ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cpgplote ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cpgplot - ກໍານົດແລະວາງແຜນເກາະ CpG ໃນລໍາດັບ nucleotide(s)
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cpgplot - ລໍາດັບ seqall - ປ່ອງຢ້ຽມ integer - ມິນເລນ integer -minoe float - minpc float
-outfile outfile - ດິນຕອນ toggle -ວັກ xygraph - obsexp ປຸ້ຍ -cg ປຸ້ຍ
-pc ປຸ້ຍ - outfeat featout
cpgplot -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
cpgplot ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Nucleic: CpG Islands" (s).
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqall
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ປ່ອງຢ້ຽມ integer
ເປີເຊັນເນື້ອໃນ CG ແລະຄວາມຖີ່ຂອງການສັງເກດການຂອງ CG ແມ່ນຄິດໄລ່ພາຍໃນ a
ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ຂະຫນາດແມ່ນກໍານົດໂດຍຕົວກໍານົດການນີ້. ປ່ອງຢ້ຽມຖືກຍ້າຍລົງຕາມລໍາດັບແລະ
ສະຖິຕິເຫຼົ່ານີ້ຖືກຄິດໄລ່ໃນແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງທີ່ປ່ອງຢ້ຽມຖືກຍ້າຍໄປ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ມູນຄ່າ: 100
- ມິນເລນ integer
ນີ້ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ເກາະ CpG ຕ້ອງມີກ່ອນທີ່ມັນຈະລາຍງານ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 200
-minoe float
ອັນນີ້ກຳນົດຄ່າສະເລ່ຍຕໍ່າສຸດທີ່ສັງເກດໄດ້ກັບອັດຕາສ່ວນທີ່ຄາດໄວ້ຂອງ C ບວກ G ຫາ CpG ໃນຊຸດ
ຂອງ 10 ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ຕ້ອງການກ່ອນທີ່ຈະເປັນເກາະ CpG ລາຍງານ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.6
- minpc float
ນີ້ກໍານົດອັດຕາສ່ວນສະເລ່ຍຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງ G ບວກ C ຊຸດຂອງ 10 ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ເປັນ
ຕ້ອງການກ່ອນທີ່ຈະລາຍງານເກາະ CpG. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ນີ້ກໍານົດຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ຖືບົດລາຍງານຂອງຊື່ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ, CpG
ຕົວກໍານົດການຂອງເກາະແລະລາຍລະອຽດຜົນຜະລິດຂອງເກາະ CpG ໃດໆທີ່ພົບເຫັນ.
- ດິນຕອນ toggle
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
-ວັກ xygraph
- obsexp ປຸ້ຍ
ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນຈິງແລ້ວກຣາບຂອງອັດຕາສ່ວນທີ່ຄາດໄວ້ກັບ C ບວກ G ຫາ
CpG ພາຍໃນປ່ອງຢ້ຽມແມ່ນສະແດງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
-cg ປຸ້ຍ
ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນຈິງ, ກຣາບຂອງພາກພື້ນທີ່ຖືກກໍານົດວ່າເປັນ
ເກາະ CpG ຖືກສະແດງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
-pc ປຸ້ຍ
ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນຈິງ ກຣາຟຂອງເປີເຊັນ C ບວກ G ພາຍໃນປ່ອງຢ້ຽມແມ່ນ
ສະແດງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- outfeat featout
ໄຟລ໌ສໍາລັບຄຸນສົມບັດຜົນຜະລິດ
ໃຊ້ cpgplote ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
