mkdssp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mkdssp - ຄິດໄລ່ໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງສຳລັບໂປຣຕີນໃນໄຟລ໌ PDB

ສະຫຼຸບສັງລວມ

mkdssp [ຕົວເລືອກ] pdbfile [dsspfile]

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ mkdssp ໂຄງການໄດ້ຖືກອອກແບບໃນເບື້ອງຕົ້ນໂດຍ Wolfgang Kabsch ແລະ Chris Sander ກັບ
ກໍານົດໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງມາດຕະຖານ. DSSP ເປັນຖານຂໍ້ມູນຂອງໂຄງສ້າງຮອງ
ການມອບຫມາຍ (ແລະອື່ນໆອີກ) ສໍາລັບການປ້ອນທາດໂປຼຕີນທັງຫມົດໃນ Protein Data Bank (PDB) ແລະ
mkdssp ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຄິດໄລ່ລາຍການ DSSP ຈາກລາຍການ PDB. ກະ​ລຸ​ນາ​ບັນ​ທຶກ
ທີ່ mkdssp ບໍ່ ບໍ່ ຄາດຄະເນ ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ຮອງ​.

OPTIONS

ຖ້າເຈົ້າຮຽກຮ້ອງ mkdssp ມີພຽງແຕ່ຫນຶ່ງຕົວກໍານົດການ, ມັນຈະຖືກຕີຄວາມຫມາຍເປັນໄຟລ໌ PDB ກັບ
ຂະບວນການແລະຜົນຜະລິດຈະຖືກສົ່ງໄປຫາ stdout. ຖ້າຕົວກໍານົດການທີສອງຖືກລະບຸ, ນີ້ແມ່ນ
ແປເປັນຊື່ຂອງໄຟລ໌ DSSP ທີ່ຈະສ້າງ. ທັງ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ແລະ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​
ຊື່ອາດມີ .gz ຫຼື .bz2 ເປັນສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດການບີບອັດທີ່ເຫມາະສົມ.

-i, --ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ຂອງ ກ PDB ໄຟລ໌ທີ່ມີຮູບແບບທີ່ມີຂໍ້ມູນໂຄງສ້າງຂອງທາດໂປຼຕີນ. ນີ້
ໄຟລ໌ອາດຈະເປັນໄຟລ໌ທີ່ຖືກບີບອັດໂດຍ gzip ຫຼື bzip2.

-o, -- ຜົນຜະລິດ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຊື່ໄຟລ໌ຂອງ ກ DSSP ໄຟລ໌ທີ່ຈະສ້າງ. ຖ້າຊື່ໄຟລ໌ລົງທ້າຍດ້ວຍ .gz ຫຼື .bz2 a
ໄຟລ໌ທີ່ຖືກບີບອັດຖືກສ້າງຂື້ນ.

-v, -- verbose
ຂຽນຂໍ້ມູນການວິນິດໄສ.

- ການປ່ຽນແປງ
ພິມໝາຍເລກເວີຊັນ ແລະອອກ.

-h, - ຊ່ວຍ
ພິມຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ. ໄດເລກະທໍລີທີ່ປະກອບດ້ວຍສະຄຣິບ parser ສໍາລັບ
ນາງ.

ນິທານ

ໂຄງການ DSSP ເຮັດວຽກໂດຍການຄິດໄລ່ການມອບຫມາຍໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ສຸດ
ໂຄງສ້າງ 3D ຂອງທາດໂປຼຕີນ. ມັນເຮັດສິ່ງນີ້ໂດຍການອ່ານຕໍາແຫນ່ງຂອງປະລໍາມະນູໃນ a
ທາດໂປຼຕີນ (ບັນທຶກ ATOM ໃນເອກະສານ PDB) ປະຕິບັດຕາມໂດຍການຄິດໄລ່ພະລັງງານ H-bond
ລະຫວ່າງປະລໍາມະນູທັງຫມົດ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ສອງພັນທະບັດ H ທີ່ດີທີ່ສຸດສໍາລັບແຕ່ລະອະຕອມແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດຫຼາຍທີ່ສຸດ
ອາດຈະເປັນຊັ້ນຂອງໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງສໍາລັບແຕ່ລະ residue ໃນທາດໂປຼຕີນ.

ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງມີໂຄງສ້າງ 3D ເຕັມທີ່ແລະຖືກຕ້ອງສໍາລັບທາດໂປຼຕີນທີ່ຈະສາມາດ
ຄິດໄລ່ໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງ. ບໍ່ມີ magic ໃນ DSSP, ສະນັ້ນ eg ມັນບໍ່ສາມາດເດົາໄດ້
ໂຄງປະກອບການຮອງສໍາລັບທາດໂປຼຕີນຈາກການກາຍພັນທີ່ທ່ານບໍ່ມີໂຄງສ້າງ 3D.

DSSP ເອກະສານ ຮູບແບບ

ສ່ວນຫົວຂອງແຕ່ລະໄຟລ໌ DSSP ແມ່ນການອະທິບາຍດ້ວຍຕົນເອງ, ມັນມີບາງຂໍ້ມູນ
ຄັດລອກຈາກໄຟລ໌ PDB ແລະມີສະຖິຕິບາງຢ່າງທີ່ລວບລວມໃນຂະນະທີ່ຄິດໄລ່
ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ຮອງ​.

ເຄິ່ງທີ່ສອງຂອງໄຟລ໌ປະກອບມີຂໍ້ມູນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງທີ່ຄິດໄລ່ຕໍ່
ຕົກຄ້າງ. ສິ່ງທີ່ຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນຄໍາອະທິບາຍສັ້ນໆສໍາລັບແຕ່ລະຄໍລໍາ.

ຖັນ ຊື່ ລາຍລະອຽດ
────────────────────────────────────────── ────────────────────────────────────
# ຈໍານວນການຕົກຄ້າງທີ່ນັບໂດຍ mkdssp
RESIDUE ຈໍານວນການຕົກຄ້າງຕາມທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍໄຟລ໌ PDB
ຕິດຕາມດ້ວຍຕົວລະບຸລະບົບຕ່ອງໂສ້.

AA ລະຫັດຕົວອັກສອນດຽວສໍາລັບອາຊິດ amino. ຖ້ານີ້
ຕົວອັກສອນແມ່ນຕົວພິມນ້ອຍ, ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່ານີ້ແມ່ນ
cysteine ​​ທີ່ປະກອບເປັນຂົວຊູນຟູຣິກກັບ
ອາຊິດ amino ອື່ນໆໃນຖັນນີ້ຄືກັນ
ຕົວອັກສອນຕົວນ້ອຍ.
STRUCTURE ນີ້ແມ່ນຖັນທີ່ສັບສົນທີ່ປະກອບດ້ວຍຫຼາຍອັນຍ່ອຍ
ຖັນ. ຖັນທຳອິດມີຈົດໝາຍ
ຊີ້ໃຫ້ເຫັນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງທີ່ມອບຫມາຍໃຫ້
ຕົກຄ້າງນີ້. ຄ່າທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ:
ລະຫັດ ລາຍລະອຽດ
H Alpha Helix
B ຂົວເບຕ້າ
E Strand
G Helix-3
ຂ້ອຍ Helix-5
T ຫັນ
S Bend
ສິ່ງທີ່ຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນສາມຄໍລໍາຊີ້ບອກສໍາລັບ
ແຕ່ລະປະເພດ helix (3, 4 ແລະ 5)
ບໍ່ວ່າສານຕົກຄ້າງນີ້ແມ່ນຜູ້ສະໝັກໃນການສ້າງ
helix ນີ້. ກ > ລັກ​ສະ​ນະ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ວ່າ​ມັນ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ a
helix, ຕົວເລກຊີ້ບອກວ່າມັນເປັນພາຍໃນດັ່ງກ່າວ
helix ແລະ a < ລັກສະນະຫມາຍຄວາມວ່າມັນສິ້ນສຸດ helix.
ຖັນຕໍ່ໄປມີຕົວອັກສອນ S ຖ້າອັນນີ້
residue ເປັນໂຄ້ງທີ່ເປັນໄປໄດ້.
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ມີຖັນທີ່ຊີ້ບອກເຖິງ chirality ໄດ້
ແລະນີ້ສາມາດເປັນບວກຫຼືລົບ
(ເຊັ່ນ: alpha torsion ເປັນບວກ ຫຼື
ລົບ).
ສອງຖັນສຸດທ້າຍມີປ້າຍໂຄສະນາເບຕ້າ.
ຕົວພິມນ້ອຍໃນນີ້ຫມາຍເຖິງຂົວຂະຫນານແລະດັ່ງນັ້ນ
ຕົວພິມໃຫຍ່ຫມາຍຄວາມວ່າຕ້ານຂະຫນານ.
BP1 ແລະ BP2 ຜູ້ສະຫມັກຄູ່ຂົວທໍາອິດແລະທີສອງ, ນີ້
ຕິດຕາມດ້ວຍຈົດໝາຍທີ່ຊີ້ບອກເອກະສານ.
ACC ການເຂົ້າເຖິງຂອງ residue ນີ້, ນີ້ແມ່ນ
ພື້ນທີ່ຫນ້າດິນສະແດງອອກເປັນສີ່ຫລ່ຽມÅngstrom
ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ໂດຍໂມເລກຸນນ້ໍາ.
NH-->O..O-->HN ສີ່ຖັນ, ພວກເຂົາເຈົ້າໃຫ້ສໍາລັບແຕ່ລະ residue ໄດ້
ພະລັງງານ H-bond ກັບ residue ອື່ນທີ່
ສ່ວນທີ່ເຫຼືອໃນປັດຈຸບັນແມ່ນຜູ້ຮັບຫຼືຜູ້ໃຫ້ທຶນ.
ແຕ່ລະຖັນມີສອງຕົວເລກ, ທໍາອິດແມ່ນ
ການຊົດເຊີຍຈາກສິ່ງເສດເຫຼືອໃນປະຈຸບັນໄປຫາ
ຫຸ້ນສ່ວນທີ່ເຫຼືອຢູ່ໃນພັນທະບັດ H ນີ້ (ໃນ DSSP
numbering), ຕົວເລກທີສອງແມ່ນການຄິດໄລ່
ພະລັງງານສໍາລັບ H-bond ນີ້.
TCO cosine ຂອງມຸມລະຫວ່າງ C = O ຂອງ
ຕົກຄ້າງປັດຈຸບັນ ແລະ C=O ຂອງ residue ກ່ອນໜ້າ. ສໍາລັບ
alpha-helices, TCO ແມ່ນຢູ່ໃກ້ກັບ +1, ສໍາລັບແຜ່ນເບຕ້າ
TCO ຢູ່ໃກ້ -1. ບໍ່ໄດ້ໃຊ້ສໍາລັບໂຄງສ້າງ
ຄໍານິຍາມ.
Kappa ມຸມພັນທະບັດ virtual (ມຸມໂຄ້ງ) ກໍານົດໂດຍ
ສາມອະຕອມ C-alpha ຂອງ residue ໃນປັດຈຸບັນ
- 2, ປະຈຸບັນ ແລະ ປະຈຸບັນ + 2. ໃຊ້ເພື່ອກໍານົດ
ງໍ (ລະຫັດໂຄງສ້າງ 'S').
PHI ແລະ PSI IUPAC peptide ມຸມບິດກະດູກສັນຫຼັງ.
X-CA, Y-CA ແລະ Z-CA ຈຸດປະສານງານ C-alpha

ປະຫວັດຄວາມເປັນ

ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ DSSP ຕົ້ນສະບັບໄດ້ຖືກຂຽນໂດຍ Wolfgang Kabsch ແລະ Chris Sander ໃນ Pascal.
ສະບັບນີ້ແມ່ນການຂຽນຄືນໃຫມ່ໃນ C ++ ໂດຍອີງໃສ່ລະຫັດແຫຼ່ງຕົ້ນສະບັບ. ແມງໄມ້ບໍ່ຫຼາຍປານໃດ
ໄດ້ຖືກແກ້ໄຂນັບຕັ້ງແຕ່ແລະ algorithms ໄດ້ຖືກປັບປຸງຢູ່ທີ່ນີ້ແລະບ່ອນນັ້ນ.

ທັງ ໝົດ

ລະຫັດຕ້ອງການການອັບເດດຢ່າງສິ້ນເຊີງ. ສິ່ງທໍາອິດທີ່ຕ້ອງປະຕິບັດແມ່ນ
ປັບປຸງການຮັບຮູ້ຂອງ pi-helices. ການປັບປຸງທີສອງແມ່ນການໃຊ້ມຸມທີ່ຂຶ້ນກັບ
ການຄິດໄລ່ພະລັງງານ H-bond.

ໃຊ້ mkdssp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net