ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ profbval ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
profbval - ຄາດຄະເນການຕົກຄ້າງ flexibile/rigid ຈາກລໍາດັບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
profbval
ລາຍລະອຽດ
PROFbval ແມ່ນເຄືອຂ່າຍ neural-network ທີ່ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນ B-value ກະດູກສັນຫຼັງຈາກໂຄງສ້າງ X-ray.
PROFbval ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມກ່ຽວກັບຊຸດທີ່ເປັນເອກະລັກຕາມລໍາດັບຂອງໂຄງສ້າງທາດໂປຼຕີນທີ່ມີຄວາມລະອຽດສູງຈາກ
PDB.
ການເຄື່ອນທີ່ຂອງສານຕົກຄ້າງທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນພື້ນຜິວທາດໂປຼຕີນແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບບົດບາດຫນ້າທີ່ຂອງມັນ.
ມາດຕະການທົ່ວໄປຂອງການເຄື່ອນທີ່ຂອງອະຕອມໃນທາດໂປຼຕີນແມ່ນຂໍ້ມູນ B-value ຈາກ crystallography x-ray
ໂຄງສ້າງ. PROFbval ເປັນວິທີການຄາດຄະເນ B-values ກະດູກສັນຫຼັງຈາກລໍາດັບອາຊິດ amino.
PROFbval ສາມາດເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບທັງໂຄງສ້າງທາດໂປຼຕີນແລະການຄາດຄະເນຫນ້າທີ່. ຕົວຢ່າງ,
ນັກຊີວະວິທະຍາສາມາດຊອກຫາຕົວກໍານົດ antigenic ທີ່ມີທ່າແຮງໂດຍການກໍານົດຄວາມຍືດຫຍຸ່ນທີ່ສຸດ
ຕົກຄ້າງຢູ່ດ້ານທາດໂປຼຕີນ. ນອກຈາກນັ້ນ, ນັກຂຽນແກ້ວສາມາດຊອກຫາສິ່ງເສດເຫຼືອທີ່ຕົກຄ້າງໄດ້
ອາດມີຄ່າ B-ການທົດລອງສູງ.
ການປ່ຽນແປງ of PSI-ລະເບີດ alignment to HSSP ຮູບແບບ
ຂັ້ນຕອນທີ່ທັນສະໄຫມທີ່ສຸດສາມາດພົບໄດ້ທີ່
.
1. ປ່ຽນຜົນອອກຂອງ BLAST ເປັນຮູບແບບການຈັດຮຽງດຽວ (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
ປອດໄພ=
2. ປ່ຽນຮູບແບບ SAF ເປັນ HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq
3. ກັ່ນຕອງຜົນໄດ້ຮັບເປັນ 80% redundancy:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=
ຜົນຜະລິດ ຮູບແບບ
ຄໍາອະທິບາຍນີ້ໃຊ້ກັບຮູບແບບຜົນຜະລິດເລີ່ມຕົ້ນ.
ຈໍານວນ
ເລກທີ່ຕົກຄ້າງ
residue
ປະເພດສານຕົກຄ້າງ
ມູນຄ່າວັດຖຸດິບຂອງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງສອງ nodes ຜົນຜະລິດ
Bnorm
ຄາດຄະເນ normalized B-value ຄ່າແມ່ນປົກກະຕິດັ່ງນັ້ນໃນລໍາດັບທີ່ໄດ້ຮັບການ
ຄ່າສະເລ່ຍແມ່ນ 0 ແລະຄ່າບ່ຽງເບນມາດຕະຖານແມ່ນ 1. ມູນຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນຫຼາຍ
ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນເປັນ residue ຄາດວ່າຈະເປັນ.
ໂໝດບໍ່ເຄັ່ງຄັດ (NS)
ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງສານຕົກຄ້າງທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ. ອີງຕາມໂຫມດ NS ສ່ວນໃຫຍ່ຂອງສິ່ງເສດເຫຼືອແມ່ນ
ປ່ຽນແປງໄດ້; ດ້ວຍເຫດນີ້, ສິ່ງເສດເຫຼືອຢູ່ເທິງພື້ນຜິວທີ່ຄາດຄະເນວ່າຈະແຂງແມ່ນເປັນໄປໄດ້
ມີບົດບາດ.
ໂໝດເຂັ້ມງວດ (S)
ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງສານຕົກຄ້າງທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ. ອີງຕາມຮູບແບບ S ປະມານຫນຶ່ງສ່ວນສາມຂອງສານຕົກຄ້າງ
ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ, ດັ່ງນັ້ນ, ການຍືດຕົວຂອງສານຕົກຄ້າງທີ່ຄາດຄະເນວ່າຈະມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ
ມີຄວາມສໍາຄັນສໍາລັບການເຮັດວຽກຂອງທາດໂປຼຕີນ.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Schlessinger A, Yachdav G, & Rost B. PROFbval: ຄາດຄະເນການຕົກຄ້າງທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ ແລະ ແຂງຢູ່ໃນ
ທາດໂປຼຕີນ. ຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. 2006 ເມສາ 1;22(7): 891-3.
Schlessinger A, Rost B. ຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງທາດໂປຼຕີນທີ່ຄາດຄະເນຈາກລໍາດັບ.
ທາດໂປຼຕີນ. 2005 ຕຸລາ 1;61(1): 115-26.
OPTIONS
FSTA_FILE
ໄຟລ໌ທີ່ບັນຈຸທາດໂປຼຕີນຈາກລໍາດັບອາຊິດ amino ໃນຮູບແບບ fasta.
RDBPROF_FILE
ໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແລະການຄາດຄະເນການເຂົ້າເຖິງຂອງສານລະລາຍໂດຍ PROF ໃນຮູບແບບ rdb.
HSSP_FILE
ໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ PSI-BLAST ຖືກປ່ຽນເປັນຮູບແບບ HSSP.
OUTPUT_FILE
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ PROFbavl ສຸດທ້າຍ. ທ່ານອາດຈະໃຫ້ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຫຼາຍ. ເຈົ້າ
ຫຼັງຈາກນັ້ນອາດຈະຕ້ອງການທີ່ຈະໃຫ້ບັນຊີລາຍການຂອງຮູບແບບການຜະລິດໄດ້ເຊັ່ນດຽວກັນ, ຫນຶ່ງສໍາລັບແຕ່ລະໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.
ແຍກລາຍການດ້ວຍ ',' (ບໍ່ອະນຸຍາດໃຫ້ໃຊ້ເຄື່ອງໝາຍຈຸດໃນຊື່ໄຟລ໌).
WINDOW
ນີ້ແມ່ນປ່ອງຢ້ຽມກ້ຽງທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບຜົນຜະລິດໄດ້. ວິທີການດັ່ງກ່າວໄດ້ຖືກຝຶກອົບຮົມຢູ່ໃນປ່ອງຢ້ຽມ
ຂອງ 9.
OUTPUT_MODE
PROFbval ສາມາດສ້າງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບຈຸດປະສົງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ໄດ້
ຮູບແບບຜົນຜະລິດເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບຊຸດແມ່ນ 6. ທ່ານອາດຈະໃຫ້ຫຼາຍຮູບແບບຜົນຜະລິດ. ເຈົ້າ
ຫຼັງຈາກນັ້ນອາດຈະຕ້ອງການໃຫ້ບັນຊີລາຍການຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດເຊັ່ນດຽວກັນ, ຫນຶ່ງສໍາລັບຮູບແບບການຜະລິດແຕ່ລະຄົນ.
ແຍກລາຍການດ້ວຍ ','.
ໂໝດ: '-1', '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', 'snap', 'snapfun'
5 ສຳ ລັບ metadisorder(1)
snap
ມ່ວນ
ສໍາລັບການ ມ່ວນ(1)
ດີບັກ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0. ເປີດໃຊ້ດ້ວຍ 1.
EXAMPLE
profbval /usr/share/doc/profbval/examples/cad23.f /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.hssp cad23.profbval 9 6
ENVIRONMENT
PROFBVAL_ROOT
ໄດເລກະທໍລີທີ່ໃຊ້ເພື່ອຊອກຫາ ./scr/createDataFile.pl, ./scr/PROFbval.pl ແລະ
./nn_files/jct.in. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ /usr/share/profbval ຖືກນໍາໃຊ້.
ໃຊ້ profbval ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
