gmx_d - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx - ຊຸດຈຳລອງການເຄື່ອນໄຫວໂມເລກຸນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx [-[ບໍ່]ຊ] [-[ບໍ່]ງຽບ] [-[ບໍ່​ມີ​] ສະ​ບັບ​] [-[ບໍ່​ມີ​ລິ​ຂະ​ສິດ​] [- ງາມ ]
[-[ບໍ່]ສໍາຮອງ]

ລາຍລະອຽດ

GROMACS ເປັນຊຸດໂປຣແກມເຕັມຮູບແບບເພື່ອປະຕິບັດການຈຳລອງການເຄື່ອນໄຫວໂມເລກຸນ,
ie, ເພື່ອຈໍາລອງພຶດຕິກໍາຂອງລະບົບທີ່ມີຫຼາຍຮ້ອຍຫາລ້ານ particles ການນໍາໃຊ້
ສົມຜົນ Newtonian ຂອງການເຄື່ອນໄຫວ. ມັນຖືກນໍາໃຊ້ຕົ້ນຕໍສໍາລັບການຄົ້ນຄ້ວາກ່ຽວກັບທາດໂປຼຕີນ, lipids, ແລະ
ໂພລີເມີ, ແຕ່ສາມາດນໍາໃຊ້ກັບການຄົ້ນຄວ້າທາງເຄມີແລະຊີວະວິທະຍາທີ່ຫລາກຫລາຍ
ຄຳ ຖາມ.

OPTIONS

ທາງເລືອກອື່ນ:

-[ບໍ່]ຊ (ບໍ່ມີ)
ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ

-[ບໍ່]ງຽບ (ບໍ່ມີ)
ຢ່າພິມຂໍ້ມູນການເລີ່ມຕົ້ນທົ່ວໄປຫຼືຄໍາເວົ້າ

-[ບໍ່​ມີ​] ສະ​ບັບ​ (ບໍ່ມີ)
ພິມ​ຂໍ້​ມູນ​ລຸ້ນ​ຂະ​ຫຍາຍ​ແລະ​ອອກ​

-[ບໍ່​ມີ​ລິ​ຂະ​ສິດ​ (ແມ່ນແລ້ວ)
ພິມຂໍ້ມູນລິຂະສິດກ່ຽວກັບການເລີ່ມຕົ້ນ

- ງາມ (19​)
ຕັ້ງຄ່າ nicelevel (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຂຶ້ນກັບຄໍາສັ່ງ)

-[ບໍ່]ສໍາຮອງ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຂຽນ backup ຖ້າໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຢູ່

GMX ສາມາດ

ຄໍາສັ່ງຕໍ່ໄປນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້. ກະ​ລຸ​ນາ​ເບິ່ງ​ຫນ້າ​ຜູ້​ຊາຍ​ຂອງ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ສ່ວນ​ບຸກ​ຄົນ​ຫຼື​ gmx
ຊ່ວຍເຫຼືອ ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ.

ເສັ້ນທາງ ການວິເຄາະ
gmx-gangle(1​)
ຄິດໄລ່ມຸມ

gmx-ໄລຍະທາງ(1​)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຄູ່ຂອງຕໍາແຫນ່ງ

gmx-freevolume(1​)
ຄິດໄລ່ປະລິມານຟຣີ

gmx-pairdist(1​)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຄູ່ລະຫວ່າງກຸ່ມຂອງຕໍາແຫນ່ງ

gmx-rdf(1​)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial

gmx-sasa(1​)
ຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ຜິວທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້

gmx-ເລືອກ(1​)
ພິມຂໍ້ມູນທົ່ວໄປກ່ຽວກັບການເລືອກ

ກຳ ລັງຜະລິດ topologies ແລະ coordinates
gmx-editconf(1​)
ແກ້ໄຂກ່ອງແລະຂຽນກຸ່ມຍ່ອຍ

gmx-x2top(1​)
ສ້າງ topology primitive ຈາກພິກັດ

gmx-solvate(1​)
ແກ້​ໄຂ​ລະ​ບົບ​

gmx-insert-molecules(1​)
ໃສ່ໂມເລກຸນເຂົ້າໄປໃນບ່ອນຫວ່າງທີ່ມີຢູ່

gmx-genconf(1​)
ຄູນຄວາມສອດຄ່ອງໃນທິດທາງ 'ສຸ່ມ'

gmx-genion(1​)
ສ້າງ ions monoatomic ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ເອື້ອອໍານວຍຢ່າງແຂງແຮງ

gmx-ປະເພດ(1​)
ສ້າງການຍັບຍັ້ງຕໍາແຫນ່ງຫຼືການຍັບຍັ້ງໄລຍະຫ່າງສໍາລັບກຸ່ມດັດສະນີ

gmx-pdb2gmx(1​)
ປ່ຽນໄຟລ໌ປະສານງານເປັນ topology ແລະໄຟລ໌ປະສານງານທີ່ສອດຄ່ອງກັບ FF

ເຮັດວຽກ a simulation
gmx-grompp(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ

gmx-mdrun(1​)
ດໍາເນີນການຈໍາລອງ, ເຮັດການວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິຫຼືການຫຼຸດຜ່ອນພະລັງງານ

gmx-convert-tpr(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນທີ່ຖືກດັດແປງ

ການເບິ່ງ ເສັ້ນທາງ
gmx-nmtraj(1​)
ສ້າງ trajectory oscillating virtual ຈາກ eigenvector

gmx-view(1​)
ເບິ່ງ trajectory ໃນ terminal X-Windows

ການປະມວນຜົນ ພະລັງງານ
gmx-enemat(1​)
ສະກັດເມທຣິກພະລັງງານຈາກໄຟລ໌ພະລັງງານ

gmx-ພະລັງງານ(1​)
ຂຽນພະລັງງານໃສ່ໄຟລ໌ xvg ແລະສະແດງຄ່າສະເລ່ຍ

gmx-mdrun(1​)
(Re)ຄິດໄລ່ພະລັງງານສໍາລັບເຟຣມ trajectory ດ້ວຍ -rerun

ການແປງ ໄຟ
gmx-editconf(1​)
ແປງແລະຈັດການໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ

gmx-eneconv(1​)
ປ່ຽນໄຟລ໌ພະລັງງານ

gmx-sigeps(1​)
ປ່ຽນການປະສົມ c6/12 ຫຼື c6/cn ເປັນ ແລະຈາກ sigma/epsilon

gmx-trjcat(1​)
ປະກອບໄຟລ໌ trajectory

gmx-trjconv(1​)
ແປງແລະຈັດການໄຟລ໌ trajectory

gmx-xpm2ps(1​)
ປ່ຽນເມທຣິກ XPM (XPixelMap) ເປັນ postscript ຫຼື XPM

ເຄື່ອງ​ມື
gmx-ວິເຄາະ(1​)
ວິເຄາະຊຸດຂໍ້ມູນ

gmx-dyndom(1​)
Interpolate ແລະ extrapolate ພືດຫມູນວຽນໂຄງສ້າງ

gmx-filter(1​)
trajectories ການກັ່ນຕອງຄວາມຖີ່, ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການເຮັດໃຫ້ຮູບເງົາກ້ຽງ

gmx-lie(1​)
ຄາດຄະເນພະລັງງານຟຣີຈາກການປະສົມເສັ້ນ

gmx-morph(1​)
Interpolate linearly ລະຫວ່າງຄວາມສອດຄ່ອງ

gmx-pme_error(1​)
ປະເມີນຄວາມຜິດພາດຂອງການໃຊ້ PME ກັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນໃຫ້

gmx-sham(1​)
ຄິດໄລ່ພະລັງງານຟຣີ ຫຼື histograms ອື່ນໆຈາກ histograms

gmx-spatial(1​)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍທາງກວ້າງຂອງພື້ນ

gmx-traj(1​)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories

gmx-tune_pme(1​)
ເວລາ mdrun ເປັນຫນ້າທີ່ຂອງ PME ຈັດລຽງລໍາດັບເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບການຕັ້ງຄ່າ

gmx-wham(1​)
ປະຕິບັດການວິເຄາະ histogram ນ້ໍາຫນັກຫຼັງຈາກການເກັບຕົວຢ່າງ umbrella

gmx-ກວດ(1​)
ກວດເບິ່ງແລະປຽບທຽບໄຟລ໌

gmx-dump(1​)
ເຮັດໃຫ້ໄຟລ໌ໄບນາຣີຂອງມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້

gmx-make_ndx(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ

gmx-mk_angndx(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີສໍາລັບ 'gmx angle'

gmx-trjorder(1​)
ສັ່ງໃຫ້ໂມເລກຸນຕາມໄລຍະຫ່າງຂອງກຸ່ມ

gmx-xpm2ps(1​)
ປ່ຽນເມທຣິກ XPM (XPixelMap) ເປັນ postscript ຫຼື XPM

ໄລຍະທາງ ລະຫວ່າງ ໂຄງສ້າງ
gmx-cluster(1​)
ໂຄງສ້າງກຸ່ມ

gmx-confrms(1​)
ພໍດີສອງໂຄງສ້າງ ແລະຄຳນວນ RMSD

gmx-rms(1​)
ຄິດໄລ່ RMSDs ດ້ວຍໂຄງສ້າງອ້າງອີງແລະ RMSD matrices

gmx-rmsf(1​)
ຄິດໄລ່ການເຫນັງຕີງຂອງປະລໍາມະນູ

ໄລຍະທາງ in ໂຄງສ້າງ ໃນໄລຍະ ທີ່ໃຊ້ເວລາ
gmx-mindist(1​)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຕໍາ່ສຸດທີ່ລະຫວ່າງສອງກຸ່ມ

gmx-mdmat(1​)
ຄິດໄລ່ແຜນທີ່ຕິດຕໍ່ທີ່ຕົກຄ້າງ

gmx-polystat(1​)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີ

gmx-rmsdist(1​)
ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຂອງຄູ່ອະຕອມໂດຍສະເລ່ຍດ້ວຍພະລັງງານ -2, -3 ຫຼື -6

ມະຫາຊົນ ການແຜ່ກະຈາຍ ຄຸນສົມບັດ ໃນໄລຍະ ທີ່ໃຊ້ເວລາ
gmx-gyrate(1​)
ຄິດໄລ່ລັດສະໝີຂອງ gyration

gmx-msd(1​)
ຄຳນວນໝາຍເຖິງການຍ້າຍສີ່ຫຼ່ຽມ

gmx-polystat(1​)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດຄົງທີ່ຂອງໂພລີເມີ

gmx-rdf(1​)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial

gmx-rotacf(1​)
ຄິດ​ໄລ່​ການ​ທໍາ​ງານ​ຂອງ​ສະ​ຫະ​ພັນ​ພືດ​ຫມູນ​ວຽນ​ສໍາ​ລັບ​ໂມ​ເລ​ກຸນ​

gmx-rotmat(1​)
ວາງເມຕຣິກການຫມຸນເພື່ອປັບຕົວເຂົ້າກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ

gmx-sans(1​)
ຄິດໄລ່ການກະແຈກກະຈາຍນິວຕຣອນມຸມນ້ອຍ

gmx-saxs(1​)
ຄິດໄລ່ການກະແຈກກະຈາຍ X-ray ມຸມນ້ອຍ

gmx-traj(1​)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories

gmx-vanhove(1​)
Compute Van Hove ການ​ເຄື່ອນ​ຍ້າຍ​ແລະ​ຫນ້າ​ທີ່​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​

ການວິເຄາະ ຜູກພັນ interactions
gmx-ມຸມ(1​)
ຄິດ​ໄລ່​ການ​ແຜ່​ກະ​ຈາຍ​ແລະ​ການ​ພົວ​ພັນ​ສໍາ​ລັບ​ມຸມ​ແລະ dihedrals​

gmx-mk_angndx(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີສໍາລັບ 'gmx angle'

ໂຄງສ້າງ ຄຸນສົມບັດ
gmx-anadock(1​)
ໂຄງສ້າງກຸ່ມຈາກ Autodock ແລ່ນ

gmx-bundle(1​)
ວິເຄາະມັດຂອງແກນ, ຕົວຢ່າງ, helices

gmx-clustsize(1​)
ຄິດໄລ່ການແຈກຢາຍຂະໜາດຂອງກຸ່ມປະລໍາມະນູ

gmx-disre(1​)
ວິເຄາະການຈຳກັດໄລຍະຫ່າງ

gmx-hbond(1​)
ຄິດໄລ່ແລະວິເຄາະພັນທະບັດ hydrogen

gmx-order(1​)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງຕໍ່ອະຕອມສໍາລັບຫາງຄາບອນ

gmx-princip(1​)
ຄິດໄລ່ແກນຫຼັກຂອງ inertia ສໍາລັບກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູ

gmx-rdf(1​)
ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍ radial

gmx-saltbr(1​)
ຄິດໄລ່ຂົວເກືອ

gmx-sorient(1​)
ວິເຄາະທິດທາງຂອງສານລະລາຍຮອບຕົວລະລາຍ

gmx-spol(1​)
ວິເຄາະທິດທາງ dipole ທາດລະລາຍ ແລະ polarization ອ້ອມຕົວລະລາຍ

Kinetic ຄຸນສົມບັດ
gmx-bar(1​)
ຄິດໄລ່ການຄາດຄະເນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງພະລັງງານຟຣີຜ່ານອັດຕາສ່ວນການຍອມຮັບຂອງ Bennett

gmx-ປະຈຸບັນ(1​)
ຄິດໄລ່ຄ່າຄົງທີ່ຂອງ dielectric ແລະຟັງຊັນ autocorrelation ໃນປັດຈຸບັນ

gmx-dos(1​)
ວິເຄາະຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງລັດແລະຄຸນສົມບັດໂດຍອີງໃສ່ນັ້ນ

gmx-dyecoupl(1​)
ສະກັດການຍ້ອມສີຈາກ trajectories

gmx-princip(1​)
ຄິດໄລ່ແກນຫຼັກຂອງ inertia ສໍາລັບກຸ່ມຂອງປະລໍາມະນູ

gmx-tcaf(1​)
ຄິດໄລ່ຄວາມຫນືດຂອງນໍ້າ

gmx-traj(1​)
Plot x, v, f, ກ່ອງ, ອຸນຫະພູມ ແລະພະລັງງານຫມຸນຈາກ trajectories

gmx-vanhove(1​)
Compute Van Hove ການ​ເຄື່ອນ​ຍ້າຍ​ແລະ​ຫນ້າ​ທີ່​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​

gmx-velacc(1​)
ຄິດ​ໄລ່​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ການ​ທໍາ​ງານ​ຂອງ​ຄວາມ​ໄວ​

ໄຟຟ້າ ຄຸນສົມບັດ
gmx-ປະຈຸບັນ(1​)
ຄິດໄລ່ຄ່າຄົງທີ່ຂອງ dielectric ແລະຟັງຊັນ autocorrelation ໃນປັດຈຸບັນ

gmx-dielectric(1​)
ຄິດໄລ່ຄວາມຖີ່ຂອງຄ່າຄົງທີ່ dielectric

gmx-dipoles(1​)
ຄິດໄລ່ການເໜັງຕີງຂອງ dipole ທັງໝົດ

gmx-ທ່າແຮງ(1​)
ຄິດໄລ່ທ່າແຮງໄຟຟ້າສະຖິດໃນທົ່ວກ່ອງ

gmx-spol(1​)
ວິເຄາະທິດທາງ dipole ທາດລະລາຍ ແລະ polarization ອ້ອມຕົວລະລາຍ

gmx-genion(1​)
ສ້າງ ions monoatomic ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ເອື້ອອໍານວຍຢ່າງແຂງແຮງ

ໂປຣຕີນສະເພາະ ການວິເຄາະ
gmx-do_dssp(1​)
ກໍານົດໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແລະຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ຫນ້າດິນທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ຂອງສານລະລາຍ

gmx-chi(1​)
ຄິດໄລ່ທຸກຢ່າງທີ່ທ່ານຕ້ອງການຮູ້ກ່ຽວກັບ chi ແລະຕົວຊີ້ບອກອື່ນໆ

gmx-helix(1​)
ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດພື້ນຖານຂອງ alpha helices

gmx-helixorient(1​)
ການ​ຄິດ​ໄລ່​ໃນ​ທ້ອງ​ຖິ່ນ pitch / bending / rotation / ທິດ​ທາງ​ພາຍ​ໃນ helices​

gmx-rama(1​)
ຄິດໄລ່ພື້ນທີ່ Ramachandran

gmx-ລໍ້(1​)
Plot ລໍ້ helical

ການໂຕ້ຕອບ
gmx-bundle(1​)
ວິເຄາະມັດຂອງແກນ, ຕົວຢ່າງ, helices

gmx-ຄວາມຫນາແຫນ້ນ(1​)
ຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງລະບົບ

gmx-densmap(1​)
ຄິດໄລ່ແຜນຜັງ 2D ຫຼືແຜນທີ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງແກນ-radial

gmx-densorder(1​)
ຄິດໄລ່ການເຫນັງຕີງຂອງຫນ້າດິນ

gmx-h2order(1​)
ຄິດໄລ່ທິດທາງຂອງໂມເລກຸນນ້ໍາ

gmx-hydrorder(1​)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການ tetrahedrality ຮອບອະຕອມທີ່ໃຫ້

gmx-order(1​)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງຕໍ່ອະຕອມສໍາລັບຫາງຄາບອນ

gmx-ທ່າແຮງ(1​)
ຄິດໄລ່ທ່າແຮງໄຟຟ້າສະຖິດໃນທົ່ວກ່ອງ

ຄວາມຜູກພັນ ການວິເຄາະ
gmx-anaeig(1​)
ວິເຄາະ eigenvectors

gmx-covar(1​)
ຄິດໄລ່ແລະ diagonalize matrix covariance

gmx-make_edi(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງນະໂຍບາຍດ້ານທີ່ສໍາຄັນ

ຕາມ​ປົກ​ກະ​ຕິ ໂຫມດ
gmx-anaeig(1​)
ວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິ

gmx-nmeig(1​)
Diagonalize Hessian ສໍາລັບການວິເຄາະຮູບແບບປົກກະຕິ

gmx-nmtraj(1​)
ສ້າງ trajectory oscillating virtual ຈາກ eigenvector

gmx-nmens(1​)
ສ້າງກຸ່ມຂອງໂຄງສ້າງຈາກໂຫມດປົກກະຕິ

gmx-grompp(1​)
ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນ

gmx-mdrun(1​)
ຊອກຫາຕໍາ່ສຸດທີ່ພະລັງງານທີ່ມີທ່າແຮງແລະຄິດໄລ່ Hessian

COPYRIGHT

2015, ທີມງານພັດທະນາ GROMACS

ໃຊ້ gmx_d ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net