ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ glam2 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
glam2 - Gapped Local Alignment ຂອງ Motifs
ສະຫຼຸບສັງລວມ
glam2 [ທາງເລືອກໃນການ] ຫນັງສື my_seqs.fa
ຕົວອັກສອນອື່ນນອກຈາກ p or n ຖືກຕີຄວາມໝາຍວ່າເປັນຊື່ຂອງໄຟລ໌ຕົວອັກສອນ.
ລາຍລະອຽດ
GLAM2 ເປັນຊຸດຊອບແວສໍາລັບການຊອກຫາ motifs ໃນລໍາດັບ, ໂດຍປົກກະຕິອາຊິດ amino ຫຼື
ລໍາດັບ nucleotide. motif ແມ່ນຮູບແບບລໍາດັບທີ່ເກີດຂຶ້ນຄືນໃຫມ່: ຕົວຢ່າງປົກກະຕິແມ່ນ
ກ່ອງ TATA ແລະ motif prenylation CAAX. ນະວັດຕະກໍາຕົ້ນຕໍຂອງ GLAM2 ແມ່ນວ່າມັນອະນຸຍາດໃຫ້
ການແຊກແລະການລຶບໃນ motifs.
OPTIONS (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ ການຕັ້ງຄ່າ)
-h
ສະແດງຕົວເລືອກທັງໝົດ ແລະການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງພວກມັນ.
-o
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (stdout).
-r
ຈໍານວນການແລ່ນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (10).
-n
ສິ້ນສຸດການແລ່ນແຕ່ລະຄັ້ງຫຼັງຈາກຫຼາຍໆຄັ້ງນີ້ ໂດຍບໍ່ມີການປັບປຸງ (10000).
-2
ກວດເບິ່ງທັງສອງ strands - ປະກອບໄປຂ້າງຫນ້າແລະປີ້ນກັບກັນ.
-z
ຈໍານວນລໍາດັບຕໍາ່ສຸດໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (2).
-a
ຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງຖັນຕິດ (2).
-b
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງຖັນທີ່ຈັດຮຽງ (50).
-w
ຈຳນວນເບື້ອງຕົ້ນຂອງຖັນທີ່ຈັດຮຽງ (20).
-d
ໄຟລ໌ປະສົມ Dirichlet.
-D
ການລຶບ pseudocount (0.1).
-E
ບໍ່ມີການລຶບ pseudocount (2.0).
-I
Insertion pseudocount (0.02).
-J
No-insertion pseudocount (1.0).
-q
ນ້ຳໜັກສຳລັບຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງສານຕົກຄ້າງໃນລຳດັບທົ່ວໄປ (1e + 99).
-t
ອຸນຫະພູມເບື້ອງຕົ້ນ (1.2).
-c
ປັດໄຈຄວາມເຢັນຕໍ່ການທົດສອບ (1.44).
-u
ອຸນຫະພູມຕ່ໍາຂອບເຂດ (0.1).
-p
ພິມຂໍ້ມູນຄວາມຄືບໜ້າໃນແຕ່ລະຄັ້ງ.
-m
ການເຄື່ອນຍ້າຍການເກັບຕົວຢ່າງຖັນຕໍ່ການຍ້າຍຕົວຢ່າງຂອງເວັບໄຊ (1.0).
-x
ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງເວັບໄຊ: 0=ໄວ 1=ຊ້າ 2=FFT (0).
-s
ແກ່ນສໍາລັບຕົວເລກ Random (1).
ໃຊ້ glam2 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
