ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ genome-music-galaxyp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
genome music galaxy - ດໍາເນີນການຊຸດເຕັມຂອງເຄື່ອງມື MuSiC ຕາມລໍາດັບ.
ເວີຊັ່ນ
ເອກະສານນີ້ອະທິບາຍ genome music galaxy ເວີຊັ່ນ 0.04 (2016-01-01 ເວລາ 23:10:18)
ສະຫຼຸບສັງລວມ
genome music galaxy [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]
ເຄື່ອງມືນີ້ໃຊ້ເວລາເປັນຕົວກໍານົດການຂໍ້ມູນທັງຫມົດທີ່ຕ້ອງການເພື່ອດໍາເນີນການເຄື່ອງມືແຕ່ລະຄົນ. ອັນ
ຕົວຢ່າງການນໍາໃຊ້ແມ່ນ:
... ຫຼິ້ນດົນຕີ \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type gene
ຕ້ອງການ ການໂຕ້ຖຽງ
bam-ບັນຊີລາຍຊື່ ຂໍ້ຄວາມ
ແຖບ delimited ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໄຟລ໌ BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]
output-bundle ຂໍ້ຄວາມ
ສະຖານທີ່ບ່ອນທີ່ Galaxy ຕ້ອງການໃຫ້ບັນທຶກສຽງອອກຂອງດົນຕີ
roi-ໄຟລ໌ ຂໍ້ຄວາມ
Tab delimited list of ROIs [chr start stop gene_name]
ລຳດັບການອ້າງອີງ ຂໍ້ຄວາມ
ເສັ້ນທາງໄປຫາລໍາດັບອ້າງອີງໃນຮູບແບບ FASTA
maf-file ຂໍ້ຄວາມ
ລາຍຊື່ການກາຍພັນໂດຍໃຊ້ TCGA MAF ສະເພາະ v2.3
ໄຟລ໌ເສັ້ນທາງ ຂໍ້ຄວາມ
ໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບຂອງຂໍ້ມູນເສັ້ນທາງ
ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ
ຜົນຜະລິດ-dir
ໄດເລກະທໍລີທີ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແລະໄດເລກະທໍລີຍ່ອຍຈະຖືກຂຽນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
numeric-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ຕາຕະລາງຕົວຢ່າງ (y) ທຽບກັບປະເພດຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກຕົວເລກ (x)
categorical-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ຕາຕະລາງຕົວຢ່າງ (y) ທຽບກັບປະເພດຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກປະເພດ (x)
mutation-matrix-file ຂໍ້ຄວາມ
ທາງເລືອກໃນການເກັບຕົວຢ່າງ-vs-gene matrix ທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການຄິດໄລ່.
ການອະນຸຍາດ ຈໍານວນ
ຈໍານວນການປ່ຽນແປງທີ່ໃຊ້ເພື່ອກໍານົດຄ່າ P
normal-min-depth Integer
ຄວາມເລິກອ່ານຕໍາ່ສຸດທີ່ເພື່ອພິຈາລະນາພື້ນຖານ BAM ປົກກະຕິຕາມທີ່ໄດ້ກວມເອົາ
tumor-min-depth Integer
ຄວາມເລິກອ່ານຕໍາ່ສຸດທີ່ເພື່ອພິຈາລະນາພື້ນຖານ Tumor BAM ຕາມທີ່ໄດ້ກວມເອົາ
min-mapq Integer
ຄຸນນະພາບການສ້າງແຜນທີ່ຂັ້ນຕ່ຳຂອງການອ່ານເພື່ອພິຈາລະນາຕໍ່ກັບການນັບຄວາມເລິກຂອງການອ່ານ
ຂ້າມການສະແດງ ບົວບານ
ລາຍງານແຕ່ລະການກາຍພັນທີ່ຂ້າມ, ບໍ່ພຽງແຕ່ຈໍານວນເທົ່າໃດ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--noshow-skipped) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noshow-ຂ້າມ ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ການສະແດງຂ້າມ 'false'
gene-to-ignore ຂໍ້ຄວາມ
ລາຍຊື່ພັນທຸກໍາທີ່ຂັ້ນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດທີ່ຈະບໍ່ສົນໃຈສຳລັບອັດຕາການກາຍພັນໃນພື້ນຫຼັງ
bmr ຈໍານວນ
ອັດຕາການປ່ຽນແປງຂອງພື້ນຫລັງໃນພາກພື້ນທີ່ຕັ້ງໄວ້
ສູງສຸດທີ່ໃກ້ຄຽງ ຂໍ້ຄວາມ
ໄລຍະຫ່າງ AA ສູງສຸດລະຫວ່າງ 2 ການກາຍພັນ
bmr-modifier-file ຂໍ້ຄວາມ
Tab delimited list of values per gene that modify BMR before testing [gene_name
bmr_modifier]
numerical-data-test-method ຂໍ້ຄວາມ
ທັງ 'cor' ສໍາລັບ Pearson Correlation ຫຼື 'wilcox' ສໍາລັບ Wilcoxon Rank-Sum Test ສໍາລັບ
ຂໍ້ມູນທາງຄລີນິກຕົວເລກ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'cor' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
ຂ້າມ-ຕ່ຳ-mr-genes ບົວບານ
ຂ້າມ genes ການທົດສອບທີ່ມີ MRs ຕ່ໍາກວ່າພື້ນຖານ MR
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noskip-low-mr-genes ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-low-mr-genes 'false'
ສູງສຸດ-fdr ຈໍານວນ
ອັດຕາການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຖືກພິຈາລະນາເປັນ SMG
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '0.2' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
genetic-data-type ຂໍ້ຄວາມ
ຂໍ້ມູນໃນໄຟລ໌ matrix ຈະຕ້ອງເປັນຂໍ້ມູນປະເພດ "gene" ຫຼື "variant".
wu-annotation-headers ບົວບານ
ໃຊ້ອັນນີ້ເພື່ອເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເພື່ອ wustl ສ່ວນຫົວຮູບແບບຄຳບັນຍາຍ
nowu-annotation-headers ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ wu-annotation-headers 'false'
bmr-ກຸ່ມ Integer
ຈໍານວນກຸ່ມຕົວຢ່າງທີ່ມີ BMRs ປຽບທຽບ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '1' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
ການຕັດແຍກຕ່າງຫາກ ບົວບານ
ການກາຍພັນຂອງການຕັດເປັນກຸ່ມເປັນປະເພດແຍກຕ່າງຫາກ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--noseparate-truncations) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noseparate-truncations ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ການຕັດແຍກເປັນ 'ຜິດ'
merge-concurrent-muts ບົວບານ
ການກາຍພັນຫຼາຍອັນຂອງ gene ໃນຕົວຢ່າງດຽວກັນຖືກປະຕິບັດເປັນ 1
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--nomerge-concurrent-muts) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
nomerge-concurrent-muts ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ merge-concurrent-muts 'false'
ຂ້າມ-ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນທີ່ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noskip-ບໍ່ແມ່ນການເຂົ້າລະຫັດ ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-non-coding 'false'
ຂ້າມ-ງຽບ ບົວບານ
ຂ້າມການກາຍພັນແບບງຽບໆຈາກໄຟລ໌ MAF ທີ່ສະໜອງໃຫ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noskip-silent ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ skip-silent 'false'
min-mut-genes-per-path Integer
ເສັ້ນທາງທີ່ມີພັນທຸກໍາທີ່ມີການປ່ຽນແປງຫນ້ອຍກວ່ານີ້ຈະຖືກລະເລີຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '1' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
glm-model-file ຂໍ້ຄວາມ
ໄຟລ໌ທີ່ອະທິບາຍເຖິງປະເພດຂອງຕົວແບບ, ຕົວແປການຕອບສະໜອງ, ບັນດາຕົວແປ, ແລະອື່ນໆ. ສໍາລັບ GLM
ການວິເຄາະ. (ເບິ່ງ DESCRIPTION).
ຜະລິດຕະພັນ Integer
ຈໍານວນໂປເຊດເຊີທີ່ຈະໃຊ້ໃນ SMG (ຕ້ອງການ 'foreach' ແລະ 'doMC' R packages)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '1' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
aa-range Integer
ຕັ້ງຄ່າການຈັບຄູ່ 'ໃກ້' ເມື່ອຊອກຫາອາຊິດ amino ໃກ້ກັບ hits
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '2' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
nuc-range Integer
ກຳນົດການຈັບຄູ່ 'ໃກ້' ເວລາຊອກຫາຕຳແໜ່ງ nucleotide ໃກ້ກັບ hits
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ '5' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
ການສ້າງກະສານອ້າງອີງ ຂໍ້ຄວາມ
ເອົາ "Build36" ຫຼື "Build37"
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'Build37' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
ການສະແດງທີ່ຮູ້ຈັກ ບົວບານ
ເມື່ອການຄົ້ນພົບເປັນນິຍາຍ, ສະແດງ AA ທີ່ຮູ້ຈັກໃນ gene ນັ້ນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
noshow-known- hits ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ການສະແດງທີ່ຮູ້ຈັກ- hits 'false'
glm-clinic-data-file ຂໍ້ຄວາມ
ລັກສະນະທາງຄລີນິກ, ໂປຣໄຟລ໌ການກາຍພັນ, ຂໍ້ມູນທາງດ້ານຄລີນິກປະສົມອື່ນໆ (ເບິ່ງລາຍລະອຽດ).
ໃຊ້-maf-in-glm ບົວບານ
ຕັ້ງທຸງນີ້ເພື່ອໃຊ້ matrix variant ທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກໄຟລ໌ MAF ເປັນ variant input to
ການວິເຄາະ GLM.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'false' (--nouse-maf-in-glm) ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
nouse-maf-in-glm ບົວບານ
ເຮັດໃຫ້ use-maf-in-glm 'false'
omimaa-dir ເສັ້ນທາງ
ໂຟເດີຖານຂໍ້ມູນການກາຍພັນຂອງອາຊິດ amino omim
cosmic-dir ເສັ້ນທາງ
ໂຟນເດີຖານຂໍ້ມູນການກາຍພັນຂອງອາຊິດ amino cosmic
ຄຳເວົ້າ ບົວບານ
ເປີດໃຊ້ເພື່ອສະແດງຜົນຜະລິດທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 'true' ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ
ບໍ່ມີສຽງ ບົວບານ
ເຮັດຄຳເວົ້າ 'ບໍ່ຈິງ'
clinical-correlation-matrix-file ຂໍ້ຄວາມ
ທາງເລືອກໃນການເກັບຕົວຢ່າງ-vs-gene matrix ທີ່ໃຊ້ພາຍໃນໃນລະຫວ່າງການຄິດໄລ່.
ລາຍລະອຽດ
ຄໍາສັ່ງນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອດໍາເນີນການທັງຫມົດຂອງເຄື່ອງມືການວິເຄາະ MuSiC ໃນຊຸດຂໍ້ມູນ. ກະລຸນາ
ເບິ່ງເຄື່ອງມືສ່ວນບຸກຄົນສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມຂອງພາລາມິເຕີ.
AUTHORS
Thomas B. Mooney, MS
CREDITS
ກະລຸນາເບິ່ງສິນເຊື່ອສໍາລັບ genome-ດົນຕີ(1).
ໃຊ້ genome-music-galaxyp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
