ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-sham ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-sham - ຄິດໄລ່ພະລັງງານທີ່ບໍ່ເສຍຄ່າຫຼື histograms ອື່ນໆຈາກ histograms
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx sham [-f [<.xvg>]] [-ຈີ [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [- ຫ່າງ [<.xvg>]]
[- ປະຫວັດສາດ [<.xvg>]] [-ຖັງ [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ]
[-[ບໍ່]ເວລາ] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[ບໍ່]ງ] [-[ບໍ່]ແຊມ] [-tsham ]
[- pmin ] [- ມືດມົວ ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [- pmax ]
[-gmax ] [-ອີມິນ ] [-emax ]
[-n ລະດັບ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx sham ເຮັດໃຫ້ດິນຕອນທີ່ມີພະລັງງານຟຣີຫຼາຍມິຕິ, enthalpy ແລະ entropy. gmx sham reads
ໜຶ່ງ ຫລືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ .xvg ໄຟລ໌ແລະການວິເຄາະຊຸດຂໍ້ມູນ. ຈຸດປະສົງພື້ນຖານຂອງ gmx sham ແມ່ນເພື່ອວາງແຜນ
Gibbs ພູມສັນຖານພະລັງງານຟຣີ (ທາງເລືອກ -ls) ໂດຍ Bolzmann inverting ຫຼາຍມິຕິລະດັບ
histograms (ທາງເລືອກ -lp), ແຕ່ມັນຍັງສາມາດເຮັດໃຫ້ enthalpy (ທາງເລືອກ -lsh) ແລະ entropy (ທາງເລືອກ
-lss) ດິນຕອນ. ຮິສໂຕແກຣມສາມາດສ້າງໄດ້ສຳລັບປະລິມານທີ່ຜູ້ໃຊ້ສະໜອງໃຫ້. ແຖວໃນ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນອາດຈະເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍເວລາ (ເບິ່ງທາງເລືອກ ເວລາ) ແລະຈໍານວນໃດຫນຶ່ງ y- ຄ່າອາດຈະ
ປະຕິບັດຕາມ. ຫຼາຍຊຸດຍັງສາມາດອ່ານໄດ້ເມື່ອພວກມັນຖືກແຍກອອກໂດຍ & (ທາງເລືອກ -n), ໃນນີ້
ກໍລະນີພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ y- ຄ່າແມ່ນອ່ານຈາກແຕ່ລະແຖວ. ເສັ້ນທັງໝົດເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ # ແລະ @ ແມ່ນ
ຂ້າມ.
ທາງເລືອກ -ຈີ ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະຫນອງໄຟລ໌ທີ່ມີພະລັງງານຟຣີໃນເວລາທີ່ ensemble ບໍ່ແມ່ນ
ກຸ່ມ Boltzmann, ແຕ່ຕ້ອງມີຄວາມລໍາອຽງໂດຍພະລັງງານທີ່ບໍ່ເສຍຄ່ານີ້. ຫນຶ່ງໃນມູນຄ່າພະລັງງານຟຣີແມ່ນ
ຕ້ອງການສໍາລັບແຕ່ລະຈຸດຂໍ້ມູນ (ຫຼາຍມິຕິລະດັບ) ໃນ -f input
ທາງເລືອກ -ene ສາມາດນໍາໃຊ້ເພື່ອສະຫນອງໄຟລ໌ທີ່ມີພະລັງງານ. ພະລັງງານເຫຼົ່ານີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນ
ການທໍາງານຂອງນ້ໍາຫນັກໃນວິທີການວິເຄາະ histogram ດຽວໂດຍ Kumar et al. ເມື່ອໃດ
ອຸນຫະພູມແມ່ນໄດ້ສະຫນອງໃຫ້ (ເປັນຖັນທີສອງໃນໄຟລ໌), ການທົດລອງນ້ໍາຫນັກ
ໂຄງການຖືກນຳໃຊ້. ນອກຈາກນັ້ນ, vales ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການເຮັດ enthalpy ແລະດິນຕອນ entropy.
ມີທາງເລືອກ - ມືດມົວ, ຂະຫນາດສາມາດໃຫ້ສໍາລັບໄລຍະຫ່າງ. ເມື່ອໄລຍະຫ່າງແມ່ນ 2- ຫຼື
3 ມິຕິລະດັບ, circumference ຫຼືຫນ້າດິນຕົວຢ່າງໂດຍສອງ particles ເພີ່ມຂຶ້ນກັບ
ໄລຍະຫ່າງເພີ່ມຂຶ້ນ. ຂຶ້ນກັບສິ່ງທີ່ຄົນຢາກຈະສະແດງ, ຄົນເຮົາສາມາດເລືອກແກ້ໄຂໄດ້
histogram ແລະພະລັງງານຟຣີສໍາລັບຜົນກະທົບປະລິມານນີ້. ຄວາມເປັນໄປໄດ້ແມ່ນປົກກະຕິໂດຍ r
ແລະ r^2 ສໍາລັບຂະຫນາດຂອງ 2 ແລະ 3, ຕາມລໍາດັບ. ຄ່າຂອງ -1 ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງ
ມຸມໃນອົງສາລະຫວ່າງສອງ vectors: sin(angle) normalization ຈະຖືກນໍາໃຊ້. ຫມາຍເຫດ
ວ່າສໍາລັບມຸມລະຫວ່າງ vectors ພາຍໃນຜະລິດຕະພັນຫຼື cosine ແມ່ນປະລິມານທໍາມະຊາດ
ໃຊ້, ຍ້ອນວ່າມັນຈະຜະລິດຖັງທີ່ມີປະລິມານດຽວກັນ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xvg>] (graph.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ຈີ [<.xvg>] (gibbs.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
- ຫ່າງ [<.xvg>] (ener.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
- ປະຫວັດສາດ [<.xvg>] (edist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ຖັງ [<.ndx>] (bindex.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ທະນາຄານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ
-g [<.log>] (shamlog.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ
ທາງເລືອກອື່ນ:
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]ເວລາ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຄາດຫວັງເວລາໃນການປ້ອນຂໍ້ມູນ
-b (-1)
ຄັ້ງທໍາອິດທີ່ຈະອ່ານຈາກຊຸດ
-e (-1)
ເວລາສຸດທ້າຍທີ່ຈະອ່ານຈາກຊຸດ
-ttol (0)
ຄວາມທົນທານຕໍ່ເວລາໃນຫນ່ວຍງານທີ່ເຫມາະສົມ (ປົກກະຕິແລ້ວ ps)
-n (1)
ອ່ານຈໍານວນຊຸດນີ້ທີ່ແຍກອອກໂດຍສາຍທີ່ມີພຽງແຕ່ ampersand
-[ບໍ່]ງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ອະນຸພັນ
-[ບໍ່]ແຊມ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປິດການນ້ໍາຫນັກພະລັງງານເຖິງແມ່ນວ່າຈະໃຫ້ພະລັງງານ
-tsham (298.15)
ອຸນຫະພູມສໍາລັບການວິເຄາະ histogram ດຽວ
- pmin (0)
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຕໍ່າສຸດ. ສິ່ງໃດທີ່ຕ່ຳກວ່ານີ້ຈະຖືກຕັ້ງເປັນສູນ
- ມືດມົວ (1 1 1)
ຂະໜາດສຳລັບໄລຍະຫ່າງ, ໃຊ້ສຳລັບການແກ້ໄຂປະລິມານ (ສູງສຸດ 3 ຄ່າ, ຂະໜາດ > 3
ຈະໄດ້ຮັບຄ່າດຽວກັນກັບອັນສຸດທ້າຍ)
-ngrid (32 32 32)
ຈຳນວນຖັງຂີ້ເຫຍື້ອສຳລັບພູມສັນຖານພະລັງງານ (ສູງສຸດ 3 ຄ່າ, ຂະໜາດ > 3 ຈະໄດ້ຮັບ
ຄ່າດຽວກັນກັບອັນສຸດທ້າຍ)
-xmin (0 0 0)
ຂັ້ນຕ່ຳສຳລັບແກນໃນພູມສັນຖານພະລັງງານ (ເບິ່ງຂ້າງເທິງສຳລັບ > 3 ມິຕິ)
-xmax (1 1 1)
ສູງສຸດສຳລັບແກນໃນພູມສັນຖານພະລັງງານ (ເບິ່ງຂ້າງເທິງສຳລັບ > 3 ມິຕິ)
- pmax (0)
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດໃນຜົນຜະລິດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄິດໄລ່
-gmax (0)
ພະລັງງານຟຣີສູງສຸດໃນຜົນຜະລິດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄິດໄລ່
-ອີມິນ (0)
enthalpy ຕ່ໍາສຸດໃນຜົນຜະລິດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄິດໄລ່
-emax (0)
enthalpy ສູງສຸດໃນຜົນຜະລິດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຄິດໄລ່
-n ລະດັບ (25)
ຈຳນວນລະດັບສຳລັບພູມສັນຖານພະລັງງານ
ໃຊ້ gmx-sham ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
