melting - ອອນໄລນ໌ໃນຟັງໄດ້

ໂຄງການ:

NAME

ການລະລາຍ - ການຄິດໄລ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດຂອງການປະສົມອາຊິດນິວຄລີອິກ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ການລະລາຍ [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

Melting ຄິດໄລ່, ສໍາລັບ duplex ອາຊິດ nucleic, enthalpy ແລະ entropy ຂອງ helix-
ການຫັນປ່ຽນ coil, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນອຸນຫະພູມ melting ຂອງຕົນ. ສາມປະເພດຂອງການປະສົມແມ່ນ
ເປັນໄປໄດ້: DNA/DNA, DNA/RNA, ແລະ RNA/RNA. ໂຄງ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ວິ​ທີ​ການ​ທີ່​ໃກ້​ທີ່​ສຸດ -
ເພື່ອນ​ບ້ານ. ຕົວຢ່າງຂອງຕົວກໍານົດການ thermodynamic ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ງ່າຍ
ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ທົດ​ລອງ​ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​. Melting ເປັນໂຄງການຟຣີໃນທັງສອງຄວາມຮູ້ສຶກຂອງ
ໄລຍະ. ມັນມາພ້ອມກັບຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ບໍ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະມັນເປັນແຫຼ່ງເປີດ. ນອກ​ຈາກ​ນັ້ນ​ມັນ​ໄດ້​ຖືກ​ລະ​ຫັດ​ໃນ ISO C ແລະ​
ສາມາດລວບລວມໄດ້ໃນລະບົບປະຕິບັດການໃດນຶ່ງ. ບາງສະຄິບ perl ໄດ້ຖືກສະຫນອງໃຫ້ເພື່ອສະແດງວິທີການ
melting ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເປັນຕັນເພື່ອສ້າງໂຄງການທະເຍີທະຍານຫຼາຍ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໄດ້ຖືກປະຕິບັດຕາມລໍາດັບ. ຖ້າມີການຂັດແຍ້ງລະຫວ່າງມູນຄ່າຂອງສອງ
ທາງເລືອກ, ສຸດທ້າຍປົກກະຕິຈະລົບລ້າງອະດີດ.

-Afile.nn
ແຈ້ງໃຫ້ໂຄງການທີ່ຈະນໍາໃຊ້ file.nn ເປັນຊຸດທາງເລືອກຂອງເພື່ອນບ້ານໃກ້ຄຽງ
ພາລາມິເຕີ, ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງປະເພດປະສົມທີ່ລະບຸໄວ້. ໄດ້
ການແຜ່ກະຈາຍມາດຕະຖານຂອງການລະລາຍໃຫ້ບາງໄຟລ໌ພ້ອມນຳໃຊ້: ທັງໝົດ 97a.nn
(Allawi et al 1997), bre86a.nn (Breslauer et al 1986), san96a.nn (SantaLucia et al
1996), sug96a.nn (Sugimoto et al 1996) san04a.nn (Santalucia et al 2004) (DNA/DNA),
free86a.nn (Freier et al 1986), xia98a.nn (Xia et al 1998), (RNA/RNA), ແລະ sug95a.nn
(Sugimoto et al 1995), (DNA/RNA).

ໂຄງ​ການ​ຈະ​ຊອກ​ຫາ​ໄຟລ​໌​ໃນ​ລະ​ບົບ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​ໃນ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​
ການຕິດຕັ້ງ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຖ້າຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ NN_PATH ຖືກກໍານົດ, ການລະລາຍຈະ
ຄົ້ນຫາໃນອັນທໍາອິດນີ້. ຈົ່ງລະມັດລະວັງ, ທາງເລືອກ -A ປ່ຽນພາລາມິເຕີເລີ່ມຕົ້ນ
ກໍານົດໂດຍທາງເລືອກ - ຮ.

-Ccomplementary_sequence
ເຂົ້າສູ່ລໍາດັບເສີມ, ຈາກ 3' ຫາ 5'. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນບັງຄັບຖ້າມີ
ບໍ່ກົງກັນລະຫວ່າງສອງເສັ້ນ. ຖ້າມັນບໍ່ຖືກນໍາໃຊ້, ໂຄງການຈະຄິດໄລ່
ມັນເປັນການເສີມຂອງລໍາດັບທີ່ເຂົ້າມາດ້ວຍທາງເລືອກ - ນ.

-Ddnadnade.nn
ແຈ້ງໃຫ້ໂຄງການນໍາໃຊ້ໄຟລ໌ dnadnade.nn ເພື່ອຄິດໄລ່ການປະກອບສ່ວນຂອງ
dangling ສິ້ນສຸດລົງກັບ thermodynamic ຂອງການຫັນເປັນ helix-coil. ສິ້ນ dangling ແມ່ນ
ບໍ່ໄດ້ພິຈາລະນາໂດຍຮູບແບບປະມານ.

-Fປັດໄຈ
ນີ້​ແມ່ນ​ປັດ​ໄຈ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ທີ່​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ modulate ຜົນ​ກະ​ທົບ​ຂອງ​ອາ​ຊິດ nucleic ໄດ້​
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນໃນການຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມຂອງການລະລາຍ. ເບິ່ງພາກ ALGORITHM
ສໍາລັບລາຍລະອຽດ.

-Gx.xx-xx
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງແມກນີຊຽມ (ບໍ່ມີຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນສູງສຸດໃນເວລານີ້). ຜົນກະທົບ
ຂອງ ions ກ່ຽວກັບຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ thermodynamic ຂອງ duplexes ອາຊິດ nucleic ແມ່ນສະລັບສັບຊ້ອນ,
ແລະຫນ້າທີ່ແກ້ໄຂແມ່ນຢູ່ໃນທີ່ດີທີ່ສຸດປະມານ rough. ຈັດພີມມາ
ສູດການແກ້ໄຂ Tm ສໍາລັບ ions Mg2+ divalent ຂອງ Owczarzy et al(2008) ສາມາດ
ພິຈາລະນາການຜູກມັດການແຂ່ງຂັນຂອງ ions monovalent ແລະ divalent ກ່ຽວກັບ DNA.
ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ສູດນີ້ແມ່ນສໍາລັບ DNA duplexes ເທົ່ານັ້ນ.

-h ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອສັ້ນໆ ແລະອອກດ້ວຍ EXIT_SUCCESS.

-Hhybridisation_type
ລະບຸປະເພດຂອງການປະສົມ. ນີ້ຈະກໍານົດຊຸດເພື່ອນບ້ານທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດທີ່ຈະໃຊ້ if
ບໍ່ມີຊຸດທາງເລືອກແມ່ນສະຫນອງໃຫ້ໂດຍທາງເລືອກ -A (ຈືຂໍ້ມູນການທາງເລືອກແມ່ນອ່ານ
ຕາມລໍາດັບ). ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ຕົວກໍານົດການນີ້ກໍານົດສົມຜົນທີ່ຈະນໍາໃຊ້ຖ້າຫາກວ່າ
ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ເກີນ​ກໍາ​ນົດ​ຂອງ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ວິ​ທີ​ການ​ໃກ້​ຄຽງ​ທີ່​ໃກ້​ທີ່​ສຸດ​
(ຜູ້​ຂຽນ​ສ້າງ​ຕັ້ງ​ຂຶ້ນ​ໂດຍ​ຕົນ​ເອງ). ຄ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້ແມ່ນ ດີນາ, ດີນານາ ແລະ rnadna
(ຄໍາສັບຄ້າຍຄື), ແລະ rnarna. ສໍາລັບເຫດຜົນຂອງຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້, ຄຸນຄ່າຂອງທີ່ຜ່ານມາ
ສະບັບຂອງ melting A,B,C,F,R,S,T,U,W ຍັງມີຢູ່ເຖິງແມ່ນວ່າ ຢ່າງແຂງແຮງ
ເຊົາໃຊ້ແລ້ວ. ໃຊ້ທາງເລືອກ -A ເພື່ອຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີຊຸດທາງເລືອກຂອງ thermodynamic
ຕົວກໍານົດການ. ສິ່ງສໍາຄັນ: ຖ້າ duplex ແມ່ນ DNA/RNA heteroduplex, ລໍາດັບຂອງ
ຕ້ອງໃສ່ສາຍ DNA ດ້ວຍທາງເລືອກ - ນ.

-Iinput_file
ໃຫ້ຊື່ຂອງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ມີພາລາມິເຕີຂອງການແລ່ນ. ວັດສະດຸປ້ອນ
ຕ້ອງມີຕົວກໍານົດການຫນຶ່ງຕໍ່ແຖວ, ຮູບແບບໃນແຖວຄໍາສັ່ງ. ຄໍາສັ່ງ
ບໍ່ສໍາຄັນ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບເສັ້ນເປົ່າ. ຕົວຢ່າງ:

###ເລີ່ມ###
-Hdnadna
-Asug96a.nn
-SAGCTCGACTC
-CTCGAGGTGAG
-N0.2
0.0001 -PXNUMX.
-v
-Ksan96a

###ຈົບ###

-ifile.nn
ແຈ້ງໃຫ້ໂຄງການນໍາໃຊ້ file.nn ເປັນຊຸດທາງເລືອກຂອງຄູ່ inosine
ພາລາມິເຕີ, ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງປະເພດປະສົມທີ່ລະບຸໄວ້.
ການແຜ່ກະຈາຍມາດຕະຖານຂອງການລະລາຍໃຫ້ບາງໄຟລ໌ພ້ອມນຳໃຊ້:
san05a.nn
(Santalucia et al 2005) ສໍາລັບ deoxyinosine ໃນ DNA duplexes, bre07a.nn (Brent M
Znosko
et al 2007) ສໍາລັບ inosine ໃນ RNA duplexes. ໃຫ້ສັງເກດວ່າບໍ່ແມ່ນ inosine ທັງຫມົດ
ບໍ່ຖືກຕ້ອງ
ຄູ່ຂອງ wobble ໄດ້ຖືກສືບສວນ. ດັ່ງນັ້ນ, ມັນອາດຈະເປັນໄປບໍ່ໄດ້
ຄຳ ນວນ
Tm ຂອງ duplex ກັບຄູ່ inosine. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ຄູ່ inosine ເຫຼົ່ານັ້ນບໍ່ແມ່ນ
ປະຕິບັດ
ເຂົ້າໄປໃນບັນຊີໂດຍຮູບແບບໂດຍປະມານ.

-Kການແກ້ໄຂເກືອ
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຜູ້​ຫນຶ່ງ​ເລືອກ​ເອົາ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ອື່ນ​ສໍາ​ລັບ​ຄວາມ​ເຂັ້ມ​ຂົ້ນ​ຂອງ sodium​. ໃນປັດຈຸບັນ,
ຫນຶ່ງສາມາດເລືອກລະຫວ່າງ wet91a, san96a, san98a. ເບິ່ງພາກ ALGORITHM. TP. ບີ.
"-k" "x.xx-xx"
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງໂພແທດຊຽມ (ບໍ່ມີຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນສູງສຸດໃນເວລານີ້). ຜົນກະທົບ
ຂອງ ions
ກ່ຽວ​ກັບ​ສະ​ຖຽນ​ລະ​ພາບ thermodynamic ຂອງ duplexes ອາ​ຊິດ nucleic ແມ່ນ​ສັບ​ສົນ​, ແລະ​
ການກວດແກ້
ຟັງຊັນແມ່ນຢູ່ທີ່ປະມານຫຍາບທີ່ດີທີ່ສຸດ. ການແກ້ໄຂ Tm ທີ່ຈັດພີມມາ
ສູດສໍາລັບ
ໂຊດຽມ ions ຂອງ Owczarzy et al (2008) ແມ່ນຍັງໃຊ້ໄດ້ກັບ buffers.
ປະກອບດ້ວຍ Tris ຫຼື
KCl. Monovalent K+, Na+, Tris+ ion stabilize DNA duplexes
ມີ potency ທີ່ຄ້າຍຄືກັນ, ແລະຜົນກະທົບຂອງເຂົາເຈົ້າກ່ຽວກັບຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ duplex ແມ່ນການເພີ່ມເຕີມ.
ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ສູດນີ້
ແມ່ນພຽງແຕ່ສໍາລັບ DNA duplexes.

-L ພິມຂໍ້ມູນທາງກົດໝາຍ ແລະອອກດ້ວຍ EXIT_SUCCESS.

-Mdnadnamm.nn
ແຈ້ງໃຫ້ໂຄງການນໍາໃຊ້ໄຟລ໌ dnadnamm.nn ເພື່ອຄິດໄລ່ການປະກອບສ່ວນຂອງ
ບໍ່ກົງກັນກັບ thermodynamic ຂອງ helix-coil transition. ໃຫ້ສັງເກດວ່າບໍ່ແມ່ນທັງຫມົດ
ຄູ່ຂອງ Crick ບໍ່ກົງກັນໄດ້ຖືກສືບສວນ. ດັ່ງນັ້ນ, ມັນອາດຈະເປັນໄປບໍ່ໄດ້
ເພື່ອຄິດໄລ່ Tm ຂອງ duplex ບໍ່ກົງກັນ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ຄວາມບໍ່ສອດຄ່ອງເຫຼົ່ານັ້ນບໍ່ໄດ້ຖືກປະຕິບັດ
ເຂົ້າໄປໃນບັນຊີໂດຍຮູບແບບໂດຍປະມານ.

-Nx.xx-xx
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງໂຊດຽມ (ລະຫວ່າງ 0 ແລະ 10 M). ຜົນກະທົບຂອງທາດໄອອອນຕໍ່ອຸນຫະພູມ
ຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງອາຊິດ nucleic duplexes ແມ່ນສະລັບສັບຊ້ອນ, ແລະຫນ້າທີ່ແກ້ໄຂ
ແມ່ນຢູ່ໃນການປະມານຫຍາບທີ່ດີທີ່ສຸດ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວພວກເຂົາມີຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືເທົ່ານັ້ນ
ສໍາລັບ [Na+] ເປັນຂອງ [0.1,10M]. ຖ້າບໍ່ມີ ion ອື່ນໆໃນ
ການແກ້ໄຂ, ພວກເຮົາສາມາດນໍາໃຊ້ພຽງແຕ່ການແກ້ໄຂ sodium. ໃນກໍລະນີອື່ນໆ, ພວກເຮົາໃຊ້
Owczarzy ຂອງ
ສູດການຄິດໄລ່.

-Ooutput_file
ຜົນຜະລິດແມ່ນມຸ້ງໄປຫາໄຟລ໌ນີ້ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ. ຊື່ຂອງ
ໄຟລ໌ສາມາດຖືກລະເວັ້ນ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຊື່ອັດຕະໂນມັດແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ, ຂອງແບບຟອມ
meltingYYYYYMMMDD_HHhMMm.out (ແນ່ນອນ, ໃນລະບົບທີ່ປະຕິບັດຕາມ POSIX, ທ່ານສາມາດເຮັດຕາມແບບຢ່າງ.
ນີ້ກັບການປ່ຽນເສັ້ນທາງຂອງ stdout ໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ສ້າງຂຶ້ນກັບວັນທີໂຄງການ).

-Px.xx-xx
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງສາຍອາຊິດນິວຄລີອິກເກີນ (ລະຫວ່າງ 0 ແລະ 0.1 M).

-p ກັບຄືນໄດເລກະທໍລີທີ່ຄາດວ່າຈະມີຊຸດຂອງພາລາມິເຕີ calorimetric ແລະ
ອອກດ້ວຍ EXIT_SUCCESS. ຖ້າຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ NN_PATH ຖືກຕັ້ງ, ມັນຖືກສົ່ງຄືນ.
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ຄ່າທີ່ກຳນົດໄວ້ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນໃນລະຫວ່າງການລວບລວມຂໍ້ມູນຈະຖືກສົ່ງຄືນ.

-q ປິດການແກ້ໄຂການໂຕ້ຕອບຂອງພາລາມິເຕີທີ່ໃສ່ຜິດ. ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການແລ່ນ
ຜ່ານເຊີບເວີ, ຫຼື batch script. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນປິດ (ເຊັ່ນ: ໂຕ້ຕອບເປີດ). ໄດ້
switch ເຮັດວຽກໃນທັງສອງຄວາມຮູ້ສຶກ. ເພາະສະນັ້ນຖ້າຫາກວ່າ -q ໄດ້​ຖືກ​ຕັ້ງ​ໄວ້​ໃນ​ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​, ອື່ນ​
-q ໃນ​ບັນ​ຊີ​ຄໍາ​ສັ່ງ​ຈະ​ສະ​ຫຼັບ​ຮູບ​ແບບ​ງຽບ OFF (ສິ່ງ​ດຽວ​ກັນ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ສອງ​ -q ຖືກກໍານົດ
ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງດຽວກັນ).

-Sລໍາດັບ
ລຳດັບຂອງເສັ້ນໜຶ່ງຂອງສອງແຜ່ນອາຊິດນິວຄລີອິກ, ເຂົ້າ 5' ຫາ 3'. ສິ່ງສໍາຄັນ: ຖ້າ
ມັນແມ່ນ DNA/RNA heteroduplex, ລໍາດັບຂອງສາຍ DNA ຕ້ອງໄດ້ຮັບການປ້ອນ.
Uridine ແລະ thymidine ຖືກພິຈາລະນາວ່າຄືກັນ. ຖານສາມາດເປັນເທິງຫຼື
ຕົວພິມນ້ອຍ.

-Txxx ເກນຂະໜາດກ່ອນການຄຳນວນໂດຍປະມານ. ວິທີ​ການ​ໃກ້​ຄຽງ​ທີ່​ສຸດ
ຈະຖືກນຳໃຊ້ພຽງແຕ່ຖ້າຄວາມຍາວຂອງລຳດັບຕ່ຳກວ່າເກນນີ້.

-tx.xx-xx
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງ Tris buffer (ບໍ່ມີຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນສູງສຸດໃນເວລານີ້).
ຜົນກະທົບຂອງ ions ກ່ຽວກັບຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ thermodynamic ຂອງອາຊິດ nucleic
duplexes ແມ່ນສະລັບສັບຊ້ອນ, ແລະຫນ້າທີ່ແກ້ໄຂແມ່ນດີທີ່ສຸດ
rough approximations.The ຈັດພີມມາສູດການແກ້ໄຂ Tm ສໍາລັບ sodium ions ຂອງ
Owczarzy et al(2008) ດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງໃຊ້ໄດ້ກັບ buffers ທີ່ມີ Tris ຫຼື
KCl. Monovalent K+, Na+, Tris+ ion stabilize DNA duplexes ທີ່ຄ້າຍຄືກັນ
potency, ແລະ
ຜົນກະທົບຂອງເຂົາເຈົ້າກ່ຽວກັບຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ duplex ແມ່ນການເພີ່ມເຕີມ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ສູດນີ້ແມ່ນສໍາລັບ
DNA
ຄູ່. ຈົ່ງລະມັດລະວັງ, ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ Tris+ ion ແມ່ນປະມານເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນທັງຫມົດ
tris buffer
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ.

-v ຄວບຄຸມໂຫມດ verbose, ອອກຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບການແລ່ນປະຈຸບັນ (ລອງ
ມັນຄັ້ງຫນຶ່ງເພື່ອເບິ່ງວ່າທ່ານສາມາດໄດ້ຮັບສິ່ງທີ່ຫນ້າສົນໃຈ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຖືກປິດ. ສະຫຼັບ
ເຮັດວຽກຢູ່ໃນຄວາມຮູ້ສຶກທັງສອງ. ເພາະສະນັ້ນຖ້າຫາກວ່າ -v ໄດ້​ຖືກ​ຕັ້ງ​ໄວ້​ໃນ​ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​, ອື່ນ​ -v on
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈະປ່ຽນໂຫມດ verbose ປິດ (ສິ່ງດຽວກັນຖ້າສອງ -v ແມ່ນກໍານົດກ່ຽວກັບການ
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງດຽວກັນ).

-V ສະແດງໝາຍເລກເວີຊັນ ແລະອອກດ້ວຍ EXIT_SUCCESS.

-x ບັງຄັບໃຫ້ໂຄງການຄິດໄລ່ tm ປະມານ, ອີງຕາມເນື້ອໃນ G+C. ທາງເລືອກນີ້
ຕ້ອງໃຊ້ຢ່າງລະມັດລະວັງ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າການຄິດໄລ່ດັ່ງກ່າວແມ່ນບໍ່ຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂຶ້ນເມື່ອ
ຄວາມຍາວຂອງ duplex ຫຼຸດລົງ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ມັນບໍ່ໄດ້ຄໍານຶງເຖິງ nucleic
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງອາຊິດ, ຊຶ່ງເປັນຄວາມຜິດພາດທີ່ເຂັ້ມແຂງ.

ອັລເກີຣິດ

ອຸປະກອນອຸນຫະພູມ of helix-coil ການປ່ຽນແປງ of ນິວຄລີນິກ ອາຊິດ
ວິທີການທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດແມ່ນອີງໃສ່ຄວາມຈິງທີ່ວ່າການຫັນປ່ຽນ helix-coil ເຮັດວຽກເປັນ
zipper ເປັນ. ຫຼັງ​ຈາກ​ທີ່​ຕິດ​ຄັດ​ມາ​ເບື້ອງ​ຕົ້ນ​, ການ​ປະ​ສົມ​ຈະ​ແຜ່​ຂະ​ຫຍາຍ​ທາງ​ຂ້າງ​.
ດັ່ງນັ້ນ, ຂະບວນການແມ່ນຂຶ້ນກັບ nucleotides ທີ່ຢູ່ໃກ້ຄຽງໃນແຕ່ລະສາຍ (Crick's
ຄູ່). ສອງຄູ່ທີ່ມີຄູ່ພື້ນຖານດຽວກັນສາມາດມີຄວາມຫມັ້ນຄົງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ແລະຕໍ່ໄປ
ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ສອງຄູ່ທີ່ມີລໍາດັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນແຕ່ຊຸດຄູ່ຂອງ Crick ຄືກັນ.
ຈະມີຄຸນສົມບັດດ້ານອຸນຫະພູມດຽວກັນ (ເບິ່ງ Sugimoto et al. 1994). ໂຄງການນີ້
ທໍາອິດຄິດໄລ່ການປະສົມ enthalpy ແລະ entropy ຈາກຕົວກໍານົດການປະຖົມຂອງ
ແຕ່ລະຄູ່ຂອງ Crick.

DeltaH = deltaH(ການລິເລີ່ມ) + SUM(deltaH(ຄູ່ຂອງ Crick))
DeltaS = deltaS(ການລິເລີ່ມ) + SUM(deltaS(ຄູ່ຂອງ Crick))

ເບິ່ງ Wetmur JG (1991) ແລະ SantaLucia (1998) ສໍາລັບການທົບທວນຄືນຢ່າງເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບອາຊິດນິວຄລີອິກ
ການປະສົມພັນ ແລະໃນຊຸດຂອງຕົວກໍານົດການທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດ.

ຜົນກະທົບ of ຄວາມບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ ແລະ ແຂວນຄໍ ປາຍ
ຄູ່ທີ່ບໍ່ກົງກັນຍັງຖືກພິຈາລະນາ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຕົວກໍານົດການ thermodynamic
ຍັງບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ສໍາລັບທຸກໆກໍລະນີທີ່ເປັນໄປໄດ້ (ໂດຍສະເພາະໃນເວລາທີ່ທັງສອງຕໍາແຫນ່ງແມ່ນ
ບໍ່ກົງກັນ). ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວ, ໂຄງການ, ບໍ່ສາມາດທີ່ຈະຄິດໄລ່ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ຈະເຊົາ
ດ້ວຍການເຕືອນ.

ສອງອັນທຳອິດ ແລະຕຳແໜ່ງບໍ່ສາມາດຖືກກັນໄດ້. ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວ, ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນ
ບໍ່ສາມາດຄາດເດົາໄດ້, ແລະທຸກກໍລະນີແມ່ນເປັນໄປໄດ້. ຕົວຢ່າງ (ເບິ່ງ Allawi and SanLucia 1997),
duplex ໄດ້

AT
GTGAGCTAT
TACTCGAGGTG
TA

ແມ່ນຄວາມຫມັ້ນຄົງຫຼາຍກ່ວາ

AGGTAGCTCATT
TTACTCGGAGTGA

dangling ສິ້ນສຸດລົງ, ນັ້ນແມ່ນ nucleotides terminal umatched, ສາມາດພິຈາລະນາ.

ຍົກຕົວຢ່າງ
DeltaH(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = DeltaH(AG/-C)+DeltaH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+DeltaH(GC/CG)+DeltaH(CG/GC)+2xDeltaH(GA/CT)+DeltaH(AA/TT)
+Delta(AT/TG ບໍ່ກົງກັນ) +DeltaG(TC/GG ບໍ່ກົງກັນ)

(ການ​ຄິດ​ໄລ່​ດຽວ​ກັນ​ແມ່ນ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ສໍາ​ລັບ DeltaS​)

ໄດ້ ການລະລາຍ ອຸນຫະພູມ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ອຸນຫະພູມການລະລາຍໄດ້ຖືກຄິດໄລ່ໂດຍສູດດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([ອາ​ຊິດ​ນິວ​ເຄ​ລຍ​]/F​)​)
Tm in K (ສຳລັບ [Na+] = 1 M )
+ f([Na+]) - 273.15
ແກ້ໄຂ ສໍາລັບຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງເກືອ (ຖ້າມີພຽງແຕ່ sodium cations ໃນ
ການ​ແກ້​ໄຂ​) ແລະ​ເພື່ອ​ໃຫ້​ໄດ້​ຮັບ​ອຸນ​ຫະ​ພູມ​ໃນ​ອົງ​ສາ Celsius​. (ໃນ​ຄວາມ​ເປັນ​ຈິງ​ບາງ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ແມ່ນ​
ລວມໂດຍກົງຢູ່ໃນ DeltaS ເບິ່ງວ່າ SanLucia 1998)

ແກ້ໄຂ ສໍາລັບການ ໄດ້ ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ of ນິວຄລີນິກ ອາຊິດ
ຖ້າຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງສອງເສັ້ນແມ່ນຄ້າຍຄືກັນ, F ແມ່ນ 1 ໃນກໍລະນີຂອງການປະກອບດ້ວຍຕົນເອງ
oligonucleotides, 4 ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ. ຖ້າເສັ້ນຫນຶ່ງແມ່ນເກີນ (ຕົວຢ່າງໃນ PCR
ການທົດລອງ), F ແມ່ນ 2 (ຕົວຈິງແລ້ວສູດຈະຕ້ອງໃຊ້ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຫຼາຍກວ່າຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນທັງຫມົດ, ແຕ່ຖ້າເກີນແມ່ນພຽງພໍ, ໄດ້
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນທັງໝົດສາມາດສົມມຸດວ່າຄືກັນກັບຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງສາຍໃນ
ເກີນ).

ຫມາຍເຫດຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, MELTING ເຮັດໃຫ້ສົມມຸດຕິຖານຂອງການບໍ່ມີຕົວຕົນ, ie ການ​ຄິດ​ໄລ່​ໄດ້​
ບໍ່ເອົາຄໍາສັບ entropic ໃດໆເພື່ອແກ້ໄຂສໍາລັບການຕື່ມດ້ວຍຕົນເອງ.

ແກ້ໄຂ ສໍາລັບການ ໄດ້ ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ of ເກືອ
ຖ້າມີພຽງແຕ່ sodium ions ໃນການແກ້ໄຂ, ພວກເຮົາສາມາດນໍາໃຊ້ການແກ້ໄຂຕໍ່ໄປນີ້:

ການແກ້ໄຂສາມາດເລືອກລະຫວ່າງ wet91a, ນໍາ​ສະ​ເຫນີ​ໃນ Wetmur 1991​ ie
16.6 x log([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85.

san96a ນໍາສະເຫນີໃນ SantaLucia et al. 1996 ie
12.5 x ບັນທຶກ[Na+]

ແລະ san98a ນໍາ​ສະ​ເຫນີ​ໃນ SantaLucia 1998​ ie ການແກ້ໄຂຂອງຄໍາສັບ entropic ໂດຍບໍ່ມີການ
ການປ່ຽນແປງຂອງ enthalpy
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

ບ່ອນທີ່ N ແມ່ນຄວາມຍາວຂອງ duplex (SantaLucia 1998 ຕົວຈິງແລ້ວການນໍາໃຊ້ 'N' ຈໍານວນຂອງທີ່ບໍ່ແມ່ນ.
phosphates terminal, ທີ່ມີປະສິດຕິຜົນເທົ່າກັບ N-1 ຂອງພວກເຮົາ). ຂໍ້ຄວນລະວັງ, ການແກ້ໄຂນີ້ແມ່ນ
ຫມາຍເຖິງການແກ້ໄຂຄ່າ entropy ທີ່ສະແດງອອກໃນ cal.mol-1.K-1!!!

ແກ້ໄຂ ສໍາລັບການ ໄດ້ ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ of ions ໃນເວລາທີ່ ອື່ນໆ monovalent ions ດັ່ງກ່າວ as Tris+ ແລະ K+ or
ທຽບເທົ່າ Mg2 + ions ມີ ເພີ່ມ
ຖ້າມີພຽງແຕ່ Na+ ions, ພວກເຮົາສາມາດໃຊ້ການແກ້ໄຂສໍາລັບຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງເກືອ (ເບິ່ງ
ຂ້າງເທິງ). ໃນກໍລະນີກົງກັນຂ້າມ, ພວກເຮົາຈະນໍາໃຊ້ການແກ້ໄຂ magnesium ແລະ monovalent ions
ຈາກ Owczarzy et al (2008). (ພຽງແຕ່ສໍາລັບ DNA duplexes)

[ຈັນ+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

ບ່ອນທີ່ [Tris+] = [Tris buffer]/2. (ໃນທາງເລືອກ -t, ມັນແມ່ນຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງ Tris buffer
ເຊິ່ງເຂົ້າ).

ຖ້າ [Mon+] = 0, ທາດ divalent ion ແມ່ນມີພຽງແຕ່ ion ທີ່ມີຢູ່
ແລະ​ອຸນ​ຫະ​ພູມ​ການ​ລະ​ລາຍ​ແມ່ນ​:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e +fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

ບ່ອນທີ່ : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000. Fgc ແມ່ນສ່ວນໜຶ່ງຂອງຄູ່ຖານ GC ໃນ
ລໍາດັບແລະ Nbp ແມ່ນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ (ຈໍານວນຄູ່ພື້ນຖານ).

ຖ້າ [Mon+] > 0, ມີຫຼາຍກໍລະນີເພາະວ່າພວກເຮົາສາມາດມີການຜູກມັດ DNA ທີ່ແຂ່ງຂັນໄດ້
ລະຫວ່າງ cations monovalent ແລະ divalent:

ຖ້າອັດຕາສ່ວນ [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] ຕໍ່າກວ່າ 0.22, ອິດທິພົນ ion monovalent ແມ່ນ
ທາດ cations ທີ່ເດັ່ນຊັດ, ສາມາດຖືກປະຕິເສດ ແລະອຸນຫະພູມລະລາຍແມ່ນ:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([ຈັນ+]) x ln([ຈັນ+])

ບ່ອນທີ່ : Fgc ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຄູ່ພື້ນຖານ GC ໃນລໍາດັບ.

ຖ້າອັດຕາສ່ວນ [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] ລວມຢູ່ໃນ [0.22, 6[, ພວກເຮົາຕ້ອງພິຈາລະນາທັງສອງຢ່າງ.
Mg2+ ແລະຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ cations monovalent. ອຸນ​ຫະ​ພູມ​ການ​ລະ​ລາຍ​ແມ່ນ​:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

where : a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [Mon+]0.5 x ln([Mon+])).
b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000.
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([ເດືອນ+]). e = 4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+]).

Fgc ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຄູ່ພື້ນຖານ GC ໃນລໍາດັບແລະ Nbp ແມ່ນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ.
(ຈໍານວນຄູ່ພື້ນຖານ).

ສຸດທ້າຍ, ຖ້າອັດຕາສ່ວນ [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] ແມ່ນດີກວ່າ 6, ອິດທິພົນຂອງ ion divalent ແມ່ນ
ທາດ cations monovalent ທີ່ເດັ່ນຊັດສາມາດຖືກປະຕິເສດແລະອຸນຫະພູມການລະລາຍແມ່ນ:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

ບ່ອນທີ່ : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000.

Fgc ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຄູ່ພື້ນຖານ GC ໃນລໍາດັບແລະ Nbp ແມ່ນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບ.
(ຈໍານວນຄູ່ພື້ນຖານ).

Long ລໍາດັບ
ມັນເປັນສິ່ງສໍາຄັນທີ່ຈະຮັບຮູ້ວ່າວິທີການທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນ
oligonucleotides ຂະຫນາດນ້ອຍ. ເພາະສະນັ້ນ, ການນໍາໃຊ້ການລະລາຍໃນຮູບແບບທີ່ບໍ່ແມ່ນປະມານແມ່ນ
ຖືກຕ້ອງແທ້ໆສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຂ້ອນຂ້າງສັ້ນ (ເຖິງແມ່ນວ່າລໍາດັບແມ່ນສອງ
ສັ້ນ, ໃຫ້ເວົ້າວ່າ < 6 bp, ອິດທິພົນຂອງ extremities ກາຍເປັນສິ່ງສໍາຄັນເກີນໄປແລະ
ຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຫຼຸດລົງຫຼາຍ). ສໍາລັບລໍາດັບຍາວ, ຮູບແບບປະມານໄດ້ຖືກອອກແບບ.
ໂໝດນີ້ຈະຖືກເປີດໃຊ້ຖ້າຄວາມຍາວຂອງລຳດັບສູງກວ່າຄ່າທີ່ໃຫ້ໂດຍຕົວເລືອກ
-T (ເກນເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 60 bp).

ອຸນ​ຫະ​ພູມ​ການ​ລະ​ລາຍ​ໄດ້​ຖືກ​ຄິດ​ໄລ່​ໂດຍ​ສູດ​ດັ່ງ​ຕໍ່​ໄປ​ນີ້​:

DNA/DNA:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

DNA/RNA:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

ຮູບແບບນີ້ແມ່ນຢ່າງໃດກໍຕາມ ຢ່າງແຂງແຮງ ທໍ້ຖອຍໃຈ.

Miscellaneous ຄໍາ​ເຫັນ
ໃນປັດຈຸບັນການລະລາຍແມ່ນຖືກຕ້ອງພຽງແຕ່ເມື່ອການປະສົມໄດ້ຖືກປະຕິບັດຢູ່ທີ່ pH 71.

ການ​ຄິດ​ໄລ່​ແມ່ນ​ຖືກ​ຕ້ອງ​ພຽງ​ແຕ່​ສໍາ​ລັບ​ການ​ປະ​ສົມ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ໃນ​ຂະ​ຫນາດ​ກາງ aqueous​.
ດັ່ງນັ້ນ, ການໃຊ້ສານຕ້ານອະນຸມູນອິດສະລະເຊັ່ນ: formamide ເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມບໍ່ສະອາດຢ່າງສົມບູນ
ຜົນໄດ້ຮັບ.

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

Allawi HT, SantaLucia J. (1997). Thermodynamics ແລະ NMR ຂອງ GT ພາຍໃນບໍ່ກົງກັນໃນ
DNA. Biochemistry 36: 10581-10594

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). ຕົວກໍານົດການ thermodynamics ທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດສໍາລັບ
GA ພາຍໃນບໍ່ກົງກັນໃນ DNA. Biochemistry 37: 2170-2179

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). Thermodynamics ຂອງ CT ພາຍໃນບໍ່ກົງກັນໃນ DNA.
ປອດ ອາຊິດ Res 26: 2694-2701.

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). ອຸນຫະພູມໃກ້ຄຽງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດຂອງ AC ພາຍໃນ
ບໍ່ກົງກັນໃນ DNA: ການເອື່ອຍອີງຕາມລໍາດັບແລະຜົນກະທົບ pH. Biochemistry 37: 9435-9444.

Bommarito S., Peyret N., SantaLucia J. (2000). ຕົວກໍານົດການ Thermodynamic ສໍາລັບລໍາດັບ DNA
ມີປາຍ dangling. ປອດ ອາຊິດ Res 28: 1929-1934

Breslauer KJ, Frank R., Bl�ker H., Marky LA (1986). ການຄາດເດົາຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ DNA duplex
ຈາກ​ລໍາ​ດັບ​ພື້ນ​ຖານ​. Proc Natl ອາກາດ ຂີ່ສະກີ ອາ​ເມລິ​ກາ 83: 3746-3750

Freier SM, Kierzek R., Jaeger JA, Sugimoto N., Caruthers MH, Neilson T., Turner DH
(1986). ປັບປຸງຕົວກໍານົດການພະລັງງານຟຣີສໍາລັບການຄາດຄະເນຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ RNA duplex.
Biochemistry 83​: 9373​-9377

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) ການຄາດເດົາຄວາມໝັ້ນຄົງ
ຂອງ DNA duplexes ໃນການແກ້ໄຂທີ່ມີ Magnesium ແລະ Monovalent Cations. ຊີວະເຄມີ 47:
5336-5353.

Peyret N., Seneviratne PA, Allawi HT, SantaLucia J. (1999). ປະເທດເພື່ອນບ້ານທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ
thermodynamics ແລະ NMR ຂອງລໍາດັບ DNA ກັບພາຍໃນ AA, CC, GG ແລະ TT ບໍ່ກົງກັນ.
ການເອື່ອຍອີງແລະຜົນກະທົບ pH. Biochemistry 38: 3468-3477

SantaLucia J. Jr, Allawi HT, Seneviratne PA (1996). ປັບປຸງປະເທດເພື່ອນບ້ານທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ
ຕົວກໍານົດການສໍາລັບການຄາດຄະເນຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ DNA duplex. Biochemistry 35: 3555-3562

Sugimoto N., Katoh M., Nakano S., Ohmichi T., Sasaki M. (1994). ຄູ່ປະສົມ RNA/DNA
ກັບຄູ່ຖານທີ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດທີ່ໃກ້ຄຽງກັນ hve ສະຖຽນລະພາບທີ່ຄ້າຍຄືກັນ. FEBS ຈົດຫມາຍ 354:
74​-78

Sugimoto N., Nakano S., Katoh M., Matsumura A., Nakamuta H., Ohmichi T., Yoneyama M.,
Sasaki M. (1995). ຕົວກໍານົດການ Thermodynamic ເພື່ອຄາດຄະເນຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ RNA/DNA ປະສົມ
ຄູ່. Biochemistry 34: 11211-11216

Sugimoto N., Nakano S., Yoneyama M., Honda K. (1996). ປັບປຸງຕົວກໍານົດການ thermodynamic
ແລະປັດໄຈການລິເລີ່ມ helix ເພື່ອຄາດຄະເນຄວາມຫມັ້ນຄົງຂອງ DNA duplexes. ນ ອາຊິດ Res 24:
4501​-4505

Watkins NE, Santalucia J. Jr. (2005). t- ທີ່ຢູ່ໃກ້ຄຽງທີ່ສຸດ - hermodynamics ຂອງ deoxyinosine
ຄູ່ໃນ DNA duplexes. ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວຄລີອິກ 33: 6258-6267

Wright DJ, Rice JL, Yanker DM, Znosko BM (2007). ຕົວກໍານົດການໃກ້ຄຽງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດສໍາລັບ
ຄູ່ inosine-uridine ໃນ RNA duplexes. ຊີວະເຄມີ 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
DH (1998). ຕົວກໍານົດການ Thermodynamics ສໍາລັບຮູບແບບການຂະຫຍາຍໃກ້ຄຽງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດສໍາລັບ
ການສ້າງຄູ່ RNA ກັບຄູ່ພື້ນຖານ Watson-Crick. Biochemistry 37: 14719-14735

ສໍາລັບການທົບທວນຄືນເບິ່ງ:

SantaLucia J. (1998) ທັດສະນະລວມຂອງໂພລີເມີ, dumbbell, ແລະ oligonucleotide DNA ທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ-
ອຸນຫະພູມໃກ້ຄຽງ. Proc Natl ອາກາດ ຂີ່ສະກີ ອາ​ເມລິ​ກາ 95: 1460-1465

SantaLucia J., Hicks Donald (2004) Thermodynamics ຂອງ motifs ໂຄງສ້າງ DNA. ອານນູ.
ຊີວະປະຫວັດຫຍໍ້. ໂຄງສ້າງ. 33:415 -440

Wetmur JG (1991) DNA probes: ການນໍາໃຊ້ຫຼັກການຂອງອາຊິດນິວຄລີອິກ
hybridization. ຄວາມ ສຳ ຄັນ ປ ຊີວະເຄມີ ໂມ Biol 26: 227-259

ໃຊ້ melting ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net