ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ rRNAFinder ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ rRNAFinder-v1.1.1.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ rRNAFinder ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
rRNAFinder
Ad
ລາຍລະອຽດ
rRNAFinder ເປັນຊຸດຊອບແວ perl ຂະຫນາດນ້ອຍ, ເຊິ່ງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄາດຄະເນອັດຕະໂນມັດແລະຈັດປະເພດພັນທຸກໍາ ribosome RNA ໂດຍໃຊ້ genome / metagenome contigs ທີ່ປະກອບເປັນວັດສະດຸປ້ອນ. ຊອບແວໄດ້ຖືກທົດສອບພຽງແຕ່ໃນລະບົບປະຕິບັດການ Linux.
ໂປຣແກຣມ "rRNAFinder.pl" ທີ່ຢູ່ໃນຊຸດໃຊ້ໂປຣແກຣມ nhmmer ຄົ້ນຫາຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນ arc.hmm, bac.hmm, ແລະ euk.hmm ເພື່ອລະບຸພັນທຸກໍາ rRNA ຈາກ input contigs. genes rRNA ທີ່ຄາດໄວ້ລວມມີ 16S, 18S, 23S, 28S, 5S, ແລະ 5.8S rRNA.
ໂປຣແກມ "rna2taxon.pl" ຍອມຮັບການຈັດລໍາດັບ gene rRNA fasta ທີ່ສ້າງຂຶ້ນຂ້າງເທິງເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນເພື່ອຜະລິດການມອບໝາຍ taxonomic ສໍາລັບ gene input. ລຳດັບ gene rRNA ວັດສະດຸປ້ອນແມ່ນຊອກຫາຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນ SILVA SSU ແລະ LSU ທີ່ຖືກດາວໂຫຼດ ແລະປັບປຸງຮູບແບບໃໝ່ໂດຍໃຊ້ blastn.
ກະລຸນາອ້າງອີງເຖິງໄຟລ໌ README.md ຈາກ rRNAFinder GitHub repository ທີ່ຕັ້ງຢູ່ທີ່ https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder ສໍາລັບຄໍາແນະນໍາກ່ຽວກັບການຕັ້ງຄ່າແລະແລ່ນ rRNAFinder
ຄຸນລັກສະນະ
- ຄາດການກຳເນີດ rRNA (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA genes)
- ການມອບໝາຍການເກັບພາສີຂອງພັນທຸກໍາ rRNA ທີ່ຄາດຄະເນໂດຍໃຊ້ການຄົ້ນຫາແບບລະເບີດຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນ SILVA SSU ແລະ LSU
- ໄວແລະສາມາດໃຊ້ CPU ຫຼາຍຫົວຂໍ້
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
