GWAMA - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

GWAMA - ການວິເຄາະ Meta ຂອງສະມາຄົມ Genome-Wide

ສະຫຼຸບສັງລວມ

GWAMA [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) ຊອບແວປະຕິບັດການວິເຄາະ meta ຂອງ
ຜົນໄດ້ຮັບຂອງການສຶກສາ GWA ຂອງ phenotypes ສອງຫຼືປະລິມານ. ແກ້ໄຂ- ແລະຜົນກະທົບແບບສຸ່ມ
ການວິເຄາະ meta ແມ່ນປະຕິບັດສໍາລັບທັງ SNPs genotyped ໂດຍກົງແລະ imputed ໂດຍໃຊ້ການຄາດຄະເນ
ຂອງອັດຕາສ່ວນບໍ່ລົງຮອຍກັນ allelic ແລະ 95% ໄລຍະເວລາຄວາມຫມັ້ນໃຈສໍາລັບລັກສະນະຄູ່, ແລະການຄາດຄະເນຂອງ
ຂະຫນາດຜົນກະທົບ allelic ແລະຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານສໍາລັບ phenotypes ປະລິມານ. GWAMA ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້
ສໍາ​ລັບ​ການ​ວິ​ເຄາະ​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ຂອງ​ຕົວ​ແບບ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ທັງ​ຫມົດ (multiplicative​, additive​,
ເດັ່ນ, recessive). ຊອບແວໄດ້ລວມເອົາສະຖານທີ່ໃສ່ກັບດັກຄວາມຜິດພາດເພື່ອກໍານົດ
ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ໃນ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ strand ແລະ allele flipping​, ແລະ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ການ​ທົດ​ສອບ​ຂອງ heterogeneity ຂອງ
ຜົນກະທົບລະຫວ່າງການສຶກສາ.

OPTIONS

-i, --filelist=ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ລະບຸໄຟລ໌ຜົນການສຶກສາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = gwama.in

-o, -- ຜົນຜະລິດ=ຮາກໄຟລ໌
ລະບຸຮາກໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນຂອງການວິເຄາະ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --ສຸ່ມ
ໃຊ້ການແກ້ໄຂຜົນກະທົບແບບສຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ປິດໃຊ້ງານ

-gc, --genomic_control
ໃຊ້ການຄວບຄຸມ genomic ສໍາລັບການປັບໄຟລ໌ຜົນການສຶກສາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ປິດໃຊ້ງານ

-gco, --genomic_control_output
ໃຊ້ການຄວບຄຸມ genomic ໃນບົດສະຫຼຸບການວິເຄາະ meta (ie ຜົນໄດ້ຮັບຂອງການວິເຄາະ meta ແມ່ນ
ແກ້ໄຂສໍາລັບ gc). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ປິດໃຊ້ງານ

- qt, -- ປະລິມານ
ເລືອກເວີຊັນລັກສະນະທາງປະລິມານ (ຖັນ BETA ແລະ SE). Default = ລັກສະນະຖານສອງ

-m, --ແຜນທີ່=ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ເລືອກຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບແຜນທີ່ເຄື່ອງຫມາຍ.

-t, -- ເກນ=0​-1
p-value threshold ສໍາລັບການສະແດງທິດທາງໃນທິດທາງຜົນກະທົບສະຫຼຸບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ =
1

--no_alleles
ບໍ່ມີຂໍ້ມູນ allele ໄດ້ຖືກໃຫ້. ຄາດຫວັງວ່າສະເຫມີ EA ດຽວກັນ.

--indel_alleles
ປ້າຍກຳກັບ Allele ອາດມີຫຼາຍກວ່າຕົວອັກສອນດຽວ. ບໍ່ມີການກວດສອບສາຍ.

--ເພດ ດໍາເນີນການວິເຄາະຄວາມແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງເພດ ແລະບົດບາດຍິງ-ຊາຍ (ວິທີການທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
paper Magi, Lindgren & Morris 2010). ຂໍ້ມູນເພດຈະຕ້ອງລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ລາຍຊື່.
(ຖັນທີສອງຫຼັງຈາກຊື່ໄຟລ໌ແມ່ນ M ຫຼື F).

--name_marker
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກໄປຫາຊື່ເຄື່ອງໝາຍ col.

--name_strand
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກໄປຫາຖັນແຖວ.

--name_n
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເພື່ອຕົວຢ່າງຂະໜາດ col.

--name_ea
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເພື່ອສົ່ງຜົນກະທົບຖັນ allele.

--name_nea
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກຕໍ່ກັບຖັນ allele ທີ່ບໍ່ມີຜົນກະທົບ.

--name_eaf
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເພື່ອສົ່ງຜົນກະທົບຖັນຄວາມຖີ່ຂອງ allele.

--name_beta
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເປັນຖັນເບຕ້າ.

--name_se
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກຫາ std. ຜິດພາດ. ຄໍ.

--name_or
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກໄປຫາ OR ຖັນ.

--name_or_95l
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເປັນຖັນ OR 95L.

--name_or_95u
ສ່ວນຫົວທາງເລືອກເປັນຖັນ OR 95U.

-h, - ຊ່ວຍ
ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.

-v, - ການປ່ຽນແປງ
ພິມໝາຍເລກລຸ້ນ GWAMA. ໜ້າຄູ່ມືນີ້ຕ້ອງບໍ່ພຽງພໍ. ກະລຸນາໃຊ້
ທາງເລືອກການຊ່ວຍເຫຼືອສໍາລັບການເຕືອນໄວຂອງທາງເລືອກຂອງ gwama ຫຼືຫັນໄປຫາຫນ້າທໍາອິດຂອງມັນ
ກັບເອກະສານອອນໄລນ໌ຫຼືຄູ່ມືດາວໂຫຼດໄດ້.

ໃຊ້ GWAMA ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net