ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-solvate ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-solvate - ແກ້ໄຂລະບົບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx ແກ້ໄຂ [-cp [<.gro/.g96/...>]] [-cs [<.gro/.g96/...>]]
[-p [<.top>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-ກ່ອງ ]
[-ລັດເຊຍ ] [- ຂະຫນາດ ] [-ແກະ ]
[- maxsol ] [-[ບໍ່]vel]
ລາຍລະອຽດ
gmx ແກ້ໄຂ ສາມາດເຮັດໄດ້ຫນຶ່ງໃນ 2 ສິ່ງ:
1) ສ້າງກ່ອງຂອງສານລະລາຍ. ລະບຸ -cs ແລະ -ກ່ອງ. ຫຼືລະບຸ -cs ແລະ -cp ມີ
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງທີ່ມີກ່ອງ, ແຕ່ບໍ່ມີປະລໍາມະນູ.
2) ແກ້ໄຂການຕັ້ງຄ່າຕົວລະລາຍ, ຕົວຢ່າງທາດໂປຼຕີນ, ໃນອາບນ້ໍາຂອງໂມເລກຸນລະລາຍ. ລະບຸ
-cp (ລະລາຍ) ແລະ -cs (ສານລະລາຍ). ກ່ອງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ປະສານງານລະລາຍ (-cp) ແມ່ນ
ໃຊ້, ເວັ້ນເສຍແຕ່ -ກ່ອງ ຖືກກໍານົດ. ຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການຕົວລະລາຍທີ່ຈະເປັນສູນກາງໃນປ່ອງ, ໂຄງການ
gmx editconf ມີທາງເລືອກທີ່ຊັບຊ້ອນໃນການປ່ຽນແປງຂະຫນາດຂອງປ່ອງແລະຈຸດກາງ solute ໄດ້.
ໂມເລກຸນລະລາຍຖືກເອົາອອກຈາກກ່ອງທີ່ມີໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງປະລໍາມະນູໃດໆຂອງ
ໂມເລກຸນລະລາຍ ແລະອະຕອມຂອງໂມເລກຸນຕົວລະລາຍໃດນຶ່ງແມ່ນໜ້ອຍກວ່າຜົນລວມຂອງຂະໜາດ.
van der Waals radii ຂອງທັງສອງປະລໍາມະນູ. ຖານຂໍ້ມູນ (vdwradii.dat) ຂອງ van der Waals radii ແມ່ນ
ອ່ານໂດຍໂຄງການ, ແລະຜົນໄດ້ຮັບ radii ຂະຫນາດໂດຍ - ຂະຫນາດ. ຖ້າບໍ່ພົບ radii ໃນ
ຖານຂໍ້ມູນ, theatoms ແມ່ນໄດ້ຮັບການມອບຫມາຍ (ທາງສ່ວນຫນ້າຂອງການຂະຫຍາຍ) ໄລຍະຫ່າງ -ລັດເຊຍ.
ຕົວລະລາຍເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ Simple Point Charge water (SPC), ມີການປະສານງານຈາກ
$GMXLIB/spc216.gro. ພິກັດເຫຼົ່ານີ້ຍັງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບຮູບແບບນ້ໍາ 3 ສະຖານທີ່ອື່ນໆ,
ເນື່ອງຈາກວ່າຄວາມສົມດຸນສັ້ນຈະລົບຄວາມແຕກຕ່າງເລັກນ້ອຍລະຫວ່າງຕົວແບບ. ອື່ນໆ
ສານລະລາຍໄດ້ຮັບການສະຫນັບສະຫນູນ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບສານລະລາຍປະສົມ. ຂໍ້ຈໍາກັດພຽງແຕ່ກັບ solvent
ປະເພດແມ່ນວ່າໂມເລກຸນລະລາຍປະກອບດ້ວຍສານຕົກຄ້າງອັນດຽວ. ຂໍ້ມູນການຕົກຄ້າງ
ໃນໄຟລ໌ປະສານງານຖືກນໍາໃຊ້, ແລະດັ່ງນັ້ນຄວນຈະສອດຄ່ອງຫຼາຍຫຼືຫນ້ອຍ. ໃນ
ການປະຕິບັດນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າສອງໂມເລກຸນລະລາຍຕໍ່ໆມາຢູ່ໃນໄຟລ໌ປະສານງານຂອງສານລະລາຍ
ຄວນມີຈໍານວນການຕົກຄ້າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ກ່ອງຂອງ solute ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍການ stacking ໄດ້
ພິກັດອ່ານຈາກໄຟລ໌ປະສານງານ. ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າການປະສານງານເຫຼົ່ານີ້ຄວນຈະເປັນ
equilibrated ໃນເງື່ອນໄຂເຂດຊາຍແດນແຕ່ລະໄລຍະເພື່ອຮັບປະກັນການສອດຄ່ອງທີ່ດີຂອງໂມເລກຸນກ່ຽວກັບການ
ການໂຕ້ຕອບ stacking. ໄດ້ - maxsol ທາງເລືອກພຽງແຕ່ເພີ່ມພຽງແຕ່ທໍາອິດ - maxsol solvent
molecules ແລະອອກຈາກສ່ວນທີ່ເຫຼືອທີ່ຈະໄດ້ fitted ເຂົ້າໄປໃນປ່ອງ. ນີ້ສາມາດສ້າງເປັນ
void ທີ່ສາມາດເຮັດໃຫ້ເກີດບັນຫາຕໍ່ມາ. ເລືອກປະລິມານຂອງທ່ານຢ່າງສະຫລາດ.
ການຕັ້ງຄ່າ -ແກະ ຂະຫນາດໃຫຍ່ກ່ວາສູນຈະວາງຊັ້ນນ້ໍາຂອງຄວາມຫນາທີ່ກໍານົດໄວ້
(nm) ຮອບຕົວລະລາຍ. ຄໍາແນະນໍາ: ມັນເປັນຄວາມຄິດທີ່ດີທີ່ຈະເອົາທາດໂປຼຕີນຈາກກາງກ່ອງ
ທໍາອິດ (ການນໍາໃຊ້ gmx editconf).
ສຸດທ້າຍ, gmx ແກ້ໄຂ ທາງເລືອກຈະເອົາເສັ້ນອອກຈາກໄຟລ໌ topology ຂອງທ່ານເຊິ່ງ a
ຈໍານວນຂອງໂມເລກຸນ solvent ໄດ້ຖືກເພີ່ມແລ້ວ, ແລະເພີ່ມເສັ້ນທີ່ມີຈໍານວນທັງຫມົດຂອງ
ໂມເລກຸນຂອງສານລະລາຍໃນໄຟລ໌ປະສານງານຂອງທ່ານ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-cp [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-cs [<.gro/.g96/...>] (spc216.gro) (ຫ້ອງສະໝຸດ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ເຂົ້າ / ຜົນຜະລິດ:
-p [<.top>] (topol.top) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ Topology
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp
ທາງເລືອກອື່ນ:
-ກ່ອງ (0 0 0)
ຂະໜາດກ່ອງ (inm)
-ລັດເຊຍ (0.105)
ໄລຍະຫ່າງ van der Waals ເລີ່ມຕົ້ນ
- ຂະຫນາດ (0.57)
ປັດໄຈຂະຫນາດທີ່ຈະຄູນ Van der Waals radii ຈາກຖານຂໍ້ມູນໃນ
share/gromacs/top/vdwradii.dat. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 0.57 ຜົນຜະລິດຄວາມຫນາແຫນ້ນຢູ່ໃກ້ກັບ
1000 g / l ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນໃນນ້ໍາ.
-ແກະ (0)
ຄວາມຫນາຂອງຊັ້ນນ້ໍາທາງເລືອກປະມານຕົວລະລາຍ
- maxsol (0)
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງໂມເລກຸນລະລາຍທີ່ຈະເພີ່ມຖ້າພວກເຂົາເຫມາະໃນກ່ອງ. ຖ້າສູນ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ອັນນີ້ຖືກລະເລີຍ
-[ບໍ່]vel (ບໍ່ມີ)
ຮັກສາຄວາມໄວຈາກການປ້ອນສານລະລາຍ ແລະສານລະລາຍ
ຮູ້ ບັນຫາ
· ໂມເລກຸນຈະຕ້ອງເປັນທັງໝົດໃນການຕັ້ງຄ່າເບື້ອງຕົ້ນ.
ໃຊ້ gmx-solvate ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
