ltrsift - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ltrsift - ການໂຕ້ຕອບຮູບພາບສໍາລັບການ postprocessing ແລະການຈັດປະເພດຂອງ LTR
ຜູ້ສະຫມັກ retrotransposon

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ltrsift

ລາຍລະອຽດ

LTRsift ເປັນເຄື່ອງມືເດັສທັອບແບບກາຟິກສຳລັບການປະມວນຜົນແບບເຄິ່ງອັດຕະໂນມັດຂອງ de novo ທີ່ຄາດຄະເນໄວ້
ຄໍາບັນຍາຍ LTR retrotransposon, ເຊັ່ນ: ອັນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ LTRharvest ແລະ LTRdigest.

CONFIGURATION

ຄູ່ສຸດທ້າຍ (lastal ແລະ lastdb) ຄວນຢູ່ໃນເສັ້ນທາງຄົ້ນຫາລະບົບ. ຖ້າພວກເຂົາ
ບໍ່ແມ່ນ, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະລະບຸສະຖານທີ່ຂອງພວກເຂົາໂດຍໃຊ້ສະພາບແວດລ້ອມ "GT_LAST_PATH".
ຕົວປ່ຽນແປງກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ LTRsift. ດຽວກັນໃຊ້ກັບສະຖານທີ່ BLAST. ໃຊ້
``GT_BLAST_PATH” ເພື່ອລະບຸເສັ້ນທາງເຕັມໄປຫາ “blastall” ທີ່ສາມາດປະຕິບັດໄດ້.

ໄຟລ໌ຮູບແບບ (ອະທິບາຍວ່າແຜນວາດເສັ້ນຊື່ຂອງຄຸນສົມບັດຂອງຜູ້ສະໝັກ) ເປັນໄປໄດ້ແນວໃດ
ຕັ້ງຜ່ານຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ LTRSIFT_STYLE_FILE. ຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນທີ່ເຂົ້າໃຈໄດ້ຖືກສ້າງຂຶ້ນ
ເຂົ້າໄປໃນ LTRsift.

ໃຊ້ ltrsift ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net