ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-density ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-density - ຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງລະບົບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຄວາມຫນາແຫນ້ນ gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ອີ [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [- ແດນ ] [- ນ ] [-[ບໍ່]ສູນ]
[-[ບໍ່]symm] [-[ບໍ່ມີ]ພີ່ນ້ອງ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ຄວາມຫນາແຫນ້ນ ຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງບາງສ່ວນໃນທົ່ວກ່ອງ, ໂດຍໃຊ້ໄຟລ໌ດັດສະນີ.
ສໍາລັບຄວາມຫນາແຫນ້ນທັງຫມົດຂອງ simulation NPT, ໃຊ້ gmx ພະລັງງານ ແທນທີ່ຈະເປັນ.
ທາງເລືອກ - ກາງ ປະຕິບັດການວາງ histogram ທຽບກັບຈຸດໃຈກາງຂອງຕົວຕົນ
ກຸ່ມ, ໃນຈຸດປະສານງານກ່ອງຢ່າງແທ້ຈິງ. ຖ້າທ່ານກໍາລັງຄິດໄລ່ໂປຣໄຟລ໌ຕາມກ່ອງແກນ Z
ມິຕິ bZ, ຜົນຜະລິດຈະມາຈາກ -bZ/2 ຫາ bZ/2 ຖ້າເຈົ້າຢູ່ໃຈກາງໂດຍອີງໃສ່ລະບົບທັງໝົດ.
ໃຫ້ສັງເກດວ່າພຶດຕິກໍານີ້ມີການປ່ຽນແປງໃນ GROMACS 5.0; ຮຸ່ນກ່ອນຫນ້າພຽງແຕ່ປະຕິບັດ a
binning static ໃນ (0,bZ) ແລະປ່ຽນຜົນຜະລິດ. ໃນປັດຈຸບັນພວກເຮົາຄິດໄລ່ສູນກາງສໍາລັບແຕ່ລະກອບ
ແລະ bin ໃນ (-bZ/2,bZ/2).
ທາງເລືອກ -sym symmetrizes ຜົນຜະລິດປະມານສູນກາງ. ນີ້ຈະເປີດອັດຕະໂນມັດ
- ກາງ ຄືກັນ. ທາງເລືອກ -ພີ່ນ້ອງ ດໍາເນີນການ binning ໃນພີ່ນ້ອງແທນທີ່ຈະເປັນປ່ອງຢ່າງແທ້ຈິງ
ພິກັດ, ແລະຂະຫນາດຜົນຜະລິດສຸດທ້າຍທີ່ມີຂະຫນາດກ່ອງສະເລ່ຍຕາມຜົນຜະລິດ
ແກນ. ນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ໃນການປະສົມປະສານກັບ - ກາງ.
ຄວາມຫນາແຫນ້ນແມ່ນເປັນ kg/m^3, ແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງຕົວເລກຫຼືຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງເອເລັກໂຕຣນິກສາມາດເປັນ
ຄິດໄລ່. ສໍາລັບຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງເອເລັກໂຕຣນິກ, ໄຟລ໌ທີ່ອະທິບາຍຈໍານວນຂອງເອເລັກໂຕຣນິກສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ປະເພດຂອງປະລໍາມະນູຄວນໄດ້ຮັບການສະຫນອງໃຫ້ -ອີ. ມັນຄວນຈະຄ້າຍຄື:
2
atomname = ບໍ່ມີອິເລັກໂທຣນິກ
atomname = ບໍ່ມີອິເລັກໂທຣນິກ
ແຖວທໍາອິດມີຈໍານວນແຖວທີ່ຈະອ່ານຈາກໄຟລ໌. ຄວນຈະມີຫນຶ່ງ
ເສັ້ນສໍາລັບແຕ່ລະຊື່ປະລໍາມະນູທີ່ເປັນເອກະລັກໃນລະບົບຂອງທ່ານ. ຈໍານວນຂອງເອເລັກໂຕຣນິກສໍາລັບແຕ່ລະປະລໍາມະນູແມ່ນ
ດັດແກ້ໂດຍຄ່າສ່ວນປະລໍາມະນູຂອງມັນ.
ການພິຈາລະນາທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບ BILAYERS
ຫນຶ່ງໃນສະຖານະການການນໍາໃຊ້ທົ່ວໄປທີ່ສຸດແມ່ນການຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງກຸ່ມຕ່າງໆ
ໃນທົ່ວ bilayer lipid, ໂດຍປົກກະຕິມີແກນ z ເປັນທິດທາງປົກກະຕິ. ສໍາລັບສັ້ນ
ການຈໍາລອງ, ລະບົບຂະຫນາດນ້ອຍ, ແລະຂະຫນາດກ່ອງຄົງທີ່ນີ້ຈະເຮັດວຽກໄດ້ດີ, ແຕ່ສໍາລັບຫຼາຍກວ່ານັ້ນ
ກໍລະນີທົ່ວໄປ, bilayers lipid ສາມາດສັບສົນ. ບັນຫາທໍາອິດທີ່ໃນຂະນະທີ່ທັງສອງ
ທາດໂປຼຕີນແລະ lipids ມີປະລິມານການບີບອັດຕ່ໍາ, lipids ມີພື້ນທີ່ຂ້ອນຂ້າງສູງ
ການບີບອັດ. ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າຮູບຮ່າງຂອງກ່ອງ (ຄວາມຫນາແຫນ້ນແລະພື້ນທີ່ / lipid) ຈະເຫນັງຕີງ
ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍເຖິງແມ່ນວ່າສໍາລັບລະບົບການຜ່ອນຄາຍຢ່າງເຕັມສ່ວນ. ນັບຕັ້ງແຕ່ GROMACS ວາງກ່ອງລະຫວ່າງ
ຕົ້ນກໍາເນີດແລະຈຸດປະສານງານໃນທາງບວກ, ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າ bilayer ສູນກາງຢູ່ໃນປ່ອງ
ຈະເລື່ອນຂຶ້ນ/ລົງເລັກນ້ອຍເນື່ອງຈາກການເໜັງຕີງເຫຼົ່ານີ້, ແລະ smear out your profile. ງ່າຍທີ່ສຸດ
ວິທີການແກ້ໄຂນີ້ (ຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການ coupling ຄວາມກົດດັນ) ແມ່ນການນໍາໃຊ້ - ກາງ ທາງເລືອກທີ່
ຄິດໄລ່ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງ profile ກ່ຽວກັບສູນກາງຂອງປ່ອງໄດ້. ໃຫ້ສັງເກດວ່າທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ຍັງຢູ່ໃຈກາງຂອງພາກສ່ວນ bilayer ເຖິງແມ່ນວ່າທ່ານມີລະບົບສະລັບສັບຊ້ອນທີ່ບໍ່ສົມມາດກັບ a
bilayer ແລະ, ເວົ້າວ່າ, ທາດໂປຼຕີນຈາກເຍື່ອ - ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຜົນຜະລິດຂອງພວກເຮົາພຽງແຕ່ຈະມີມູນຄ່າຫຼາຍໃນຫນຶ່ງ
ດ້ານຂອງ (ສູນກາງ) ການອ້າງອີງຕົ້ນກໍາເນີດ.
ເຖິງແມ່ນວ່າການຄິດໄລ່ສູນກາງຈະນໍາໄປສູ່ການ smearing ບາງຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້, ເປັນ
lipids ຕົວຂອງມັນເອງຖືກບີບອັດແລະຂະຫຍາຍ. ໃນກໍລະນີຫຼາຍທີ່ສຸດ, ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການນີ້ (ນັບຕັ້ງແຕ່
ມັນກົງກັນກັບການທົດລອງ macroscopic), ແຕ່ຖ້າທ່ານຕ້ອງການເບິ່ງລາຍລະອຽດຂອງໂມເລກຸນ
ທ່ານສາມາດໃຊ້ -ພີ່ນ້ອງ ທາງເລືອກທີ່ຈະພະຍາຍາມເອົາຜົນກະທົບຂອງປະລິມານຫຼາຍ
ການເຫນັງຕີງ.
ສຸດທ້າຍ, bilayers ຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ບໍ່ຂຶ້ນກັບຄວາມກົດດັນດ້ານຫນ້າຈະສະແດງໃຫ້ເຫັນ undulatory
ການເຫນັງຕີງ, ບ່ອນທີ່ມີ 'ຄື້ນຟອງ' ກອບເປັນຈໍານວນໃນລະບົບ. ນີ້ແມ່ນພື້ນຖານ
ຊັບສິນຂອງລະບົບຊີວະພາບ, ແລະຖ້າຫາກວ່າທ່ານກໍາລັງປຽບທຽບກັບການທົດລອງທີ່ທ່ານອາດຈະ
ຕ້ອງການລວມເອົາຜົນກະທົບ smearing undulation.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-ອີ [<.dat>] (electrons.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (ຄວາມໜາແໜ້ນ.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-d (Z)
ເອົາປົກກະຕິໃສ່ເຍື່ອໃນທິດທາງ X, Y ຫຼື Z.
-sl (50)
ແບ່ງກ່ອງໃນຈໍານວນຕ່ອນນີ້.
- ແດນ (ມະຫາຊົນ)
ຄວາມຫນາແຫນ້ນ: ມະຫາຊົນ, ຈໍານວນ, ສາກໄຟ, ເອເລັກໂຕຣນິກ
- ນ (1)
ຈຳນວນກຸ່ມທີ່ຈະຄຳນວນຄວາມໜາແໜ້ນ.
-[ບໍ່]ສູນ (ບໍ່ມີ)
ດໍາເນີນການ binning ພີ່ນ້ອງກັບສູນກາງຂອງ (ການປ່ຽນແປງ) ກ່ອງ. ທີ່ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ
ສອງຊັ້ນ.
-[ບໍ່]symm (ບໍ່ມີ)
Symmetrize ຄວາມຫນາແຫນ້ນຕາມແກນ, ກ່ຽວກັບສູນກາງ. ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ
ສອງຊັ້ນ.
-[ບໍ່ມີ]ພີ່ນ້ອງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ຈຸດປະສານງານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງສໍາລັບການປ່ຽນກ່ອງແລະຂະຫນາດຜົນຜະລິດໂດຍຂະຫນາດສະເລ່ຍ.
ຮູ້ ບັນຫາ
· ເມື່ອຄຳນວນຄວາມໜາແໜ້ນຂອງເອເລັກໂທຣນິກ, ຊື່ປະລໍາມະນູຖືກໃຊ້ແທນປະເພດ. ນີ້ແມ່ນບໍ່ດີ.
ໃຊ້ gmx-density ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
