gff2ps - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gff2ps - ຜະລິດຜົນກາຟິກ PostScript ຈາກ GFF-files.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gff2ps [ຕົວເລືອກ] -- gff_files

ລາຍລະອຽດ

ໂປຣແກຣມນີ້ແຕ້ມ DotPlots ທີ່ເຕັມໄປດ້ວຍສີຈາກໄຟລ໌ທີ່ມີຊ່ອງຂໍ້ມູນທີ່ມີຮູບແບບ gff. ໄດ້
ໂຄງ​ການ​ໃຊ້​ເວ​ລາ​ເປັນ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ລັກ​ສະ​ນະ​ຄໍາ​ບັນ​ຍາຍ​ກ່ຽວ​ກັບ​ລໍາ​ດັບ genomic ໃນ​ຮູບ​ແບບ GFF​, ແລະ​
ຜະລິດຜົນພາບໃນ PostScript.

OPTIONS

-h ສະແດງສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກ.

-H
ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ພຽງ​ແຕ່​ການ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ສໍາ​ລັບ​ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​.

-V ໂຫມດ verbose, ບົດລາຍງານເຕັມທີ່ຖືກສົ່ງໄປຫາຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນພຽງແຕ່ສົ່ງ
ຄໍາເຕືອນ).

-v ໂໝດງຽບ: ປິດການເຕືອນທັງໝົດ, ບໍ່ມີຂໍ້ຄວາມໃດຖືກສົ່ງໄປຫາຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ.

-d ຂຽນ (ຫຼືຂຽນໃຫມ່ຖ້າມີ) customfile ເລີ່ມຕົ້ນ.

-D
ສ້າງໄຟລ໌ custom ເລີ່ມຕົ້ນໃຫມ່ທີ່ມີຊື່ໄຟລ໌ທີ່ໃຫ້.

-C
ໂຫຼດໄຟລ໌ກຳນົດເອງທີ່ໃຫ້ໄວ້ ແລະຕໍ່ທ້າຍກັບໄຟລ໌ກຳນົດເອງເລີ່ມຕົ້ນ (.gff2psrc).

-s
ເປັນປະໂຫຍດທີ່ຈະດັດແປງຂະຫນາດຫນ້າ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ a4).

-p ປ່ຽນທິດທາງໜ້າເປັນຮູບຄົນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນພູມສັນຖານ).

-G
ກໍານົດສີສໍາລັບ FOREGROUND (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີດໍາ).

-g
ກຳນົດສີສຳລັບພື້ນຫຼັງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີຂາວ).

-P <#> ກໍານົດຈໍານວນຫນ້າທີ່ຈໍາເປັນເພື່ອແບ່ງປັນຜົນຜະລິດຂອງທ່ານ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຫນຶ່ງ).

-S <#> ຊູມ nucleotide ທໍາອິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນແຫຼ່ງກໍາເນີດຂອງລໍາດັບ).

-E <#> ຊູມ nucleotide ສຸດທ້າຍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ).

-B <#> ກໍານົດຕັນຕໍ່ຫນ້າ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຫນຶ່ງ).

-N <#> ກໍານົດ nucleotides ຕໍ່ແຖວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຕໍາແຫນ່ງລໍາດັບທີ່ໃຫຍ່ທີ່ສຸດຈາກການປ້ອນຂໍ້ມູນ gff-
ແຟ້ມ).

-b ບລັອກຈາກຊ້າຍຫາຂວາ ແລະຈາກເທິງລົງລຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເທິງຫາລຸ່ມສຸດກ່ອນ).

-L ປິດສ່ວນຫົວ (ພື້ນທີ່ຫົວຂໍ້).

-T
ການກໍານົດຫົວຂໍ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການປ້ອນຊື່ໄຟລ໌ gff).

-t
ການກໍານົດຄໍາບັນຍາຍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນບໍ່ມີ).

-l ບໍ່ສະແດງເລກໜ້າ.

-O ບໍ່ສະແດງວັນທີ.

-o ບໍ່ສະແດງເວລາ.

-M <#> ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ຫມາຍ​ຕິກ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​ຕໍ່​ແຖວ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 10​)​.

-K <#> ຂະໜາດເຄື່ອງໝາຍຕິກທີ່ສຳຄັນໃນນິວຄລີໂອທີດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄວາມຍາວຂອງນິວຄລີໂອທີດສຳລັບເສັ້ນ
ແບ່ງອອກໂດຍຫມາຍເລກຫມາຍຕິກທີ່ສໍາຄັນ (ເບິ່ງທາງເລືອກ -T).

-m <#> ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ຫມາຍ​ຕິກ​ເລັກ​ນ້ອຍ​ລະ​ຫວ່າງ​ເຄື່ອງ​ຫມາຍ​ຕິກ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 10​)​.

-k <#> ຂະໜາດເຄື່ອງໝາຍຕິກໜ້ອຍໜຶ່ງຢູ່ໃນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງນິວຄລີໂອທີດແມ່ນຂະໜາດເຄື່ອງໝາຍຕິກທີ່ສຳຄັນແບ່ງອອກ
ຫມາຍເລກຫມາຍຕິກເລັກນ້ອຍ (ເບິ່ງທາງເລືອກ -t).

-w, -f ປິດການສະແດງອົງປະກອບ forward-strand(Watson).

-c, -r ປິດການສະແດງອົງປະກອບ reverse-strand(Crick).

-i ປິດການສະແດງອົງປະກອບ strand-ເອກະລາດ.

-0
ກໍານົດສີສໍາລັບກອບ "0" (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີຟ້າ).

-1 ກໍານົດສີສໍາລັບກອບ "1" (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີແດງ).

-2 ກໍານົດສີສໍາລັບກອບ "2" (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີຂຽວ).

-3 ກໍານົດສີສໍາລັບກອບ "." (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສີສົ້ມ).

-n ປິດປ້າຍກຳກັບສຳລັບຕຳແໜ່ງອົງປະກອບ.

-a ປິດເສັ້ນ CopyRight ໃນແຜນດິນ.

ENVIRONMENT ຄວາມຮັບຜິດຊອບ

ມີສາມຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມທີ່ສາມາດກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້ຕາມຄວາມມັກຂອງເຂົາເຈົ້າ:

+ ທ່ານສາມາດລະບຸເສັ້ນທາງທີ່ GFF2PS ສາມາດຊອກຫາໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍແກະ
ຕົວແປ "GFF2PS_CFDIR". ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເສັ້ນທາງທີ່ທ່ານກໍາລັງແລ່ນ GFF2PS.
+ ທ່ານຍັງສາມາດກໍານົດຊື່ໄຟລ໌ທີ່ກໍາຫນົດເອງເລີ່ມຕົ້ນທີ່ເຈົ້າຈະມັກກັບຕົວແປ
"GFF2PS_CUSTOMFILE", ຊື່ໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນຂອງໂປຣແກຣມສຳລັບໄຟລ໌ກຳນົດເອງແມ່ນ ".gff2psrc".
+ GFF2PS ຕ້ອງການຂຽນໄຟລ໌ຊົ່ວຄາວຈໍານວນຫນ້ອຍຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີທີ່ມີການອະນຸຍາດໃນປະຈຸບັນ
ຜູ້​ໃຊ້​ທີ່​ຈະ​ອ່ານ​ແລະ​ຂຽນ​. ເສັ້ນທາງໄດເລກະທໍລີຊົ່ວຄາວເລີ່ມຕົ້ນຖືກຕັ້ງເປັນ "/ tmp /"ແຕ່ເຈົ້າສາມາດ
ກໍານົດເສັ້ນທາງໄດເລກະທໍລີຊົ່ວຄາວທີ່ແຕກຕ່າງກັນໂດຍໃຊ້ຕົວແປ "GFF2PS_TMP".

ການຕັ້ງຄ່າ vars ເຫຼົ່ານັ້ນໃນ Bourne-shell (bash):
ສົ່ງອອກ GFF2PS_CFDIR="ເສັ້ນທາງ"
ສົ່ງອອກ GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name"
ສົ່ງອອກ GFF2PS_TMP="ເສັ້ນທາງ"

ການນໍາໃຊ້ C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "ເສັ້ນທາງ"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "ເສັ້ນທາງ"

COMMENTS

* ສີ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ແມ່ນ​:
ສີພື້ນຖານ: ສີດໍາ ສີຂາວ
ສີທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້: ສີເທົາ magenta violet ສີຟ້າ skyblue cyan seagreen ສີຂຽວ lime ສີຂຽວສີເຫຼືອງ
ສີນ້ຳຕານແດງສີສົ້ມ
ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ໄດ້​ຮັບ​ຫ້າ​ສີ​ທີ່​ມີ​ສີ​ທີ່​ມີ​ສີ​ທີ່​ປ່ຽນ​ແປງ​ທີ່​ມີ "verydark​"​, "dark​"​, "ແສງ​ສະ​ຫວ່າງ​" ແລະ​.
"verylight" ຄໍານໍາຫນ້າ. ຕົວຢ່າງ: verydarkseagreen darkseagreen ສີຂຽວທະເລສີຂຽວອ່ອນ
ສີຂຽວອ່ອນຫຼາຍ

* ຂະ​ຫນາດ​ຫນ້າ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ແມ່ນ​:
ຈາກ A0 ເຖິງ A10, ຈາກ B0 ຫາ B10, 10x14, ບໍລິຫານ, ເອກະສານ, ບັນຊີລາຍການ, ກົດໝາຍ, ຈົດໝາຍ, ສີ່,
ຖະ​ແຫຼງ​ການ​ແລະ tabloid​.

ໃຊ້ gff2ps ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net