດ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cmstat [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ໄດ້ cmstat ຜົນປະໂຫຍດພິມອອກເປັນຕາຕະລາງຂອງສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບແຕ່ລະຄວາມແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວແບບໃນ .
ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີ CMs ຖືກອ່ານຈາກ a ທໍ່
ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌.
ໂດຍຕົວຢ່າງ, cmstat ພິມສະຖິຕິທົ່ວໄປຂອງແບບຈໍາລອງແລະການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ມັນຖືກສ້າງຂຶ້ນ
ຈາກ, ຫນຶ່ງແຖວຕໍ່ຕົວແບບໃນຮູບແບບຕາຕະລາງ. ຖັນແມ່ນ:
idx ດັດຊະນີຂອງຂໍ້ມູນນີ້, ນັບແຕ່ລະໃນໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນຈາກ 1.
ຊື່ ຊື່ຂອງໂປຣໄຟລ໌.
ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ
ການເຂົ້າເປັນທາງເລືອກຂອງໂປຣໄຟລ໌, ຫຼື "-" ຖ້າບໍ່ມີ.
nseq ຈໍານວນຂອງລໍາດັບທີ່ໂປຣໄຟລ໌ໄດ້ຖືກຄາດຄະເນຈາກ.
eff_nseq
ຈໍານວນລໍາດັບປະສິດທິພາບທີ່ໂປຣໄຟລ໌ໄດ້ຖືກຄາດຄະເນຈາກ, ຫຼັງຈາກ
Infernal ນຳໃຊ້ການຄຳນວນເລກລຳດັບທີ່ມີປະສິດທິຜົນເຊັ່ນ: ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ນ້ຳໜັກ entropy.
clen ຄວາມຍາວຂອງຕົວແບບໃນການຕົກຄ້າງເປັນເອກະພາບ (ລັດທີ່ກົງກັນ).
W ຄວາມຍາວສູງສຸດຄາດວ່າຈະເປັນການຕີຕົວແບບ.
bps ຈໍານວນຂອງ basepairs ໃນຕົວແບບ.
bifs ຈໍານວນຂອງ bifurcations ໃນຕົວແບບ.
ຮູບແບບ ປະເພດໃດແດ່ຂອງຮູບແບບຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນໃນ cmsearch ແລະ cmscan ສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ນີ້,
ບໍ່ວ່າຈະເປັນ "cm" ຫຼື "hmm". ສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີ 0 basepairs, ນີ້ຈະເປັນ "hmm" (ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ
-- nohmmonly ທາງເລືອກແມ່ນການນໍາໃຊ້). ສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ອື່ນໆທັງຫມົດ, ນີ້ຈະເປັນ "cm".
rel entropy, ຊັງຕີແມັດ:
ໝາຍເຖິງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຕໍ່ສະຖານະທີ່ກົງກັນ, ເປັນບິດ. ນີ້ແມ່ນຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ (ສະເລ່ຍ).
ຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງເປັນເອກະພາບ. ນີ້ແມ່ນສິ່ງທີ່ວິທີການເລີ່ມຕົ້ນ entropy-weighting ສໍາລັບ
ການຄາດຄະເນຕົວເລກລໍາດັບປະສິດທິຜົນສຸມໃສ່, ດັ່ງນັ້ນສໍາລັບ Infernal ເລີ່ມຕົ້ນ, ນີ້
ມູນຄ່າມັກຈະສະທ້ອນເຖິງເປົ້າຫມາຍເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ entropy-weighting. ຖ້າ "ຕົວແບບ"
ຊ່ອງຂໍ້ມູນສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ນີ້ແມ່ນ "hmm", ຊ່ອງຂໍ້ມູນນີ້ຈະເປັນ "-".
rel entropy, ຮືມ:
ໝາຍເຖິງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຕໍ່ສະຖານະທີ່ກົງກັນ, ເປັນບິດ, ຖ້າ CM ຖືກປ່ຽນເປັນ
HMM (ຂໍ້ມູນຈາກໂຄງສ້າງຖືກລະເລີຍ). ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ
CM ແລະ HMM relative entropy, ຫຼາຍຕົວແບບຈະອີງໃສ່ໂຄງສ້າງ
conservation ການອະນຸລັກລໍາດັບພີ່ນ້ອງໃນເວລາທີ່ການກໍານົດ homologs.
ຖ້າຕົວແບບໃນ ໄດ້ຮັບການປັບທຽບກັບ cmcalibrate ໄດ້ -E, -T, ແລະ -Z
ທາງເລືອກສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຮຽກຮ້ອງໃຫ້ຮູບແບບຜົນຜະລິດເປັນທາງເລືອກ, ການລາຍງານ E-values ແລະ
ຄະແນນບິດທີ່ສອດຄ້ອງກັນສໍາລັບຂະຫນາດຖານຂໍ້ມູນທີ່ກໍານົດໄວ້ຂອງ megabases (Mb). ຖ້າ
ແບບຈໍາລອງໄດ້ຖືກປັບແລະລວມເອົາ Rfam GA, TC, ແລະ/ຫຼື NC bit score thresholds.
--cut_ga, --cut_tc, ແລະ / ຫຼື --cut_nc ທາງເລືອກສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະແດງ E-values ວ່າ
ສອດຄ້ອງກັບເກນຄະແນນບິດ. ຄະແນນບິດ ຫຼື E-values ແຍກຕ່າງຫາກຈະຖືກສະແດງ
ສໍາລັບແຕ່ລະສີ່ວິທີຄົ້ນຫາ CM ທີ່ເປັນໄປໄດ້ແລະຄູ່ການຕັ້ງຄ່າຕົວແບບ: ທ້ອງຖິ່ນ
ພາຍໃນ, CYK ທ້ອງຖິ່ນ, ພາຍໃນ glocal ແລະ CYK ທ້ອງຖິ່ນ.
ສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີສູນ basepairs (ຜູ້ທີ່ມີ "hmm" ໃນຊ່ອງ "model"), E-value ໃດໆແລະ
ສະຖິຕິຄະແນນບິດຈະກ່ຽວຂ້ອງກັບຕົວກອງ HMM ໂປຣໄຟລ໌, ແທນທີ່ຈະເປັນ CM. ນີ້ແມ່ນ
ຍັງເປັນຄວາມຈິງສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ທັງຫມົດຖ້າຫາກວ່າ --hmmonly ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
-E
ລາຍງານຄະແນນບິດທີ່ສອດຄ້ອງກັບ E-value ຂອງ ໃນຖານຂໍ້ມູນຂອງ
megabases (Mb), ບ່ອນທີ່ ແມ່ນ 10 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ຕັ້ງໄດ້ດ້ວຍ -Z ທາງເລືອກ.
-T
ລາຍງານ E-values ທີ່ກົງກັບຄະແນນນ້ອຍຂອງ ໃນຖານຂໍ້ມູນຂອງ
megabases (Mb), ບ່ອນທີ່ ແມ່ນ 10 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ຕັ້ງໄດ້ດ້ວຍ -Z ທາງເລືອກ.
-Z ມີ -E, -T, --cut_ga, --cut_nc, ແລະ --cut_tc ທາງເລືອກ, ຄິດໄລ່ E-values ເປັນຖ້າຫາກວ່າ
ຂະຫນາດຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍແມ່ນ megabases (Mb). ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແມ່ນ 10.
--cut_ga
ລາຍງານ E-values ທີ່ສອດຄ້ອງກັບຄະແນນບິດຂອງ GA (Rfam collecting threshold) ໃນ a
ຖານຂໍ້ມູນຂອງ megabases (Mb), ບ່ອນທີ່ ແມ່ນ 10 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ຕັ້ງໄດ້ດ້ວຍ -Z
ທາງເລືອກ.
--cut_tc
ລາຍງານ E-values ທີ່ສອດຄ້ອງກັບ TC (Rfam trusted cutoff) bit score in a
ຖານຂໍ້ມູນຂອງ megabases (Mb), ບ່ອນທີ່ ແມ່ນ 10 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ຕັ້ງໄດ້ດ້ວຍ -Z
ທາງເລືອກ.
--cut_nc
ລາຍງານ E-values ທີ່ສອດຄ້ອງກັບ NC (Rfam noise cutoff) bit score in a
ຖານຂໍ້ມູນຂອງ megabases (Mb), ບ່ອນທີ່ ແມ່ນ 10 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແຕ່ຕັ້ງໄດ້ດ້ວຍ -Z
ທາງເລືອກ.
--key
ພຽງແຕ່ພິມສະຖິຕິສໍາລັບ CM ທີ່ມີຊື່ຫຼືການເຂົ້າເຖິງ , ຂ້າມຕົວແບບອື່ນໆທັງໝົດໃນ
.
--hmmonly
ພິມສະຖິຕິຢູ່ໃນຕົວກອງ HMM ໂປຣໄຟລ໌ສຳລັບທຸກໂປຣໄຟລ໌, ແທນທີ່ CMs.
ນີ້ສາມາດເປັນປະໂຫຍດຖ້າຫາກວ່າທ່ານວາງແຜນທີ່ຈະນໍາໃຊ້ --hmmonly ທາງເລືອກທີ່ຈະ cmsearch or cmscan.
-- nohmmonly
ພິມສະຖິຕິຢູ່ໃນ CM ຕະຫຼອດເວລາສໍາລັບແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌, ເຖິງແມ່ນວ່າສໍາລັບຜູ້ທີ່ມີສູນ
basepairs.
ໃຊ້ cmstat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
