ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gt-csa ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gt-csa - ປ່ຽນການຈັດຮຽງ spliced ຈາກໄຟລ໌ GFF3 ເຂົ້າໄປໃນການຈັດຮຽງ spliced ທີ່ເປັນເອກະສັນກັນ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gt ນັ້ນແມ່ນມັນ [ທາງເລືອກ ...] [GFF3_file]
ລາຍລະອຽດ
- ຄວາມຍາວຮ່ວມ [ມູນຄ່າ]
ກໍານົດໄລຍະການເຊື່ອມຕໍ່ສໍາລັບການ spliced alignment clustering (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 300)
-v [ແມ່ນ|ບໍ່]
be verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-o [ຊື່ເອກະສານ]
ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ລະບຸ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
-gzip [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນ gzip ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-bzip2 [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ bzip2 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- ຜົນບັງຄັບໃຊ້ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ບັງຄັບໃຫ້ຂຽນເປັນໄຟລ໌ອອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-ຊ່ວຍ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ
ຕົວຢ່າງ:
ໃຫ້ສົມມຸດວ່າພວກເຮົາມີໄຟລ໌ GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 ທີ່ປະກອບດ້ວຍ
ປະຕິບັດຕາມສີ່ການຈັດວາງຊ້ອນກັນທີ່ຊ້ອນກັນ (ສະແດງເປັນພັນທຸກໍາທີ່ມີ exons ເປັນ
ເດັກນ້ອຍ):
##gff-ຮຸ່ນ 3
##sequence-region seq 1 290
seq . gene 1 209 . + . ID=gene1
seq . exon 1 90 . + . Parent=gene1
seq . exon 110 190 . + . Parent=gene1
seq . exon 201 209 . + . Parent=gene1
###
seq . gene 1 290 . + . ID=gene2
seq . exon 1 90 . + . Parent=gene2
seq . exon 101 190 . + . Parent=gene2
seq . exon 201 290 . + . Parent=gene2
###
seq . gene 10 290 . + . ID=gene3
seq . exon 10 90 . + . Parent=gene3
seq . exon 110 190 . + . Parent=gene3
seq . exon 201 290 . + . Parent=gene3
###
seq . gene 181 290 . + . ID=gene4
seq . exon 181 190 . + . Parent=gene4
seq . exon 201 290 . + . Parent=gene4
###
ເພື່ອຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງ spliced ເຫັນດີທີ່ພວກເຮົາເອີ້ນວ່າ:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
ເຊິ່ງຜົນຕອບແທນ:
##gff-ຮຸ່ນ 3
##sequence-region seq 1 290
seq gt csa gene 1 290 . + . ID=gene1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA1;Parent=gene1
seq gt csa exon 1 90 . + . Parent=mRNA1
seq gt csa exon 110 190 . + . Parent=mRNA1
seq gt csa exon 201 290 . + . Parent=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA2;Parent=gene1
seq gt csa exon 1 90 . + . Parent=mRNA2
seq gt csa exon 101 190 . + . Parent=mRNA2
seq gt csa exon 201 290 . + . Parent=mRNA2
###
ດັ່ງທີ່ຄົນເຮົາສາມາດເຫັນໄດ້, ພວກມັນໄດ້ຖືກລວມເຂົ້າກັນເປັນຄວາມເຫັນດີຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ spliced (ເປັນຕົວແທນ
genes ກັບ mRNAs ເປັນເດັກນ້ອຍຊຶ່ງໃນນັ້ນມີ exons ເປັນເດັກນ້ອຍ) ມີສອງທາງເລືອກ
ຮູບແບບ splice. ການຈັດຮຽງ splliced ທໍາອິດແລະທີສາມໄດ້ຖືກລວມເຂົ້າກັນເປັນຄັ້ງທໍາອິດ
ຮູບແບບ splice ທາງເລືອກ (mRNA1) ແລະການຈັດອັນດັບທີສອງແລະສີ່ spliced ເຂົ້າໄປໃນ
ຮູບແບບການເຊື່ອມຕໍ່ທາງເລືອກທີ່ສອງ (mRNA2).
ດັ່ງທີ່ຫນຶ່ງສາມາດເຫັນໄດ້, exon ທີສອງຈາກຮູບແບບ splice ທາງເລືອກທໍາອິດແມ່ນສັ້ນກວ່າ
exon ທີ່ສອດຄ້ອງກັນຈາກຮູບແບບ splice ທາງເລືອກທີສອງ.
ການລາຍງານ ບັກ
ລາຍງານບັກຫາ[email protected]>.
ໃຊ້ gt-csa ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
