ຕິດຕໍ່ຟຣີ - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

freecontact - ຕົວຄາດຄະເນການຕິດຕໍ່ທາດໂປຼຕີນທີ່ໄວ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຕິດຕໍ່ຟຣີ [OPTION]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | ຕິດຕໍ່ຟຣີ
--parprof evfold > contacts.out

ຕິດຕໍ່ຟຣີ --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUMBER --ຄວາມໜາແໜ້ນ=NUMBER --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUMBER --icme-timeout=NUMBER --input-format=[ແປ|xml]
--mincontsep=NUMBER --output-format=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudoct=NUMBER
--pscount-weight=NUMBER --rho=NUMBER --ກະທູ້=NUMBER --veczw=BOOL

ຕິດຕໍ່ຟຣີ --help --debug --quiet --version

ລາຍລະອຽດ

FreeContact ເປັນຕົວຄາດຄະເນການຕິດຕໍ່ທີ່ຕົກຄ້າງຂອງທາດໂປຼຕີນທີ່ປັບໃຫ້ເໝາະສົມກັບຄວາມໄວ. FreeContact ສາມາດ
ປະຕິບັດຫນ້າທີ່ເປັນການຫຼຸດລົງເລັ່ງສໍາລັບຕົວຄາດຄະເນການຕິດຕໍ່ທີ່ຈັດພີມມາ EVfold-mfDCA ຂອງ
DS. ເຄື່ອງຫມາຍ et al. (2011) [1], ແລະ PSICOV ຂອງ D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact ແມ່ນເລັ່ງໂດຍການປະສົມປະສານຂອງຄໍາແນະນໍາ vector, ຫຼາຍກະທູ້, ແລະ
ການປະຕິບັດໄວຂອງພາກສ່ວນທີ່ສໍາຄັນ. ຂຶ້ນຢູ່ກັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, 8-folds speedups ຫຼືສູງກວ່າ
ເປັນໄປໄດ້.

ຕ້ອງການການຈັດຮຽງຂະຫນາດໃຫຍ່ພຽງພໍສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄວາມຫມາຍ. ເປັນຕໍາ່ສຸດທີ່, ເປັນ
ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ມີ​ປະ​ສິດ​ທິ​ຜົນ (ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ນ​້​ໍາ​ຫນັກ​) ນັບ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່​ກ​່​ວາ​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​
ລໍາດັບການສອບຖາມຄວນຈະຖືກນໍາໃຊ້. ການຈັດຮຽງທີ່ມີຫຼາຍສິບພັນ (ປະສິດທິພາບ) ລໍາດັບ
ຖືວ່າເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ດີ.

jackhmmer(1) ຫຼື hhblits(1) ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງການຈັດລໍາດັບ, ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ.

[1​] PLoS ຫນຶ່ງ​. ປີ 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 Dec 7.
ໂຄງສ້າງທາດໂປຼຕີນຈາກ 3D ຄິດໄລ່ຈາກການປ່ຽນແປງລໍາດັບວິວັດທະນາການ. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] ຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. 2012 Jan 15;28(2):184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV: precise
ການຄາດຄະເນການຕິດຕໍ່ໂຄງສ້າງໂດຍໃຊ້ການປະເມີນຄວາມຜັນຜວນ inverse sparse ຢູ່ໃນຫຼາຍຫຼາຍ
ການຈັດລໍາດັບ. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ຮູບ​ແບບ​ດັ່ງ​ຕໍ່​ໄປ​ນີ້​ແມ່ນ​ສະ​ຫນັບ​ສະ​ຫນູນ​:

ແປ
ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ງ່າຍ​ດາຍ​ດັ່ງ​ຕໍ່​ໄປ​ນີ້​ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
-ຈັດຮຽງ---ລຳດັບ--ກັບຊ່ອງຫວ່າງ-----
ການຈັດຮຽງອັນອື່ນ ------------ ລຳດັບ

ແຖວຫົວ '#' ເປັນທາງເລືອກ. ເສັ້ນຫົວແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຄິດໄລ່ residue ຕິດຕໍ່
ຕົວເລກແລະຊອກຫາ residue ຄໍາຖາມຕາມລໍາດັບສໍາລັບຮູບແບບຜົນຜະລິດທີ່ແນ່ນອນ.

ຖ້າບໍ່ມີການກໍານົດການສອບຖາມ, ລໍາດັບທໍາອິດໃນການຈັດລໍາດັບແມ່ນໃຊ້ເປັນການສອບຖາມ
ລຳດັບ. ລຳດັບການສອບຖາມຕ້ອງບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໃນການຈັດຮຽງ.

ແຖວການຈັດຮຽງທັງໝົດຕ້ອງມີຄວາມຍາວດຽວກັນ, ແລະອາດມີພຽງ
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] ຖືກແຜນທີ່ເປັນ [D], [Z] ຖືກແຜນທີ່ເປັນ [E], [JOUX] ແມ່ນ
ແຜນທີ່ເປັນ [X]. [X] ກົງກັບຕົວມັນເອງສໍາລັບໂຄງການທັງຫມົດ.

ການຈັດຮຽງການປ້ອນຂໍ້ມູນ A2M ສາມາດປ່ຽນເປັນຮູບແບບຂ້າງເທິງໂດຍໃຊ້
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອທໍ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໂດຍກົງ
ເຂົ້າ​ໄປ​ໃນ​ການ​ຕິດ​ຕໍ່​ຟຣີ​.

xml ເອກະສານ XML ທີ່ມີອັນດຽວhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
ອົງປະກອບ, ກໍານົດໄວ້ໃນ FreeContact schema [4] ທີ່ມາຈາກ BioXSD [5].

ຕົວຢ່າງ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

ຜົນຜະລິດ
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ EVfold-mfDCA ຫຼື PSICOV ຕົ້ນສະບັບຖືກໃຊ້ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເມື່ອຕາມລໍາດັບ
ໂປຣໄຟລ໌ພາລາມິເຕີຖືກເລືອກ.

ຂະຫຍາຍຕົວ (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + ດັດ​ແກ້​ບັນ​ທັດ​ຖານ (CN​) ຄະ​ແນນ​ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​
| | | | + ຂໍ້​ມູນ​ເຊິ່ງ​ກັນ​ແລະ​ກັນ (MI​) ຄະ​ແນນ​
| | | + ຕິດຕໍ່ລະຫັດ residue ອາຊິດ amino
| | + ເບີຕິດຕໍ່ພົວພັນ
| + ຕິດຕໍ່ລະຫັດ residue ອາຊິດ amino
+ ເບີຕິດຕໍ່ພົວພັນ

ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​ແມ່ນ​ຈັດ​ຮຽງ​ຕາມ​ຈໍາ​ນວນ​ທີ່​ຍັງ​ເຫຼືອ​.

pfrmat_rr (PSICOV)
ຮູບແບບການຄາດເດົາການແຍກ residue-residue CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + ຄະ​ແນນ​ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​
| | ++ ໄລຍະ [Å] ຂອງໄລຍະຫ່າງ Cb-Cb ຄາດຄະເນສໍາລັບຄູ່ທີ່ເຫຼືອ
| | (C-alpha ສໍາລັບ glycines)
| | ສອງຊ່ອງຂໍ້ມູນນີ້ແມ່ນບໍ່ປ່ຽນແປງໃນຜົນຜະລິດ.
| + ເບີຕິດຕໍ່ພົວພັນ
+ ເບີຕິດຕໍ່ພົວພັນ

ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​ແມ່ນ​ຈັດ​ຮຽງ​ຕາມ​ຄະ​ແນນ​, ຈາກ​ໃຫຍ່​ມາ​.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
ເອກະສານ XML ທີ່ມີອັນດຽວhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
ອົງປະກອບ, ກໍານົດໄວ້ໃນ FreeContact schema [4] ທີ່ມາຈາກ BioXSD [5].

ຕົວຢ່າງ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

ຫມາຍເຫດ: ເນື່ອງຈາກ BioXSD ຢູ່ພາຍໃຕ້ການພັດທະນາຢ່າງຫ້າວຫັນໃນການຮ່ວມມືກັບ FreeContact, ໄດ້
ຕົວຈິງແລ້ວ FreeContact schema ອາດຈະມາຈາກເວີຊັນທີ່ຍັງບໍ່ທັນມີຢູ່ໃນ [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

ຜົນຜະລິດອາດຈະບໍ່ລາຍຊື່ຜູ້ຕິດຕໍ່ທີ່ເປັນໄປໄດ້ທັງຫມົດ.

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

ສົ່ງແລ້ວ. FreeContact: ການຄາດເດົາການຕິດຕໍ່ residue-residue ໂດຍກົງໄວແລະບໍ່ເສຍຄ່າ.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPTIONS

-a [ --threads ] arg
ກະທູ້ທີ່ຈະໃຊ້ [0-). 0 ຫມາຍຄວາມວ່າຫຼາຍເທົ່າ.

--apply-gapth arg
ເມື່ອເປັນຈິງ, ຍົກເວັ້ນຖັນ ແລະແຖວທີ່ຕົກຄ້າງດ້ວຍຄວາມຖີ່ຂອງຊ່ອງຫວ່າງທີ່ມີນ້ຳໜັກ > -- ຊ່ອງຫວ່າງ
ຈາກ matrix covariance [Boolean].

-c [ --clustpc ] arg
ເປີເຊັນຂອງກຸ່ມ BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
ຖ້າເປັນຄວາມຈິງ, ປ່ອຍໃຫ້ອາຊິດ amino ອັນໜຶ່ງອອກຈາກ matrix covariance, ເຮັດໃຫ້ມັນບໍ່ໄດ້ກໍານົດເກີນ
[ບູລີນ].

-d [ --density ] arg
ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງ matrix ຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງເປົ້າຫມາຍ [0-1]. ຕັ້ງ 0 ເພື່ອບໍ່ຄວບຄຸມຄວາມຫນາແຫນ້ນ.

--debug
ເປີດການດີບັກ.

--estimate-ivcov arg
ໃຊ້ການປະເມີນ matrix inverse covariance ແທນ matrix inversion [Boolean].

-f [ --ali ] arg (=-)
ຈັດຮຽງໄຟລ໌ [ເສັ້ນທາງ]. ຖ້າ '-', ການປ້ອນຂໍ້ມູນມາດຕະຖານ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: '-'.

-g [ --gapth ] arg
ເກນຄວາມຖີ່ຊ່ອງຫວ່າງນໍ້າໜັກ (0-1].

-h [ --help ]
ຜະລິດຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.

-i [ --input-format ] arg (=flat)
ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ [flat|xml].

--icme-timeout arg (= 1800)
ການໝົດເວລາການປະເມີນ matrix inverse inverse ເປັນວິນາທີ [0-). ນຳໃຊ້ກັບແຕ່ລະລຸ້ນ
ໂທ​ເປັນ​ເອ​ກະ​ລາດ​. ຖ້າເວລາໝົດເວລາເກີດຂຶ້ນ, ໂປຣແກຣມຈະອອກດ້ວຍສະຖານະ 2.

--mincontsep Arg
ການແຍກຄູ່ residue ການຕິດຕໍ່ຕາມລໍາດັບຂັ້ນຕ່ໍາທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນອາຊິດ amino
(ji>=arg). 1 ສໍາລັບສານຕົກຄ້າງທີ່ຢູ່ໃກ້ຄຽງ. [1-).

-o [ --output-format ] arg
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
ໂປຣໄຟລ໌ພາຣາມິເຕີ (ທາງເລືອກ) [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ|evfold|psicov]. ໂປຣໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ ຂະຫຍາຍຕົວ.

ການໂຕ້ຖຽງແຖວຄໍາສັ່ງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ override ຄ່າໂປຣໄຟລ໌.

ຂະຫຍາຍຕົວ
ກະຕຸ້ນໂໝດຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ EVfold-mfDCA [1].

psicov
ກະຕຸ້ນໂໝດຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ PSICOV [2].

psicov-sd
Triggers PSICOV [2] sensible default mode: fixed default rho, ບໍ່ມີການຄວບຄຸມຄວາມຫນາແຫນ້ນ.

-w [ --pscount-weight ] arg
ນ້ຳໜັກ Pseudocount [0-1].

-p [ --pseudoct ] arg
Pseudocount [0-).

--pep
ພິມຕົວກໍານົດການປະສິດທິພາບກ່ຽວກັບຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ. ໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້ເພື່ອເບິ່ງວ່າຕົວກໍານົດການໃດ
ຕິດຕໍ່ຟຣີ(1​) ແມ່ນ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ໂດຍ​ລະ​ອຽດ​. ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດໂດຍສະເພາະໃນເວລາທີ່ --parprof
ທາງເລືອກແມ່ນໃຊ້ປະສົມປະສານກັບທາງເລືອກອື່ນ.

--rho arg
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຕົວກໍານົດການປົກກະຕິ Glasso [0-). ຖ້າເປັນລົບ, ເລືອກມູນຄ່າ
ອັດຕະໂນມັດ.

-- arg ງຽບ (=0)
ພິມບໍ່ມີຫຍັງນອກເໜືອໄປຈາກຂໍ້ຄວາມສະແດງຂໍ້ຜິດພາດໃນຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ. ບໍ່ມີຜົນກະທົບ --debug.

--veczw arg
ໃຊ້ນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບ vectorized ເມື່ອມີ [Boolean].

- ການປ່ຽນແປງ
ສະບັບພິມ.

ອອກ STATUS

0 ບໍ່ມີຂໍ້ຜິດພາດ - ຄວາມສໍາເລັດ.

1 ຄວາມຜິດພາດທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸ.

2 ໝົດເວລາ (ເບິ່ງ --icme-ຫມົດເວລາ) ເກີດ​ຂຶ້ນ​.

ຕົວຢ່າງ

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
ຕິດຕໍ່ຟຣີ --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

ຫມາຍເຫດ

ເພື່ອປະສິດທິພາບທີ່ດີທີ່ສຸດ, ໃຫ້ໃຊ້ຊອບແວ Algebra Linear Tuned ອັດຕະໂນມັດ (ATLAS)
ຫ້ອງສະຫມຸດ ລວບລວມ on ໄດ້ ເຄື່ອງ ບ່ອນທີ່ການຕິດຕໍ່ຟຣີແມ່ນດໍາເນີນການ.

ໃຊ້ການຕິດຕໍ່ອອນໄລນ໌ໂດຍບໍ່ເສຍຄ່າໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net