ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ showaligne ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
showalign - ສະແດງການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນໃນຮູບແບບທີ່ສວຍງາມ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
showalign - ລໍາດັບ seqset [- ມາຕຣິກເບື້ອງ matrix] [-refseq string] [- ລຸ່ມ ປຸ້ຍ]
[- ສະແດງໃຫ້ເຫັນ ບັນຊີລາຍຊື່] [- ຄໍາສັ່ງ ບັນຊີລາຍຊື່] [- ຄ້າຍຄືກັນ ປຸ້ຍ] [- ເອກະສັນ ປຸ້ຍ]
- ຕົວພິມໃຫຍ່ ລະດັບ - ເລກ ປຸ້ຍ - ໄມ້ບັນທັດ ປຸ້ຍ - ກວ້າງ integer - ຂອບ integer
-html ປຸ້ຍ - ຈຸດເດັ່ນ ລະດັບ - ຫຼາຍ float -setcase float - ຕົວຕົນ float
- ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ -outfile outfile
showalign -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
showalign ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ "ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ: ຫຼາຍ, ດຶງຂໍ້ມູນ: ຂໍ້ມູນລໍາດັບ"
ກຸ່ມຄໍາສັ່ງ.
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqset
ການຈັດລໍາດັບລໍາດັບທີ່ຈະສະແດງ.
- ມາຕຣິກເບື້ອງ matrix
ນີ້ແມ່ນໄຟລ໌ຕາຕະລາງຄະແນນທີ່ໃຊ້ໃນເວລາປຽບທຽບລໍາດັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນມັນແມ່ນ
ໄຟລ໌ 'EBLOSUM62' (ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ) ຫຼືໄຟລ໌ 'EDNAFULL' (ສໍາລັບລໍາດັບ nucleic). ເຫຼົ່ານີ້
ໄຟລ໌ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ 'ຂໍ້ມູນ' ຂອງການຕິດຕັ້ງ EMBOSS.
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
-refseq string
ຖ້າທ່ານໃຫ້ຕົວເລກໃນການຈັດລໍາດັບຫຼືຊື່ຂອງລໍາດັບ, ມັນຈະຖືກນໍາໄປ
ເປັນລໍາດັບອ້າງອີງ. ລໍາດັບການອ້າງອິງແມ່ນສະເຫມີສະແດງໃຫ້ເຫັນຢ່າງເຕັມທີ່ແລະເປັນ
ຫນຶ່ງຕໍ່ກັບການປຽບທຽບທຸກລໍາດັບອື່ນໆ. ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນ 0 ຫຼັງຈາກນັ້ນ
ລໍາດັບ consensus ຈະຖືກນໍາໃຊ້ເປັນລໍາດັບອ້າງອີງ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຄວາມເຫັນດີ
ລໍາດັບແມ່ນໃຊ້ເປັນລໍາດັບອ້າງອີງ.
- ລຸ່ມ ປຸ້ຍ
ຖ້າຫາກວ່ານີ້ແມ່ນເປັນຄວາມຈິງຫຼັງຈາກນັ້ນລໍາດັບກະສານອ້າງອີງຈະສະແດງຢູ່ທາງລຸ່ມຂອງ
ການຈັດຕໍາແຫນ່ງແທນທີ່ຈະເປັນດ້ານເທິງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- ສະແດງໃຫ້ເຫັນ ບັນຊີລາຍຊື່
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ຄໍາສັ່ງ ບັນຊີລາຍຊື່
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: I
- ຄ້າຍຄືກັນ ປຸ້ຍ
ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນ True, ເມື່ອສະແດງ-show ຖືກຕັ້ງເປັນ 'ຄວາມຄ້າຍຄືກັນ' ຫຼື 'ບໍ່ແມ່ນຕົວຕົນ' ແລະ
residue ແມ່ນຄ້າຍຄືກັນແຕ່ບໍ່ຄືກັນກັບ residue ລໍາດັບອ້າງອີງ, ມັນຈະເປັນ
ປ່ຽນເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. ຖ້າ -show ຖືກຕັ້ງເປັນ 'ທັງໝົດ' ແລ້ວບໍ່ຄືກັນ, ບໍ່ຄ້າຍຄືກັນ
ສ່ວນທີ່ເຫຼືອຈະຖືກປ່ຽນເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. ຖ້າຫາກວ່ານີ້ແມ່ນ False ຫຼັງຈາກນັ້ນບໍ່ມີການປ່ຽນແປງກໍລະນີຂອງ
ການຕົກຄ້າງແມ່ນເຮັດບົນພື້ນຖານຂອງຄວາມຄ້າຍຄືກັນກັບລໍາດັບອ້າງອີງ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- ເອກະສັນ ປຸ້ຍ
ຖ້ານີ້ແມ່ນຄວາມຈິງ, ເສັ້ນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຈະສະແດງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
ແບບພິເສດ ສ່ວນ
- ຕົວພິມໃຫຍ່ ລະດັບ
ພາກພື້ນທີ່ຈະໃສ່ຕົວພິມໃຫຍ່. ຖ້ານີ້ຖືກປະໄວ້ຫວ່າງເປົ່າ, ຫຼັງຈາກນັ້ນກໍລະນີລໍາດັບຖືກປະໄວ້
ຄົນດຽວ. ຊຸດຂອງພາກພື້ນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຊຸດຂອງຄູ່ຕໍາແຫນ່ງ. ຕໍາແຫນ່ງແມ່ນ
ຈຳນວນເຕັມ. ພວກມັນຖືກແຍກອອກດ້ວຍຕົວອັກສອນທີ່ບໍ່ແມ່ນຕົວເລກ, ບໍ່ແມ່ນອັກຂະລະ. ຕົວຢ່າງຂອງພາກພື້ນ
ສະເພາະແມ່ນ: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
- ເລກ ປຸ້ຍ
ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ແມ່ນເປັນຈິງ, ເສັ້ນທີ່ໃຫ້ຕໍາແຫນ່ງໃນການຈັດລໍາດັບຈະຖືກສະແດງ
ທຸກໆ 10 ຕົວອັກສອນຂ້າງເທິງການຈັດຮຽງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- ໄມ້ບັນທັດ ປຸ້ຍ
ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ແມ່ນເປັນຈິງ, ເສັ້ນໄມ້ບັນທັດຈະຫມາຍທຸກໆຕົວອັກສອນທີ 5 ແລະ 10 ໃນ
ການຈັດຕັ້ງສະແດງໃຫ້ເຫັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
- ກວ້າງ integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 60
- ຂອບ integer
ນີ້ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງຂອບຊ້າຍມືສໍາລັບຊື່ລໍາດັບ. ຖ້າຂອບຖືກຕັ້ງ
ຢູ່ທີ່ 0 ຫຼັງຈາກນັ້ນບໍ່ມີຂອບແລະບໍ່ມີຊື່ຖືກສະແດງ. ຖ້າຂອບຖືກຕັ້ງເປັນຄ່ານັ້ນ
ຫນ້ອຍກວ່າຄວາມຍາວຂອງຊື່ລໍາດັບຫຼັງຈາກນັ້ນຊື່ລໍາດັບຈະຖືກສະແດງ
ຖືກຕັດອອກຕາມຄວາມຍາວຂອງຂອບ. ຖ້າຂອບຖືກຕັ້ງເປັນ -1 ແລ້ວຂັ້ນຕໍ່າສຸດ
ຄວາມກວ້າງຂອງຂອບທີ່ຈະອະນຸຍາດໃຫ້ສະແດງຊື່ລໍາດັບທັງຫມົດໃນເຕັມບວກ a
ຊ່ອງຢູ່ທ້າຍຂອງຊື່ຈະຖືກເລືອກໂດຍອັດຕະໂນມັດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -1
-html ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ຈຸດເດັ່ນ ລະດັບ
ພາກພື້ນທີ່ຈະໃສ່ສີຖ້າການຈັດຮູບແບບສໍາລັບ HTML. ຖ້າຫາກວ່ານີ້ຖືກປະໄວ້ຫວ່າງເປົ່າ, ຫຼັງຈາກນັ້ນລໍາດັບແມ່ນ
ປະໄວ້ຄົນດຽວ. ຊຸດຂອງພາກພື້ນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຊຸດຂອງຄູ່ຕໍາແຫນ່ງ. ໄດ້
ຕຳແໜ່ງແມ່ນຈຳນວນເຕັມ. ພວກມັນຖືກຕິດຕາມດ້ວຍສີຕົວອັກສອນ HTML ທີ່ຖືກຕ້ອງ. ຕົວຢ່າງຂອງ
ສະເພາະພາກພື້ນຄື: 24-45 ສີຟ້າ 56-78 ສີສົ້ມ 1-100 ສີຂຽວ 120-156 ສີແດງ ໄຟລ໌ A ຂອງ
ໄລຍະເປັນສີ (ໜຶ່ງໄລຍະຕໍ່ແຖວ) ສາມາດລະບຸເປັນ '@filename'.
- ຫຼາຍ float
ກໍານົດການຕັດອອກສໍາລັບ % ຂອງການແຂ່ງຂັນຄະແນນທາງບວກຂ້າງລຸ່ມນີ້ທີ່ບໍ່ມີຄວາມເປັນເອກະພາບ.
ອັດຕາສ່ວນຫຼາຍໃນຕອນຕົ້ນແມ່ນປະຕິບັດເປັນ 50% ຂອງນ້ໍາຫນັກທັງຫມົດຂອງລໍາດັບທັງຫມົດໃນ
ການຈັດວາງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.0
-setcase float
ກໍານົດຂອບເຂດສໍາລັບຄະແນນຂອງການແຂ່ງຂັນໃນທາງບວກຂ້າງເທິງທີ່ຄວາມເຫັນດີນໍາ
ຢູ່ໃນຕົວພິມໃຫຍ່ ແລະ ຂ້າງລຸ່ມ ເຊິ່ງຄວາມເຫັນດີເປັນເອກະສັນກັນເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນນີ້ຖືກຕັ້ງ
ເປັນເຄິ່ງໜຶ່ງຂອງຈຳນວນ (ປັບນ້ຳໜັກ) ຂອງລຳດັບໃນການຈັດຮຽງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄ່າ: @($(sequence.totweight) / 2)
- ຕົວຕົນ float
ສະຫນອງສະຖານທີ່ຂອງການກໍານົດຈໍານວນທີ່ຕ້ອງການຂອງຕົວຕົນຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບການ
ມັນເພື່ອໃຫ້ເປັນເອກະສັນ. ດັ່ງນັ້ນ, ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນ 100% ພຽງແຕ່ຖັນຂອງຕົວຕົນ
ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.0
- ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ
ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ເປັນຄວາມຈິງ, ຕົວອັກສອນຊ່ອງຫວ່າງສາມາດປາກົດຢູ່ໃນຄວາມເຫັນດີນໍາ. ໄດ້
ທາງເລືອກແມ່ນ 'N' ສໍາລັບ nucleotide, ຫຼື 'X' ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ໃຊ້ showaligne ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
