ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ headPolishes ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
sim4dbutils - ປະໂຫຍດທີ່ຈະເຮັດວຽກກັບໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ສ້າງໂດຍ sim4db
convertPolishes - ປ່ຽນລະຫວ່າງຮູບແບບ sim4db ແລະ GFF3
filterPolishes - ການຈັດຮຽງການກັ່ນຕອງໂດຍອີງໃສ່ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບ, ການຄຸ້ມຄອງແລະຄວາມຍາວ.
mergePolishes - ລວມການຈັດຮຽງຈາກຫຼາຍໄຟລ໌
sortPolishes - ການຈັດຮຽງການຈັດຮຽງໂດຍ cDNA ຫຼືດັດສະນີລໍາດັບ genomic ຫຼືຊື່ລໍາດັບ
convertToExtent - ແປງຈາກຮູບແບບ sim4db ໄປຫາຮູບແບບທີ່ແຍກແຖບເສັ້ນດຽວ
fixPolishesIID - ປັບປຸງໄຟລ໌ sim4db ເພື່ອໃຊ້ດັດສະນີລໍາດັບຂອງໄຟລ໌ fasta ສະເພາະ.
ຍັງສາມາດໃຊ້ເພື່ອສະກັດຊຸດຍ່ອຍຂອງການຈັດຮຽງຈາກໄຟລ໌ sim4db.
depthOfPolishes - ສົ່ງອອກຮິສໂຕແກຣມທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບຂອງຄວາມເລິກຂອງໂປລິສຕ່າງໆ
ຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມ.
headPolishes - ພິມການຈັດລໍາດັບ N ທໍາອິດໃນໄຟລ໌, ຄ້າຍຄືກັນກັບ ຫົວຫນ້າ(1)
pickBestPolish - ລາຍງານພຽງແຕ່ການຈັດລໍາດັບ 'ທີ່ດີທີ່ສຸດ' ສໍາລັບແຕ່ລະ cDNA
pickUniquePolish - ລາຍງານການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ມີການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ດີທີ່ສຸດຢ່າງຈະແຈ້ງສໍາລັບ
ແຕ່ລະ cDNA.
plotCoverageVsIdentity - ສ້າງ (1) histogram ຂອງຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍ, (2) a
histogram ຂອງການຄຸ້ມຄອງສ່ວນຮ້ອຍ, ແລະ (3) ບັນຊີລາຍການຂອງຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍແລະການຄຸ້ມຄອງ (ສໍາລັບການ
ໃຊ້ໃນພື້ນທີ່ກະແຈກກະຈາຍ).
uniqPolishes - ການກັ່ນຕອງອອກການຈັດວາງທັງຫມົດສໍາລັບ cDNA ທີ່ມີການຈັດຕໍາແຫນ່ງຫຼາຍ (-uniq) ຫຼື
ດ້ວຍການຈັດຮຽງດຽວ (-dupl). ຄ້າຍຄືກັບ ເປັນເອກະລັກ(1)
realignPolishes - recompute ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ sim4db.
reportAlignmentDifferences - ສ້າງ histogram ຂອງປະເພດຂອງຄວາມຜິດພາດໃນຊຸດຂອງ
ການຈັດວາງ ບໍ່ສະຫນັບສະຫນູນ ແລະ Deprecated
ປຽບທຽບPolishes - ສອດຄ່ອງກັນໃນສອງໄຟລ໌.
convertToAtac - ແປງຈາກຮູບແບບ sim4db ເປັນຮູບແບບ ATAC.
detectChimera - ກວດສອບການຈັດຮຽງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ອາດຈະເປັນ chimeric.
mappedCoverage - ລາຍງານຈໍານວນລໍາດັບການສອບຖາມ (EST, cDNA) ທີ່ຖືກຄຸ້ມຄອງໂດຍ
ການຈັດວາງ.
parseSNP - ວິເຄາະການຈັດຮຽງສໍາລັບ SNPs.
removeDuplicate - ຄົ້ນຫາການປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ.
vennPolishes - ສ້າງແຜນວາດ Venn ສໍາລັບໄຟລ໌ sim4db ຫຼາຍ. ການນໍາໃຊ້ ພາຍໃນ by
ESTMapper ຂັດສະອາດ
ສະຫຼຸບ Polishes
ລາຍລະອຽດ
ໂຄງການເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນລະດັບຂອງຜົນປະໂຫຍດທີ່ຈະເຮັດວຽກຮ່ວມກັບ ຊິມ4db(1) ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງທີ່ສ້າງຂຶ້ນ.
ໃຊ້ headPolishes ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
