เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ map2slimp เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเปเบเบเปเบเปเบซเบเบถเปเบเปเบเบซเบผเบฒเบเปเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเบฑเปเบ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เบซเบผเบท MAC OS online emulator
เปเบเบเบเบฒเบ:
NAME
map2slim - เปเบเบเบเบตเปเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒเปเบเบชเบนเป ontology 'เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ'
เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบชเบฑเบเบฅเบงเบก
cd เปเบ
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
เปเบซเปเปเบเบฅเป GO slim, เปเบฅเบฐ ontology เบเบฐเบเบธเบเบฑเบ (เปเบเบซเบเบถเปเบเบซเบผเบทเบซเบผเบฒเบเปเบเบฅเป), script เบเบตเปเบเบฐเปเบเบเบเบตเป.
เปเบเบฅเปเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒ (เบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบเบเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบเปเบฝเบงเบเบฑเบ GO เบชเบฐเบเบฑเบเปเบเบฑเบก) เบเบฑเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเปเบ GO
เบเบฒเบ.
เบชเบฐเบเบฃเบดเบเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบชเปเบฒเบเปเบเบฅเปเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒเบญเบฑเบเปเปเป, เปเบเบดเปเบเบเบฐเบเบญเบเบกเบตเบซเบผเบฒเบเบชเบธเบ
GO slim accessions เบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบ, เบซเบผเบทเปเบเปเบซเบกเบเบเบฑเบ, เปเบเบเปเบฅเบฐเบเบตเบเบตเปเบกเบฑเบเบเบฐเปเบซเป gene เบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบ.
เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเปเบเปเบฅเบฐเปเบฅเบเบฐเบเบฒเบเป
เบฎเบนเบเปเบเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเปเบเปเบเบทเบเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเบขเบนเปเบเบตเปเบเบตเป:
<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#เปเบเบฅเป>
เบเบฒเบเปเบเปเบเบฝเบ
-b เบเบฑเบ เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ เปเบญเบเบฐเบชเบฒเบ
เบเบฒเบเปเบเปเบเบฝเบเบเบตเปเปเบเบตเปเบก เบเบฑเบ เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ เบเบฑเบ ontology เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ; เปเบเบดเปเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบเบเปเบฒเบเบฅเบธเปเบกเบเบตเปเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ
เบเปเบฒเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบ. เปเบเบฅเป ontology เบเบตเปเบญเปเบญเบเปเบเบเปเบซเบกเป, เบฅเบงเบกเบเบฑเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ bucket เบเบฐเบเบทเบเบเบฝเบเปเบเบดเบ
เบเบฑเบ เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ เปเบญเบเบฐเบชเบฒเบ
- เปเบเบเบเบตเป เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ เปเบเบเบเบตเป เปเบญเบเบฐเบชเบฒเบ
เบเบตเปเบเบฐเบชเปเบฒเบเปเบเบฅเปเปเบเบเบเบตเปเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบธเบเปเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบ ontology เปเบเบฑเบกเบเบตเปเบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบเบเบฑเบเบชเบญเบ
เบเบณเบชเบฑเบเบเบตเปเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบเบเบตเปเบชเบธเบ เปเบฅเบฐเบเบธเบเบเบณเบเบตเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบฐเบเบธเบฅเบธเบ. เบเปเบฒเบเปเบฒเบเปเบเปเบเบตเป
เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ, เบขเปเบฒเบชเบฐเบซเบเบญเบเปเบเบฅเปเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒ
เบเบทเปเบชเบฐเปเบเบ
(เปเบเปเปเบเปเบเบฑเบ -outmap เปเบเบปเปเบฒเบเบฑเปเบ)
เบชเบฐเปเบเบเบเบทเปเบเบญเบเบเบณเบชเบฑเบเปเบเปเบเบฅเปเปเบเบเบเบตเปเปเบเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ
-c เบเบตเปเบเบฐเบเบฑเบเบเบฑเบเปเบซเป map2slim เปเบซเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบญเบเปเบเบฅเป assoc, เปเบเบเบเบตเปเบเบฐเปเบเบฑเบเปเบเบเบเบตเปเบกเบฑเบ
-t เปเบกเบทเปเบญเปเบเปเบฎเปเบงเบกเบเบฑเบ -c เบเบฐเปเบเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบทเปเบญเปเบซเป indentation เบชเบฐเบเปเบญเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบ
เบฅเบณเบเบฑเบเบเบปเปเบเปเบกเปเบขเบนเปเปเบเปเบเบฅเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ
-o เบญเบญเบ เปเบญเบเบฐเบชเบฒเบ
เบเบตเปเบเบฐเบเบฝเบ assocs เปเบเบเบเบตเป (เบซเบผเบทเบเบฑเบ) เปเบชเปเปเบเบฅเปเบเบตเปเบฅเบฐเบเบธ, เปเบเบเบเบตเปเบเบฐ
เบซเบเปเบฒเบเป
DOWNLOAD
script เบเบตเปเปเบกเปเบเบชเปเบงเบเบซเบเบถเปเบเบเบญเบ go-perl เบเบธเบ, เบกเบตเปเบซเปเบเบฒเบ CPAN
<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>
เบชเบฐเบเบฃเบดเบเบเบตเปเบเบฐเบเปเปเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเปเบเบเบเปเปเบกเบตเบเบฒเบเบเบดเบเบเบฑเปเบ go-perl
MAPPING เบญเบฑเบฅเปเบเบตเบฃเบดเบ
GO เปเบกเปเบ DAG, เบเปเปเปเบกเปเบเบเบปเปเบเปเบกเป. เบเบตเปเบซเบกเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบงเปเบฒเบกเบฑเบเบเบฐเบกเบตเบซเบผเบฒเบเบเบงเปเบฒเบซเบเบถเปเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบชเบฑเบ GO
เปเบเบดเบเบฎเบฒเบ Gene_Ontology node; เปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบญเบฒเบเบเบฐเบเบฑเบเบเบฑเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบเบเบฒเบเป
ontology - เบเบถเปเบเบซเบกเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบงเปเบฒเบซเบเบถเปเบเบเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบฒเบกเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบฒเบชเบฑเบเบเปเบฒเบเป!
(เบซเบกเบฒเบโเปเบซเบโ เบเปเบฒเบเบเปเบญเบเบเบฒเบเปเบเบดเปเบเบเบตเปเบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบทเปเบญเปเบเบดเปเบเบฎเบนเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบเบฅเบธเปเบกเบเบตเป - เบเปเบฒเบซเบฒเบเบงเปเบฒเบเปเบฒเบเบเปเปเปเบเปเปเบเบดเปเบเบเบตเปเบขเบนเปเปเบ
เปเบเป http://www.geneontology.org เปเบงเบฑเบเปเบเบเป, เบเปเบฒเบเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบเบดเปเบ URL เบเปเปเปเบเบเบตเป:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*เปเบเบฑเบเปเบญเบปเบฒ*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)
เบเบปเบงเบขเปเบฒเบเบเบตเปเบชเบปเบกเบกเบธเบเบเบดเบเบฒเบเบงเบปเบเบชเบตเบเปเบฒเบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบ GO slim, เปเบฅเบฐเบงเบปเบเบชเบตเปเบซเบผเบทเบญเบเบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบ
เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเปเบ ontology เปเบเบฑเบก. ontology เปเบเบฑเบก subsumes slim, เบชเบฐเบเบฑเปเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเบชเบตเบเปเบฒเปเบกเปเบ
เปเบ ontology เปเบเป.
เปเบโเบเบตเปโเปเบเบโเบเบตเป ID เปเบเบทเปเบญโเบชเบฐโเบฅเบดเบก ID เบเบฑเบโเบเบฐโเบเบธโเบฅเบธเบโเบเบฐโเบเบฑเบโเบฎเบฑเบโเบเบฑเบโเบซเบกเบปเบโ
===== =============== ==================
5 2+3 2,3,1
6 3 เบเบฝเบเปเบเป 3,1
7 4 เบเบฝเบเปเบเป 4,3,1
8 3 เบเบฝเบเปเบเป 3,1
9 4 เบเบฝเบเปเบเป 4,3,1
10 2+3 2,3,1
เบเบฑเบเบเบต 2 เบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบ ID (s) เบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบเบเบตเปเบชเบธเบเบขเบนเปเปเบเปเบเบเบเบตเปเปเบเบเบเบปเบเปเบฅเบฑเบเบเปเบญเบ. เบเบต 3
เบเบฑเบเบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบเบเบฑเบเบเบฐเบเบธเบฅเบธเบเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเปเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ.
เบซเบกเบฒเบเปเบซเบเปเบเบเบชเบฐเปเบเบฒเบฐเบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเป ID 9 เปเบเบดเบเปเบกเปเบเบงเปเบฒเบเบตเปเบกเบตเบชเบญเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเปเบเบซเบฒเบฎเบฒเบ
เปเบชเบฑเปเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเปเบฒเบ 3 เปเบฅเบฐ 4, 3 เบเบทเบเบเบปเบเปเบฅเบตเบเปเบเบทเปเบญเบเบเบฒเบเบงเปเบฒเบกเบฑเบเบเบทเบเบเปเบญเบเบเปเบงเบ 4.
เปเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบก, เปเบเบเบเบตเป 10 เปเบเบซเบฒเบเบฑเบ 2 เปเบฅเบฐ 3 เปเบเบฒเบฐเบงเปเบฒเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเปเบกเปเบเบเบฑเบเบชเบญเบ ID เปเบฅเบฑเบเบเปเบญเบเบเปเบฒเบญเบดเบเปเบ.
เบชเบญเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบตเปเบเบทเบเบเปเบญเบเปเบเบซเบฒเบฎเบฒเบ, เปเบฅเบฐเบเบฑเบเบชเบญเบเบเปเปเบเปเบญเบเบญเบตเบ.
เบชเบนเบเบเบฒเบเบเบดเบเปเบฅเปเบเบตเปเปเบเปเปเบกเปเบ:
เปเบเบทเปเบญเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเปเบญเบฑเบเปเบเบเบถเปเบเปเบ ontology เปเบเบฑเบก: เบเบญเบเบซเบฒเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบตเปเบเบทเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเปเบเบซเบฒเบเปเปเบฎเบฒเบเปเบ
ontology เปเบเบฑเบก
เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเปเบเปเบฅเบฐเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบ, เปเบญเบปเบฒเปเบฅเบเบฐเบเปเบฒเบญเบดเบเบเบตเปเบเบปเบเปเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบ
เบเบปเบเปเบฅเบตเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเปเบเบตเปเบเปเปเบฒเบเปเบญเบเบขเบนเปเปเบเบเบธเบเบเบตเป เปเบเบฑเปเบ: เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเปเบเบตเปเบเปเบญเบเบเปเบงเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเปเบญเบทเปเบเป.
เปเบเบเบธเบ
เบเบธ เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ
เบเปเบฒเบเปเบฒเบเปเบฅเปเบเบชเบฐเบเบฃเบดเบเบเปเบงเบเบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ -b, เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ bucket เบเบฐเบเบทเบเปเบเบตเปเบก. เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเปเบฒเบชเบฑเบ P in
เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ, เบเปเบฒ P เบกเบตเบขเปเบฒเบเบซเบเปเบญเบเบซเบเบถเปเบเบฅเบนเบ C, bucket term P' เบเบฐเบเบทเบเบชเปเบฒเบเบเบทเปเบเบเบฒเบเปเบเป P. เบเบตเปเปเบกเปเบ.
เบเบณ เบชเบฑเบเบเบตเปเบเบฑเบเปเบเปเบเบฑเบ เปเบปเบ เบชเบณ เบฅเบฑเบเบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเป เบเบณ เบชเบฑเบเปเบ เปเบถเปเบ เปเบ ontology เปเบเบฑเบกเบเบตเปเปเบกเปเบเบฅเบนเบเบซเบฅเบฒเบเบเบญเบ P, เปเบเป.
เบเปเปเปเบกเปเบเบฅเบนเบเบซเบฅเบฒเบเบเบญเบเปเบเบฑเบเบเปเบญเบ P เปเบ ontology เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ.
เบเบปเบงเบขเปเบฒเบ, generic.0208 slim เบกเบตเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ เปเบฅเบฐเปเบเบเบชเปเบฒเบเบเปเปเปเบเบเบตเป:
% เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ DNA ; GO:0003677
% เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ chromatin ; GO:0003682
% เบเบดเบโเบเบฐโเบเปเบฒโเบเบฑเบโเปเบ transcription ; GO:0003700, GO:0000130
เบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบตเปเบกเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ bucket, เบกเบฑเบเบเบฐเปเบเบดเปเบเบเบทเบงเปเบฒเบเบตเป:
% เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ DNA ; GO:0003677
% เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ chromatin ; GO:0003682
% เบเบดเบโเบเบฐโเบเปเบฒโเบเบฑเบโเปเบ transcription ; GO: 0003700 ; เบเปเบฒเบชเบฑเบเบเปเบฒเบเบเบท:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ DNA ; slim_temp_id:12
เบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบ ontology เปเบเบฑเบกเบเบตเปเปเบกเปเบเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบญเบทเปเบเปเบเบญเบเบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ DNA, เปเบเบฑเปเบเบเบฝเบง -.
เบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบ DNA เบเบตเปเบเบทเบเบเบนเบเบกเบฑเบเปเบฅเบฐเบฅเบนเบเบซเบฅเบฒเบเบเบญเบเบกเบฑเบเบเบฐเปเบฎเบฑเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบเปเบฅเบเบฐ bucket.
bucket term เบกเบต ID เปเบเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเปเบเบดเปเบเปเบเบฑเบ transient เปเบฅเบฐเบกเบตเบเบฝเบเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบญเปเบฒเบเบงเบเบเบงเบฒเบกเบชเบฐเบเบงเบ
เปเบเบเบเบตเป. เบกเบฑเบเบเปเปเบเบงเบเบเบทเบเบเปเบฒเปเบเปเบเบฒเบเบเบญเบ.
เบเบณเบชเบฑเบ bucket เบกเบตเบเบณเบเบณเปเปเบฒ Z-OTHER; Z เปเบกเปเบเบเบฒเบ hack เปเบเบทเปเบญเปเบฎเบฑเบเปเบซเปเปเบเปเปเบเบงเปเบฒเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบกเปเบ
เบฅเบฐเบเบธเปเบงเปเบชเบฐเปเปเบตเปเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเบณเบเบฑเบเบเบปเบงเปเบฑเบเบชเบท.
เบชเบนเบเบเบฒเบเบเบดเบเปเบฅเปเบเบทเบเบเบฑเบเปเบเปเปเบฅเบฑเบเบเปเบญเบเบเปเบฒเปเบเปเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ bucket. เปเบฅเบเบฐ bucket เบกเบต
เบเบงเบฒเบกเบชเบณเบเบฑเบเบญเบฑเบเปเบเบฑเบเบเบดเบเบเบฑเบเบญเปเบฒเบเปเบญเบทเปเบญเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเปเบปเบเบเปเปเปเบกเปเบเบขเบนเปเปเบเปเบเบเบเบฒเบเป.
Do I เบเปเบญเบเบเบฒเบ เบเบฑเบ เปเบเบทเปเบญเบเปเบ?
เปเบเบเบฑเบเบเบธเบเบฑเบเปเบเบฅเปเบเบตเปเบญเปเบญเบเปเบเบเบชเปเบงเบเบซเบผเบฒเบเปเบกเปเบ 'เบชเบปเบกเบเบนเบ' เบเบฑเบเบซเบกเบปเบ, เบเบฑเปเบเปเบกเปเบเบเปเปเบกเบตเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ.
เบเบตเปเบซเบกเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบงเปเบฒเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ -b เบเบฐเบเปเปเบชเปเบฒเบเบเบปเบเปเบเปเบฎเบฑเบเบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบเบเบตเปเบชเบฑเบเปเบเบเปเบซเบฑเบ. เบเบปเบโเบเบปเบงโเบขเปเบฒเบ,
เปเบเบปเปเบฒเบญเบฒเบเบเบฐเปเบซเบฑเบเบเบณเบชเบฑเบ bucket เบญเบทเปเบเบเบตเปเบชเปเบฒเบเบเบทเปเบเบกเบฒ, เปเบเบเบเปเปเบกเบตเบซเบเบฑเบเปเบฒเบเปเบเบดเบเบกเบฑเบ: เปเบเบฒเบฐเบงเปเบฒเบเบฑเบเปเบปเบ
เปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบเปเบ GO เปเบกเปเบเปเบเบฑเบเบเบปเบงเปเบเบเบขเบนเปเปเบเปเบเบฅเปเบเบตเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ.
เบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ bucket เปเบกเปเบเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเปเบฒเปเบเบฑเบเปเบเปเปเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบฒเบเปเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบงเปเปเบเบปเปเบฒ,
เปเบเบดเปเบเปเบกเปเบ static เปเบฅเบฐเบเบทเบเบชเปเบฒเบเบเบทเปเบเปเบเบเบฒเบเบเบตเปเบเปเบญเบเบเปเบฒเบ; เบเบงเบเปเบเบปเบฒเปเบเบปเปเบฒเบกเบตเปเบเบงเปเบเปเบกเบเบตเปเบเบฐเบชเบฐเบชเบปเบก "เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ"
เปเบกเบทเปเบญเปเบงเบฅเบฒเบเปเบฒเบเปเบ (เปเบเบฑเปเบ: GO เบเบฐเปเบเบตเปเบกเบเบฒเบเบเบนเบเบกเบฑเบเบฅเบนเบเปเปเป, เปเบเปเปเบเบฅเปเบเบฒเบเปเบเบปเบฒเบเบปเบเบเบตเปเบเบฐเบเปเปเบเบถเปเบเบเบฑเบ.
เบงเบฑเบเบเบต, เบเบฑเปเบเบเบฑเปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบ gene เปเบเปเบเบตเปเบฅเบฐเบเบธเปเบงเปเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบซเบกเปเบเบตเปเบเบฐเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบ OTHER-binding เปเบ
เบเบฒเบ)
GRAPH เบเบงเบฒเบกเบเบดเบเบเบฒเบ
เบเบฐเบฅเบธเบเบฒเบฎเบฑเบเบเบฒเบเบงเปเบฒเปเบเบฅเป ontology เปเบฅเบฑเบเบเปเบญเบเบญเบฒเบเบเบฐเบฅเปเบฒเบชเบฐเปเบซเบกเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบธเบเบฑเบ
ontology.
เปเบเบเบฑเบเบเบธเบเบฑเบ map2slim เบเปเปเปเบเปเบฅเบฒเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบตเปเบเปเปเบเบปเบเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบเบฃเบฒเบเบเบฒเบเป เปเบฅเบฐเบเบฃเบฒเบเปเบ
เปเบเบฅเป ontology เปเบเบฑเบก; เบกเบฑเบเปเบเปเปเบงเบฅเบฒ ontology เปเบเบฑเบกเบเบตเปเบงเปเบฒเปเบเบฑเบเปเบชเบฑเปเบเบชเบฐเปเบเบเบเบตเปเปเบเปเบเบดเบ. เบขเปเบฒเบเปเบเบเปเบเบฒเบก, เปเบเป
ontology เบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบฐเบเบทเบเบเปเบฒเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบเบฑเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเบปเบเปเบเปเบฎเบฑเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ -t -c เปเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ.
OUTPUT
เปเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเบปเบเบเบฐเบเบด, เปเบเบฅเปเบเบฒเบเปเบเบทเปเบญเบกเปเบเบ gene-เบฎเบนเบเปเบเบเบกเบฒเบเบเบฐเบเบฒเบเบเบฐเบเบทเบเบเบฝเบ. เบเบฑเบ GO ID
(5) เบเบฐเบกเบต GO slim IDs. เปเบเบเบเบตเปเบเบปเบเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบต 2 เปเบเบเบฒเบเบฐเบฅเบฒเบ
เบเปเบฒเบเปเบเบดเบ. เปเบซเปเบชเบฑเบเปเบเบเบงเปเบฒเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบญเบฒเบเบกเบตเปเบชเบฑเปเบเปเบเบตเปเบกเปเบเบตเบกเบเบตเปเปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ. เบเบตเปโเปเบกเปเบ
เปเบเบทเปเบญเบเบเบฒเบเบงเปเบฒเบเบฒเบ ID GO เปเบเบฑเบกเบกเบตเบซเบผเบฒเบเบเบงเปเบฒเบซเบเบถเปเบ ID เบเบตเปเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบ.
เบเบฑเบ MODE
map2slim เบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ -c, เปเบเบดเปเบเบเบฐเปเบฎเบฑเบเปเบซเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบญเบ gene เบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบ
เบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบเบเบตเปเบกเบตเปเบเบเบเบตเปเปเบชเปเปเบเปเบฅเบฐเปเบฅเบเบฐเบเบฒเบเป. เบเบฑเบเบกเบตเบเบฑเปเบเบเบตเป
GO Term
เบเบฑเบเบเปเบฒเบญเบดเบเปเบกเปเบ GO ID เบเบดเบเบเบฒเบกเบเปเบงเบเบเบทเปเบเปเบฒเบชเบฑเบ (เบเบทเปเบเปเบฒเบชเบฑเบเปเบกเปเบเบชเบฐเบซเบเบญเบเปเบซเปเปเบเบฑเบ
เบกเบฑเบเปเบเปเบเบทเบเบเบปเบเปเบซเบฑเบเบขเบนเปเปเบเบเบฑเบ GO เปเบเบฑเบกเปเบฅเบฐ ontologies slim - เปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเบเบปเบเบเบฐเบเบดเปเบฅเปเบงเบเบฐเบเบทเบเบฑเบ
เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเปเบเปเบเบฅเปเบเบฒเบเปเบเบฐเบเบฑเบเบเปเบฒเบเบฒเบเบเปเบฝเบเปเบเบเปเบเปเบเบฅเป GO)
เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบญเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบ gene เบเบตเปเบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบเบตเปเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบเบเบตเปเบชเบธเบ
เบเปเบฒโเบเบงเบโเบเบญเบโเบเบฐโเบฅเบดเบโเบเบฐโเบเบฑเบ gene เบเบตเปโเปเบเบโเบเปเบฒเบโเบเบฑเบโเบชเปเบฒโเบฅเบฑเบโเบเบฒเบโเบเบตเปโเปเบกเปเบโเบเบตเปโเบเปเบฝเบงโเบเปเบญเบโเบเบตเปโเบชเบธเบ / เบเบฐโเบเบฑเบโเบฎเบฑเบโเปเบเบโเบเบปเบโ
ID. เปเบเบเบชเปเบงเบเปเบซเบเปเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเบซเบกเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบงเปเบฒเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเปเบกเปเบเปเบฎเบฑเบเปเบเบเบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบเบตเป,
เบซเบผเบท เบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเปเบกเปเบเบชเปเบฒเบเบเบทเปเบเบเบฑเบเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบตเปเบกเบตเบฅเบฑเบเบชเบฐเบเบฐเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเป เปเบฅเบฐเบเปเปเบกเบตเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบตเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ
เปเบฅเบเบฐเบเบตเปเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเบงเบฒเบเปเบเบเปเบงเป.
เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบนเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบชเปเบงเบเปเบซเบเป, เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบตเปเบเบฐเปเบเบปเปเบฒเบเบฑเบเบเปเบฒเบเบงเบเบเบญเบเบชเบฐเบกเบฒเบเบปเบกเปเบเบเบเบปเบ
เปเบเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบฅเบเบฐเบเบตเปเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบเบตเป. เบขเปเบฒเบเปเบเบเปเบเบฒเบก, เบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบตเปเบญเปเบญเบเปเบเบเปเบเบปเปเบฒเปเบกเปเบ "spotty" เปเบเบเบฑเปเบเบเบงเบเบกเบฑเบ
เบเบญเบกเบฎเบฑเบ "เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ". เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบปเบงเบขเปเบฒเบ, เบเปเบฒเบซเบฒเบเบงเปเบฒเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบเบกเบตเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเบเบญเบ "เบเบฐเบเบงเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบตเบงเบฐเบเบฒเบ" เบเบฑเบ
เบเปเปเบเบปเบเปเบงเบฑเปเบเบเบญเบ "เบเบถเบเบเบดเบเปเบฒ" เบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเปเบเบเบธเบเบเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบเปเปเบเบฑเบ "เบเบถเบเบเบดเบเปเบฒ" เบซเบผเบทเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบญเบเบกเบฑเบเบเบฐเปเบเบฑเบ
เบเบฑเบเบขเบนเปเบเบตเปเบเบตเป
เปเบเบดเปเบเบเบปเบงเบขเปเบฒเบเบเปเบฒเบเบฅเบธเปเบกเบเบตเป
เบเบณเบเบงเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒเบเบตเปเบชเบปเบกเบกเบธเบเบงเปเบฒเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเบฑเบเปเบฅเบเบฐเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ
เปเบฅเบฐเบเปเบฒเบเบงเบเบเบญเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบ gene เบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบ, เปเบเบดเปเบเปเบเปเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเปเบเบดเบเบฅเบนเบเบซเบฅเบฒเบเบเบญเบเปเบฅเบทเปเบญเบเบเบตเป
เปเบญเบเบตเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ (เบซเบผเบทเปเบฒเบเปเบซเบเปเบเบเบเบปเบเปเบชเปเบฅเบฐเบซเบฑเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ).
เบเบธเบเบเบปเบเปเบฅเบตเบ
เปเบ ontology
เปเบญเบปเบฒเบเบปเบงเบขเปเบฒเบ; เบเปเบฒเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเป -t เปเบฅเบฐ -c เปเบเบเบเบตเป:
map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb
เบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเปเบ, เบเบฒเบเบชเปเบงเบเบเบญเบเบเบปเบเปเบเปเบฎเบฑเบเบญเบฒเบเบเบฐเปเบเบดเปเบเบเบทเบงเปเบฒเบเบตเป:
GO:0008150 biological_process (biological_process) 34 10025 biological_process
GO:0007610 เบเบถเบเบเบดเบเบณ (behavior) 632 632 biological_process
GO:0000004 เบเบฐเบเบงเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบตเบงเบฐเบงเบดเบเบฐเบเบฒเบเบตเปเบเปเปเบฎเบนเปเบเบฑเบ (เบเปเปเบฎเบนเปเบเบฑเบเบเบฐเบเบงเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบตเบงเบฐเบเบฒเบ) 832 832 biological_process
GO:0007154 เบเบฒเบเบชเบทเปเบชเบฒเบเบเปเบฒเบเบกเบทเบเบท (cell communication) 333 1701 biological_process
GO:0008037 เบเบฒเบเบเบณเปเบเบเปเบเบ (เบเบฒเบเบฎเบฑเบเบฎเบนเปเปเบเบฅ) 19 19 เบเบฐเบเบงเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบตเบงเบฐเบเบฒเบ
19 เบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบเปเบเปเบเบทเบเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเปเปเบเบเบตเป GO:0008037 เบซเบผเบทเบซเบเบถเปเบเปเบเบฅเบนเบเบเบญเบเบกเบฑเบ. (GO:0008037 เปเบกเปเบเบเปเปเบเปเปเปเบเปเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ, เบเบฑเปเบเบเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบฑเบเบชเบญเบเปเบกเปเบเบเบทเบเบฑเบ).
เปเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบก, GO: 0008150 เปเบเปเบฎเบฑเบเบเบฝเบเปเบเป 34 เบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบ, เปเบเบดเปเบเบเบตเปเปเบกเปเบเบเบงเบฒเบกเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบเบเบตเปเบชเบธเบ.
เปเบฅเบเบฐ. เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบญเบเบงเปเบฒเบเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเปเบงเบเปเบซเบเปเบเบฐเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบญเบ GO:0008150 เปเบเปเบเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ,
เปเบเบฑเปเบ GO:0007610 (เบเบถเบเบเบดเบเปเบฒ). เบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบฑเบ 34 gene เปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเปเบกเปเบเปเบเปเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเปเบเบเบเบปเบเบเบฑเบ
GO:0008150, เบซเบผเบทเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบญเบเบเปเบฒเบชเบฑเบเบเบตเปเบเบตเปเบเปเปเบขเบนเปเปเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ. เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเบตเปเปเบซเปเปเบซเบฑเบ
'เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ' เปเบเบเบฐเบเบฑเบเบฎเบฑเบ. เปเบซเปเบชเบฑเบเปเบเบเบงเปเบฒเบเบฒเบเปเบฅเปเบ map2slim เบเปเบงเบเบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ -b เบเบฐ 'เบชเบฝเบ' เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเป
เบเบฑเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบปเบ filler เบเบญเบก.
เปเบเป map2slimp เบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบเปเบเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบ onworks.net