mirabait - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mirabait - ເລືອກອ່ານຈາກການເກັບກໍາການອ່ານ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

mirabait [-f ] [-t [-ທ ... ]] [-iklor] baitfile infile

ລາຍລະອຽດ

mirabait ເລືອກການອ່ານຈາກຄໍເລັກຊັນອ່ານທີ່ບາງສ່ວນຄ້າຍຄືກັນ ຫຼືເທົ່າກັບ
ລໍາດັບກໍານົດເປັນ baits ເປົ້າຫມາຍ. ຄວາມຄ້າຍຄືກັນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍການຊອກຫາຜູ້ໃຊ້ທີ່ສາມາດປັບໄດ້
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ k​-mers ທົ່ວ​ໄປ (ລໍາ​ດັບ​ຂອງ k ຖານ​ຕິດ​ຕໍ່​ກັນ​) ທີ່​ຄື​ກັນ​ໃນ bait ໄດ້
ລຳດັບ ແລະ ລຳດັບທີ່ຄັດຈ້ອນເພື່ອເລືອກ, ບໍ່ວ່າຈະເປັນໄປໜ້າ ຫຼື ຖອຍຫຼັງ
ທິດ​ທາງ​ຕື່ມ​.

OPTIONS

-f
ໂຫຼດໄຟລ໌ໂຄງການປະເພດນີ້, ບ່ອນທີ່ມາຈາກປະເພດ:

ລໍາດັບ caf ຈາກ CAF

ລໍາດັບ maf ຈາກ MAF

ລໍາດັບ phd ຈາກ PHD

ລໍາດັບ gbf ຈາກ GBF

ລໍາດັບ fasta ຈາກ FASTA

ລໍາດັບ fastq ຈາກ FASTQ

-t
ຂຽນລໍາດັບຂອງປະເພດນີ້ (ການກ່າວເຖິງຫຼາຍ -t ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​:

ລໍາດັບ fasta ກັບ FASTA

ລໍາດັບ fastq ກັບ FASTQ

ລໍາດັບ caf ກັບ CAF

ລໍາດັບ maf ກັບ MAF

txt ຊື່ລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມ

-k k-mer, ຄວາມຍາວຂອງ bait ໃນຖານ (<32, default=31)

-n ຕ່ຳສຸດ ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ k-mer baits ທີ່​ຈໍາ​ເປັນ (default=1​)

-i Inverse hit: ຂຽນພຽງແຕ່ລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ຕີ bait

-r ບໍ່​ມີ​ການ​ກວດ​ສອບ​ທິດ​ທາງ​ທີ່​ສົມ​ບູນ​ແບບ​ປີ້ນ​ກັບ​ກັນ​

-o fastq ຄຸນນະພາບ Offset (ພຽງແຕ່ສໍາລັບ -f = 'fastq') ຊົດເຊີຍຄ່າຄຸນນະພາບໃນ FASTQ
ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 33 ຄ່າຂອງ 0 ພະຍາຍາມຮັບຮູ້ອັດຕະໂນມັດ.

-f
ໂຫຼດໄຟລ໌ໂຄງການປະເພດນີ້, ບ່ອນທີ່ມາຈາກປະເພດ:

ລໍາດັບ caf ຈາກ CAF

ລໍາດັບ maf ຈາກ MAF

ລໍາດັບ phd ຈາກ PHD

ລໍາດັບ gbf ຈາກ GBF

ລໍາດັບ fasta ຈາກ FASTA

ລໍາດັບ fastq ຈາກ FASTQ

-t
ຂຽນລໍາດັບຂອງປະເພດນີ້ (ການກ່າວເຖິງຫຼາຍ -t ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​:

ລໍາດັບ fasta ກັບ FASTA

ລໍາດັບ fastq ກັບ FASTQ

ລໍາດັບ caf ກັບ CAF

ລໍາດັບ maf ກັບ MAF

txt ຊື່ລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມ

-k k-mer, ຄວາມຍາວຂອງ bait ໃນຖານ (<32, default=31)

-n ຕ່ຳສຸດ ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ k-mer baits ທີ່​ຈໍາ​ເປັນ (default=1​)

-i Inverse hit: ຂຽນພຽງແຕ່ລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ຕີ bait

-r ບໍ່​ມີ​ການ​ກວດ​ສອບ​ທິດ​ທາງ​ທີ່​ສົມ​ບູນ​ແບບ​ປີ້ນ​ກັບ​ກັນ​

-o fastq ຄຸນນະພາບ Offset (ພຽງແຕ່ສໍາລັບ -f = 'fastq') ຊົດເຊີຍຄ່າຄຸນນະພາບໃນ FASTQ
ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 33 ຄ່າຂອງ 0 ພະຍາຍາມຮັບຮູ້ອັດຕະໂນມັດ.

ໃຊ້ mirabait ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net