ນີ້ແມ່ນແອັບ Windows ທີ່ມີຊື່ວ່າ iCAS - ເປັນລະບົບ Illumina Clone Assembly ເພື່ອແລ່ນໃນ Windows ອອນໄລນ໌ຜ່ານ Linux online ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ icas_v062.tar.bz2. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ iCAS - ເປັນ Illumina Clone Assembly System ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Windows ອອນໄລນ໌ຜ່ານ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ emulator ອອນ ໄລ ນ ໌ OS OnWorks ຈາກ ເວັບ ໄຊ ທ ໌ ນີ້, ແຕ່ ດີກ ວ່າ Windows ອອນ ໄລ ນ ໌ emulator.
- 5. ຈາກ OnWorks Windows OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກແລະຕິດຕັ້ງມັນ.
- 7. ດາວໂຫລດ Wine ຈາກບ່ອນເກັບມ້ຽນຊອບແວການແຈກຢາຍ Linux ຂອງທ່ານ. ເມື່ອຕິດຕັ້ງແລ້ວ, ທ່ານສາມາດຄລິກສອງຄັ້ງ app ເພື່ອດໍາເນີນການໃຫ້ເຂົາເຈົ້າກັບ Wine. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດລອງ PlayOnLinux, ການໂຕ້ຕອບທີ່ແປກປະຫຼາດໃນໄລຍະ Wine ທີ່ຈະຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານຕິດຕັ້ງໂປລແກລມ Windows ແລະເກມທີ່ນິຍົມ.
ເຫຼົ້າແວງເປັນວິທີການແລ່ນຊອບແວ Windows ໃນ Linux, ແຕ່ບໍ່ມີ Windows ທີ່ຕ້ອງການ. ເຫຼົ້າແວງແມ່ນຊັ້ນຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ຂອງ Windows ແຫຼ່ງເປີດທີ່ສາມາດເອີ້ນໃຊ້ໂຄງການ Windows ໂດຍກົງໃນ desktop Linux ໃດກໍໄດ້. ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວ, Wine ກໍາລັງພະຍາຍາມປະຕິບັດໃຫມ່ຢ່າງພຽງພໍຂອງ Windows ຕັ້ງແຕ່ເລີ່ມຕົ້ນເພື່ອໃຫ້ມັນສາມາດດໍາເນີນການຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ Windows ທັງຫມົດໄດ້ໂດຍບໍ່ຕ້ອງໃຊ້ Windows.
iCAS - ເປັນລະບົບ Illumina Clone Assembly ເພື່ອແລ່ນໃນ Windows ອອນໄລນ໌ຜ່ານ Linux ອອນໄລນ໌
Ad
ລາຍລະອຽດ
ການຈັດລໍາດັບ clone-by-clone, ເປັນວິທີການບັນລຸການປະກອບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງສໍາລັບ genomes ຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະສະລັບສັບຊ້ອນ, ຍັງສືບຕໍ່ມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຍຸກຂອງການຈັດລໍາດັບ throughput ສູງ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ສະພາແຫ່ງທີ່ໄດ້ຮັບການນໍາໃຊ້ຕົວປະກອບ genome ທັງຫມົດໃນປະຈຸບັນມັກຈະຖືກແບ່ງອອກແລະບາງຄັ້ງມີບັນຫາກ່ຽວກັບຄວາມສົມບູນຂອງ genome ເນື່ອງຈາກຄຸນລັກສະນະຂໍ້ມູນທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ນໍາສະເຫນີໂດຍການລໍາດັບ multiplexed.ດ້ວຍ iCAS, ຂະບວນການກັ່ນຕອງຂໍ້ມູນແມ່ນອີງໃສ່ລະບົບຄວາມຖີ່ຂອງ kmer ໃໝ່, ສົ່ງຜົນໃຫ້ມີການອ່ານກ່ອນການປະກອບທີ່ໃກ້ຄຽງ. Contigs ແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ສູດການປະກອບທີ່ແຕກຕ່າງກັນແລະຫຼັງຈາກນັ້ນປະສົມປະສານເຂົ້າກັນເພື່ອບັນລຸຄວາມຕໍ່ເນື່ອງທີ່ຍາວນານ. ການຈັດຮຽງການອ່ານທັງໝົດກັບຄືນໄປຫາຮ່າງ contigs ແລະ recalibrating ແຕ່ລະພື້ນຖານລໍາດັບບັນລຸໄດ້ເປັນເອກະສັນສຸດທ້າຍ. ການນໍາໃຊ້ໂຄນສໍາເລັດຮູບສໍາລັບ QC, ທໍ່ສາມາດໄດ້ຮັບອຸປະກອນທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງ clone ຂອງ 99.7% ແລະຄຸນນະພາບພື້ນຖານເປັນເອກະສັນຂອງ Q39.
ພັດທະນາຢູ່ສະຖາບັນ Wellcome Trust Sanger.
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Perl, C
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/icas/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.