jackhmmer - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

jackhmmer - ລໍາດັບການຄົ້ນຫາຊໍ້າໆກັບຖານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

jackhmmer [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

jackhmmer ຄົ້ນຫາແບບສອບຖາມແຕ່ລະລໍາດັບໃນ ຕໍ່ກັບເປົ້າໝາຍ
ລໍາດັບ (s) ໃນ . ການຊ້ຳຄັ້ງທຳອິດແມ່ນຄືກັນກັບ a phmmer ຄົ້ນຫາ. ສໍາ​ລັບ
iteration ຕໍ່ໄປ, ການຈັດລໍາດັບຫຼາຍແບບຂອງຄໍາຖາມຮ່ວມກັນກັບລໍາດັບເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດ
ພໍໃຈ ລວມມີ ຂອບເຂດ ໄດ້ຖືກປະກອບ, ໂປຣໄຟລ໌ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນຈາກການຈັດວາງນີ້
(ຄ້າຍຄືກັນກັບການນໍາໃຊ້ hmmbuild ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​)​, ແລະ​ການ​ຊອກ​ຫາ profile ຂອງ​ ແມ່ນແລ້ວ
(ຄ້າຍຄືກັນກັບ hmmmsearch ກັບ profile).

ການສອບຖາມ ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີທີ່ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນ
ອ່ານຈາກ ກ ທໍ່ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌. ໄດ້ ບໍ່ສາມາດອ່ານໄດ້ຈາກ a
ກະແສ, ເພາະວ່າ jackhmmer ຈໍາເປັນຕ້ອງເຮັດຫຼາຍ passes ໃນໄລຍະຖານຂໍ້ມູນ.

ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອໃຫ້ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ແຕ່ມັກຈະມີປະລິມານຫຼາຍ
ການອ່ານມັນບໍ່ມີປະໂຫຍດ, ແລະການແຍກມັນເປັນເລື່ອງເຈັບປວດ. ໄດ້ --tblout ແລະ --domtblout ທາງເລືອກໃນການ
ບັນທຶກຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບຕາຕະລາງທີ່ງ່າຍດາຍທີ່ຫຍໍ້ແລະງ່າຍຕໍ່ການວິເຄາະ. ໄດ້ -o ທາງເລືອກ
ອະນຸຍາດໃຫ້ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ, ລວມທັງການຖິ້ມມັນອອກໄປໃນ /dev/null.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

-N ກໍານົດຈໍານວນສູງສຸດຂອງການເຮັດຊ້ໍາອີກເປັນ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 5. ຖ້າ N=1, ຜົນໄດ້ຮັບ
ເທົ່າກັບ a phmmer ຄົ້ນຫາ

OPTIONS ການຄວບຄຸມ OUTPUT

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຜົນຜະລິດສໍາລັບແຕ່ລະ iteration ຈະປາກົດຢູ່ໃນ stdout ໃນສິ່ງທີ່ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້,
ຮູບແບບທີ່ສາມາດວິເຄາະໄດ້. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດນັ້ນຫຼືປະຫຍັດ
ປະເພດເພີ່ມເຕີມຂອງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌, ລວມທັງໄຟລ໌ checkpoint ສໍາລັບແຕ່ລະ iteration.

-o ຊີ້ທິດທາງຜົນຜະລິດທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້ໄປຫາໄຟລ໌ .

-A ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ເຮັດ​ຊ້ຳ​ຄັ້ງ​ສຸດ​ທ້າຍ​, ໃຫ້​ບັນ​ທຶກ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ຫຼາຍ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ຂອງ​ການ hits ທັງ​ຫມົດ​
ເກນການລວມທີ່ພໍໃຈ (ລວມທັງການສອບຖາມຕົ້ນສະບັບ) ໄປຫາ in
ຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ.

--tblout
ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ເຮັດ​ຊ້ຳ​ຄັ້ງ​ສຸດ​ທ້າຍ​, ບັນ​ທຶກ​ການ​ສະ​ຫຼຸບ​ສັງ​ລວມ​ຕາ​ຕະ​ລາງ​ຂອງ​ການ​ຕິດ​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ​ສູງ​ສຸດ​ ຢູ່​ໃນ
parseable ພ້ອມ, columnar, whitespace-delimited format.

--domtblout
ຫຼັງຈາກ iteration ສຸດທ້າຍ, ບັນທຶກບົດສະຫຼຸບຕາຕະລາງຂອງ hits ໂດເມນເທິງ ຢູ່​ໃນ
parseable ພ້ອມ, columnar, whitespace-delimited format.

--chkhmm
ໃນຕອນເລີ່ມຕົ້ນຂອງການຊໍ້າຄືນແຕ່ລະຄັ້ງ, ໃຫ້ກວດເບິ່ງຄໍາຖາມ HMM, ບັນທຶກມັນໄວ້ໃນໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່
- .ຫຶມ ບ່ອນທີ່ ແມ່ນຕົວເລກ iteration (ຈາກ 1..N).

--chkali
ໃນຕອນທ້າຍຂອງແຕ່ລະ iteration, ກວດເບິ່ງການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງໂດເມນທັງຫມົດທີ່ຫນ້າພໍໃຈ
ເກນການລວມ (ເຊັ່ນ: ສິ່ງທີ່ຈະກາຍເປັນ HMM ຄໍາຖາມສໍາລັບການ iteration ຕໍ່ໄປ),
ບັນທຶກມັນໄວ້ໃນໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ <ຈຸດກວດກາ ເອກະສານ ຄຳນຳໜ້າ>- .sto ໃນ​ຮູບ​ແບບ Stockholm​,
ບ່ອນທີ່ ແມ່ນຕົວເລກ iteration (ຈາກ 1..N).

--acc ໃຊ້ການເຂົ້າໃຊ້ແທນຊື່ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ, ບ່ອນທີ່ມີໃຫ້ກັບໂປຣໄຟລ໌
ແລະ/ຫຼື ລຳດັບ.

--ໂນອາລີ
ຂ້າມພາກສ່ວນການຈັດຮຽງຈາກຜົນຜະລິດຫຼັກ. ນີ້ສາມາດຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຜົນຜະລິດ
ປະລິມານ.

--notextw
ບໍ່ຈໍາກັດຄວາມຍາວຂອງແຕ່ລະເສັ້ນໃນຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈໍາກັດ 120
ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ຕໍ່​ແຖວ​, ເຊິ່ງ​ຈະ​ຊ່ວຍ​ໃນ​ການ​ສະ​ແດງ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​ຢ່າງ​ສະ​ອາດ​ຢູ່​ໃນ terminals ແລະ​
ໃນບັນນາທິການ, ແຕ່ສາມາດຕັດເສັ້ນລາຍລະອຽດໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍ.

--textw
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຍາວເສັ້ນຂອງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍເປັນ ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
120​.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ດຽວ ລໍາດັບ ຄະແນນ (FIRST ITERATION)

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການຊໍ້າຄືນຄັ້ງທຳອິດຈະໃຊ້ຮູບແບບການຄົ້ນຫາທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກການສອບຖາມດຽວ
ລຳດັບ. ຮູບແບບນີ້ແມ່ນການກໍ່ສ້າງໂດຍໃຊ້ມາດຕະຖານ 20x20 ມາດຕະຖານທົດແທນ matrix ສໍາລັບ residue
ຄວາມເປັນໄປໄດ້, ແລະສອງຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງຕໍາແຫນ່ງເອກະລາດເປີດແລະຊ່ອງຫວ່າງ
ຂະຫຍາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້. ທາງ​ເລືອກ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຕົວ​ກໍາ​ນົດ​ການ​ໃຫ້​ຄະ​ແນນ​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ​ດຽວ​ໃນ​ຕອນ​ຕົ້ນ​
ຈະໄດ້ຮັບການປ່ຽນແປງ.

--popen
ກໍານົດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບຮູບແບບການສອບຖາມລໍາດັບດຽວກັບ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 0.02. ຕ້ອງເປັນ >= 0 ແລະ < 0.5.

-- ຂະຫຍາຍ
ກໍານົດຊ່ອງຫວ່າງຂະຫຍາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຮູບແບບການສອບຖາມລໍາດັບດຽວກັບ . ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.4. ຕ້ອງເປັນ >= 0 ແລະ < 1.0.

--mx
ໄດ້​ຮັບ​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ການ​ຈັດ​ວາງ residue ຈາກ matrix ການ​ທົດ​ແທນ​ທີ່​ມີ​ຊື່​
. matrices ມາດຕະຖານຈໍານວນຫນຶ່ງແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໃນ, ແລະບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງອ່ານຈາກ
ໄຟລ໌. ຊື່ matrix ສາມາດເປັນ PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80, ຫຼື BLOSUM90. ພຽງແຕ່ຫນຶ່ງຂອງ --mx ແລະ --mxfile
ທາງເລືອກອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້.

--mxfile
ໄດ້​ຮັບ​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ການ​ຈັດ​ວາງ residue ຈາກ matrix ການ​ທົດ​ແທນ​ໃນ​ໄຟລ​໌​
. ມາຕຣິກເບື້ອງຄະແນນເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ BLOSUM62 (ມາຕຣິກເບື້ອງນີ້ແມ່ນຢູ່ໃນ HMMER
ແລະບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງມີຢູ່ໃນໄຟລ໌). ຮູບແບບຂອງຕາຕະລາງການທົດແທນ
ແມ່ນຮູບແບບມາດຕະຖານທີ່ຍອມຮັບໂດຍ BLAST, FASTA, ແລະລໍາດັບອື່ນໆ
ຊອບ​ແວ​ວິ​ເຄາະ​.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ການລາຍງານ ເກນກຳນົດ

ການ​ລາຍ​ງານ​ຂອບ​ເຂດ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ລາຍ​ງານ hits ໃນ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ (ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຕົ້ນ​ຕໍ​,
--tblout, ແລະ --domtblout). ໃນແຕ່ລະ iteration, hits ລໍາດັບແລະການ hits ໂດເມນແມ່ນຈັດອັນດັບ
ໂດຍຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິ (E-value) ແລະຜົນຜະລິດແມ່ນຜະລິດຢູ່ໃນສອງພາກທີ່ເອີ້ນວ່າ per-
ເປົ້າໝາຍ ແລະຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ. ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ເປົ້າຫມາຍ, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບທັງຫມົດ hits ກັບ an
E-value <= 10 ຖືກລາຍງານ. ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ, ສໍາລັບແຕ່ລະເປົ້າຫມາຍທີ່ໄດ້ຜ່ານ per-
ເກນການລາຍງານເປົ້າໝາຍ, ໂດເມນທັງໝົດທີ່ພໍໃຈ ຂອບເຂດການລາຍງານຕໍ່ໂດເມນແມ່ນ
ລາຍງານ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນໂດເມນທີ່ມີເງື່ອນໄຂ E-values ​​ຂອງ <= 10. ຕໍ່ໄປນີ້
ທາງ​ເລືອກ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ທ່ານ​ປ່ຽນ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​ການ​ລາຍ​ງານ E​-value , ຫຼື​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄະ​ແນນ bit​
ເກນແທນ.

-E ລາຍງານລໍາດັບດ້ວຍ E-values ​​<= ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0.

-T ໃຊ້ເກນຄະແນນເລັກນ້ອຍສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ລໍາດັບແທນທີ່ຈະເປັນເກນ E-value
(ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ໃດໆ​ຂອງ​ -E ຖືກລະເລີຍ). ລາຍງານລໍາດັບດ້ວຍຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= . ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັ້ງ.

-Z ປະກາດຂະໜາດທັງໝົດຂອງຖານຂໍ້ມູນທີ່ຈະເປັນ ລໍາດັບ, ສໍາລັບຈຸດປະສົງຂອງ E-value
ການ​ຄິດ​ໄລ່​. ໂດຍປົກກະຕິ E-values ​​ແມ່ນຖືກຄິດໄລ່ທຽບກັບຂະຫນາດຂອງຖານຂໍ້ມູນ
ທ່ານຄົ້ນຫາຕົວຈິງ (ເຊັ່ນ: ຈໍານວນລໍາດັບໃນ target_seqdb). ໃນບາງ
ກໍ​ລະ​ນີ (ສໍາ​ລັບ​ຕົວ​ຢ່າງ​, ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ທ່ານ​ໄດ້​ແບ່ງ​ປັນ​ຖານ​ຂໍ້​ມູນ​ລໍາ​ດັບ​ເປົ້າ​ຫມາຍ​ຂອງ​ທ່ານ​ເປັນ​ຫຼາຍ​
ໄຟລ໌ສໍາລັບການຂະຫນານຂອງການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານ), ທ່ານອາດຈະຮູ້ດີກວ່າວ່າຂະຫນາດທີ່ແທ້ຈິງແມ່ນຫຍັງ
ຂອງພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ.

--domE
ລາຍງານໂດເມນທີ່ມີເງື່ອນໄຂ E-values ​​<= ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ, ນອກຈາກນັ້ນ
ໄປຫາໂດເມນທີ່ມີຄະແນນສູງສຸດຕໍ່ລໍາດັບທີ່ສໍາຄັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0.

--domT
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນເລັກນ້ອຍສໍາລັບຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນແທນທີ່ຈະເປັນເກນ E-value
(ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ໃດໆ​ຂອງ​ --domT ຖືກລະເລີຍ). ລາຍງານໂດເມນທີ່ມີຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= in
ຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ, ນອກເຫນືອຈາກໂດເມນທີ່ມີຄະແນນສູງສຸດຕໍ່ລໍາດັບທີ່ສໍາຄັນ
ຕີ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັ້ງ.

--domZ
ປະກາດຈໍານວນລໍາດັບທີ່ສໍາຄັນທີ່ຈະເປັນ ລໍາດັບ, ສໍາລັບຈຸດປະສົງຂອງ
ການຄິດໄລ່ E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂສໍາລັບຄວາມສໍາຄັນຂອງໂດເມນເພີ່ມເຕີມ. ປົກກະຕິ
ຄ່າອີເມລ໌ຕາມເງື່ອນໄຂແມ່ນຄຳນວນທຽບກັບຈຳນວນຂອງລຳດັບທີ່ຜ່ານໄປ
ເກນການລາຍງານຕໍ່ລຳດັບ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ລວມເຂົ້າ ເກນກຳນົດ

Inclusion thresholds ຄວບຄຸມວ່າ hits ໃດຖືກລວມເຂົ້າໃນການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ ແລະໂປຣໄຟລ໌
ສ້າງຂຶ້ນສໍາລັບການຄົ້ນຫາອີກຄັ້ງຕໍ່ໄປ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບຕ້ອງມີ per-
sequence E-value ຂອງ <= 0.001 (ເບິ່ງ -E ທາງເລືອກ) ທີ່ຈະລວມເອົາ, ແລະໂດເມນເພີ່ມເຕີມໃດໆໃນ
ນອກ​ຈາກ​ການ​ໃຫ້​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ສຸດ​ຕ້ອງ​ມີ​ເງື່ອນ​ໄຂ E-value ຂອງ <= 0.001 (ເບິ່ງ --domE
ທາງ​ເລືອກ). ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງເກນການລາຍງານ ແລະ ເກນການລວມເຂົ້ານັ້ນ
inclusion thresholds ການຄວບຄຸມທີ່ hits ຕົວຈິງແລ້ວຖືກນໍາໃຊ້ໃນ iteration ຕໍ່ໄປ (ຫຼື
ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສຸດ​ທ້າຍ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ຫຼາຍ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ -A ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້), ໃນຂະນະທີ່ການລາຍງານຂອບເຂດ
ຄວບຄຸມສິ່ງທີ່ທ່ານເຫັນຢູ່ໃນຜົນຜະລິດ. ເກນການລາຍງານໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວແມ່ນວ່າງຫຼາຍເພື່ອໃຫ້ທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ເບິ່ງເສັ້ນຊາຍແດນຕິດຢູ່ໃນດ້ານເທິງຂອງສິ່ງລົບກວນທີ່ອາດຈະມີຄວາມສົນໃຈ.

--incE
ລວມເອົາລໍາດັບທີ່ມີ E-values ​​<= ໃນ iteration ຕໍ່ມາຫຼືການຈັດລໍາດັບສຸດທ້າຍ
ຜົນຜະລິດໂດຍ -A. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001.

--incT
ໃຊ້ເກນຄະແນນໜ້ອຍໜຶ່ງສຳລັບການລວມເຂົ້າແຕ່ລະລຳດັບແທນຄ່າ E
ຂອບ​ເຂດ (ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ໃດໆ​ຂອງ --incE ຖືກລະເລີຍ). ລວມເອົາລໍາດັບທີ່ມີຄະແນນນ້ອຍຂອງ
>= . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັ້ງ.

--incdomE
ລວມເອົາໂດເມນທີ່ມີເງື່ອນໄຂ E-values ​​<= ໃນ iteration ຕໍ່ມາຫຼືສຸດທ້າຍ
ສອດຄ່ອງຜົນຜະລິດໂດຍ -A, ນອກເຫນືອຈາກໂດເມນທີ່ມີຄະແນນສູງສຸດຕໍ່ຄວາມສໍາຄັນ
ຕີລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001.

--incdomT
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນເລັກນ້ອຍສໍາລັບການລວມເອົາຕໍ່ໂດເມນແທນທີ່ຈະເປັນເກນ E-value
(ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ໃດໆ​ຂອງ​ --incT ຖືກລະເລີຍ). ລວມເອົາໂດເມນທີ່ມີຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= . ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກຕັ້ງ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ACCELERATION HEURISTICS

ການຊອກຫາ HMMER3 ແມ່ນເລັ່ງໃສ່ທໍ່ການກັ່ນຕອງສາມຂັ້ນຕອນ: ການກັ່ນຕອງ MSV, the
ການກັ່ນຕອງ Viterbi, ແລະການກັ່ນຕອງ Forward. ການກັ່ນຕອງທໍາອິດແມ່ນໄວທີ່ສຸດແລະຫຼາຍທີ່ສຸດ
ປະມານ; ສຸດທ້າຍແມ່ນວິທີການໃຫ້ຄະແນນ Forward ເຕັມ, ຊ້າທີ່ສຸດແຕ່ຖືກຕ້ອງທີ່ສຸດ.
ນອກນັ້ນຍັງມີຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງອະຄະຕິລະຫວ່າງ MSV ແລະ Viterbi. ເປົ້າຫມາຍທີ່ຜ່ານຂັ້ນຕອນທັງຫມົດ
ໃນທໍ່ເລັ່ງແມ່ນຂຶ້ນກັບການປະມວນຜົນພາຍຫຼັງ - ການລະບຸໂດເມນ
ແລະໃຫ້ຄະແນນໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Forward/Backward.

ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວຕົວກໍານົດການຟຣີພຽງແຕ່ຄວບຄຸມຕົວກອງ heuristic ຂອງ HMMER ແມ່ນ P-
ເກນມູນຄ່າຄວບຄຸມສ່ວນທີ່ຄາດໄວ້ຂອງລໍາດັບ nonhomologous ທີ່ຜ່ານ
ການກັ່ນຕອງ. ກໍານົດຂອບເຂດເລີ່ມຕົ້ນທີ່ສູງກວ່າຈະຜ່ານອັດຕາສ່ວນທີ່ສູງກວ່າ
ລໍາດັບ nonhomologous, ເພີ່ມທະວີຄວາມອ່ອນໄຫວໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂອງຄວາມໄວ; ກົງກັນຂ້າມ,
ການຕັ້ງຄ່າ P-value thresholds ຕ່ໍາຈະຜ່ານອັດຕາສ່ວນທີ່ນ້ອຍກວ່າ, ຫຼຸດລົງຄວາມອ່ອນໄຫວ
ແລະ​ຄວາມ​ໄວ​ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ​. ການຕັ້ງຄ່າ P-value threshold ຂອງການກັ່ນຕອງເປັນ 1.0 ຫມາຍຄວາມວ່າມັນຈະຜ່ານ
ລໍາດັບທັງຫມົດ, ແລະປະສິດທິຜົນປິດການກັ່ນຕອງ.

ການປ່ຽນແປງຂອບເຂດການກັ່ນຕອງພຽງແຕ່ເອົາຫຼືລວມເອົາເປົ້າຫມາຍຈາກການພິຈາລະນາ; ການປ່ຽນແປງ
ເກນຕົວກອງບໍ່ປ່ຽນແປງຄະແນນບິດ, ຄ່າອີເມລ໌, ຫຼືການຈັດຮຽງ, ເຊິ່ງທັງໝົດແມ່ນ
ກໍານົດພຽງແຕ່ໃນ postprocessing.

--ສູງສຸດ ຄວາມອ່ອນໄຫວສູງສຸດ. ປິດຕົວກອງທັງໝົດ, ລວມທັງຕົວກອງອະຄະຕິ, ແລະແລ່ນເຕັມ
Forward/Backward postprocessing ໃນທຸກເປົ້າໝາຍ. ນີ້ເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວ
ເລັກນ້ອຍ, ໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂະຫນາດໃຫຍ່ໃນຄວາມໄວ.

--F1
ເກນຕົວກອງທໍາອິດ; ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ MSV. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02, ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າປະມານ 2% ຂອງຄະແນນສູງສຸດທີ່ບໍ່ຄືກັນ.
ເປົ້າຫມາຍຄາດວ່າຈະຜ່ານການກັ່ນຕອງ.

--F2
ເກນຕົວກອງທີສອງ; ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Viterbi.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001.

--F3
ເກນຕົວກອງທີສາມ; ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Forward. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1e-5.

--nobias
ປິດຕົວກອງຄວາມລຳອຽງ. ນີ້ຈະເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ແຕ່ສາມາດມາຢູ່ທີ່
ຄ່າ​ໃຊ້​ຈ່າຍ​ສູງ​ໃນ​ຄວາມ​ໄວ​, ໂດຍ​ສະ​ເພາະ​ແມ່ນ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ມີ​ອະ​ຄະ​ຕິ​ອົງ​ປະ​ກອບ residue (ເຊັ່ນ​:​
ພາກພື້ນລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ, ຫຼືຖ້າຫາກວ່າມັນເປັນທາດໂປຼຕີນຈາກເຍື່ອທີ່ມີພາກພື້ນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງ
hydrophobicity). ຖ້າບໍ່ມີຕົວກັ່ນຕອງອະຄະຕິ, ລຳດັບຫຼາຍເກີນໄປອາດຜ່ານຕົວກອງໄດ້
ດ້ວຍການສອບຖາມທີ່ມີຄວາມລໍາອຽງ, ເຮັດໃຫ້ການປະຕິບັດຊ້າກວ່າທີ່ຄາດໄວ້ເປັນ
ສູດການຄິດໄລ່ການໄປໜ້າ/ກັບຫຼັງທີ່ເຂັ້ມຂຸ້ນ, ມີຄວາມໜັກໜ່ວງຜິດປົກກະຕິ
ການໂຫຼດ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ຂໍ້ມູນ ການກໍ່ສ້າງຕ່າງໆ (ຕໍ່ມາ ຮອບວຽນ)

ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມວິທີການກໍານົດຄໍລໍາ consensus ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງຫຼາຍເມື່ອ
ການສ້າງໂປຣໄຟລ໌. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, jackhmmer ປະກອບມີລໍາດັບການສອບຖາມຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານຢູ່ໃນ
ຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃນທຸກໆ iteration, ແລະຕໍາແຫນ່ງເປັນເອກະສັນຖືກກໍານົດໂດຍການສອບຖາມນັ້ນ
ລໍາດັບ: ນັ້ນແມ່ນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ jackhmmer ໂປຣໄຟລ໌ມີຄວາມຍາວເທົ່າກັບຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານສະເໝີ
ສອບຖາມ, ໃນທຸກໆ iteration.

-- ໄວ ກຳນົດຖັນທີ່ເຫັນດີເປັນສ່ວນໜຶ່ງທີ່ມີສ່ວນ >= symfrac ຂອງ residues ເປັນ
ກົງກັນຂ້າມກັບຊ່ອງຫວ່າງ. (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບ --symfrac ທາງເລືອກ.) ເຖິງແມ່ນວ່ານີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ທາງເລືອກການກໍ່ສ້າງໂປຣໄຟລ໌ບ່ອນອື່ນ (ໃນ hmmbuild, ໂດຍສະເພາະ), ມັນອາດຈະມີ
ຜົນກະທົບທີ່ບໍ່ຕ້ອງການໃນ jackhmmer, ເພາະວ່າໂປຣໄຟລ໌ສາມາດຍ່າງເຂົ້າໄປຊ້ຳໆໄດ້
ຊ່ອງຫວ່າງລໍາດັບຢູ່ຫ່າງຈາກການສອບຖາມຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ຖັນເປັນເອກະສັນກັນໜ້ອຍ ຫຼືບໍ່ມີ
ທີ່​ສອດ​ຄ້ອງ​ກັນ​ກັບ​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ​ຂອງ​ຕົນ​.

--ມື ກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນກັນໃນໂປຣໄຟລ໌ຕໍ່ໄປໂດຍໃຊ້ຄໍາບັນຍາຍອ້າງອີງໃສ່ຫຼາຍອັນ
ການຈັດວາງ. jackhmmer ເຜີຍແຜ່ຄໍາບັນຍາຍອ້າງອີງຈາກໂປຣໄຟລ໌ທີ່ຜ່ານມາໄປຫາ
ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ, ແລະຈາກນັ້ນໄປຫາໂປຣໄຟລ໌ຕໍ່ໄປ. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--symfrac
ກໍານົດຂອບເຂດຂອງເສດສ່ວນທີ່ເຫຼືອທີ່ມີຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອກໍານົດຄໍລໍາເປັນເອກະສັນກັນໃນເວລາທີ່
ການນໍາໃຊ້ -- ໄວ ທາງເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.5. ສ່ວນສັນຍາລັກໃນແຕ່ລະຖັນແມ່ນ
ຄິດໄລ່ຫຼັງຈາກການຄິດໄລ່ນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ແລະບໍ່ສົນໃຈຊ່ອງຫວ່າງ
ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ທີ່​ສອດ​ຄ້ອງ​ກັນ​ກັບ​ການ​ສິ້ນ​ສຸດ​ຂອງ​ຊິ້ນ​ລໍາ​ດັບ (ທີ່​ກົງ​ກັນ​ຂ້າມ​ກັບ​ພາຍ​ໃນ​
ແຊກ/ລຶບ). ການຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ 0.0 ຫມາຍຄວາມວ່າທຸກໆຖັນການຈັດລໍາດັບຈະ
ໄດ້ຮັບການມອບຫມາຍເປັນຄວາມເຫັນດີນໍາ, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດໃນບາງກໍລະນີ. ຕັ້ງຄ່າມັນເປັນ 1.0
ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ​ພຽງ​ແຕ່​ຖັນ​ທີ່​ປະ​ກອບ​ມີ 0 ຊ່ອງ​ຫວ່າງ (ການ​ແຊກ​ພາຍ​ໃນ / ລຶບ​) ຈະ​ເປັນ​
ມອບໝາຍເປັນເອກະສັນ.

--fragthresh
ພວກ​ເຮົາ​ພຽງ​ແຕ່​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ນັບ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ຢູ່​ປາຍ​ຍອດ​ເປັນ​ການ​ລົບ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ລໍາ​ດັບ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ແມ່ນ​ຮູ້​ຈັກ​
ເພື່ອໃຫ້ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ບໍ່ແມ່ນຖ້າມັນເປັນຊິ້ນ (ຕົວຢ່າງ, ເພາະວ່າພຽງແຕ່ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງມັນ
ຖືກ​ຈັດ​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ). HMMER ໃຊ້ກົດລະບຽບງ່າຍໆເພື່ອສະແດງຊິ້ນສ່ວນ: ຖ້າຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ
L ແມ່ນໜ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບສ່ວນໜຶ່ງ ເທົ່າຂອງຄວາມຍາວການຈັດແຖວໃນຖັນ,
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບໄດ້ຖືກຈັດການເປັນຊິ້ນສ່ວນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.5. ການຕັ້ງຄ່າ
--fragthresh0 ຈະກໍານົດ no (nonempty) ລໍາດັບເປັນ fragment; ເຈົ້າອາດຈະຕ້ອງການ
ເຮັດແນວນີ້ຖ້າທ່ານຮູ້ວ່າທ່ານໄດ້ຮັບການຈັດລຽງຢ່າງລະມັດລະວັງຂອງຄວາມຍາວເຕັມ
ລໍາດັບ. ການຕັ້ງຄ່າ --fragthresh1 ຈະກໍານົດລໍາດັບທັງຫມົດເປັນ fragments; ເຈົ້າ​ອາດ​ຈະ
ຕ້ອງການເຮັດສິ່ງນີ້ຖ້າທ່ານຮູ້ວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງທ່ານແມ່ນປະກອບດ້ວຍຊິ້ນສ່ວນທັງຫມົດ, ເຊັ່ນ
ດັ່ງທີ່ແປສັ້ນອ່ານຢູ່ໃນຂໍ້ມູນປືນຍິງຂະໜາດໃຫຍ່.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ນໍ້າ ໜັກ

ທຸກຄັ້ງທີ່ໂປຣໄຟລ໌ຖືກສ້າງຈາກການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ, HMMER ໃຊ້ການຈັດລໍາດັບສະເພາະ
ສູດການຄິດໄລ່ນ້ຳໜັກເພື່ອຫຼຸດນ້ຳໜັກຕາມລຳດັບທີ່ກ່ຽວພັນກັນຢ່າງໃກ້ຊິດ ແລະນ້ຳໜັກຂຶ້ນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັນຫ່າງໄກ
ອັນ. ນີ້ມີຜົນກະທົບຂອງການເຮັດໃຫ້ແບບຈໍາລອງມີຄວາມລໍາອຽງຫນ້ອຍໂດຍ phylogenetic ທີ່ບໍ່ສະເຫມີກັນ
ການເປັນຕົວແທນ. ຕົວຢ່າງ, ສອງລໍາດັບທີ່ຄືກັນໂດຍປົກກະຕິແຕ່ລະຄົນຈະໄດ້ຮັບເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງ
ນ້ໍາຫນັກທີ່ລໍາດັບຫນຶ່ງຈະ (ແລະນີ້ແມ່ນເຫດຜົນ jackhmmer ບໍ່​ໄດ້​ເປັນ​ຫ່ວງ​ສະ​ເຫມີ​ໄປ​
ລວມທັງລໍາດັບການສອບຖາມຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານໃນການຈັດລໍາດັບຂອງແຕ່ລະຄັ້ງ, ເຖິງແມ່ນວ່າຈະພົບເຫັນມັນ
ອີກເທື່ອຫນຶ່ງໃນຖານຂໍ້ມູນທີ່ທ່ານກໍາລັງຄົ້ນຫາ). ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຄວບຄຸມວ່າຈະໃຊ້ວິທີໃດ.

--wpb ໃຊ້ລະບົບການນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບຕາມຕໍາແຫນ່ງ Henikoff [Henikoff ແລະ Henikoff,
J. ໂມ. ຊີວະພາບ. 243: 574, 1994]. ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--wgsc ໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ນ້ຳໜັກ Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
ຊີວະພາບ. 235: 1067, 1994].

--wblosum
ໃຊ້ລະບົບການຈັດກຸ່ມແບບດຽວກັນທີ່ເຄີຍໃຊ້ເພື່ອເກັບນ້ຳໜັກຂໍ້ມູນໃນການຄຳນວນ BLOSUM
matrices ທົດແທນ [Henikoff ແລະ Henikoff, Proc. Natl. ອາກາດ. Sci 89: 10915, 1992].
ລຳດັບແມ່ນການເຊື່ອມໂຍງແບບດຽວເປັນກຸ່ມຢູ່ໃນເກນຕົວຕົນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.62; ເບິ່ງ
-- ກວ້າງ) ແລະພາຍໃນແຕ່ລະກຸ່ມຂອງລໍາດັບ c, ແຕ່ລະລໍາດັບຈະໄດ້ຮັບນ້ໍາຫນັກທີ່ສົມທຽບ
1/ຄ.

--wone
ບໍ່ມີນ້ໍາຫນັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ລໍາດັບທັງຫມົດຖືກມອບຫມາຍນ້ໍາຫນັກທີ່ເປັນເອກະພາບ.

-- ກວ້າງ
ກຳນົດເກນການລະບຸຕົວຕົນທີ່ໃຊ້ໂດຍກຸ່ມການເຊື່ອມໂຍງແບບດຽວໃນເວລານຳໃຊ້ --wblosum.
ບໍ່ຖືກຕ້ອງກັບໂຄງການນ້ໍາຫນັກອື່ນໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.62.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ປະສິດທິຜົນ ລໍາດັບ NUMBER

ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ນ​້​ໍາ​ຫນັກ​ຂອງ​ພີ່​ນ້ອງ​ກັນ​, ພວກ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປົກ​ກະ​ຕິ​ເພື່ອ​ລວມ​ເຂົ້າ​ເຖິງ​ປະ​ສິດ​ທິ​ຜົນ​ທັງ​ຫມົດ​
ເລກ​ລໍາ​ດັບ​, eff_nseq. ຕົວເລກນີ້ອາດຈະເປັນຕົວເລກຕົວຈິງຂອງລໍາດັບໃນ
ການສອດຄ່ອງ, ແຕ່ມັນເກືອບສະເຫມີຂະຫນາດນ້ອຍກວ່ານັ້ນ. ນ້ຳໜັກ entropy ເລີ່ມຕົ້ນ
ວິທີການ (--ອັນ) ຫຼຸດຜ່ອນຈໍານວນລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນເນື້ອຫາຂໍ້ມູນ
(entropy ພີ່ນ້ອງ, ຫຼືຄະແນນສະເລ່ຍທີ່ຄາດວ່າຈະຢູ່ໃນ homologs ທີ່ແທ້ຈິງ) ຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງເປັນເອກະສັນ. ໄດ້
ເປົ້າໝາຍຂອງ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຖືກຄວບຄຸມໂດຍຟັງຊັນສອງພາລາມິເຕີ, ບ່ອນທີ່ທັງສອງ
ຕົວກໍານົດການແມ່ນ settable ກັບ --ແມ່ນ ແລະ --esigma.

--ອັນ ປັບຕົວເລກລຳດັບທີ່ມີປະສິດທິຜົນເພື່ອບັນລຸຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງສະເພາະຂອງ entropy ຕໍ່
ຕໍາ​ແຫນ່ງ (ເບິ່ງ --ແມ່ນ). ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

--eclust
ກໍານົດຈໍານວນລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບຕໍ່ກັບຈໍານວນກຸ່ມເຊື່ອມຕໍ່ດຽວຢູ່ທີ່ a
ເກນຕົວຕົນສະເພາະ (ເບິ່ງ --eid). ທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກແນະນໍາ; ມັນສໍາລັບ
ການທົດລອງປະເມີນວ່າດີຂຶ້ນຫຼາຍເທົ່າໃດ --ອັນ ແມ່ນ.

--enone
ປິດການກໍານົດຕົວເລກລໍາດັບປະສິດທິພາບແລະພຽງແຕ່ນໍາໃຊ້ຈໍານວນຕົວຈິງຂອງ
ລໍາດັບ. ເຫດຜົນໜຶ່ງທີ່ເຈົ້າອາດຈະຢາກເຮັດຄືການພະຍາຍາມຂະຫຍາຍຍາດພີ່ນ້ອງໃຫ້ສູງສຸດ
entropy / ຕໍາແຫນ່ງຂອງຕົວແບບຂອງທ່ານ, ເຊິ່ງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຕົວແບບສັ້ນ.

--ຕັ້ງ
ກຳນົດຢ່າງຈະແຈ້ງໝາຍເລກລຳດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບສຳລັບທຸກແບບ .

--ແມ່ນ
ກໍາ​ນົດ​ເປົ້າ​ຫມາຍ entropy / ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່ . ຕ້ອງການ --ອັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຂຶ້ນ​ກັບ​ຫນັງ​ສື​ລໍາ​ດັບ​; ສໍາລັບລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ, ມັນແມ່ນ 0.59 bits / ຕໍາແຫນ່ງ.

--esigma
ກໍານົດ entropy ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຕໍາ່ສຸດທີ່ປະກອບສ່ວນໂດຍການຈັດຕໍາແຫນ່ງແບບຈໍາລອງທັງຫມົດ, ຫຼາຍກວ່າ
ຄວາມ​ຍາວ​ທັງ​ຫມົດ​ຂອງ​ຕົນ​. ນີ້​ມີ​ຜົນ​ກະ​ທົບ​ຂອງ​ການ​ເຮັດ​ໃຫ້​ຕົວ​ແບບ​ສັ້ນ​ມີ​ພີ່​ນ້ອງ​ທີ່​ສູງ​ກວ່າ​
entropy ຕໍ່ຕໍາແຫນ່ງກ່ວາ --ແມ່ນ ຄົນດຽວຈະໃຫ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 45.0 bits.

--eid
ກໍານົດການຕັດຕົວຕົນຂອງຄູ່ເສດສ່ວນທີ່ໃຊ້ໂດຍການເຊື່ອມໂຍງກຸ່ມດຽວກັບ
ໄດ້ --eclust ທາງເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.62.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ລ່ວງໜ້າ

ໃນການກໍ່ສ້າງໂປຣໄຟລ໌, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການນັບນ້ໍາຫນັກຈະຖືກປ່ຽນເປັນຄ່າທາງຫຼັງ
ການຄາດຄະເນພາລາມິເຕີຄວາມເປັນໄປໄດ້ໂດຍໃຊ້ Dirichlet ກ່ອນ. Dirichlet ປະສົມເລີ່ມຕົ້ນ
ຕົວກໍານົດການກ່ອນຫນ້າສໍາລັບຕົວແບບທາດໂປຼຕີນແລະສໍາລັບຕົວແບບອາຊິດ nucleic (RNA ແລະ DNA) ແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ
in. ທາງເລືອກຕໍ່ໄປນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານສາມາດ override ໄວ້ໃນຕອນຕົ້ນ.

--pnone ຢ່າໃຊ້ອັນໃດອັນໜຶ່ງກ່ອນ. ຕົວກໍານົດການຄວາມເປັນໄປໄດ້ພຽງແຕ່ຈະສັງເກດເຫັນ
ຄວາມຖີ່, ຫຼັງຈາກນ້ໍາຫນັກລໍາດັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ.

--plaplace ໃຊ້ Laplace +1 ກ່ອນ ແທນການປະສົມເລີ່ມຕົ້ນ Dirichlet ກ່ອນ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ E-VALUE ການບັນຈຸ

ການປະເມີນຕົວກໍານົດການສະຖານທີ່ສໍາລັບການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ MSV
ຄະແນນ, ຄະແນນການກັ່ນຕອງ Viterbi, ແລະຄະແນນ Forward ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີສາມລໍາດັບສຸ່ມສັ້ນ
ການ ຈຳ ລອງ.

--EmL
ກໍານົດຄວາມຍາວລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu ສໍາລັບ
ການກັ່ນຕອງ MSV E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EmN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu
ສໍາລັບ MSV filter E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EvL
ກໍານົດຄວາມຍາວລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu ສໍາລັບ
Viterbi filter E-ຄ່າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EvN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ mu
ສໍາລັບ Viterbi filter E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--EfL
ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່ tau
ສໍາລັບ Forward E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100.

--EfN
ກໍານົດຈໍານວນຂອງລໍາດັບໃນການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນພາລາມິເຕີສະຖານທີ່
tau ສໍາລັບ Forward E-values. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200.

--Eft
ກໍານົດສ່ວນສ່ວນຂອງຫາງໃຫ້ພໍດີກັບການຈໍາລອງທີ່ຄາດຄະເນສະຖານທີ່
ຕົວກໍານົດການ tau ສໍາລັບ Forward ປະເມີນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.04.

ອື່ນໆ OPTIONS

--nonull2
ປິດການແກ້ໄຂຄະແນນ null2 ສໍາລັບອົງປະກອບອະຄະຕິ.

-Z ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ຕໍ່ລໍາດັບ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນຕົວຈິງຂອງເປົ້າຫມາຍ
ເຫັນ.

--domZ
ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂຕໍ່ໂດເມນ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນເປົ້າຫມາຍ
ທີ່ຜ່ານເກນການລາຍງານ.

-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ຖ້າ ແມ່ນ >0, ໃດ
simulations stochastic ຈະໄດ້ຮັບການແຜ່ພັນ; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຄືກັນ
ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດເລກສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ
ການຈໍາລອງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແກ່ນແມ່ນ 42.

--qformat
ປະກາດວ່າວັດສະດຸປ້ອນ query_seqfile ຢູ່ໃນຮູບແບບ . ໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຍອມຮັບ
ຮູບແບບປະກອບມີ FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, ແລະ SELEX. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ອັດຕະໂນມັດ.

-- ຮູບແບບ
ປະກາດວ່າວັດສະດຸປ້ອນ target_seqdb ຢູ່ໃນຮູບແບບ . ໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຍອມຮັບ
ຮູບແບບປະກອບມີ FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, ແລະ SELEX. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ອັດຕະໂນມັດ.

--cpu
ກໍານົດຈໍານວນຂອງກະທູ້ພະນັກງານຂະຫນານເປັນ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, HMMER ຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ
ຈໍານວນຂອງ CPU cores ມັນກວດພົບໃນເຄື່ອງຂອງທ່ານ - ນັ້ນແມ່ນ, ມັນພະຍາຍາມຂະຫຍາຍສູງສຸດ
ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຂອງ​ຫຼັກ​ໂຮງ​ງານ​ຜະ​ລິດ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​ຂອງ​ທ່ານ​. ການຕັ້ງຄ່າ ສູງກວ່າຈໍານວນ
cores ທີ່ມີຢູ່ແມ່ນຫນ້ອຍຖ້າມີຄ່າໃດໆ, ແຕ່ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການຕັ້ງມັນເປັນບາງສິ່ງບາງຢ່າງ
ຫນ້ອຍ. ທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມຕົວເລກນີ້ໄດ້ໂດຍການຕັ້ງຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ,
HMMER_NCPU.

ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າ HMMER ໄດ້ຖືກລວບລວມດ້ວຍການຮອງຮັບກະທູ້ POSIX.
ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ມັນອາດຈະຖືກປິດໃນເວລາລວບລວມສໍາລັບເວັບໄຊທ໌ຂອງທ່ານ
ຫຼືເຄື່ອງຈັກສໍາລັບເຫດຜົນບາງຢ່າງ.

--ຮ້ານ
ສໍາລັບການດີບັກ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ເວີຊັ່ນຜູ້ເຮັດວຽກ: ຢຸດຊົ່ວຄາວຫຼັງຈາກເລີ່ມຕົ້ນ, ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານ
ນັກພັດທະນາເພື່ອຄັດຕິດຕົວດີບັກກັບຂະບວນການແມ່ບົດແລະຜູ້ເຮັດວຽກທີ່ເຮັດວຽກ. ສົ່ງ
ສັນຍານ SIGCONT ເພື່ອປົດປ່ອຍການຢຸດຊົ່ວຄາວ. (ພາຍໃຕ້ gdb: (GDB) signal ສັນຍາລັກ) (ເທົ່ານັ້ນ
ມີໃຫ້ຖ້າການຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກໄດ້ຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

--mpi ດໍາເນີນການໃນ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ຮູບແບບພະນັກງານ, ການນໍາໃຊ້ ໄພຣຸນ. (ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າເປັນທາງເລືອກ MPI
ການ​ສະ​ຫນັບ​ສະ​ຫນູນ​ໄດ້​ຖືກ​ເປີດ​ໃຫ້​ໃຊ້​ງານ​ໃນ​ເວ​ລາ​ສັງ​ລວມ​.)

ໃຊ້ jackhmmer ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net