xml2dsr - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

xml2dsr - ປ່ຽນໄຟລ໌ DICOM SR ແລະຊຸດຂໍ້ມູນເປັນ XML

ສະຫຼຸບສັງລວມ

xml2dsr [ຕົວເລືອກ] xmlfile-in dsrfile-out

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ xml2dsr ຜົນປະໂຫຍດປ່ຽນເນື້ອໃນຂອງເອກະສານ XML (Extensible Markup Language).
ຮູບແບບການລາຍງານໂຄງສ້າງ DICOM (SR) (ຮູບແບບໄຟລ໌ ຫຼືຊຸດຂໍ້ມູນດິບ). ແຜນຜັງ XML
dsr2xml.xsd ຍັງບໍ່ທັນປະຕິບັດຕາມຮູບແບບມາດຕະຖານໃດໆ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ໄດ້ xml2dsr ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ
ອາດຈະໄດ້ຮັບການປັບປຸງໃນລັກສະນະນີ້ໃນອະນາຄົດ (ເຊັ່ນ: ໂດຍການສະຫນັບສະຫນູນ HL7/CDA - Clinical
ສະຖາປັດຕະຍະກໍາເອກະສານ).

ໄຟລ໌ XML ທີ່ເຫມາະສົມສາມາດຖືກສ້າງຂື້ນໂດຍໃຊ້ dsr2xml ເຄື່ອງ​ມື (ທາງ​ເລືອກ​ +Xn ແນະ ນຳ ໃຫ້
ເພີ່ມການປະກາດ namespace XML ໃສ່ອົງປະກອບຮາກ).

PARAMETERS

xmlfile-in XML ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ຈະຖືກແປງ (stdin: "-")

dsrfile-out DICOM SR ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ

OPTIONS

ໂດຍທົ່ວໄປ ທາງເລືອກໃນການ
-h --help
ພິມຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

- ການປ່ຽນແປງ
ພິມຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

--ການໂຕ້ຖຽງ
ພິມການໂຕ້ຖຽງແຖວຄໍາສັ່ງຂະຫຍາຍ

-q --ງຽບ
ໂໝດງຽບ, ພິມບໍ່ມີຄຳເຕືອນ ແລະຄວາມຜິດພາດ

-v --verbose
ຮູບແບບ verbose, ລາຍລະອຽດການປະມວນຜົນການພິມ

-d --debug
ໂໝດດີບັກ, ພິມຂໍ້ມູນດີບັກ

-ll --log-level [l]evel: string constant
(ຮ້າຍແຮງ, ຄວາມຜິດພາດ, ເຕືອນ, ຂໍ້ມູນ, ດີບັກ, ຕິດຕາມ)
ໃຊ້ລະດັບ l ສໍາລັບຜູ້ຕັດໄມ້

-lc --log-config [f]ilename: string
ໃຊ້ config file f ສໍາລັບ logger

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ທາງເລືອກໃນການ
ການເຂົ້າລະຫັດ:

+Ee --template-envelope
ອົງປະກອບແມ່ແບບກວມເອົາລາຍການເນື້ອຫາ

ການປຸງແຕ່ງ ທາງເລືອກໃນການ
ການກວດສອບ:

+Vs --validate-schema
ກວດສອບເອກະສານ XML ຕໍ່ກັບ Schema
(ບໍ່ແມ່ນກັບ --template-envelope)

# ຕ້ອງການ libxml ທີ່ຈະລວບລວມດ້ວຍການສະຫນັບສະຫນູນ XML Schema

+Vn --check-namespace
ກວດເບິ່ງ XML namespace ໃນຮາກເອກະສານ

ຕົວ​ລະ​ບຸ​ທີ່​ເປັນ​ເອ​ກະ​ລັກ​:

+Ug --generate-new-uids
ສ້າງ Study/Series/SOP Instance UID ໃໝ່

-Uo --dont-overwrite-uids
ຢ່າຂຽນທັບ UID ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

+Uo --ຂຽນທັບ-uids
ຂຽນທັບ UID ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ

output ທາງເລືອກໃນການ
ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​:

+F --write-file
ຂຽນຮູບແບບໄຟລ໌ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-F --write-dataset
ຂຽນຊຸດຂໍ້ມູນໂດຍບໍ່ມີຂໍ້ມູນ meta ໄຟລ໌

syntax ການໂອນຜົນຜະລິດ:

+t= --write-xfer-same
ຂຽນດ້ວຍ TS ດຽວກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

+te --write-xfer-little
ຂຽນດ້ວຍ VR ນ້ອຍ endian TS ຢ່າງຊັດເຈນ

+tb --write-xfer-big
ຂຽນດ້ວຍ VR big endian TS ຢ່າງຊັດເຈນ

+ti --write-xfer-implicit
ຂຽນດ້ວຍ implicit VR ນ້ອຍ endian TS

+td --write-xfer-deflated
ຂຽນດ້ວຍ deflated explicit VR little endian TS

ການສະແດງມູນຄ່າຫຼັງປີ 1993:

+u --enable-new-vr
ເປີດໃຊ້ການຮອງຮັບ VRs ໃໝ່ (UN/UT) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-u --disable-new-vr
ປິດການຮອງຮັບ VRs ໃໝ່, ປ່ຽນເປັນ OB

ການ​ເຂົ້າ​ລະ​ຫັດ​ກຸ່ມ​:

+g= --group-length-recalc
ຄິດໄລ່ຄວາມຍາວຂອງກຸ່ມຄືນໃໝ່ຖ້າມີ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

+g --group-length-create
ສະເຫມີຂຽນດ້ວຍອົງປະກອບຄວາມຍາວຂອງກຸ່ມ

-g --group-length-remove
ສະເຫມີຂຽນໂດຍບໍ່ມີອົງປະກອບຄວາມຍາວຂອງກຸ່ມ

ການ​ເຂົ້າ​ລະ​ຫັດ​ຄວາມ​ຍາວ​ໃນ​ລໍາ​ດັບ​ແລະ​ລາຍ​ການ​:

+e --length-explicit
ຂຽນດ້ວຍຄວາມຍາວຢ່າງຊັດເຈນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-e --length-undefined
ຂຽນດ້ວຍຄວາມຍາວທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ

ຊຸດຂໍ້ມູນ trailing padding (ບໍ່ແມ່ນກັບ --write-dataset):

-p= --padding-retain
ຢ່າປ່ຽນ padding (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຖ້າບໍ່ແມ່ນ --write-dataset)

-p --padding-off
ບໍ່ມີ padding ( implicit ຖ້າ --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: integer
ຈັດຮຽງໄຟລ໌ຢູ່ໃນຫຼາຍໆ f bytes
ແລະລາຍການຢູ່ໃນຫຼາຍຂອງ i bytes

ລະດັບການບີບອັດ deflate (ພຽງແຕ່ມີ --write-xfer-deflated):

+cl --compression-level [l]evel: integer (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 6)
0=ບໍ່ໄດ້ບີບອັດ, 1=ໄວທີ່ສຸດ, 9=ການບີບອັດທີ່ດີທີ່ສຸດ

ຫມາຍເຫດ

DICOM ຄວາມສອດຄ່ອງ
ໄດ້ xml2dsr ຜົນປະໂຫຍດສະຫນັບສະຫນູນຫ້ອງຮຽນ SOP ຕໍ່ໄປນີ້:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographyCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ພື້ນທີ່ເກັບຂໍ້ມູນ ChestCADSRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

ກະ​ລຸ​ນາ​ສັງ​ເກດ​ວ່າ​ໃນ​ປັດ​ຈຸ​ບັນ​ມີ​ພຽງ​ແຕ່​ການ​ບັງ​ຄັບ​ແລະ​ບາງ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຮອງ​ຮັບ​.

ລັກສະນະ ການເຂົ້າລະຫັດ
ການເຂົ້າລະຫັດຕົວອັກສອນ DICOM ຖືກກຳນົດໂດຍອັດຕະໂນມັດຈາກອົງປະກອບທີ່ມີແທັກ
'0008,0005' (ຊຸດລັກສະນະສະເພາະ) - ຖ້າມີ. ຊຸດຕົວອັກສອນຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນ
ປະຈຸບັນສະຫນັບສະຫນູນ (ຕ້ອງການ libxml ປະກອບ iconv ສະຫນັບສະຫນູນ, ເບິ່ງ - ການປ່ຽນແປງ ຜົນຜະລິດ):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cyrillic "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
ອາຣັບ "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
ກເຣັກ "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
ພາສາເຮັບເຣີ "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

ບໍ່ຮອງຮັບຊຸດຕົວອັກສອນຫຼາຍຕົວ (ພຽງແຕ່ຄ່າທຳອິດຂອງ 'ຕົວລະຄອນສະເພາະ
Set' ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການເຂົ້າລະຫັດຕົວອັກສອນໃນກໍລະນີຂອງການຄູນມູນຄ່າ).

ການບີບອັດ
ຖ້າ libxml ຖືກລວບລວມດ້ວຍການສະຫນັບສະຫນູນ zlib, ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ (xmlfile-in) ຍັງສາມາດເປັນ
ຖືກບີບອັດດ້ວຍ ZIP, ເຊິ່ງປົກກະຕິຈະສົ່ງຜົນໃຫ້ໄຟລ໌ນ້ອຍລົງຫຼາຍ. ເບິ່ງຜົນຜະລິດຂອງທາງເລືອກ
- ການປ່ຽນແປງ ເພື່ອກວດເບິ່ງວ່າມີການສະຫນັບສະຫນູນ zlib.

ຂໍ້ຈໍາກັດ
ແຜນຜັງ XML dsr2xml.xsd ບໍ່ສະຫນັບສະຫນູນການປ່ຽນແປງທັງຫມົດຂອງ dsr2xml ຮູບແບບຜົນຜະລິດ.
ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຮູບແບບຜົນຜະລິດເລີ່ມຕົ້ນ (ບວກກັບທາງເລືອກ --use-xml-namespace) ຄວນ​ຈະ​ເຮັດ​ວຽກ​.

ສະບັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງ libxml ເບິ່ງຄືວ່າມີຂໍ້ຈໍາກັດທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງ an
ຄ່າອົງປະກອບ XML. ດັ່ງນັ້ນ, ມັນຄວນຈະຫຼີກເວັ້ນການນໍາໃຊ້ຄ່າອົງປະກອບຍາວຫຼາຍ. ກ
ຂອບເຂດຈໍາກັດປົກກະຕິສໍາລັບ libxml ຮຸ່ນ 2.7.3 (ແລະສູງກວ່າ) ແມ່ນ 10 MB ສໍາລັບຄ່າອົງປະກອບດຽວ.

ການບັນທຶກ

ລະດັບການອອກບັນທຶກຂອງເຄື່ອງມືບັນທັດຄໍາສັ່ງຕ່າງໆແລະຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ຕິດພັນສາມາດ
ຖືກລະບຸໂດຍຜູ້ໃຊ້. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ມີພຽງແຕ່ຄວາມຜິດພາດແລະຄໍາເຕືອນທີ່ຖືກຂຽນເປັນມາດຕະຖານ
ການຖ່າຍທອດຄວາມຜິດພາດ. ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກ -- verbose ຂໍ້ຄວາມທີ່ເປັນຂໍ້ມູນເຊັ່ນ: ລາຍລະອຽດການປະມວນຜົນ
ມີລາຍງານ. ທາງເລືອກ --debug ສາມາດໃຊ້ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບກິດຈະກໍາພາຍໃນ,
ຕົວຢ່າງ: ສໍາລັບຈຸດປະສົງ debugging. ລະດັບການບັນທຶກອື່ນໆສາມາດຖືກເລືອກໂດຍໃຊ້ທາງເລືອກ --ບັນທຶກ-
ລະດັບ. ໃນ --ງຽບ ໂຫມດມີພຽງແຕ່ລາຍງານຄວາມຜິດພາດທີ່ຮ້າຍແຮງເທົ່ານັ້ນ. ໃນ​ເຫດ​ການ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ທີ່​ຮ້າຍ​ແຮງ​ດັ່ງ​ກ່າວ​,
ປົກກະຕິແລ້ວຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຈະຢຸດເຊົາ. ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບລະດັບການຕັດໄມ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ,
ເບິ່ງເອກະສານຂອງໂມດູນ 'oflog'.

ໃນ​ກໍ​ລະ​ນີ​ທີ່​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ການ​ບັນ​ທຶກ​ຄວນ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ລາຍ​ລັກ​ອັກ​ສອນ (ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ມີ​ການ​ຫມຸນ logfile​)​.
ກັບ syslog (Unix) ຫຼືບັນທຶກເຫດການ (Windows) ທາງເລືອກ --log-config ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້. ນີ້
ໄຟລ​໌​ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ຍັງ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຊີ້​ນໍາ​ພຽງ​ແຕ່​ຂໍ້​ຄວາມ​ສະ​ເພາະ​ໃດ​ຫນຶ່ງ​ກັບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສະ​ເພາະ​ໃດ​ຫນຶ່ງ​
stream ແລະສໍາລັບການກັ່ນຕອງຂໍ້ຄວາມສະເພາະໃດຫນຶ່ງໂດຍອີງໃສ່ໂມດູນຫຼືຄໍາຮ້ອງສະຫມັກທີ່ເຂົາເຈົ້າ
ຖືກສ້າງຂື້ນ. ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຕົວຢ່າງແມ່ນສະຫນອງໃຫ້ຢູ່ໃນ /logger.cfg.

ຄໍາສັ່ງ LINE

ເຄື່ອງມືບັນທັດຄໍາສັ່ງໃຊ້ຫມາຍເຫດຕໍ່ໄປນີ້ສໍາລັບພາລາມິເຕີ: ວົງເລັບສີ່ຫລ່ຽມປິດລ້ອມ
ຄ່າທາງເລືອກ (0-1), ສາມຈຸດຕໍ່ທ້າຍຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າຫຼາຍຄ່າຖືກອະນຸຍາດ
(1-n), ການປະສົມປະສານຂອງທັງສອງຫມາຍຄວາມວ່າຄ່າ 0 ຫາ n.

ຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງຖືກຈໍາແນກຈາກພາລາມິເຕີໂດຍເຄື່ອງຫມາຍ '+' ຫຼື '-' ຊັ້ນນໍາ,
ຕາມລໍາດັບ. ປົກກະຕິແລ້ວ, ຄໍາສັ່ງແລະຕໍາແຫນ່ງຂອງທາງເລືອກເສັ້ນຄໍາສັ່ງແມ່ນ arbitrary (ie ເຂົາເຈົ້າ
ສາມາດປາກົດຢູ່ບ່ອນໃດກໍໄດ້). ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຖ້າທາງເລືອກແມ່ນສະເພາະເຊິ່ງກັນແລະກັນ, ລັກສະນະທີ່ຖືກຕ້ອງທີ່ສຸດ
ຖືກນໍາໃຊ້. ພຶດຕິກໍານີ້ສອດຄ່ອງກັບກົດລະບຽບການປະເມີນຜົນມາດຕະຖານຂອງຫອຍ Unix ທົ່ວໄປ.

ນອກຈາກນັ້ນ, ໄຟລ໌ຄໍາສັ່ງຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍສາມາດຖືກກໍານົດໂດຍໃຊ້ເຄື່ອງຫມາຍ '@' ເປັນຄໍານໍາຫນ້າ
ຊື່ໄຟລ໌ (ເຊັ່ນ @command.txt). ການໂຕ້ຖຽງຄໍາສັ່ງດັ່ງກ່າວຖືກແທນທີ່ດ້ວຍເນື້ອໃນຂອງ
ໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມທີ່ສອດຄ້ອງກັນ (ຫຼາຍຊ່ອງຫວ່າງຖືກປະຕິບັດເປັນຕົວແຍກດຽວເວັ້ນເສຍແຕ່
ພວກມັນປາກົດຢູ່ລະຫວ່າງສອງເຄື່ອງໝາຍວົງຢືມ) ກ່ອນການປະເມີນຕື່ມອີກ. ກະລຸນາສັງເກດວ່າ
ໄຟລ໌ຄໍາສັ່ງບໍ່ສາມາດມີໄຟລ໌ຄໍາສັ່ງອື່ນ. ວິທີການງ່າຍດາຍແຕ່ປະສິດທິຜົນນີ້
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຫນຶ່ງ​ເພື່ອ​ສະ​ຫຼຸບ​ການ​ປະ​ສົມ​ທົ່ວ​ໄປ​ຂອງ​ທາງ​ເລືອກ / ຕົວ​ກໍາ​ນົດ​ການ​ແລະ​ຫຼີກ​ເວັ້ນ​ການ​ຍາວ​ແລະ​
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງທີ່ສັບສົນ (ຕົວຢ່າງແມ່ນສະຫນອງໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ /dumppat.txt).

ENVIRONMENT

ໄດ້ xml2dsr ຜົນປະໂຫຍດຈະພະຍາຍາມໂຫຼດຂໍ້ມູນວັດຈະນານຸກົມ DICOM ທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ
DCMDICTPATH ສະພາບແວດລ້ອມປ່ຽນແປງ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ie ຖ້າ DCMDICTPATH ຕົວແປສິ່ງແວດລ້ອມ
ບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ໄຟລ໌ /dicom.dic ຈະຖືກໂຫຼດເວັ້ນເສຍແຕ່ຈະນານຸກົມຖືກສ້າງຂຶ້ນ
ເຂົ້າໄປໃນແອັບພລິເຄຊັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ Windows).

ພຶດຕິກໍາໃນຕອນຕົ້ນຄວນຈະເປັນທີ່ມັກແລະ DCMDICTPATH ຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມເທົ່ານັ້ນ
ໃຊ້ໃນເວລາທີ່ຕ້ອງການວັດຈະນານຸກົມຂໍ້ມູນທາງເລືອກ. ໄດ້ DCMDICTPATH ຕົວແປສິ່ງແວດລ້ອມ
ມີຮູບແບບດຽວກັນກັບ Unix shell PATH ຕົວແປໃນຈໍ້າສອງເມັດ (':') ແຍກ
ລາຍການ. ໃນລະບົບ Windows, ເຄື່ອງໝາຍຈຸດ (';') ຖືກໃຊ້ເປັນຕົວແຍກ. ວັດຈະນານຸກົມຂໍ້ມູນ
ລະຫັດຈະພະຍາຍາມໂຫລດແຕ່ລະໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ DCMDICTPATH ສະພາບແວດລ້ອມປ່ຽນແປງ. ມັນ
ເປັນຂໍ້ຜິດພາດຖ້າບໍ່ມີວັດຈະນານຸກົມຂໍ້ມູນສາມາດໂຫລດໄດ້.

ໃຊ້ xml2dsr ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net