impala - ອອນໄລນ໌ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - ເຄື່ອງມືຄົ້ນຫາການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນພື້ນຖານ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ"] [-J "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-d N] [-e X] [-g F] -i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
-j ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ [-m] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

ລະເບີດ2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ"]
[-J "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-j ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-k str] [-m N] [-n] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-ທ N] [-u]
[-ວ N] [-ວ N] [-ຍ N] [-z N]

ລະເບີດ [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ເລີ່ມ, ຢຸດ] [-M str] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P N] [-Q N] [-R ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-l str] [-m N] [-n] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ເລີ່ມ, ຢຸດ] [-M str] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P N] [-Q N] [-R ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l str]
[-m N] [-n] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L ເລີ່ມ, ຢຸດ]
[-M str] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-m N] [-n] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-C ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P N] [-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-R ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-j N] [-k ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l str] [-m N] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-j N] [-m N] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-v N] [-y X] [-z N]

ລະເບີດຂະໜາດໃຫຍ່ [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L ເລີ່ມ, ຢຸດ] [-M N]
[-N N] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P N] [-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l str] [-m N] [-n]
[-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L ເລີ່ມ, ຢຸດ] [-N X] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ [-e X] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-m N]
[-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

ຍອດ [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-k ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ] [-p str]
[-q N] [-r N]

ລາຍລະອຽດ

ຫນ້າຄູ່ມືນີ້ບັນທຶກຄໍາສັ່ງສັ້ນໆ bl2seq, blast, ລະເບີດ, blastcl3,
blastpgp, impala, ລະເບີດຂະໜາດໃຫຍ່, rpsblast, ແລະ ຍອດ. ຄໍາສັ່ງເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນເອກະສານ
ຮ່ວມກັນເພາະວ່າພວກເຂົາມີຫຼາຍທາງເລືອກທົ່ວໄປ.

bl2seq ປະຕິບັດການປຽບທຽບລະຫວ່າງສອງລໍາດັບໂດຍໃຊ້ blastn ຫຼື blastp
ສູດການຄິດໄລ່. ທັງສອງລຳດັບຈະຕ້ອງເປັນນິວຄລີໂອທີນ ຫຼືໂປຣຕີນ.

ລະເບີດ2 ປຽບທຽບລໍາດັບກັບຖານຂໍ້ມູນທ້ອງຖິ່ນຫຼືລໍາດັບທີສອງ; ມັນ
ລວມເອົາການທໍາງານສ່ວນໃຫຍ່ຂອງທັງສອງ bl2seq ແລະ ລະເບີດແຕ່ໃຊ້ເຄິ່ງ
ເຄື່ອງຈັກພາຍໃນທົດລອງໃຫມ່.

ລະເບີດ ແລະ blastall_old ຊອກຫາການຈັບຄູ່ທີ່ດີທີ່ສຸດໃນຖານຂໍ້ມູນທ້ອງຖິ່ນສໍາລັບລໍາດັບ.
ລະເບີດ ໃຊ້ເຄື່ອງຈັກໃຫມ່ກວ່າ blastall_old ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ສະຫນັບສະຫນູນການນໍາໃຊ້ເກົ່າ
ເຄື່ອງຈັກເຊັ່ນດຽວກັນ (ໃນເວລາທີ່ invoked ກັບທາງເລືອກ -V F).

blastcl3 ເຂົ້າເຖິງເຄື່ອງຈັກຊອກຫາ NCBI BLAST ໃໝ່ຫຼ້າສຸດ (ຮຸ່ນ 2.0). ຊອບແວທີ່ຢູ່ເບື້ອງຫຼັງ
BLAST ເວີຊັ່ນ 2.0 ໄດ້ຖືກຂຽນໄວ້ຕັ້ງແຕ່ຕົ້ນເພື່ອໃຫ້ BLAST ສາມາດຈັດການກັບສິ່ງທ້າທາຍໃໝ່ໄດ້
posed ໂດຍຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບໃນຊຸມປີຂ້າງຫນ້າ. ການປັບປຸງຊອບແວນີ້ຈະ
ສືບຕໍ່ໃນຊຸມປີຕໍ່ໜ້າ.

blastpgp ປະຕິບັດການຄົ້ນຫາ gapped blastp ແລະສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອດໍາເນີນການຄົ້ນຫາຊ້ໍາຊ້ອນໃນ
ໂໝດ psi-blast ແລະ phi-blast.

impala ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນຂອງຄະແນນຄະແນນ, ກະກຽມໂດຍ copymat(1), ການຜະລິດຄ້າຍຄື BLAST
ຜົນຜະລິດ.

ລະເບີດຂະໜາດໃຫຍ່ ໃຊ້ algorithm greedy ຂອງ Webb Miller et al. ສໍາລັບລໍາດັບ nucleotide
alignment ຄົ້ນຫາແລະ concatenates ຫຼາຍຄໍາຖາມເພື່ອປະຫຍັດເວລາທີ່ໃຊ້ເວລາສະແກນຖານຂໍ້ມູນ.
ໂຄງ​ການ​ນີ້​ແມ່ນ​ເຫມາະ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ເລັກ​ນ້ອຍ​ເປັນ​ຜົນ​ມາ​ຈາກ​ການ​
sequencing ຫຼື "ຄວາມຜິດພາດ" ທີ່ຄ້າຍຄືກັນອື່ນໆ. ມັນແມ່ນເຖິງ 10 ເທົ່າໄວກ່ວາທົ່ວໄປ
ລໍາດັບໂຄງການທີ່ຄ້າຍຄືກັນແລະດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອປຽບທຽບສອງຊຸດໃຫຍ່ຢ່າງໄວວາ
ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ຕໍ່​ກັນ​ແລະ​ກັນ​.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) ຄົ້ນຫາລໍາດັບການສອບຖາມຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນຂອງໂປຣໄຟລ໌.
ນີ້ແມ່ນກົງກັນຂ້າມກັບ PSI-BLAST ທີ່ຄົ້ນຫາໂປຣໄຟລ໌ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນຂອງລໍາດັບ,
ເພາະສະນັ້ນ, 'ປີ້ນກັບກັນ'. rpsblast ໃຊ້ algorithm ຄ້າຍຄື BLAST, ຊອກຫາຄໍາດຽວຫຼືສອງຄໍາ
hits ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນປະຕິບັດການຂະຫຍາຍ ungapped ໃນການແຂ່ງຂັນຜູ້ສະຫມັກເຫຼົ່ານີ້. ຖ້າ ກ
ການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບຄະແນນສູງພຽງພໍແມ່ນຜະລິດ, ການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງແມ່ນດໍາເນີນການ
ແລະການສອດຄ່ອງເຫຼົ່ານັ້ນ (gapped) ທີ່ມີມູນຄ່າຄາດວ່າຈະຕໍ່າພຽງພໍໄດ້ຖືກລາຍງານ. ນີ້
ຂັ້ນຕອນແມ່ນກົງກັນຂ້າມກັບ IMPALA ທີ່ປະຕິບັດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman ລະຫວ່າງ
ການສອບຖາມແລະແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ວິທີການຕີຄໍາເພື່ອກໍານົດຄໍາທີ່ກົງກັນ
ຄວນໄດ້ຮັບການຂະຫຍາຍ.

ຍອດ ຕອບສອງຄໍາຖາມທີ່ຂ້ອນຂ້າງງ່າຍດາຍ:
1. ໃຫ້ລໍາດັບແລະຖານຂໍ້ມູນຂອງຮູບແບບ, ຮູບແບບທີ່ເກີດຂື້ນໃນລໍາດັບ
ແລະຢູ່ໃສ?
2. ໃຫ້ຮູບແບບແລະຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ, ເຊິ່ງລໍາດັບປະກອບມີຮູບແບບແລະ
ຢູ່ໃສ

ບາງຄໍາສັ່ງເຫຼົ່ານີ້ສະຫນັບສະຫນູນຫຼາຍປະເພດຂອງການປຽບທຽບ, ຄວບຄຸມໂດຍ -p
("ໂຄງການ") ທຸງ:

blastp ປຽບທຽບລໍາດັບການສອບຖາມອາຊິດ amino ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ.

blastn ປຽບທຽບລໍາດັບການສອບຖາມ nucleotide ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide.

blastx ປຽບທຽບຜະລິດຕະພັນການແປແນວຄວາມຄິດຫົກເຟຣມຂອງການສອບຖາມ nucleotide
ລໍາດັບ (ທັງສອງ strands) ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ. ສໍາລັບ bl2seq, ການ
nucleotide ຄວນເປັນລໍາດັບທໍາອິດທີ່ໄດ້ຮັບ.

psitblastn ປຽບທຽບລໍາດັບການສອບຖາມທາດໂປຼຕີນຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide
ແປແບບໄດນາມິກໃນກອບການອ່ານທັງ XNUMX (ທັງສອງສາຍ) ໂດຍໃຊ້ a
ຕຳແໜ່ງເມທຣິກສະເພາະທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ PSI-BLAST.

tblastn ປຽບທຽບລໍາດັບການສອບຖາມທາດໂປຼຕີນຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide
ແປແບບໄດນາມິກໃນກອບການອ່ານທັງ XNUMX (ທັງສອງສາຍ). ສໍາລັບ bl2seq,
nucleotide ຄວນເປັນລໍາດັບທີສອງທີ່ໄດ້ຮັບ.

tblastx ປຽບທຽບການແປຫົກກອບຂອງລໍາດັບການສອບຖາມ nucleotide ຕໍ່ກັບການ
ການແປຫົກກອບຂອງຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide.

OPTIONS

ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.

- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້

-A (bl2seq)
ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບຂອງ accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
ຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມຫຼາຍ Hits; ໂດຍ​ທົ່ວ​ໄປ​ແລ້ວ​ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ເປັນ 0 (ສໍາ​ລັບ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ຕີ​ດຽວ​)​, ແຕ່​
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 40 ເມື່ອໃຊ້ແມ່ແບບທີ່ບໍ່ຕິດກັນ.

-B N (ລະເບີດ2)
ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ​ໃນ​ການ​ບິນ​:
0 none (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ຕາຕະລາງການຊົດເຊີຍແລະມູນຄ່າຄຸນນະພາບ
2 ເພີ່ມຂໍ້ມູນລໍາດັບ
3 ຂໍ້ຄວາມ ASN.1
4 ໄບນາຣີ ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
ຈໍານວນການສອບຖາມທີ່ປະສົມປະສານ, ໃນຮູບແບບ blastn ຫຼື tblastn

-B ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastpgp)
Input Alignment File for PSI-BLAST Restart

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ໃຊ້ສະຖິຕິທີ່ອີງໃສ່ອົງປະກອບສໍາລັບ blastp ຫຼື tblastn:
T, t, D, ຫຼື d
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ (ເທົ່າກັບ 1 ສໍາລັບການ ລະເບີດ2 ແລະ blastall_old ແລະເພື່ອ 2 ສໍາລັບການ ລະເບີດ
ແລະ blastcl3)
0, F, ຫຼື f
ບໍ່ມີສະຖິຕິທີ່ອີງໃສ່ອົງປະກອບ
1 ສະ​ຖິ​ຕິ​ອີງ​ໃສ່​ການ​ປະ​ກອບ​ເປັນ​ໃນ​ ນາ 29:2994-3005, 2001
2 ການປັບຄະແນນຕາມອົງປະກອບຕາມໃນ Bioinformatics 21:902-911, 2005, ທ.
ເງື່ອນໄຂໃນຄຸນສົມບັດລໍາດັບ
3 ການປັບຄະແນນຕາມອົງປະກອບຕາມໃນ Bioinformatics 21:902-911, 2005, ທ.
ໂດຍບໍ່ມີເງື່ອນໄຂ
ເມື່ອເປີດໃຊ້ສະຖິຕິໃນ blastall, blastall_old, ຫຼື blastcl3 (ie, ບໍ່ blast2),
ເພີ່ມເຕີມ u (case-insensitive) ກັບໂຫມດເຮັດໃຫ້ການນໍາໃຊ້ p-values ​​ປະສົມປະສານ
ການປະສົມປະສານການຈັດຮຽງ ແລະຄ່າ p-values ​​ໃນຮອບທີ 1 ເທົ່ານັ້ນ.

-C ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastpgp)
ໄຟລ໌ອອກສໍາລັບ PSI-BLAST Checkpointing

-C N (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ຄະແນນພຽງແຕ່ຫຼືບໍ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1)

-D N (bl2seq)
ຮູບແບບຜົນໄດ້ຮັບ:
0 ແບບດັ້ງເດີມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ຕາຕະລາງ

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ແປລໍາດັບໃນຖານຂໍ້ມູນຕາມລະຫັດພັນທຸກໍາ N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1; ນຳໃຊ້ກັບ tblast* ເທົ່ານັ້ນ)

-D N (megablast)
ປະເພດຜົນຜະລິດ:
0 ຈຸດສິ້ນສຸດການຈັດຮຽງ ແລະຄະແນນ
1 ຈຸດສິ້ນສຸດຂອງພາກສ່ວນທີ່ບໍ່ໄດ້ນຳໃຊ້ທັງໝົດ
2 ຜົນຜະລິດ BLAST ແບບດັ້ງເດີມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
3 ແຖບຂັ້ນດ້ວຍຮູບແບບແຖວໜຶ່ງ
4 ຂໍ້ຄວາມເພີ່ມ ASN.1
5 ການເພີ່ມຖານສອງ ASN.1

-D N (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຫຼຸດລົງໃນການຈັດຮຽງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
ການຂະຫຍາຍຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນຊ່ອງຫວ່າງ N (-1 ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
ການຂະຫຍາຍຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນຊ່ອງຫວ່າງ N (-1 ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ການ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ໃນ​ຕອນ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​ເປັນ​ການ​ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ໂລບ​, 2​
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
ການຂະຫຍາຍຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນຊ່ອງຫວ່າງ N (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) ຕົວເລືອກການກັ່ນຕອງສໍາລັບ DUST ຫຼື SEG; ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ
T ສໍາລັບ bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, ແລະ megablast, ແລະເພື່ອ F ສໍາລັບການ
blastpgp, impala, ແລະ rpsblast.

-F (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ລຳດັບການກັ່ນຕອງດ້ວຍ SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
ການເປີດຊ່ອງຫວ່າງຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ N (-1 ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
ການເປີດຊ່ອງຫວ່າງຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ N (-1 ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ໃນ​ຕອນ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​ເປັນ​ການ​ຕິດ​ຕໍ່​ພົວ​ພັນ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ໂລບ​, 5 ຖ້າ​
ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ໂຄງ​ການ​ເຄື່ອນ​ໄຫວ​)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
ການເປີດຊ່ອງຫວ່າງຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ N (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 11)

-H (ລະເບີດ2)
ຜະລິດ HTML ອອກ

-H N (blastpgp)
ການສິ້ນສຸດຂອງພາກພື້ນທີ່ຕ້ອງການໃນການສອບຖາມ (-1 ສະແດງເຖິງຈຸດສິ້ນສຸດຂອງການສອບຖາມ)

-H (impala)
ການ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ການ​ພິມ (ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ກັບ​ຂໍ້​ຄວາມ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​)

-H N (megablast)
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງ HSPs ເພື່ອບັນທຶກຕໍ່ລໍາດັບຖານຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0, ບໍ່ຈໍາກັດ)

-I "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ" (bl2seq, blast2)
ສະຖານທີ່ຢູ່ໃນລໍາດັບທໍາອິດ (ຄໍາຖາມ) (ໃຊ້ພຽງແຕ່ຖ້າໄຟລ໌ລະບຸໄວ້ກັບ -i ປະກອບດ້ວຍ
ລໍາ​ດັບ​ດຽວ​)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) ສະແດງ GIs ໃນຂອບເຂດກໍານົດ

-J "ການເລີ່ມຕົ້ນ ຢຸດ" (bl2seq, blast2)
ສະຖານທີ່ຢູ່ໃນລໍາດັບທີສອງ (ຫົວຂໍ້) (ໃຊ້ພຽງແຕ່ຖ້າໄຟລ໌ລະບຸໄວ້ກັບ -j
ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ລໍາ​ດັບ​ດຽວ​)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) ເຊື່ອການກໍານົດການສອບຖາມ

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
ຈໍານວນຍອດນິຍົມທີ່ດີທີ່ສຸດຈາກພາກພື້ນທີ່ຈະຮັກສາໄວ້. ປິດຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ຖ້າໃຊ້ຄ່າ 100
ແມ່ນແນະນໍາ. ຄຸນ​ຄ່າ​ສູງ​ຫຼາຍ​ຂອງ​ -v or -b ຍັງໄດ້ແນະນໍາ.

-K N (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ຕົວຄູນຂະໜາດບັຟເຟີ hit ພາຍໃນ (ຄວາມຍາວຂອງຄິວຣີ wrt; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 2)

-L (ລະເບີດ2)
ໃຊ້ (ຄລາສສິກ Mega BLAST) ຕາຕະລາງຊອກຫາທີ່ມີຄວາມກວ້າງ 12

-L ເລີ່ມ, ຢຸດ (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) ສະຖານທີ່ຢູ່ໃນລໍາດັບແບບສອບຖາມ (ສໍາລັບ rpsblast, ພຽງແຕ່ໃຊ້ໃນໂຫມດ blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) ໃຊ້ matrix str (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = BLOSUM62)

-M N (megablast)
ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງຄໍາຖາມຄົ້ນຫາດຽວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 5000000)

-N (ລະເບີດ2)
ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ພຽງ​ແຕ່​ການ​ເຂົ້າ​ມາ​ສໍາ​ລັບ IDs ລໍາ​ດັບ​ໃນ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຕາ​ຕະ​ລາງ​

-N X (blastpgp, rpsblast)
ຈຳນວນບິດເພື່ອກະຕຸ້ນຊ່ອງຫວ່າງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 22.0)

-N N (megablast)
ປະເພດຂອງແມ່ແບບຄໍາທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ:
0 ລະຫັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ທີ່ດີທີ່ສຸດ
2 ສອງ​ພ້ອມ​ກັນ​

-O ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) ຂຽນ (ASN.1) ການຈັດລໍາດັບລໍາດັບ
to ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ; ໃຊ້ໄດ້ກັບ blastpgp, impala, rpsblast, ແລະ seedtop ເທົ່ານັ້ນ -J, ແລະ
ໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ສໍາລັບ megablast ກັບ -2 ກີບ.

-P X (ລະເບີດ2)
ການ​ຕັດ​ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ຕົວ​ຕົນ​

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
ຕັ້ງເປັນ 1 ສໍາລັບໂຫມດຕີດຽວ ຫຼື 0 ສໍາລັບໂຫມດຫຼາຍຕີ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ). ບໍ່ນຳໃຊ້
ລະເບີດ.

-P ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (impala)
ອ່ານໂປຣໄຟລ໌ເມທຣິກຈາກຖານຂໍ້ມູນ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-P N (megablast)
ຈໍານວນຕໍາແໜ່ງສູງສຸດສໍາລັບຄ່າ hash (ຕັ້ງເປັນ 0 [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ] ທີ່ຈະບໍ່ສົນໃຈ)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ແປຄໍາຖາມຕາມລະຫັດພັນທຸກໍາ N ໃນ /usr/share/ncbi/data/gc.prt (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 1)

-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastpgp)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສໍາລັບ PSI-BLAST Matrix ໃນ ASCII

-Q ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (megablast)
Masked query output; ຕ້ອງການ -D 2

-R (ລະເບີດ2)
ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງ Smith-Waterman ທີ່ດີທີ່ສຸດໃນທ້ອງຖິ່ນ. (ທາງເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ເທົ່ານັ້ນ
ສໍາລັບ tblastn gapped.)

-R ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastall, blastall_old)
ອ່ານໄຟລ໌ດ່ານ PSI-TBLASTN ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-R (blastcl3)
ການຄົ້ນຫາລະເບີດ RPS

-R ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastpgp)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການປິດເປີດ PSI-BLAST ຄືນໃໝ່

-R (megablast)
ລາຍງານຂໍ້ມູນບັນທຶກໃນຕອນທ້າຍຂອງຜົນຜະລິດ

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) ສາຍສອບຖາມເພື່ອຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນສໍາລັບ blastn, blastx, tblastx:
1 ອັນດັບ
2 ລຸ່ມ
3 ທັງສອງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-S N (blastpgp)
ເລີ່ມຕົ້ນຂອງພາກພື້ນທີ່ຕ້ອງການໃນການສອບຖາມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1)

-S N (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ຄ່າ​ໃຊ້​ຈ່າຍ​ຕັດ​ສິນ​ຄ້າ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ = 30​)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) ຜະລິດຜົນຜະລິດ HTML

-T N (ລະເບີດ2)
ປະເພດຂອງແມ່ແບບຄໍາທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ:
0 ລະຫັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ທີ່ດີທີ່ສຸດ
2 ສອງ​ພ້ອມ​ກັນ​

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) ໃຊ້ການກັ່ນຕອງຕົວພິມນ້ອຍສໍາລັບລໍາດັບການສອບຖາມ

-V (bl2seq, blastall, megablast)
ບັງຄັບໃຊ້ເຄື່ອງຈັກເດີມ

-V (ລະເບີດ2)
ໃຊ້ວິທີການຂະຫນາດຄໍາທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້ເພື່ອສະແກນຖານຂໍ້ມູນ

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ໃຊ້ຄໍາສັບຂະຫນາດ N (ຄວາມຍາວຂອງການແຂ່ງຂັນທີ່ສົມບູນແບບທີ່ດີທີ່ສຸດ;
zero ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ໃນ​ຕອນ​ຕົ້ນ​, ຍົກ​ເວັ້ນ​ມີ megablast​, ເຊິ່ງ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ທີ່ 28​, ແລະ​
blastpgp, ເຊິ່ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 3. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຄໍາສັ່ງອື່ນແຕກຕ່າງກັນກັບ
"ໂຄງການ": 11 ສໍາລັບ blastn, 28 ສໍາລັບ megablast, ແລະ 3 ສໍາລັບທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງອື່ນ.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) X dropoff value for gapped alignment (ໃນ
bits) (ສູນເອີ້ນພຶດຕິກຳເລີ່ມຕົ້ນ, ຍົກເວັ້ນກັບ megablast, ເຊິ່ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 20,
ແລະ rpsblast ແລະ seedtop, ເຊິ່ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 15. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບການອື່ນໆ
ຄໍາສັ່ງແຕກຕ່າງກັນກັບ "ໂຄງການ": 30 ສໍາລັບ blastn, 20 ສໍາລັບ megablast, 0 ສໍາລັບ tblastx, ແລະ.
15 ສໍາ​ລັບ​ທຸກ​ສິ່ງ​ທຸກ​ຢ່າງ​.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ຄວາມຍາວທີ່ມີປະສິດທິພາບຂອງພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາ (ໃຊ້ສູນສໍາລັບ
ຂະ​ຫນາດ​ແທ້​ຈິງ​)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X dropoff value ສໍາລັບສຸດທ້າຍ [ການດໍາເນີນໂຄງການແບບເຄື່ອນໄຫວ?] gapped
ການຈັດຮຽງເປັນບິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100 ສໍາລັບ blastn ແລະ megablast, 0 ສໍາລັບ tblastx, 25 ສໍາລັບ
ອື່ນໆ)

-a ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (bl2seq)
ຂຽນຂໍ້ຄວາມ ASN.1 output ຫາ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ຈຳນວນກະທູ້ທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນອັນດຽວ)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ຈໍານວນລໍາດັບຖານຂໍ້ມູນເພື່ອສະແດງການຈັດຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບ
(B) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 250)

-c (ລະເບີດ2)
ຫນ້າກາກຕົວພິມນ້ອຍ

-c N (impala)
ຄົງທີ່ໃນ pseudocounts ສໍາລັບສະບັບ multipass; 0 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ໃຊ້ວິທີການ entropy;
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນຄ່າທີ່ຢູ່ໃກ້ 30 ແມ່ນແນະນໍາໃຫ້

-c N (impala)
ຄົງທີ່ໃນ pseudocounts ສໍາລັບສະບັບ multipass (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10)

-d N (bl2seq)
ໃຊ້ຂະຫນາດ DB ທິດສະດີຂອງ N (ສູນໝາຍເຖິງຂະໜາດທີ່ແທ້ຈິງ)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) ຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ nr ສໍາລັບການປະຕິບັດທັງຫມົດ
ຍົກ​ເວັ້ນ blast2​, ເຊິ່ງ​ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ລໍາ​ດັບ FASTA ຄັ້ງ​ທີ​ສອງ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ນີ້​ບໍ່​ໄດ້​ກໍາ​ນົດ​)

-d ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (rpsblast)
ຖານຂໍ້ມູນ RPS BLAST

-e X ຄ່າຄວາມຄາດຫວັງ (E) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ເກນສໍາລັບການຂະຫຍາຍ hits, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຖ້າສູນ: 0 ສໍາລັບ blastn ແລະ megablast, 11 ສໍາລັບ
blastp, 12 ສໍາລັບ blastx, ແລະ 13 ສໍາລັບ tblasn ແລະ tblastx.

-f N (blastpgp)
ເກນສໍາລັບການຂະຫຍາຍ hits (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 11)

-f (megablast)
ສະແດງ ID ເຕັມຢູ່ໃນຜົນໄດ້ຮັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ພຽງແຕ່ GIs ຫຼື accessions)

-f (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ບັງຄັບໃຫ້ຊອກຫາຮູບແບບເຖິງແມ່ນວ່າຈະເປັນໄປໄດ້ເກີນໄປ

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
ຢ່າປະຕິບັດການຈັດວາງ gapped (N/A ສໍາລັບ tblastx)

-g (ລະເບີດ2)
ໃຊ້ algorithm greedy ສໍາລັບການຂະຫຍາຍ gapped

-g F (megablast)
ເຮັດໃຫ້ megablast ທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນສ້າງຄໍາສັບສໍາລັບທຸກໆພື້ນຖານຂອງຖານຂໍ້ມູນ
(ບັງຄັບກັບເຄື່ອງຈັກ BLAST ໃນປັດຈຸບັນ)

-h N (ລະເບີດ2)
ການປັບປ່ຽນຂອບສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງນອກກອບ (blastx, tblastn ເທົ່ານັ້ນ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ສູນ)

-h X (blastpgp, impala)
ເກນ e-value ສໍາລັບການລວມຢູ່ໃນຕົວແບບ multipass (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.002 ສໍາລັບ blastpgp,
0.005 ສໍາລັບ impala)

-i ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ອ່ານ (ທໍາອິດ, ສອບຖາມ) ລໍາດັບຫຼືກໍານົດຈາກ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ stdin; ບໍ່ຈໍາເປັນສໍາລັບ
blastpgp ຖ້າ restart ຈາກ scoremat)

-j ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (bl2seq, blast2)
ອ່ານລໍາດັບທີສອງ (ຫົວຂໍ້) ຫຼືກໍານົດຈາກ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-j N (blastpgp)
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ passes ເພື່ອ​ນໍາ​ໃຊ້​ໃນ​ສະ​ບັບ multipass (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ = 1​)

-k str (ລະເບີດ2)
ຮູບແບບຂອງ PHI-BLAST

-k ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (blastpgp, seedtop)
ປ້ອນໄຟລ໌ hit ສໍາລັບ PHI-BLAST (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
ຈໍາ​ກັດ​ການ​ຊອກ​ຫາ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ​ໃນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່​ຂອງ GI ຂອງ [String​]

-l ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ (rpsblast)
ບັນທຶກຂໍ້ຄວາມໃສ່ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ ແທນທີ່ຈະເປັນຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ.

-m (bl2seq)
ໃຊ້ Mega Blast ສໍາລັບການຊອກຫາ

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ຕົວເລືອກມຸມເບິ່ງການຈັດຮຽງ:
0 ຄູ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 query-anchored ສະແດງຕົວຕົນ
2 query-anchored, ບໍ່ມີຕົວຕົນ
3 ແບບສອບຖາມແບບຮາບພຽງ, ສະແດງໃຫ້ເຫັນຕົວຕົນ
4 ແບບສອບຖາມແບບຮາບພຽງ, ບໍ່ມີການລະບຸຕົວຕົນ
5 query-anchored, ບໍ່ມີຕົວຕົນແລະປາຍ blunt
6 ແບບສອບຖາມແບບຮາບພຽງ, ບໍ່ມີການລະບຸຕົວຕົນ ແລະປາຍແຫຼມ
7 XML Blast output (ບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ສໍາລັບ impala)
8 ຕາຕະລາງ (ບໍ່ມີສໍາລັບ impala)
9 ຕາຕະລາງທີ່ມີເສັ້ນສະແດງຄວາມຄິດເຫັນ (ບໍ່ມີສໍາລັບ impala)
10 ຂໍ້ຄວາມ ASN.1 (ບໍ່ມີສໍາລັບ impala ຫຼື rpsblast)
11 ASN.1 binary (ບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ສໍາລັບ impala ຫຼື rpsblast)

-n (ລະເບີດ2)
ສະແດງ GIs ໃນ ID ລໍາດັບ

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
ຄົ້ນຫາ MegaBlast

-n (megablast)
ໃຊ້ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ບໍ່ແມ່ນຄວາມໂລບມາກ (ການຂຽນໂປລແກລມແບບເຄື່ອນໄຫວ) ສໍາລັບຄະແນນຊ່ອງຫວ່າງທີ່ໜ້າສົນໃຈ

-o ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຂຽນບົດລາຍງານການຈັດລໍາດັບຂັ້ນສຸດທ້າຍໃສ່ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ ແທນທີ່ຈະ stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ໃຊ້ "ໂຄງການ" (ປະເພດການປຽບທຽບ) str. ໄດ້ ລາຍລະອຽດ ພາກ​ສ່ວນ​ກວມ​ເອົາ​ນີ້​
ທາງເລືອກໃນລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ.

-p str (blastpgp)
ທາງເລືອກໂຄງການສໍາລັບ PHI-BLAST (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = blastpgp)

-p X (megablast)
ການ​ຕັດ​ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ຕົວ​ຕົນ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ = 0​)

-p F (rpsblast)
ລໍາດັບຄໍາຖາມແມ່ນ nucleotide, ບໍ່ແມ່ນທາດໂປຼຕີນ

-p str (ຊັ້ນຕົ້ນ)
ຊື່ໂຄງການ:
patmatchp ຊີ້ບອກວ່າຮູບແບບໃດເກີດຂື້ນໃນລໍາດັບ
patternp ຊີ້ບອກວ່າລໍາດັບໃດປະກອບດ້ວຍຮູບແບບ

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) ການລົງໂທດສໍາລັບ nucleotide mismatch (blastn ເທົ່ານັ້ນ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = -10
ສໍາລັບ seedtop, -3 ສໍາລັບທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງອື່ນ)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat ການປ້ອນຂໍ້ມູນຂອງຈຸດກວດກາ:
0 ບໍ່ມີການປ້ອນຂໍ້ມູນຄະແນນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ຣີສະຕາດຈາກໄຟລ໌ຈຸດກວດຄະແນນ ASCII
2 ຣີສະຕາດຈາກໄຟລ໌ checkpoint scoremat binary

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) ລາງວັນສໍາລັບການຈັບຄູ່ nucleotide (blastn ເທົ່ານັ້ນ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 10 ສໍາລັບ
seedtop, -10 ສໍາລັບທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງອື່ນ)

-s (ລະເບີດ2)
No-op (ອະດີດຮ້ອງຂໍໃຫ້ສ້າງຄໍາສັບສໍາລັບທຸກໆພື້ນຖານຂອງຖານຂໍ້ມູນ)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງ Smith-Waterman ທີ່ດີທີ່ສຸດໃນທ້ອງຖິ່ນ. ສໍາລັບ blastall, blastall_old, ແລະ
blastcl3, ນີ້ມີຢູ່ໃນໂໝດ tblastn gapped ເທົ່ານັ້ນ.

-s N (megablast)
ຄະແນນຕີໜ້ອຍສຸດເພື່ອລາຍງານ (0 ສຳລັບພຶດຕິກຳເລີ່ມຕົ້ນ)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ແມ່​ແບບ​ຄໍາ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ (ຄໍາ​ແນະ​ນໍາ​ທີ່​ໃຫຍ່​ທີ່​ສຸດ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ໃນ​ການ​ແປ​ເປັນ​
ລໍາດັບ nucleotide ໃນເວລາທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ການມອບຫມາຍທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼາຍ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0;
ຄ່າລົບປິດການເຊື່ອມຕໍ່ສໍາລັບ blastall, blastall_old, ແລະ blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
ການປັບຄະແນນຕາມອົງປະກອບ. ລັກສະນະທໍາອິດຖືກຕີຄວາມຫມາຍດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
0, F, ຫຼື f
ບໍ່ມີສະຖິຕິໂດຍອີງໃສ່ອົງປະກອບ
1 ສະ​ຖິ​ຕິ​ອີງ​ໃສ່​ການ​ປະ​ກອບ​ເປັນ​ໃນ​ ນາ 29:2994-3005, 2001
2, T, ຫຼື t
ການປັບຄະແນນຕາມອົງປະກອບຕາມໃນ Bioinformatics 21:902-911, 2005, ທ.
ເງື່ອນໄຂໃນຄຸນສົມບັດລໍາດັບໃນຮອບ 1 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
3 ການປັບຄະແນນຕາມອົງປະກອບຕາມໃນ Bioinformatics 21:902-911, 2005, ທ.
ໂດຍ​ບໍ່​ມີ​ເງື່ອນ​ໄຂ​ໃນ​ຮອບ 1

ເມື່ອສະຖິຕິທີ່ອີງໃສ່ອົງປະກອບແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້, ຕໍ່ທ້າຍ u (case-insensitive) ກັບ
argument ຮ້ອງຂໍ unified p-value ປະສົມປະສານການຈັດຕໍາແຫນ່ງ p-value ແລະອົງປະກອບ p-
ຄ່າໃນຮອບ 1 ເທົ່ານັ້ນ.

-t N (megablast)
ຄວາມຍາວຂອງແມ່ແບບຄໍາທີ່ບໍ່ຕິດກັນ (ຄໍາທີ່ຕິດກັນຖ້າ 0 [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ])

-u (ລະເບີດ2)
ເຮັດພຽງແຕ່ການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ (ຖືກຕ້ອງສະເໝີສໍາລັບ tblastx)

-u str (blastcl3)
ຈໍາ​ກັດ​ການ​ຊອກ​ຫາ​ຂອງ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ​ເພື່ອ​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ຂອງ​ການ​ຊອກ​ຫາ Entrez2​

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat ຜົນໄດ້ຮັບຂອງຂໍ້ມູນຈຸດກວດກາ:
0 ບໍ່ມີຄະແນນຜົນໄດ້ຮັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ຜົນຜະລິດ ASCII scoremat checkpoint file (ຕ້ອງການ -J)
2 output binary scoremat ໄຟລ໌ checkpoint (ຕ້ອງການ -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ຈໍານວນຄໍາອະທິບາຍເສັ້ນຫນຶ່ງເພື່ອສະແດງ (V) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ =
500)

-w N (ລະເບີດ2)
ຂະໜາດໜ້າຈໍ (ໄລຍະຫ່າງສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດລະຫວ່າງຄູ່ຂອງການຕີເບື້ອງຕົ້ນ; 0 ຮຽກຮ້ອງ
ພຶດຕິກໍາເລີ່ມຕົ້ນ, -1 ປິດການຕີຫຼາຍຄັ້ງ)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
ການປັບປ່ຽນຂອບ (ສູດການຄິດໄລ່ OOF ສໍາລັບ blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff ສໍາລັບສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ໃນ bits (0.0 ຮຽກຮ້ອງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ພຶດຕິກໍາ: 20 ສໍາລັບ blastn, 10 ສໍາລັບ megablast, ແລະ 7 ສໍາລັບອື່ນໆທັງຫມົດ.)

-y N (megablast)
X dropoff ຄ່າສໍາລັບສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10)

-z N (ລະເບີດ2)
ຄວາມຍາວຂອງ intro ຍາວທີ່ສຸດສໍາລັບການເຊື່ອມຕໍ່ HSP ຊ່ອງຫວ່າງທີ່ບໍ່ສະເຫມີກັນ (tblastn ເທົ່ານັ້ນ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) ຄວາມຍາວທີ່ມີປະສິດທິພາບຂອງຖານຂໍ້ມູນ (ໃຊ້ສູນສໍາລັບຂະຫນາດທີ່ແທ້ຈິງ)

ໃຊ້ impala ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net