ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ WigeoN ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
wigeon - ການປະຕິບັດອຸປະກອນກວດຫາຄວາມຜິດປົກກະຕິຂອງ DNA Pintail 16S ຄືນໃໝ່
ລາຍລະອຽດ
WigeoN ກວດເບິ່ງການອະນຸລັກລໍາດັບລະຫວ່າງການສອບຖາມແລະການອ້າງອີງທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້
ລໍາດັບ, ທັງສອງໃນຮູບແບບການຈັດລໍາດັບ NAST. ອີງໃສ່ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບລະຫວ່າງການສອບຖາມ
ແລະລໍາດັບການອ້າງອິງ, ຄາດວ່າຈະມີຈໍານວນການປ່ຽນແປງລະຫວ່າງການຈັດລໍາດັບ.
ຖ້າການປ່ຽນແປງທີ່ສັງເກດເຫັນແມ່ນໃຫຍ່ກວ່າ 95% quantile ຂອງການແຈກຢາຍຂອງ
ການປ່ຽນແປງທີ່ສັງເກດເຫັນລະຫວ່າງລໍາດັບທີ່ບໍ່ແມ່ນຄວາມຜິດປະກະຕິ, ຫຼັງຈາກນັ້ນມັນຖືກລາຍງານວ່າເປັນຄວາມຜິດປົກກະຕິ.
WigeoN ແມ່ນການຈັດຕັ້ງປະຕິບັດຕາມເສັ້ນຄໍາສັ່ງແບບຍືດຫຍຸ່ນຂອງ Pintail algorithm Appl
ໄມໂຄຣຊີວະພາບສິ່ງແວດລ້ອມ. 2005 ທັນວາ;7112:7724-36.
WigeoN ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການຊີ້ທຸງ chimeras ແລະຄວາມຜິດປົກກະຕິພຽງແຕ່ຢູ່ໃກ້ກັບຄວາມຍາວເຕັມ 16S rRNA.
ລໍາດັບ. WigeoN ຂາດຄວາມອ່ອນໄຫວກັບລໍາດັບຫນ້ອຍກວ່າ 1000 bp.
ເພື່ອດໍາເນີນການ WigeoN, ທ່ານຕ້ອງການລໍາດັບທີ່ມີຮູບແບບ NAST ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍຜົນປະໂຫຍດ nast-ier.
WigeoN ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ microbiomeutil.
OPTIONS
ຕ້ອງການ:
--query_NAST
ໄຟລ໌ multi-fasta ທີ່ມີລໍາດັບຄໍາຖາມໃນຮູບແບບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ທາງເລືອກ:
--db_NAST
db ໃນຮູບແບບ NAST
--db_FSTA
db ໃນຮູບແບບ fasta (ຮູບແບບ megablast)
--num_top_hits
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1: ໃຊ້ການຈັບຄູ່ທີ່ດີທີ່ສຸດເທົ່ານັ້ນ.
-- ແຜນການ
--ດີບັກ
--exec_dir
cd ກັບ exec_dir ກ່ອນທີ່ຈະແລ່ນ
ໃຊ້ WigeoN ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
