ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ score_conservation ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
score_conservation - ຄະແນນການອະນຸລັກລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
score_conservation [ທາງເລືອກ] ALIGNFILE
ລາຍລະອຽດ
ຄະແນນການອະນຸລັກລໍາດັບທາດໂປຼຕີນໃນ ຈັດຮຽງໄຟລ໌. ຈັດຮຽງໄຟລ໌ ຕ້ອງຢູ່ໃນ FASTA, CLUSTAL ຫຼື
ຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ.
ວິທີການໃຫ້ຄະແນນການອະນຸລັກຕໍ່ໄປນີ້ຖືກປະຕິບັດ:
* ຜົນລວມຂອງຄູ່
* ຜົນລວມຂອງນ້ໍາຫນັກຂອງຄູ່
* Shannon entropy
* Shannon entropy ກັບກຸ່ມຊັບສິນ (Mirny ແລະ Shakhnovich 1995,
Valdar ແລະ Thornton 2001)
* entropy ພີ່ນ້ອງກັບກຸ່ມຊັບສິນ (Williamson 1995)
* von Neumann entropy (Caffrey et al 2004)
* entropy ພີ່ນ້ອງ (Samudrala ແລະ Wang 2006)
* Jensen-Shannon divergence (Capra and Singh 2007)
ການຂະຫຍາຍທີ່ອີງໃສ່ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ລວມເອົາການອະນຸລັກຄາດຄະເນຕາມລໍາດັບ
ຍັງໃຫ້ຄະແນນທີ່ຕິດກັນຢູ່ໃນແຕ່ລະຖັນ. ວິທີການປ່ອງຢ້ຽມນີ້ສາມາດ
ນຳໃຊ້ກັບວິທີການໃຫ້ຄະແນນການອະນຸລັກ.
ດ້ວຍຕົວກໍານົດການເລີ່ມຕົ້ນ score_conservation(1) ຄິດໄລ່ຄະແນນການອະນຸລັກສໍາລັບ
ການຈັດວາງໂດຍໃຊ້ຄວາມແຕກຕ່າງ Jensen-Shannon ແລະປ່ອງຢ້ຽມ -w of 3.
ຜົນຜະລິດສະເພາະຕາມລໍາດັບສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເປັນປະກອບການອະນຸລັກສໍາລັບການ ຄວາມສອດຄ່ອງ(1).
ການອະນຸລັກແມ່ນມີການຄາດຄະເນສູງໃນການກໍານົດສະຖານທີ່ catalytic ແລະ residue ຢູ່ໃກ້ກັບຜູກມັດ
ລີແກນ.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Capra JA ແລະ Singh M. ຄາດຄະເນການຕົກຄ້າງທີ່ສໍາຄັນຈາກລໍາດັບ
ການອະນຸລັກ. ຊີວະວິທະຍາ, 23(15): 1875-82, 2007.
OPTIONS
-a [NAME]
ລໍາດັບອ້າງອີງ. ພິມຄະແນນໂດຍອ້າງອີງໃສ່ລໍາດັບທີ່ມີຊື່ (ບໍ່ສົນໃຈຊ່ອງຫວ່າງ).
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນພິມຖັນທັງໝົດ.
-b [0-1]
Lambda ສໍາລັບ window heuristic linear ປະສົມປະສານ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=.5.
ສົມຜົນ:
"ຄະແນນ = (1 - lambda) * average_score_over_window_around_middle + lambda *
score_of_middle"
-d [FILE]
ເອກະສານການແຈກຢາຍພື້ນຫລັງ, ຕົວຢ່າງ distributions/swissprot.distribution.
Default=ສ້າງໃນ BLOSUM62.
-g [0-1)]
ການຕັດຊ່ອງຫວ່າງ. ຫ້າມໃຫ້ຄະແນນຖັນທີ່ມີຫຼາຍກວ່າຊ່ອງຫວ່າງຕັດສ່ວນຂອງຊ່ອງຫວ່າງ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=.3.
-h ຊ່ວຍພິມ.
-l [ຈິງ|ຜິດ]
ໃຊ້ການໃຫ້ນ້ໍາຫນັກຕາມລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=ທີ່ແທ້ຈິງ.
-m [FILE]
ໄຟລ໌ matrix ຄວາມຄ້າຍຄືກັນ, ຕົວຢ່າງ matrix/blosum62.bla ຫຼື .qij. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=matrix/blosum62.bla.
ວິທີການຈໍານວນຫນຶ່ງ, eg js_divergence, ຢ່າໃຊ້ອັນນີ້.
-n [ຈິງ|ຜິດ]
ເຮັດໃຫ້ຄະແນນປົກກະຕິ. ພິມຄະແນນ z (ເກີນການຈັດວາງ) ຂອງແຕ່ລະຄໍລຳຄະແນນດິບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=ທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ.
-o ໄຟລ໌
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ສະຕຣີມຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
-p [ຈິງ|ຜິດ]
ໃຊ້ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງ. ຫຼຸດຄະແນນຂອງຖັນທີ່ບັນຈຸຊ່ອງຫວ່າງ, ຕາມອັດຕາສ່ວນ
ນ້ໍາຫນັກລວມຂອງລໍາດັບ gapped. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=ທີ່ແທ້ຈິງ.
-s [ວິທີການ]
ວິທີການຄາດຄະເນການອະນຸລັກ, ຫນຶ່ງໃນ Shannon_entropy property_entropy
property_relative_entropy vn_entropy relative_entropy js_divergence sum_of_pairs.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=js_divergence.
-w [0-INT]
ຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມ. ຈໍານວນຂອງການຕົກຄ້າງທັງສອງດ້ານລວມຢູ່ໃນປ່ອງຢ້ຽມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=3.
ຕົວຢ່າງ
ຫມາຍເຫດ: ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການສໍາເນົາແລະ uncompress ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນຕົວຢ່າງກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ
ປະຕິບັດຕາມຕົວຢ່າງ.
ຄະແນນການອະນຸລັກການຄິດໄລ່ສໍາລັບການສອດຄ່ອງໂດຍການນໍາໃຊ້ຄວາມແຕກຕ່າງ Jensen-Shannon ກັບ
ຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ ແລະພິມຄະແນນອອກ:
score_conservation /usr/share/doc/conservation-code/example/2plc__hssp-filtered.aln
ຄະແນນການຈັດຮຽງໂດຍໃຊ້ Jensen-Shannon divergence, ປ່ອງຢ້ຽມຂະຫນາດ 3 (ຢູ່ດ້ານຂ້າງຂອງ.
residue), ແລະການແຜ່ກະຈາຍພື້ນຖານ swissprot:
score_conservation -s js_divergence -w 3 -d \
/usr/share/conservation-code/distributions/swissprot.distribution \
/usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
ໃຊ້ score_conservation ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
