ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ linsi ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
mafft - ໂຄງການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນສໍາລັບລໍາດັບອາຊິດ amino ຫຼື nucleotide
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຂີ້ຄ້ານ [ທາງເລືອກໃນການ] ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ລິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ຈິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ອີນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
fftnsi ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
fftns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
nns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ນູນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
mafft-profile ກຸ່ມ 1 ກຸ່ມ 2 [> output]
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ກຸ່ມ 1 ແລະ ກຸ່ມ 2 ຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA.
ລາຍລະອຽດ
MAFFT ເປັນໂຄງການການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບສໍາລັບລະບົບປະຕິບັດການທີ່ຄ້າຍຄື unix. ມັນສະຫນອງ
ຂອບເຂດຂອງວິທີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ.
ຮັດກຸມ ວິທີການ:
· L-INS-i (ອາດຈະຖືກຕ້ອງທີ່ສຸດ; ແນະນຳສຳລັບ <200 ລຳດັບ; ການປັບປຸງຊ້ຳໆ
ວິທີການລວມຂໍ້ມູນການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ):
ຂີ້ຄ້ານ --ຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ລິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· G-INS-i (ເຫມາະສໍາລັບລໍາດັບຂອງຄວາມຍາວທີ່ຄ້າຍຄືກັນ; ແນະນໍາສໍາລັບ <200 ລໍາດັບ;
ວິທີການປັບປຸງຄືນໃຫມ່ການລວມເອົາຂໍ້ມູນການຈັດວາງຄູ່ຮ່ວມມືທົ່ວໂລກ:
ຂີ້ຄ້ານ --globalpair --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ຈິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· E-INS-i (ເຫມາະສົມສໍາລັບລໍາດັບທີ່ມີພາກພື້ນ unalignable ຂະຫນາດໃຫຍ່; ແນະນໍາໃຫ້ສໍາລັບການ
<200 ລຳດັບ):
ຂີ້ຄ້ານ --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ອີນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ສໍາລັບ E-INS-i, ໄດ້ --ep 0 ທາງເລືອກແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ອະນຸຍາດໃຫ້ຊ່ອງຫວ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່.
ຮັດກຸມ ວິທີການ:
· FFT-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນ; ສອງຮອບເທົ່ານັ້ນ):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 2 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
fftnsi ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· FFT-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນ; ສູງສຸດ 1000 ຊ້ຳ):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· FFT-NS-2 (ໄວ; ວິທີການກ້າວຫນ້າ):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 0 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
fftns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· FFT-NS-1 (ໄວຫຼາຍ; ແນະນໍາສໍາລັບ > 2000 ລໍາດັບ; ວິທີການກ້າວຫນ້າທີ່ມີຫຍາບຄາຍ.
ຕົ້ນໄມ້ນໍາພາ):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 1 --maxiterate 0 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· NW-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນໂດຍບໍ່ມີການປະມານ FFT; ສອງຮອບເທົ່ານັ້ນ):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 2 --nofft ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ນູນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· NW-NS-2 (ໄວ; ວິທີການກ້າວຫນ້າໂດຍບໍ່ມີການປະມານ FFT):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 0 --nofft ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
nns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
· NW-NS-PartTree-1 (ແນະນໍາສໍາລັບ ~10,000 ຫາ ~50,000 ລໍາດັບ; ວິທີການກ້າວຫນ້າ
ດ້ວຍ PartTree algorithm):
ຂີ້ຄ້ານ --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --ຕົ້ນໄມ້ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]
ກຸ່ມຕໍ່ກຸ່ມ ການຈັດວາງ
mafft-profile ກຸ່ມ 1 ກຸ່ມ 2 [> output]
ຫລື:
ຂີ້ຄ້ານ --maxiterate 1000 -- ແກ່ນ ກຸ່ມ 1 -- ແກ່ນ ກຸ່ມ 2 /dev/null [> output]
OPTIONS
ລະບົບວິເຄາະ
--ອັດຕະໂນມັດ
ເລືອກຍຸດທະສາດທີ່ເໝາະສົມໂດຍອັດຕະໂນມັດຈາກ L-INS-i, FFT-NS-i ແລະ FFT-NS-2,
ອີງຕາມຂະຫນາດຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ສະເໝີ FFT-NS-2)
--6 ຄູ່
ໄລຍະທາງແມ່ນຄິດໄລ່ໂດຍອີງໃສ່ຈໍານວນຂອງ 6mers ແບ່ງປັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ
--globalpair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍ Needleman-Wunsch algorithm. ເພີ່ມເຕີມ
ຖືກຕ້ອງແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສໍາລັບຊຸດຂອງການຈັດລໍາດັບທົ່ວໂລກ
ລໍາດັບ. ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000
ແມ່ນແນະນໍາ (G-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)
--ຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍວິທີ Smith-Waterman. ຖືກຕ້ອງກວ່າ
ແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສໍາລັບຊຸດຂອງລໍາດັບການຈັດລໍາດັບທ້ອງຖິ່ນ.
ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000 ແມ່ນ
ແນະນໍາ (L-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)
--genafpair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຖືກຄຳນວນດ້ວຍສູດການຄິດໄລ່ທ້ອງຖິ່ນກັບຕົວແບບທົ່ວໄປ
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຊ່ອງຫວ່າງ affine (Altschul 1998). ຖືກຕ້ອງກວ່າແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສົມ
ໃນເວລາທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງພາຍໃນຂະຫນາດໃຫຍ່ຄາດວ່າຈະ. ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ກ
ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000 ແມ່ນແນະນໍາ (E-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer
ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)
--fastapair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍ FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA ແມ່ນ
ຕ້ອງການ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)
--ນ້ຳໜັກ ຈໍານວນ
ປັດໄຈນ້ໍາຫນັກສໍາລັບໄລຍະຄວາມສອດຄ່ອງຄໍານວນຈາກການຈັດວາງຄູ່. ຖືກຕ້ອງ
ເມື່ອບໍ່ວ່າຈະເປັນ --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair ຫຼື --blastpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2.7
--retree ຈໍານວນ
ຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ ຈໍານວນ ເວລາຢູ່ໃນຂັ້ນຕອນທີ່ກ້າວຫນ້າ. ໃຊ້ໄດ້ກັບໄລຍະທາງ 6mer.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 2
--maxiterate ຈໍານວນ
ຈໍານວນ ຮອບວຽນຂອງການປັບປຸງຊໍ້າຄືນໄດ້ຖືກປະຕິບັດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0
--fft
ໃຊ້ການປະມານ FFT ໃນການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ
--nofft
ຢ່າໃຊ້ການປະມານ FFT ໃນການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-- noscore
ຄະແນນການຈັດຮຽງບໍ່ໄດ້ຖືກກວດສອບໃນຂັ້ນຕອນການປັບປ່ຽນແບບຊ້ຳໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຄະແນນ
ຖືກກວດສອບ)
--ບັນທຶກ
ໃຊ້ລະບົບ Myers-Miller (1988) algorithm. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດອັດຕະໂນມັດເມື່ອ
ຄວາມຍາວການຈັດວາງເກີນ 10,000 (aa/nt).
--ຕົ້ນໄມ້
ໃຊ້ວິທີການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ໄວ (PartTree, Katoh ແລະ Toh 2007) ດ້ວຍໄລຍະຫ່າງ 6mer.
ແນະນໍາໃຫ້ສໍາລັບຈໍານວນຂະຫນາດໃຫຍ່ (> ~ 10,000) ຂອງລໍາດັບແມ່ນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--dpparttree
ສູດການຄິດໄລ່ PartTree ຖືກນໍາໃຊ້ກັບໄລຍະຫ່າງໂດຍອີງໃສ່ DP. ເລັກນ້ອຍທີ່ຖືກຕ້ອງແລະ
ຊ້າກວ່າ --parttree. ແນະນໍາໃຫ້ສໍາລັບຈໍານວນຂະຫນາດໃຫຍ່ (> ~ 10,000) ຂອງລໍາດັບແມ່ນ
ວັດສະດຸປ້ອນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--fastaparttree
ສູດການຄິດໄລ່ PartTree ຖືກນໍາໃຊ້ກັບໄລຍະຫ່າງໂດຍອີງໃສ່ FASTA. ຖືກຕ້ອງກວ່າເລັກນ້ອຍ
ແລະຊ້າກວ່າ --parttree. ແນະນໍາໃຫ້ສໍາລັບຈໍານວນຂະຫນາດໃຫຍ່ (> ~ 10,000) ຂອງລໍາດັບ
ແມ່ນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຕ້ອງການ FASTA. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--ສ່ວນ ຈໍານວນ
ຈໍານວນຂອງການແບ່ງປັນໃນ PartTree algorithm. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50
--ກຸ່ມ ຈໍານວນ
ຢ່າເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບໃຫຍ່ກວ່າ ຈໍານວນ ລໍາດັບ. ໃຊ້ໄດ້ກັບ --* parttree ເທົ່ານັ້ນ
ທາງເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຈຳນວນຂອງລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ພາລາມິເຕີ
--op ຈໍານວນ
ການລົງໂທດເປີດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ທີ່ການຈັດກຸ່ມຕໍ່ກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.53
--ep ຈໍານວນ
ຄ່າຊົດເຊີຍ, ເຊິ່ງເຮັດວຽກຄືກັບການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ສໍາລັບການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 0.123
--lop ຈໍານວນ
ຊ່ອງຫວ່າງເປີດຈຸດໂທດຢູ່ທີ່ການຈັດຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງໃນເວລາທີ່ --localpair ຫຼື
--genafpair ທາງເລືອກແມ່ນເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -2.00
--lep ຈໍານວນ
ຄ່າຊົດເຊີຍຢູ່ທີ່ການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອ --localpair ຫຼື --genafpair
ທາງເລືອກຖືກຄັດເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.1
--lexp ຈໍານວນ
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ທີ່ການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງໃນເວລາທີ່ --localpair ຫຼື
--genafpair ທາງເລືອກແມ່ນເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -0.1
--LOP ຈໍານວນ
ຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດເພື່ອຂ້າມການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອຕົວເລືອກ --genafpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -6.00
--LEXP ຈໍານວນ
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອຂ້າມການຈັດຮຽງ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອຕົວເລືອກ --genafpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.00
--bl ຈໍານວນ
ດອກໄມ້ ຈໍານວນ matrix (Henikoff ແລະ Henikoff 1992) ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ= 30, 45, 62 ຫຼື 80.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 62
--jtt ຈໍານວນ
JTT PAM ຈໍານວນ (Jones et al. 1992) matrix ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ>0. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BLOSUM62
--tm ຈໍານວນ
Transmembrane PAM ຈໍານວນ (Jones et al. 1994) matrix ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ>0. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
BLOUM62
--aamatrix matrixfile
ໃຊ້ເມທຣິກຄະແນນ AA ທີ່ກຳນົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ຮູບແບບຂອງ matrixfile ແມ່ນຄືກັນກັບຂອງ
ລະເບີດ. ບໍ່ສົນໃຈເມື່ອລໍາດັບ nucleotide ຖືກປ້ອນເຂົ້າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BLOSUM62
--fmodel
ລວມເອົາຂໍ້ມູນອົງປະກອບຂອງ AA/nuc ເຂົ້າໃນຕາຕະລາງຄະແນນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
ຜົນຜະລິດ
--clustalout
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ: ຮູບແບບກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຮູບແບບ Fasta)
--ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ຄໍາສັ່ງອອກ: ຄືກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ
--ສັ່ງໃໝ່
ລຳດັບຜົນຜະລິດ: ຈັດຮຽງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຄໍາສັ່ງປ້ອນຂໍ້ມູນ)
--treeout
ຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືແມ່ນຜົນຜະລິດໃຫ້ກັບ ການປ້ອນຂໍ້ມູນໄຟລ໌ .tree. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--ງຽບ
ບໍ່ໄດ້ລາຍງານຄວາມຄືບຫນ້າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
-- nuc
ສົມມຸດວ່າລໍາດັບແມ່ນ nucleotide. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອັດຕະໂນມັດ
--ອາມີໂນ
ສົມມຸດວ່າລໍາດັບແມ່ນອາຊິດ amino. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອັດຕະໂນມັດ
-- ແກ່ນ ການຈັດວາງ1 [-- ແກ່ນ ການຈັດວາງ2 -- ແກ່ນ ການຈັດວາງ3 ... ]
ການຈັດລຽງເມັດພັນໃຫ້ຢູ່ໃນ alignment_n (ຮູບແບບ fastta) ແມ່ນສອດຄ່ອງກັບລໍາດັບໃນ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ການສອດຄ່ອງພາຍໃນທຸກໆເມັດແມ່ນຖືກຮັກສາໄວ້.
ໃຊ້ linsi ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
