gmx-energy - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-energy - ຂຽນພະລັງງານໃສ່ໄຟລ໌ xvg ແລະສະແດງຄ່າສະເລ່ຍ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ພະລັງງານ gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[- viol [<.xvg>]] [- ຄູ່ [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-ໂອດາ [<.xvg>]] [- ໂອດ [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-ໂອເທນ [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [- ໂອ້ຍ [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່] ຄ່າທຳນຽມ]
[-fetemp ] [-ສູນ ] [-[ບໍ່]ລວມ] [-[ບໍ່]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[ບໍ່] mutot] [- ຂ້າມ ]
[-[ບໍ່]ເວີ] [-nmol ] [-[ບໍ່]fluct_props]
[-[ບໍ່]driftcorr] [-[ບໍ່]ໄຂ້ຫວັດໃຫຍ່] [-[ບໍ່]ບອກ] [-[ບໍ່]ໂອເຄ]
[-acflen ] [-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ] [-P ]
[-fitfn ] [- ເລີ່ມຕົ້ນ ] [-endfit ]

ລາຍລະອຽດ

gmx ພະລັງງານ ສະກັດອົງປະກອບພະລັງງານ ຫຼືຂໍ້ມູນການຢັບຢັ້ງໄລຍະໄກຈາກໄຟລ໌ພະລັງງານ. ໄດ້
ຜູ້ໃຊ້ຖືກກະຕຸ້ນໃຫ້ໂຕ້ຕອບເລືອກເງື່ອນໄຂພະລັງງານທີ່ຕ້ອງການ.

ສະເລ່ຍ, RMSD, ແລະ drift ແມ່ນຄິດໄລ່ດ້ວຍຄວາມແມ່ນຍໍາຢ່າງເຕັມທີ່ຈາກການຈໍາລອງ (ເບິ່ງ
ຄູ່ມືພິມ). Drift ແມ່ນຄຳນວນໂດຍການປະຕິບັດຂະໜາດນ້ອຍສຸດສີ່ຫຼ່ຽມຂອງຂໍ້ມູນເປັນ a
ເສັ້ນຊື່. ການລອຍລົມທັງໝົດທີ່ລາຍງານແມ່ນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຄວາມເໝາະສົມໃນຄັ້ງທຳອິດ ແລະອັນສຸດທ້າຍ
ຈຸດ. ການຄາດຄະເນຄວາມຜິດພາດຂອງຄ່າສະເລ່ຍແມ່ນໄດ້ມອບໃຫ້ໂດຍອ້າງອີງຈາກຄ່າສະເລ່ຍຂອງບລັອກຫຼາຍກວ່າ 5 ທ່ອນໄມ້
ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ສະ​ເລ່ຍ​ເຕັມ​ຄວາມ​ແມ່ນ​ຍໍາ​. ການຄາດຄະເນຄວາມຜິດພາດສາມາດປະຕິບັດໄດ້ໃນໄລຍະຫຼາຍຕັນ
ຄວາມຍາວກັບທາງເລືອກ -nbmin ແລະ -nbmax. ຫມາຍ​ເຫດ​ ວ່າໃນກໍລະນີຫຼາຍທີ່ສຸດ, ໄຟລ໌ພະລັງງານ
ປະກອບມີຄ່າສະເລ່ຍໃນໄລຍະ MD ທັງຫມົດ, ຫຼືຫຼາຍກວ່າຈຸດຫຼາຍກ່ວາຈໍານວນຂອງກອບໃນ
ໄຟລ​໌​ພະ​ລັງ​ງານ​. ນີ້ເຮັດໃຫ້ gmx ພະລັງງານ ສະຖິຕິຜົນຜະລິດທີ່ຖືກຕ້ອງຫຼາຍກ່ວາ .xvg
ຜົນຜະລິດ. ໃນເວລາທີ່ສະເລ່ຍທີ່ແນ່ນອນບໍ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌ພະລັງງານ, ສະຖິຕິທີ່ໄດ້ກ່າວມາ
ຂ້າງເທິງນີ້ແມ່ນພຽງແຕ່ຫຼາຍກວ່າຄ່າພະລັງງານດຽວ, ຕໍ່ເຟຣມ.

ຄຳສັບການເໜັງຕີງເຮັດໃຫ້ RMSD ປະມານສີ່ຫຼ່ຽມນ້ອຍທີ່ສຸດພໍດີ.

ບາງຄຸນສົມບັດທີ່ຂຶ້ນກັບການເໜັງຕີງສາມາດຄຳນວນໄດ້ໂດຍສະໜອງເງື່ອນໄຂພະລັງງານທີ່ຖືກຕ້ອງ
ຖືກເລືອກ, ແລະທາງເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງ -fluct_props ແມ່ນໃຫ້. ຕໍ່ໄປນີ້
ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​:

┌──────────────────────────────────────────── ─────┐
│ Property │ ເງື່ອນໄຂພະລັງງານ │
├─────────────────────────────────────────── ─────┤
│ຄວາມຈຸຄວາມຮ້ອນ C_p (NPT sims): │ Enthalpy, Temp │
├─────────────────────────────────────────── ─────┤
│ຄວາມຈຸຄວາມຮ້ອນ C_v (NVT sims): │ Etot, Temp │
├─────────────────────────────────────────── ─────┤
│ coef ການຂະຫຍາຍຕົວຄວາມຮ້ອນ. (NPT): │ Enthalpy, Vol, Temp │
├─────────────────────────────────────────── ─────┤
│ການບີບອັດຄວາມຮ້ອນ: │ Vol, Temp │
├─────────────────────────────────────────── ─────┤
│Adiabatic bulk modulus: │ Vol, Temp │
└──────────────────────────────────────────── ─────┘

ທ່ານສະເຫມີຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ກໍານົດຈໍານວນຂອງໂມເລກຸນ -nmol. ການຄິດໄລ່ C_p/C_v ເຮັດ ບໍ່
ປະກອບມີການແກ້ໄຂໃດໆສໍາລັບຜົນກະທົບຂອງ quantum. ໃຊ້ gmx dos ໂຄງ​ການ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ທ່ານ​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່ (ແລະ​
ເຈົ້າ​ເຮັດ).

ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່ - viol ທາງ​ເລືອກ​ແມ່ນ​ກໍາ​ນົດ​, ເວ​ລາ​ລະ​ເມີດ​ໂດຍ​ສະ​ເລ່ຍ​ແມ່ນ​ໄດ້​ວາງ​ແຜນ​ແລະ​ການ​ແລ່ນ​
ໄລຍະເວລາສະເລ່ຍແລະຜົນລວມຂອງການລະເມີດທັນທີແມ່ນຖືກຄິດໄລ່ຄືນໃຫມ່. ນອກຈາກນັ້ນຍັງແລ່ນ
ໄລຍະເວລາສະເລ່ຍແລະໄລຍະຫ່າງທັນທີລະຫວ່າງຄູ່ທີ່ເລືອກສາມາດຖືກວາງແຜນດ້ວຍ
- ຄູ່ ທາງເລືອກ.

ທາງເລືອກໃນການ -ora, -ort, -ໂອດາ, - ໂອດ ແລະ -odt ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການວິເຄາະຂໍ້ມູນການຍັບຍັ້ງການປະຖົມນິເທດ.
ສອງທາງເລືອກທໍາອິດວາງແຜນການປະຖົມນິເທດ, ສຸດທ້າຍສາມ deviations ຂອງ
ທິດທາງຈາກຄ່າທົດລອງ. ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ສິ້ນ​ສຸດ​ລົງ​ໃນ 'a​' ການ​ວາງ​ແຜນ​
ໂດຍສະເລ່ຍໃນໄລຍະເວລາເປັນຫນ້າທີ່ຂອງການຍັບຍັ້ງ. ຕົວເລືອກທີ່ສິ້ນສຸດດ້ວຍ 't' ກະຕຸ້ນເຕືອນ
ຜູ້​ໃຊ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈໍາ​ນວນ​ສະ​ຫຼາກ​ຈໍາ​ກັດ​ແລະ​ວາງ​ຂໍ້​ມູນ​ເປັນ​ຫນ້າ​ທີ່​ຂອງ​ເວ​ລາ​. ທາງເລືອກ - ໂອດ
ວາງແຜນການບ່ຽງເບນ RMS ເປັນຫນ້າທີ່ຂອງການຍັບຍັ້ງ. ໃນເວລາທີ່ແລ່ນໄດ້ໃຊ້ເວລາຫຼື ensemble
ການຍັບຍັ້ງການປະຖົມນິເທດໂດຍສະເລ່ຍ, ທາງເລືອກ - ທິດ​ທາງ​ ສາ​ມາດ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ວິ​ເຄາະ​ທັນ​ທີ​ທັນ​ໃດ​,
ບໍ່ ensemble ປະຖົມນິເທດໂດຍສະເລ່ຍແລະ deviations ແທນທີ່ຈະໃຊ້ເວລາແລະ ensemble
ໂດຍສະເລ່ຍ.

ທາງເລືອກ -ໂອເທນ ວາງແຜນ eigenvalues ​​ຂອງ tensor ຄໍາສັ່ງໂມເລກຸນສໍາລັບການປະຖົມນິເທດແຕ່ລະຄົນ
ການທົດລອງການຍັບຍັ້ງ. ມີທາງເລືອກ -ovec ຍັງ eigenvectors ແມ່ນ plotted.

ທາງເລືອກ - ໂອ້ຍ ສະກັດແລະວາງແຜນຂໍ້ມູນພະລັງງານຟຣີ (ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ Hamiltoian ແລະ/ຫຼື
Hamiltonian derivative dhdl) ຈາກ ener.edr ຍື່ນ.

ກັບ - ຄ່າ​ທໍາ​ນຽມ​ ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ແມ່ນ​ຄໍາ​ນວນ​ສໍາ​ລັບ​ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​ຂອງ​ພະ​ລັງ​ງານ​ຟຣີ​ກັບ​ອາຍ​ແກ​ັ​ສ​ທີ່​ເຫມາະ​ສົມ​
ລັດ:

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

ບ່ອນທີ່ k ແມ່ນຄົງທີ່ຂອງ Boltzmann, T ຖືກກໍານົດໂດຍ -fetemp ແລະສະເລ່ຍແມ່ນຫຼາຍກວ່າກຸ່ມ
(ຫຼືເວລາໃນ trajectory). ໃຫ້ສັງເກດວ່ານີ້ຢູ່ໃນຫຼັກການພຽງແຕ່ຖືກຕ້ອງໃນເວລາທີ່ສະເລ່ຍ
ໃນໄລຍະທັງຫມົດ (Boltzmann) ensemble ແລະການນໍາໃຊ້ພະລັງງານທີ່ມີທ່າແຮງ. ນີ້ຍັງອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບການ
ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ entropy ການ​ນໍາ​ໃຊ້​:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

ເມື່ອໄຟລ໌ພະລັງງານທີສອງຖືກລະບຸ (-f2), ຄວາມແຕກຕ່າງກັນພະລັງງານຟຣີແມ່ນຄິດໄລ່:

dF = -kT ln( _ກ) ,

ບ່ອນທີ່ E_A ແລະ E_B ແມ່ນພະລັງງານຈາກໄຟລ໌ພະລັງງານທໍາອິດແລະທີສອງ, ແລະສະເລ່ຍ
is over the ensemble A. ຄ່າສະເລ່ຍແລ່ນຂອງຄວາມແຕກຕ່າງພະລັງງານຟຣີແມ່ນພິມອອກເປັນ a
ໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ -ravg. ຫມາຍ​ເຫດ​ ວ່າພະລັງງານທັງສອງຕ້ອງໄດ້ຮັບການຄິດໄລ່ຈາກອັນດຽວກັນ
ເສັ້ນທາງ

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- viol [<.xvg>] (violaver.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຄູ່ [<.xvg>] (pairs.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ໂອດາ [<.xvg>] (orideva.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ໂອດ [<.xvg>] (oridevr.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ໂອເທນ [<.xvg>] (oriten.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ໂອ້ຍ [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-[ບໍ່] ຄ່າທຳນຽມ (ບໍ່ມີ)
ເຮັດການປະເມີນພະລັງງານຟຣີ

-fetemp (300​)
ອຸນຫະພູມອ້າງອີງສໍາລັບການຄິດໄລ່ພະລັງງານຟຣີ

-ສູນ (0​)
ລົບພະລັງງານສູນ

-[ບໍ່]ລວມ (ບໍ່ມີ)
ສະຫຼຸບເງື່ອນໄຂພະລັງງານທີ່ເລືອກແທນທີ່ຈະສະແດງພວກມັນທັງຫມົດ

-[ບໍ່]dp (ບໍ່ມີ)
ພິມພະລັງງານໃນຄວາມແມ່ນຍໍາສູງ

-nbmin (5​)
ຈໍານວນບລັອກຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການຄາດຄະເນຄວາມຜິດພາດ

-nbmax (5​)
ຈໍານວນບລັອກສູງສຸດສໍາລັບການຄາດຄະເນຄວາມຜິດພາດ

-[ບໍ່] mutot (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ປັດຈຸບັນ dipole ທັງຫມົດຈາກອົງປະກອບ

- ຂ້າມ (0​)
ຂ້າມຈຳນວນເຟຣມລະຫວ່າງຈຸດຂໍ້ມູນ

-[ບໍ່]ເວີ (ບໍ່ມີ)
ນອກຈາກນີ້ຍັງພິມຄ່າສະເລ່ຍທີ່ແນ່ນອນແລະ rmsd ທີ່ເກັບໄວ້ໃນກອບພະລັງງານ (ພຽງແຕ່ເມື່ອ 1 ໄລຍະ
ຖືກ​ຮ້ອງ​ຂໍ​)

-nmol (1​)
ຈໍານວນໂມເລກຸນໃນຕົວຢ່າງຂອງທ່ານ: ພະລັງງານຖືກແບ່ງອອກດ້ວຍຕົວເລກນີ້

-[ບໍ່]fluct_props (ບໍ່ມີ)
ຄຸນສົມບັດການຄຳນວນໂດຍອີງໃສ່ການເໜັງຕີງຂອງພະລັງງານ ເຊັ່ນ: ຄວາມອາດສາມາດຄວາມຮ້ອນ

-[ບໍ່]driftcorr (ບໍ່ມີ)
ເປັນປະໂຫຍດພຽງແຕ່ສໍາລັບການຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດການເຫນັງຕີງ. ພຽງການລອຍລົມໃນ
observables ຈະຖືກຫັກອອກກ່ອນທີ່ຈະຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດການເຫນັງຕີງ.

-[ບໍ່]ໄຂ້ຫວັດໃຫຍ່ (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ autocorrelation ຂອງການເຫນັງຕີງຂອງພະລັງງານແທນທີ່ຈະເປັນພະລັງງານຂອງມັນເອງ

-[ບໍ່]ບອກ (ບໍ່ມີ)
ວິເຄາະຂໍ້ມູນການປະຖົມນິເທດທັນທີ

-[ບໍ່]ໂອເຄ (ບໍ່ມີ)
ຍັງໄດ້ວາງແຜນ eigenvectors ກັບ -ໂອເທນ

-acflen (-1)
ຄວາມຍາວຂອງ ACF, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນກອບ

-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປັບ ACF ໃຫ້ເປັນປົກກະຕິ

-P (0​)
ຄໍາສັ່ງຂອງ Legendre polynomial ສໍາລັບ ACF (0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນບໍ່ມີ): 0, 1, 2, 3

-fitfn (none)
ຟັງຊັນ Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- ເລີ່ມຕົ້ນ (0​)
ເວລາທີ່ຈະເລີ່ມການປັບຕົວເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ

-endfit (-1)
ເວລາທີ່ຈະສິ້ນສຸດການພໍດີຂອງເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ, -1 ແມ່ນຈົນກ່ວາ
ໃນຕອນທ້າຍ

ໃຊ້ gmx-energy ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net