hmake - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hhmake - ສ້າງ HMM ຈາກການຈັດລຽງການປ້ອນຂໍ້ມູນ ຫຼືປ່ຽນລະຫວ່າງຮູບແບບ HMMER ແລະ HHsearch
ຮູບແບບ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmake -i ເອກະສານ [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

HHmake ເວີຊັ່ນ 2.0.16 (ມັງກອນ 2013) ສ້າງ HMM ຈາກການຈັດຮຽງ input ໃນ A2M, A3M, ຫຼື
ຮູບແບບ FASTA, ຫຼືປ່ຽນລະຫວ່າງຮູບແບບ HMMER (.hmm) ແລະຮູບແບບ HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A, ແລະ Soding J. HHblits: ລຳດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຟ້າຜ່າໄວ
ຄົ້ນຫາໂດຍການຈັດຮຽງ HMM-HMM. ນັດ. ວິທີການ 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
ການຈັດຮຽງແບບສອບຖາມ (A2M, A3M, ຫຼື FASTA), ຫຼື ສອບຖາມ HMM

ຜົນຜະລິດ ຕົວເລືອກ:
-o
ໄຟລ໌ HMM ທີ່ຈະຂຽນໃສ່ (default= )

-a
ໄຟລ໌ HMM ທີ່ຈະຖືກຄັດຕິດໃສ່

-v
ໂຫມດ verbose: 0: ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຫນ້າຈໍ 1: warings ເທົ່ານັ້ນ 2: verbose

-seq
ສູງສຸດ ຈໍານວນການສອບຖາມ/ແມ່ແບບລໍາດັບທີ່ສະແດງ (def=10) ລະວັງການລົ້ນ! ທັງໝົດ
ລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້ຖືກເກັບໄວ້ໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ.

-cons ສ້າງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາ ລໍາດັບຕົ້ນສະບັບຂອງການສອບຖາມ MSA

-yam
ໃຊ້ຊື່ນີ້ສໍາລັບ HMM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ຊື່ຂອງລໍາດັບທໍາອິດ)

ການກັ່ນຕອງການສອບຖາມການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບ

-id [0,100] ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບຄູ່ສູງສຸດ (%) (def=90)

- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ [0,inf[
ການກັ່ນຕອງ MSA ໂດຍການເລືອກຊຸດລໍາດັບທີ່ຫຼາກຫຼາຍທີ່ສຸດ, ຮັກສາຢ່າງຫນ້ອຍຫຼາຍອັນນີ້
seqs ໃນແຕ່ລະ MSA ຂອງຄວາມຍາວ 50 (def=100)

-cov [0,100] ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

- qid [0,100] ການລະບຸຕົວຕົນຂອງລຳດັບຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

-qsc [0,100] ຄະ​ແນນ​ຕ່ຳ​ສຸດ​ຕໍ່​ຖັນ​ທີ່​ມີ​ຄຳ​ຖາມ (def=-20.0)

-neff [1,inf]
ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງການຈັດວາງເປົ້າໝາຍ (default=off)

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment ຮູບແບບ:
-M a2m ໃຊ້ A2M/A3M (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ): ຕົວພິມໃຫຍ່ = Match; ຕົວພິມນ້ອຍ = ແຊກ; '-' = ລຶບ; '.' =
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ການ​ແຊກ (ອາດ​ຈະ​ຖືກ​ລະ​ເວັ້ນ​)

-M ຄັ້ງທໍາອິດ
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີ residue ໃນລໍາດັບທີ 1 ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

-M [0,100]
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໜ້ອຍກວ່າ X% ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

Pseudocount (ຄອມພິວເຕີ) ຕົວເລືອກ:
- pcm 0-2 ຕຳແໜ່ງການເພິ່ງພາອາໄສຂອງເຄື່ອງປະສົມ 'tau' (PC mode, default=0)

0: ບໍ່ມີການນັບ pseudo:
tau = 0

1: ຄົງທີ່
tau = ກ

2: diversity-dependent: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: ຈຳນວນຂອງ
seqs ທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນ MSA ທ້ອງຖິ່ນປະມານຖັນ i) 3: pseudocounts ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຄົງທີ່

-pca [0,1​] ການ​ປະ​ສົມ pseudocount ໂດຍ​ລວມ (def=1.0​)

-pcb [1,inf[ Neff threshold value for - pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extinction exponent c ສໍາລັບ - pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount admixture (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER threshold ສໍາລັບ Neff (def=1.8)

ບໍລິບົດສະເພາະ pseudo-ນັບ:
- nocontxt
ໃຊ້ substitution-matrix ແທນ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ

- ຕິດຕໍ່ ໄຟລ໌ບໍລິບົດສຳລັບການຄິດໄລ່ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
ໄຟລ໌ສະຖານະຖັນສຳລັບການກັ່ນຕອງຖານຂໍ້ມູນໄວ (default=./data/cs219.lib)

ຕົວຢ່າງ: hhmake -i test.a3m

ໃຊ້ hhmake ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net