ດາວໂຫຼດໂປຣແກຣມຈັດຮຽງລໍາດັບໄວສຳລັບ Linux

ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ Swift Sequence Alignment Program ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ເປັນ swift-0.11.2.tgz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.

ໜ້າ ຈໍ

ໂຄງການຈັດຮຽງລໍາດັບໄວ

ລາຍລະອຽດ

Swift ແມ່ນໂຄງການຈັດຮຽງລໍາດັບ DNA ທີ່ຜະລິດການຈັດລໍາດັບ gapped ໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman. ມັນໃຊ້ເວລາໃນໄຟລ໌ສອບຖາມ (ຮູບແບບ FASTA) ແລະໄຟລ໌ອ້າງອີງ (ຮູບແບບ FASTA) ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ມັນອອກຊື່ອ້າງອີງ, ຊື່ອ່ານ, ການຈັດຮຽງ gapped, ຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດ, ແລະຄວາມຍາວການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

ຂ້າພະເຈົ້າໄດ້ໃຫ້ການສົນທະນາກ່ຽວກັບ Swift ໃນກອງປະຊຸມເທກໂນໂລຍີ GPU 2012. ການສົນທະນາສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ທີ່ http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.

ເພື່ອຕິດຕັ້ງ ແລະເປີດໃຊ້ Swift, ກະລຸນາເບິ່ງທີ່ໜ້າ Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/

ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອເພີ່ມເຕີມໃນການຕິດຕັ້ງຫຼືແລ່ນ Swift, ກະລຸນາຕິດຕໍ່ Pankaj Gupta ທີ່ [email protected].

ຄຸນ​ລັກ​ສະ​ນະ

• ຜະລິດການຈັດຮຽງທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ Smith-Waterman
• Smith-Waterman algorithm ເຮັດວຽກຢູ່ໃນ GPU (ຫນ່ວຍປະມວນຜົນກາຟິກ)
• ຍອມຮັບໄຟລ໌ອ່ານ (ຮູບແບບ FASTA) ແລະໄຟລ໌ອ້າງອີງ (ຮູບແບບ FASTA) ເປັນວັດສະດຸປ້ອນ
• ເອົາ​ຊື່​ອ້າງ​ອີງ, ຊື່​ການ​ອ່ານ, ການ​ຈັດ​ວາງ gapped, ຄະ​ແນນ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ, ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ແລະ​ສິ້ນ​ສຸດ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ, ແລະ​ຄວາມ​ຍາວ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ
• ຮອງຮັບການອ່ານ Illumina (ຄວາມຍາວຄົງທີ່)
• ຄວາມຕ້ອງການ: Linux OS; ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາຂອງລະບົບ 4 GB; ບັດກາຟິກທີ່ມີຄວາມສາມາດ CUDA; ຊຸດເຄື່ອງມື CUDA 4.2+; 6 GB ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທົ່ວໂລກ; 49 KB ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ໃຊ້ຮ່ວມກັນ

Audience

ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ

ປະເພດ

ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.