idba - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler ສໍາລັບຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບແບບປະສົມ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

idba_hybrid -r read.fa -o output_dir [--ອ້າງອີງ ref.fa]

ລາຍລະອຽດ

IDBA-Tran ແມ່ນຕົວປະກອບການອ່ານສັ້ນ De Bruijn Graph De Novo ຊໍ້າຄືນສໍາລັບ transcriptome.
ມັນແມ່ນຕົວປະກອບ novo ຢ່າງແທ້ຈິງໂດຍອີງໃສ່ພຽງແຕ່ການອ່ານລໍາດັບ RNA. IDBA-Tran ໃຊ້ທ້ອງຖິ່ນ
ການປະກອບເພື່ອຟື້ນຟູ k-mers ທີ່ຂາດຫາຍໄປໃນຂໍ້ຄວາມທີ່ສະແດງອອກຕ່ໍາແລະຫຼັງຈາກນັ້ນໃຊ້ວຽກ.
ການຕັດອອກແບບກ້າວ ໜ້າ ໃນ contigs ເພື່ອແຍກເສັ້ນສະແດງອອກເປັນສ່ວນປະກອບ. ແຕ່ລະອົງປະກອບ
ກົງກັນກັບ gene ຫນຶ່ງໃນກໍລະນີຫຼາຍທີ່ສຸດ ແລະບໍ່ມີຂໍ້ຄວາມຖອດຈາກສຽງຫຼາຍ. ເປັນ heuristic
algorithm ໂດຍອີງໃສ່ການອ່ານຄູ່ສຸດທ້າຍແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຊອກຫາ isoforms.

OPTIONS

-o, --ອອກ arg (=out)
ໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດ

-r, --ອ່ານ arg
ໄຟລ໌ອ່ານ fasta (<=128)

--read_level_2 arg
paired-end ອ່ານ fasta ສໍາລັບ scaffolds ລະດັບທີສອງ

--read_level_3 arg
paired-end ອ່ານ fasta ສໍາລັບ scaffolds ລະດັບທີສາມ

--read_level_4 arg
paired-end ອ່ານ fasta ສໍາລັບ scaffolds ລະດັບສີ່

--read_level_5 arg
paired-end ອ່ານ fasta ສໍາລັບ scaffolds ລະດັບຫ້າ

-l, --long_read arg
ໄຟລ​໌ fasta ອ່ານ​ຍາວ (>128​)

--ອ້າງອີງ arg
genome ອ້າງອີງ

--mink arg (=20)
ຄ່າຕໍ່າສຸດ k (<=124)

--maxk arg (=100)
ຄ່າ k ສູງສຸດ (<=124)

-- ຂັ້ນ​ຕອນ​ arg (=20)
ເພີ່ມຂຶ້ນຂອງ k-mer ຂອງແຕ່ລະ iteration

--inner_mink arg (=10)
ຄ່າ k ຕໍ່າສຸດພາຍໃນ

--inner_step arg (=5)
ເພີ່ມຂຶ້ນພາຍໃນຂອງ k-mer

-- ຄໍານໍາຫນ້າ arg (=3)
ຄວາມຍາວຂອງຄໍານໍາຫນ້າທີ່ໃຊ້ເພື່ອສ້າງຕາຕະລາງຍ່ອຍ k-mer

--min_count arg (=2)
ຄວາມຄູນຂັ້ນຕໍ່າສຸດສໍາລັບການກັ່ນຕອງ k-mer ເມື່ອສ້າງກາຟ

--min_support arg (=1)
ສະຫນັບສະຫນູນຂັ້ນຕ່ໍາໃນແຕ່ລະ iteration

--num_threads arg (=0)
ຈໍານວນຂອງກະທູ້

--seed_kmer arg (=30)
ຂະຫນາດຂອງແກ່ນຂອງເມັດສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ

--min_contig arg (=200)
ຂະ​ຫນາດ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ contig​

--min_region arg (=500)
ຂະຫນາດຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງພາກພື້ນໃນ genome ອ້າງອີງ

--ຄ້າຍຄືກັນ arg (=0.95)
ຄວາມຄ້າຍຄືກັນສໍາລັບການສອດຄ່ອງ

--max_mismatch arg (=3)
ການແກ້ໄຂຄວາມຜິດພາດສູງສຸດບໍ່ກົງກັນ

--min_pairs arg (=3)
ຈໍານວນຄູ່ຕໍາ່ສຸດທີ່

--max_gap arg (=50)
ຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດໃນການອ້າງອີງ

--no_local
ຢ່າໃຊ້ເຄື່ອງປະກອບທ້ອງຖິ່ນ

--no_ coverage
ຢ່າເຮັດຊ້ຳໃນການຄຸ້ມຄອງ

--no_ຖືກຕ້ອງ
ຢ່າເຮັດການແກ້ໄຂ

--pre_correction
ປະຕິບັດການແກ້ໄຂກ່ອນການປະກອບ

ໃຊ້ idba ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net