ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ kalign ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
kalign - ປະຕິບັດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍທາງຊີວະພາບ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]
kalign [-i infile.fasta] [-ອ outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
Kalign ເປັນເຄື່ອງມືບັນຊີຄໍາສັ່ງເພື່ອປະຕິບັດການສອດຄ່ອງຫຼາຍລໍາດັບຊີວະພາບ. ມັນ
ໃຊ້ Muth?Manber string-matching algorithm, ເພື່ອປັບປຸງທັງຄວາມຖືກຕ້ອງ ແລະຄວາມໄວ.
ຂອງການຈັດຕັ້ງ. ມັນນໍາໃຊ້ວິທີການຈັດຕັ້ງທີ່ກ້າວຫນ້າໃນທົ່ວໂລກ, ການເສີມຂະຫຍາຍໂດຍການຈ້າງງານ
ຂັ້ນຕອນການຈັບຄູ່ສະຕຣິງໂດຍປະມານເພື່ອຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງຂອງລຳດັບ ແລະໂດຍການລວມເຂົ້າກັນ
ການແຂ່ງຂັນໃນທ້ອງຖິ່ນເຂົ້າໄປໃນການຈັດລໍາດັບທົ່ວໂລກ.
OPTIONS
-s -gpo -gapopen -gap_open x
ຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດ.
-e -gpe -gap_ext - gapextension x
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດ.
-m - ໂບນັດ -matrix_bonus x
A ຄົງທີ່ເພີ່ມໃສ່ matrix ທົດແທນ.
-c - ຄັດ <ການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ຕົ້ນໄມ້, ຊ່ອງຫວ່າງ.>
ລໍາດັບທີ່ລໍາດັບປາກົດຢູ່ໃນການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບ.
-g -ຄຸນນະສົມບັດ
ເລືອກຮູບແບບຄຸນສົມບັດແລະລະບຸວ່າຄຸນສົມບັດທີ່ຈະນໍາໃຊ້: ຕົວຢ່າງທັງຫມົດ, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-same_feature_score
ຄະແນນສໍາລັບການຈັດລໍາດັບລັກສະນະດຽວກັນ.
-diff_feature_score
ການລົງໂທດສໍາລັບການສອດຄ່ອງລັກສະນະທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
-d - ໄລຍະທາງ <wu, ຄູ່ >
ວິທີທາງໄກ
-b - ຕົ້ນໄມ້ - ຄູ່ມື - ຕົ້ນໄມ້ <nj, upgma>
ແນະນຳວິທີການຕົ້ນໄມ້.
-z -zcutoff
ພາລາມິເຕີທີ່ໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ໄລຍະທາງໂດຍອີງໃສ່ wu-manber.
-i -ໃນ - ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ.
-o - ອອກ - ຜົນຜະລິດ
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.
-a -gap_inc
ເພີ່ມທະວີການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຂຶ້ນກັບຈໍານວນຂອງຊ່ອງຫວ່າງທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ.
-f - ຮູບແບບ <ໄວ, msf, ແອນ, ກຸ່ມ, macsim>
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ.
-q - ງຽບ
ພິມຫຍັງໃສ່ STDERR. ອ່ານບໍ່ມີຫຍັງຈາກ STDIN.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
· Timo Lassmann ແລະ Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທີ່ຖືກຕ້ອງແລະໄວ
ຂັ້ນຕອນການຈັດລໍາດັບລໍາດັບ. BMC Bioinformatics 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings ແລະ Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
ການສອດຄ່ອງຫຼາຍອັນທີ່ມີປະສິດທິພາບສູງຂອງລໍາດັບທາດໂປຼຕີນແລະ nucleotide ອະນຸຍາດໃຫ້
ລັກສະນະພາຍນອກ. ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວຄລີອິກ 3:858?865.
AUTHORS
Timo ລາສມັນ <[email protected]>
ຜູ້ຂຽນ Upstream ຂອງ Kalign.
Charles Plessy <[email protected]>
ຂຽນ manpage.
COPYRIGHT
ສະຫງວນລິຂະສິດ © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign ເປັນຊອບແວຟຣີ. ທ່ານສາມາດແຈກຢາຍຄືນໃຫມ່ແລະ / ຫຼືປັບປຸງແກ້ໄຂມັນພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂຂອງ
ໃບອະນຸຍາດສາທາລະນະທົ່ວໄປຂອງ GNU ທີ່ເຜີຍແຜ່ໂດຍມູນນິທິຊອບແວຟຣີ.
ຫນ້າຄູ່ມືນີ້ຖືກຂຽນໂດຍ Charles Plessy[email protected]> ສໍາລັບ Debian(TM)
ລະບົບ (ແຕ່ອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍຜູ້ອື່ນ). ການອະນຸຍາດແມ່ນອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາເນົາ, ແຈກຢາຍແລະ / ຫຼື
ແກ້ໄຂເອກະສານນີ້ພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂດຽວກັນກັບ kalign ຕົວຂອງມັນເອງ.
ໃນລະບົບ Debian, ຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນຂອງ GNU General Public License version 2 ສາມາດເປັນ
ພົບເຫັນຢູ່ໃນ /usr/share/common-licenses/GPL-2.
ໃຊ້ kalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
