ນີ້ແມ່ນແອັບ Windows ທີ່ມີຊື່ວ່າ fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ fcgene-1.0.7.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ emulator ອອນ ໄລ ນ ໌ OS OnWorks ຈາກ ເວັບ ໄຊ ທ ໌ ນີ້, ແຕ່ ດີກ ວ່າ Windows ອອນ ໄລ ນ ໌ emulator.
- 5. ຈາກ OnWorks Windows OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກແລະຕິດຕັ້ງມັນ.
- 7. ດາວໂຫລດ Wine ຈາກບ່ອນເກັບມ້ຽນຊອບແວການແຈກຢາຍ Linux ຂອງທ່ານ. ເມື່ອຕິດຕັ້ງແລ້ວ, ທ່ານສາມາດຄລິກສອງຄັ້ງ app ເພື່ອດໍາເນີນການໃຫ້ເຂົາເຈົ້າກັບ Wine. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດລອງ PlayOnLinux, ການໂຕ້ຕອບທີ່ແປກປະຫຼາດໃນໄລຍະ Wine ທີ່ຈະຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານຕິດຕັ້ງໂປລແກລມ Windows ແລະເກມທີ່ນິຍົມ.
ເຫຼົ້າແວງເປັນວິທີການແລ່ນຊອບແວ Windows ໃນ Linux, ແຕ່ບໍ່ມີ Windows ທີ່ຕ້ອງການ. ເຫຼົ້າແວງແມ່ນຊັ້ນຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ຂອງ Windows ແຫຼ່ງເປີດທີ່ສາມາດເອີ້ນໃຊ້ໂຄງການ Windows ໂດຍກົງໃນ desktop Linux ໃດກໍໄດ້. ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວ, Wine ກໍາລັງພະຍາຍາມປະຕິບັດໃຫມ່ຢ່າງພຽງພໍຂອງ Windows ຕັ້ງແຕ່ເລີ່ມຕົ້ນເພື່ອໃຫ້ມັນສາມາດດໍາເນີນການຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ Windows ທັງຫມົດໄດ້ໂດຍບໍ່ຕ້ອງໃຊ້ Windows.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype
ລາຍລະອຽດ
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຕົ້ນຕໍແມ່ນສອງເທົ່າ: ທໍາອິດເພື່ອປ່ຽນຂໍ້ມູນ genotype SNP ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບຂອງເຄື່ອງມື imputation ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຊັ່ນ PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE ແລະ BIMBBAM, ທີສອງເພື່ອປ່ຽນຂໍ້ມູນ imputed ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຊັ່ນ PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT ແລະ SNPTEST.ຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້: plink-pedigree (ped ແລະແຜນທີ່), plink-raw, plink-dosage, mach, minimac, impute, snptest, beagle ແລະ bimbam. ເຊັ່ນດຽວກັນ, ທຸກປະເພດຂອງ imputation ຂອງຜົນຜະລິດແມ່ນໄດ້ຮັບການຍອມຮັບ.
ຮູບແບບທີ່ສາມາດສ້າງໄດ້ໂດຍ fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs ແລະ bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເພີ່ມເຕີມ:
- ການໄດ້ຮັບແມ່ແບບຂອງຄໍາສັ່ງ imputation ທີ່ຈໍາເປັນແລະຄໍາສັ່ງຂອງເຄື່ອງມື imputation ອື່ນໆ
- ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບອີງຕາມການ MAF, HWE & CALLRATE.
ຄໍາສໍາຄັນ: ການຫັນເປັນ genotype, ປ່ຽນຮູບແບບ genotype, imputation output, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
ຄຸນລັກສະນະ
- ສາມາດເຮັດໃຫ້ SNP-wise ແລະສ່ວນບຸກຄົນການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບທີ່ສະຫລາດແລະສາມາດກັ່ນຕອງ SNPs ທີ່ບໍ່ມີຄຸນສົມບັດແລະບຸກຄົນໃນຂະນະທີ່ການຫັນປ່ຽນຂໍ້ມູນ.
- ສາມາດປະຕິບັດການປ່ຽນຮູບແບບສອງທາງຂອງ genotype SNP Data (ເຊັ່ນ PLINK -> imputation tool ແລະ imputation tools -> PLINK). ມັນສາມາດອ່ານແລະຂຽນທັງ plink-formatted pedigree ແລະໄຟລ໌ຖານສອງ
- ສາມາດກັ່ນຕອງ SNPs impued ບົນພື້ນຖານຂອງຄະແນນຄຸນນະພາບ imputation
- ສາມາດສ້າງແມ່ແບບຂອງຄໍາສັ່ງເຄື່ອງມືການວິເຄາະ GWA
- ແປງຂໍ້ມູນ genotype ຈາກຮູບແບບຂອງເຄື່ອງມື imputation ຫນຶ່ງໄປຫາອື່ນໆ.
- ການຫັນປ່ຽນການອ້າງອິງ imputation ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບ plink. ນີ້ຊ່ວຍປຽບທຽບຂໍ້ມູນ genotype ກັບກະດານອ້າງອີງ.
- ສາມາດສ້າງຂໍ້ມູນ snp ໃນຮູບແບບ GenABEL ຈາກຂໍ້ມູນເບື້ອງຕົ້ນໃນຮູບແບບອື່ນໆ
- ສາມາດສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ມີຂະຫນາດທີ່ຄາດຫວັງຂອງຄວາມຖີ່ຂອງ allele ເລັກນ້ອຍ
- ເປັນປະໂຫຍດຫຼາຍສໍາລັບນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ເຮັດວຽກກ່ຽວກັບພື້ນທີ່ຂອງພັນທຸກໍາສະຖິຕິ.
- ຂຽນໃນ c ++, ການນໍາໃຊ້ບັນຈຸ STL
- ສາມາດອ່ານແລະຂຽນໄຟລ໌ gezipped
- ສາມາດຄິດໄລ່ FST ດ້ວຍຄໍາສັ່ງ --fst
- ສາມາດອ່ານແລະຂຽນຂໍ້ມູນ genotype ມາດຕະຖານດ້ວຍການນັບຂອງ alleles ແລະ allele doses
- ສາມາດສ້າງໄຟລ໌ຮູບແບບ vcf ທີ່ໃຊ້ສໍາລັບ BEAGLE4
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C ++
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/fcgene/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
