ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gaeval ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gaeval - ຄິດໄລ່ຄະແນນການຄຸ້ມຄອງແລະ intergrity ສໍາລັບແບບຈໍາລອງ gene ອີງຕາມການຖອດຖອນໄດ້
ການຈັດວາງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gaeval [ທາງເລືອກໃນການ] alignments.gff3 gene.gff3 [Moregenes.gff3 ... ]
ລາຍລະອຽດ
ທາງເລືອກພື້ນຖານ:
-h|--ຊ່ວຍ
ພິມຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແລະອອກ
-v|-- ສະບັບ
ພິມຕົວເລກສະບັບແລະອອກ
ນ້ຳໜັກຄຳນວນຄະແນນຄວາມສົມບູນ (ຕ້ອງເພີ່ມເປັນ 1.0):
-a|--alpha: ຄູ່
introns ຢືນຢັນ, ຫຼື % ຄາດວ່າຈະມີຄວາມຍາວ CDS ສໍາລັບ genes single-exon; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.6
-b|--beta: ສອງເທົ່າ
ການຄຸ້ມຄອງ exon; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.3
-g|--gamma: ສອງເທົ່າ
% ຄາດວ່າ 5' ຄວາມຍາວ UTR; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.05
-e|--epsilon: ຄູ່
% ຄາດວ່າ 3' ຄວາມຍາວ UTR; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.05
ຄວາມຍາວຄຸນສົມບັດຄາດວ່າຈະສໍາລັບການຄິດໄລ່ຄະແນນຄວາມສົມບູນ:
-c|--exp-cds: INT
ຄວາມຍາວ CDS ຄາດວ່າຈະ (ໃນ bp); ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 400
-5|--exp-5putr: INT
ຄາດວ່າ 5' ຄວາມຍາວ UTR; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200
-3|--exp-3putr: INT
ຄາດວ່າ 3' ຄວາມຍາວ UTR; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100
ໃຊ້ gaeval ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
