เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ gmx-densorder เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเปเบเบเปเบเปเบซเบเบถเปเบเปเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเบฑเปเบ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เบซเบผเบท MAC OS online emulator
เปเบเบเบเบฒเบ:
NAME
gmx-densorder - เบเบดเบเปเบฅเปเบเบฒเบเปเปเบฑเบเบเบตเบเบเบญเบเบเบทเปเบเบเบดเบง
เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบชเบฑเบเบฅเบงเบก
gmx เบเบงเบฒเบกเบซเบเบฒเปเบซเบเปเบ [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-เบซเบผเบท [<.เบญเบญเบ> [... ]] [-og [<.xpm> [... ]]
[-Sspect [<.เบญเบญเบ> [... ]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[เบเปเป]เบง] [-[เบเปเป]1d] [-bw ]
[-bwn ] [- เบเปเบฒโเบชเบฑเปเบโ ] [-เบเบฒเบเปเบ ]
[- เบงเบดโเบเบตโเบเบฒเบโ ] [-d1 ] [-d2 ]
[- เบเบฑเบ ] [- เบฅเบฐโเบเบฑเบโ ]
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
gmx เบเบงเบฒเบกเบซเบเบฒเปเบซเบเปเบ เบซเบผเบธเบเบเปเบญเบเบเบฒเบเปเบเบเบขเบฒเบเบเบงเบฒเบกเปเบฒเปเปเปเบเบชเบญเบเปเบเบเบเบฒเบกเปเบเบ, เบเบดเบเปเบฅเปเบเปเบฒเบ MD
trajectory, เบเบฑเบ 2D เบเปเบฒเบเบเบฒเบเปเบซเบเบฑเบเบเบตเบเปเบเบเบตเปเปเบเปเปเบงเบฅเบฒ, เปเบเบเปเบซเบกเบฒเบฐเบเบฑเบ profile เบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบซเบเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบ
เบเบงเบฒเบกเบซเบเบฒเปเบซเบเปเบเบเบญเบ interfacial. เบเบฒเบเปเบเบฑเบเบเบปเบงเปเบเบเบเบฒเบเบเบงเปเบฒเบเบเบญเบเบเบทเปเบเบเบตเปเบเบตเปเปเบเปเปเบงเบฅเบฒเบชเบฐเปเบฅเปเบเบเบญเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบเบฑเบ
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบตเปเบกเบตเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ -tavg.
OPTIONS
เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบเปเบเบเบฒเบเบฅเบฐเบเบธเปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
เปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ xdr เปเบเบเบเบปเบเบเบฒ
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
เปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
เปเบเบฅเปเบเบฑเบเบชเบฐเบเบต
เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบเปเบเบเบฒเบเบฅเบฐเบเบธเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ:
-o [<.dat>] (เบเบงเบฒเบกเปเบฒเปเปเปเบ4D.dat) (เบเปเบฒเบเปเบญเบเบเบฒเบ)
เปเบเบฅเปเบเปเปเบกเบนเบเบเบปเปเบงเปเบ
-เบซเบผเบท [<.เบญเบญเบ> [... ] (เบชเบฐเบเบฒเบเบเบต.เบญเบญเบ) (เบเปเบฒเบเปเบญเบเบเบฒเบ)
เปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบปเปเบงเปเบ
-og [<.xpm> [... ] (interface.xpm) (เบเปเบฒเบเปเบญเบเบเบฒเบ)
X PixMap เปเบเบฅเป matrix เปเบเบปเปเบฒเบเบฑเบเปเบเป
-Sspect [<.เบญเบญเบ> [... ] (intfspect.out) (เบเปเบฒเบเปเบญเบเบเบฒเบ)
เปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบปเปเบงเปเบ
เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบเบญเบทเปเบ:
-b (0โ)
เบเบญเบเบเปเบฒเบญเบดเบ (ps) เบญเปเบฒเบเบเบฒเบ trajectory
-e (0โ)
เบเบญเบเบชเบธเบเบเปเบฒเบ (ps) เบญเปเบฒเบเบเบฒเบ trajectory
-dt (0โ)
เปเบเปเบเบญเบเบเบฝเบเปเบเปเปเบกเบทเปเบญ t MOD dt = เบเบฑเปเบเบเปเบฒเบญเบดเบ (ps)
-[เบเปเป]เบง (เบเปเปเบกเบต)
เปเบเบดเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .xvg, .xpm, .eps เปเบฅเบฐ .pdb เปเบ
-[เบเปเป]1d (เบเปเปเบกเบต)
เปเบฅเบเบฒเบเบฐเบเบดเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบ Pseudo-1d
-bw (0.2โ)
Binwidth เบเบญเบเบเบฒเบเปเบเบเบขเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบซเบเบฒเปเบซเบเปเบ tangential เบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบ
-bwn (0.05โ)
Binwidth เบเบญเบเบเบฒเบเปเบเบเบขเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบซเบเบฒเปเบซเบเปเบเบเบปเบเบเบฐเบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบ
- เบเปเบฒโเบชเบฑเปเบโ (0โ)
เบเปเบฒเบชเบฑเปเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเปเบเบเบญเบ Gaussian, เบเปเบฒเบชเบฑเปเบ 0 เปเบเบปเปเบฒเบเบฑเบ NO เบเบฒเบเบเบฑเปเบเบเบญเบ
-เบเบฒเบเปเบ (Z)
เบเบดเบเบเบฒเบเปเบเบ - X, Y เบซเบผเบท Z
- เบงเบดโเบเบตโเบเบฒเบโ ( bisect )
เบงเบดเบเบตเบเบฒเบเบชเบฐเบเบฒเบเบเบตเปเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบ: bisect, เบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบซเบเบ
-d1 (0โ)
เบเบงเบฒเบกเปเบฒเปเปเปเบเปเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฅเบเบฐ 1 (เบขเบนเปเบเบตเปเบเบฐเปเบฒเบเบเปเบญเบ z)
-d2 (1000โ)
เบเบงเบฒเบกเปเบฒเปเปเปเบเปเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฅเบเบฐ 2 (เปเบเบเบฐเปเบฒเบเปเบซเบเป z)
- เบเบฑเบ (100โ)
เบเปเบฒเบเบงเบเปเบเบฃเบกเปเบเบซเบเบถเปเบ time-block เปเบเบเบชเบฐเปเบฅเปเบ
- เบฅเบฐโเบเบฑเบโ (100โ)
เบเบณเบเบงเบเบฅเบฐเบเบฑเบเบเบงเบฒเบกเบชเบนเบเปเบ 2D - XPixMaps
เปเบเป gmx-densorder เบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบเปเบเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบ onworks.net
