load_genbankp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

load_genbank.pl - ໂຫຼດ Bio::DB::ຖານຂໍ້ມູນ GFF ຈາກໄຟລ໌ GENBANK.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256

ໝາຍເຫດ: script bp_genbank2gff.pl ໃນການແຈກຢາຍ BioPerl ແມ່ນຄືກັນກັບສະຄຣິບນີ້.

ລາຍລະອຽດ

script ນີ້ໂຫລດຖານຂໍ້ມູນ Bio::DB::GFF ທີ່ມີຄຸນສົມບັດທີ່ມີຢູ່ໃນທ້ອງຖິ່ນ
ໄຟລ໌ genbank ຫຼືການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກທີ່ດຶງມາຈາກ genbank. ຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງຕ່າງໆ
ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານຄວບຄຸມວ່າຈະໂຫຼດຖານຂໍ້ມູນໃດ ແລະອະນຸຍາດໃຫ້ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ຖືກຂຽນທັບ.

ສະຄຣິບນີ້ປະຈຸບັນພຽງແຕ່ໃຊ້ MySQL, ເຖິງແມ່ນວ່າມັນເປັນຫຼັກຫຼັກຖານແລະສາມາດໄດ້ຢ່າງງ່າຍດາຍ
ໄດ້ຮັບການຂະຫຍາຍໄປເຮັດວຽກກັບ RDMS ອື່ນໆທີ່ສະຫນັບສະຫນູນໂດຍ GFF ຜ່ານຕົວດັດແປງ.

ຄໍາສັ່ງ-ເສັ້ນ OPTIONS

ຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງສາມາດຫຍໍ້ເປັນຕົວເລືອກຕົວອັກສອນດຽວ. ຕົວຢ່າງ -d ແທນ
--ຖານຂໍ້ມູນ.

--create Force ການສ້າງແລະເລີ່ມຕົ້ນຖານຂໍ້ມູນ
--dsn ແຫຼ່ງຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ dbi: mysql:test)
-- ຜູ້​ໃຊ້ ຊື່ຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການພິສູດຢືນຢັນ mysql
--ຜ່ານ ລະຫັດຜ່ານສໍາລັບການພິສູດຢືນຢັນ mysql
-- ຕົວແທນ ເຊີບເວີພຣັອກຊີເພື່ອໃຊ້ສຳລັບການເຂົ້າເຖິງທາງໄກ
--file Arguments ທີ່ປະຕິບັດຕາມແມ່ນຊື່ໄຟລ໌ Genbank/EMBL (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
--accession Arguments ທີ່ປະຕິບັດຕາມແມ່ນຕົວເລກການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ genbank
--stdout ຂຽນໄຟລ໌ GFF ທີ່ປ່ຽນເປັນ stdout ແທນທີ່ຈະໂຫລດ

ໃຊ້ load_genbankp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net