ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ kSNP ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ kSNP3.1_Linux_package.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ kSNP ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
kSNP ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌
Ad
ລາຍລະອຽດ
kSNP ກໍານົດ SNPs pan-genome ໃນຊຸດຂອງລໍາດັບ genome, ແລະຄາດຄະເນຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ໂດຍອີງໃສ່ SNPs ເຫຼົ່ານັ້ນ. ການຄົ້ນພົບ SNP ແມ່ນອີງໃສ່ການວິເຄາະ k-mer, ແລະບໍ່ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນຫຼືການຄັດເລືອກຂອງ genome ອ້າງອີງ, ດັ່ງນັ້ນ kSNP ສາມາດເອົາ 100 ຂອງ genomes ຈຸລິນຊີເປັນວັດສະດຸປ້ອນ. A SNP locus ແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍ oligo ຂອງຄວາມຍາວ k ອ້ອມຮອບ SNP allele ກາງ. kSNP ສາມາດວິເຄາະທັງ genomes ທີ່ສົມບູນ (ສໍາເລັດຮູບ) ແລະ genomes ທີ່ບໍ່ສໍາເລັດໃນ contigs ປະກອບຫຼືວັດຖຸດິບ, unassembled ອ່ານ. genomes ສໍາເລັດຮູບແລະຍັງບໍ່ສໍາເລັດສາມາດວິເຄາະຮ່ວມກັນ, ແລະ kSNP ສາມາດດາວໂຫລດໄຟລ໌ Genbank ຂອງ genomes ສໍາເລັດຮູບໂດຍອັດຕະໂນມັດແລະລວມເອົາຂໍ້ມູນໃນໄຟລ໌ເຫຼົ່ານັ້ນເຂົ້າໃນ SNP annotation.Gardner, SN ແລະ Hall, BG 2013. ເມື່ອການຈັດລຽງຂອງ genome ທັງໝົດຈະບໍ່ເຮັດວຽກ: ຊອບແວ kSNP v2 ສຳລັບການຄົ້ນພົບ SNP ທີ່ບໍ່ມີການຈັດຮຽງ ແລະ phylogenetics ຂອງຫຼາຍຮ້ອຍພັນພັນຈຸລິນຊີ. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/ksnp/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
