genome-music-bmr-calc-wig-covgp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

genome music bmr calc-wig-covg - ນັບຖານທີ່ຄອບຄຸມຕໍ່ gene ສໍາລັບແຕ່ລະເພງທີ່ໃຫ້ wiggle
ຟາຍຮູບແບບ.

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ອະທິບາຍ genome music bmr calc-wig-covg version 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

ສະຫຼຸບສັງລວມ

genome music bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

ການນໍາໃຊ້ທົ່ວໄປ:

... ດົນຕີ bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

ຕ້ອງການ ການໂຕ້ຖຽງ

roi-ໄຟລ໌ ຂໍ້ຄວາມ
ລາຍຊື່ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບຂອງ ROIs [chr start stop gene_name] (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ)

ລຳດັບການອ້າງອີງ ຂໍ້ຄວາມ
ເສັ້ນທາງໄປຫາລໍາດັບອ້າງອີງໃນຮູບແບບ FASTA

wig ບັນຊີລາຍຊື່ ຂໍ້ຄວາມ
ບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບຂອງໄຟລ໌ WIG [sample_name wig_file] (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ)

ຜົນຜະລິດ-dir ຂໍ້ຄວາມ
ໄດເລກະທໍລີທີ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແລະໄດເລກະທໍລີຍ່ອຍຈະຖືກຂຽນ

ລາຍລະອຽດ

script ນີ້ນັບຖານທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງພຽງພໍໃນ ROIs ຂອງແຕ່ລະ gene ຈາກການໃຫ້
wiggle ຕິດຕາມໄຟລ໌ຮູບແບບ, ແລະຈັດປະເພດໃຫ້ເຂົາເຈົ້າເປັນ - AT, CG (ບໍ່ແມ່ນ CpG), ແລະ CpG ນັບ.
ມັນຍັງເພີ່ມຈໍານວນພື້ນຖານເຫຼົ່ານີ້ໃນທົ່ວ ROIs ຂອງແຕ່ລະ gene ສໍາລັບແຕ່ລະຕົວຢ່າງ, ແຕ່
ພື້ນຖານທີ່ກວມເອົາທີ່ຢູ່ພາຍໃນ ROIs ທີ່ທັບຊ້ອນກັນບໍ່ໄດ້ຖືກນັບຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງຄັ້ງຕໍ່
ຈໍານວນທັງຫມົດເຫຼົ່ານີ້.

ການໂຕ້ຖຽງ

--roi-file
ພາກພື້ນທີ່ມີຄວາມສົນໃຈ (ROIs) ຂອງແຕ່ລະ gene ໂດຍທົ່ວໄປແມ່ນເຂດທີ່ຖືກເປົ້າຫມາຍ
sequencing ຫຼືຖືກລວມເຂົ້າ exon loci (ຈາກການຖອດຂໍ້ຄວາມຫຼາຍສະບັບ) ຂອງ genes ກັບ 2-bp
flanks (splice junctions). ສໍາລັບການນັບຖານຕໍ່ພັນທຸກໍາ, ພື້ນຖານທີ່ທັບຊ້ອນກັນຈະເປັນ
ນັບແຕ່ລະຄັ້ງທີ່ມັນປາກົດຢູ່ໃນ ROI ຂອງເຊື້ອສາຍດຽວກັນ. ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການນີ້, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ
ລວມ ROIs ທີ່ທັບຊ້ອນກັນຂອງ gene ດຽວກັນ. BEDtools' mergeBed ສາມາດຊ່ວຍໄດ້ຖ້າໃຊ້
ຕໍ່ gene.
--reference-ລໍາດັບ
ລຳດັບການອ້າງອີງໃນຮູບແບບ FASTA. ຖ້າບໍ່ພົບດັດສະນີລໍາດັບອ້າງອີງ
ຕໍ່ໄປກັບໄຟລ໌ນີ້ (ໄຟລ໌ .fai), ມັນຈະຖືກສ້າງຂຶ້ນ.
--wig-ບັນຊີລາຍຊື່
ສະຫນອງໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ຕົວຢ່າງແລະສະຖານທີ່ໄຟລ໌ຮູບແບບການຕິດຕາມ wiggle ສໍາລັບ
ແຕ່ລະ. ໃຊ້ຮູບແບບທີ່ຂັ້ນແຖບ [sample_name wig_file] ຕໍ່ແຖວ. ຖັນເພີ່ມເຕີມ
ຄືກັບວ່າຂໍ້ມູນທາງຄລີນິກໄດ້ຮັບອະນຸຍາດ, ແຕ່ຖືກລະເລີຍ. sample_name ຈະຕ້ອງຄືກັນກັບ
ຊື່ຕົວຢ່າງ tumor ທີ່ໃຊ້ໃນໄຟລ໌ MAF (ຖັນທີ 16, ມີສ່ວນຫົວ
Tumor_Sample_Barcode).
--output-dir
ລະບຸໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດທີ່ສິ່ງຕໍ່ໄປນີ້ຈະຖືກສ້າງ/ຂຽນ: roi_covgs:
ໄດເລກະທໍລີຍ່ອຍທີ່ປະກອບດ້ວຍການນັບຖານທີ່ກວມເອົາຕໍ່ ROI ສໍາລັບແຕ່ລະຕົວຢ່າງ. gene_covgs:
ໄດເລກະທໍລີຍ່ອຍທີ່ປະກອບດ້ວຍການນັບຖານທີ່ກວມເອົາຕໍ່ພັນທຸກໍາສໍາລັບແຕ່ລະຕົວຢ່າງ. total_covgs:
ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບມີການຄຸ້ມຄອງທີ່ບໍ່ທັບຊ້ອນກັນຕໍ່ຕົວຢ່າງ.

ໃຊ້ genome-music-bmr-calc-wig-covgp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net