autodock4 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഓട്ടോഡോക്ക് - പ്രോട്ടീൻ റിസപ്റ്ററുകളിലേക്ക് കെമിക്കൽ ലിഗാണ്ടുകളുടെ ഡോക്കിംഗ്

സിനോപ്സിസ്

ഓട്ടോഡോക്ക്4 [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഓട്ടോഡോക്ക് പ്രോട്ടീനുകളിലേക്ക് രാസ സംയുക്തങ്ങളുടെ ഓട്ടോമേറ്റഡ് ഡോക്കിംഗ് നടത്തുന്നു, അതായത് അത് പ്രവചിക്കുന്നു
സബ്‌സ്‌ട്രേറ്റുകൾ അല്ലെങ്കിൽ മയക്കുമരുന്ന് കാൻഡിഡേറ്റുകൾ പോലുള്ള ചെറിയ തന്മാത്രകൾ എങ്ങനെ അറിയപ്പെടുന്ന 3D റിസപ്റ്ററുമായി ബന്ധിപ്പിക്കുന്നു
ഘടന

AutoDockSuite രണ്ട് പ്രധാന പ്രോഗ്രാമുകൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, അവയിൽ AutoDock ഡോക്കിംഗ് നടത്തുന്നു
ടാർഗെറ്റ് പ്രോട്ടീനിനെ വിവരിക്കുന്ന ഒരു കൂട്ടം ഗ്രിഡുകളിലേക്കുള്ള ലിഗാൻഡ്, ഓട്ടോഗ്രിഡ് മുൻകൂട്ടി കണക്കുകൂട്ടുന്നു
ഈ ഗ്രിഡുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-p പരാമീറ്റർ_ഫയലിന്റെ പേര്

-l ലോഗ്_ഫയലിന്റെ പേര്

-o പഴയ PDBQ ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുക, 55-61 കോളങ്ങളിൽ q ചാർജ് ചെയ്യുക

-k യഥാർത്ഥ അവശിഷ്ട നമ്പറുകൾ സൂക്ഷിക്കുക

-i തലക്കെട്ട് പരിശോധിക്കുന്നത് അവഗണിക്കുക

-t ടോർഷനുകൾ പരിശോധിക്കാൻ PDBQ ഫയൽ പാഴ്സ് ചെയ്യുക, തുടർന്ന് നിർത്തുക.

-c < command_file കമാൻഡ് മോഡ്, ഫയൽ പ്രകാരം

-c | control_program കമാൻഡ് മോഡ്, control_program വഴി

ഉദാഹരണം

ഡെബിയനിൽ, /usr/share/doc/autodock എന്ന ഡയറക്ടറി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള ഉദാഹരണങ്ങൾ നൽകുന്നു. അതിലേക്ക് മാറുക
ഡയറക്‌ടറി, ജിസിപ്പ് ചെയ്‌ത മാപ്പ് ഫയലുകൾ അൺപാക്ക് ചെയ്യുക (റൂട്ട് ആയി), തുടർന്ന് കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ ഓട്ടോഡോക്ക് എക്‌സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക
താഴെ:
ഗൺസിപ്പ് *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg

ഫലങ്ങളുടെ വ്യാഖ്യാനം AutoDockTools സ്യൂട്ട് സഹായിക്കുന്നു. എന്നതും പരിശോധിക്കുക
ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ ഓൺലൈനിൽ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് autodock4 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക