ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gt-ltrharvest ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gt-ltrharvest - ຄາດຄະເນ LTR retrotransposons.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gt ການເກັບກ່ຽວ [ທາງເລືອກ ...] -index
ລາຍລະອຽດ
-ດັດຊະນີ [string]
ລະບຸຊື່ຂອງດັດຊະນີ suffix array ທີ່ປັບປຸງ (ບັງຄັບ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: undefined)
- ຈັດແຈງ [ການເລີ່ມຕົ້ນ ໃນຕອນທ້າຍ]
ລະບຸໄລຍະໃນລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ຄູ່ LTR ຖືກຄົ້ນຫາ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
[0..0])
- ແກ່ນ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຍາວຂອງເມັດຕໍາ່ສຸດທີ່ສໍາລັບການເຮັດເລື້ມຄືນທີ່ແນ່ນອນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 30)
- minlenltr [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດສໍາລັບແຕ່ລະ LTR (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100)
-maxlenltr [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຍາວສູງສຸດສໍາລັບແຕ່ລະ LTR (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000)
- ຈິດໃຈ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸໄລຍະຫ່າງຕໍາ່ສຸດຂອງການເລີ່ມຕົ້ນ LTR (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000)
-maxdistltr [ມູນຄ່າ]
ລະບຸໄລຍະຫ່າງສູງສຸດຂອງ LTR startpositions (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 15000)
- ທີ່ຄ້າຍຄືກັນ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຄ້າຍຄືກັນໃນລະດັບ [1..100%] (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 85.000000)
-mintsd [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດສໍາລັບແຕ່ລະ TSD (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4)
-maxtsd [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄວາມຍາວສູງສຸດສໍາລັບແຕ່ລະ TSD (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20)
-motif [string]
ລະບຸ 2 nucleotides startmotif + 2 nucleotides endmotif: ** (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
- motifmis [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຈໍານວນບໍ່ກົງກັນສູງສຸດໃນ motif [0,3] (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4)
-ວິກ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຈໍານວນຂອງ nucleotides (ໄປທາງຊ້າຍແລະຂວາ) ທີ່ຈະຄົ້ນຫາ
ສໍາລັບ TSDs ແລະ/ຫຼື motifs ປະມານ 5' ແລະ 3' boundary ຂອງ LTR retrotransposons ຄາດຄະເນ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 60)
- ທັບຊ້ອນກັນ [...]
ລະບຸບໍ່|ດີທີ່ສຸດ|ທັງໝົດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ດີທີ່ສຸດ)
-xdrop [ມູນຄ່າ]
ລະບຸ xdropbelowscore ສໍາລັບການຂະຫຍາຍ-alignment (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5)
- ຜ້າປູ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸ matchscore ສໍາລັບ extension-alignment (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2)
- ຜິດ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄະແນນບໍ່ກົງກັນສຳລັບການຂະຫຍາຍການຈັດຮຽງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -2)
-ໃນ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄະແນນ insertions ສໍາລັບການຂະຫຍາຍ -alignment (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -3)
-del [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄະແນນລົບສໍາລັບການຂະຫຍາຍ-alignment (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -3)
-v [ແມ່ນ|ບໍ່]
ໂໝດ verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- tabout [ແມ່ນ|ບໍ່]
ສະແດງໃຫ້ເຫັນ ອາຍຸ ຜົນຜະລິດຕາຕະລາງແທນທີ່ຈະເປັນ GFF3 ໃນ stdout (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ແມ່ນ)
- seqids [ແມ່ນ|ບໍ່]
ໃຊ້ຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບແທນທີ່ຈະເປັນຕົວເລກລໍາດັບໃນຜົນຜະລິດ GFF3 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-md5 [ແມ່ນ|ບໍ່]
ເພີ່ມ MD5 hashes ກັບ seqids ໃນຜົນຜະລິດ GFF3 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- ຜົນຜະລິດຍາວ [ແມ່ນ|ບໍ່]
motif/TSD ເພີ່ມເຕີມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- ອອກ [string]
ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ອອກ FASTA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກຳນົດ)
- ນອກ [string]
ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ອອກ FASTA ສໍາລັບພາກພື້ນພາຍໃນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
-gff3 [string]
ລະບຸ GFF3 outputfilename (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
- ຊົດເຊີຍ [ມູນຄ່າ]
ຊົດເຊີຍເພີ່ມໃສ່ພິກັດ GFF3 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0)
- ສະແກນ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ສະແກນດັດຊະນີຕາມລຳດັບແທນທີ່ມັນຢູ່ໃນໜ່ວຍຄວາມຈຳທັງໝົດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ແມ່ນແລ້ວ)
-ຊ່ວຍ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອສໍາລັບທາງເລືອກພື້ນຖານແລະການອອກ
-help+
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອສໍາລັບທາງເລືອກທັງຫມົດແລະອອກ
-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ
ເພີ່ມເຕີມ ຂໍ້ມູນ
ສໍາລັບຂໍ້ມູນລະອຽດ, ກະລຸນາເບິ່ງຄູ່ມືການເກັບກ່ຽວ.
ການລາຍງານ ບັກ
ລາຍງານບັກຫາ[email protected]>.
ໃຊ້ gt-ltrharvest ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
