blasr - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

blasr - ഒരു റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്കുള്ള SMRT സീക്വൻസുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുക.

സിനോപ്സിസ്

blasr വായിക്കുന്നു.ബാം genome.fasta -ബാം -പുറത്ത് ഔട്ട്.ബാം

blasr വായിക്കുന്നു.fasta genome.fasta

blasr വായിക്കുന്നു.fasta genome.fasta -സ genome.fasta.sa

blasr reads.bax.h5 genome.fasta [-സ genome.fasta.sa]

blasr reads.bax.h5 genome.fasta -സ genome.fasta.sa -മാക്സ് സ്കോർ -100 -minMatch ക്സനുമ്ക്സ ...

blasr reads.bax.h5 genome.fasta -സ genome.fasta.sa -nproc 24 -പുറത്ത് വിന്യാസം.പുറത്ത് ...

വിവരണം

blasr ക്ലസ്റ്ററിംഗ് വഴി ഒരു ജീനോമിലെ സ്ഥാനങ്ങളിലേക്ക് മാപ്പുകൾ വായിക്കുന്ന ഒരു റീഡ് മാപ്പിംഗ് പ്രോഗ്രാമാണ്
റീഡും ജീനോമും തമ്മിലുള്ള ചെറിയ കൃത്യമായ പൊരുത്തങ്ങൾ, വിന്യാസം ഉപയോഗിച്ച് ക്ലസ്റ്ററുകൾ സ്കോറിംഗ്.
ഒരു റീഡിൻറെ എല്ലാ പ്രത്യയങ്ങളും ജീനോമിനെതിരെ തിരഞ്ഞാണ് പൊരുത്തങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത്
സഫിക്സ് അറേ. മത്സരങ്ങളുടെ ക്ലസ്റ്ററുകൾ സ്കോർ ചെയ്യാൻ ഗ്ലോബൽ ചെയിനിംഗ് രീതികൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

blasr-ന് ആവശ്യമായ ഇൻപുട്ടുകൾ റീഡുകളുടെ ഒരു ഫയലും ഒരു റഫറൻസ് ജീനോമും മാത്രമാണ്. അത്
ഫിൽട്ടറിംഗ് വിവരങ്ങൾ വായിക്കാൻ വളരെ ഉപയോഗപ്രദമാണ്, കൂടാതെ മാപ്പിംഗ് റൺടൈം കുറഞ്ഞേക്കാം
റഫറൻസ് സീക്വൻസിലുള്ള ഒരു പ്രീകംപ്യൂട്ടഡ് സഫിക്‌സ് അറേ ഇൻഡക്സ് ആയിരിക്കുമ്പോൾ
വ്യക്തമാക്കിയ.

വായനകൾ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ഇൻപുട്ട് ആയിരിക്കാമെങ്കിലും, ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഇൻപുട്ട് PacBio BAM ഫയലുകളാണ്
കാരണം, വിന്യാസത്തിലും ഉൽപ്പാദിപ്പിക്കുന്നതിലും ഉപയോഗിക്കുന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യ വിവരങ്ങൾ ഇവയിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള വേരിയന്റ് കണ്ടെത്തൽ. അലൈൻമെന്റുകൾ വിവിധ ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യാമെങ്കിലും,
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് PacBio BAM ആണ്. bax.h5, plx.h5 ഫയലുകൾക്കുള്ള പിന്തുണ ആയിരിക്കും
നിരസിച്ചു. h5 ഫയലുകൾക്കുള്ള റീജിയൻ ടേബിളുകൾക്കുള്ള പിന്തുണ ആയിരിക്കും നിരസിച്ചു.

ഒരു ജീനോമിന്റെ സഫിക്സ് അറേ സൂചിക വ്യക്തമാക്കാത്തപ്പോൾ, സഫിക്സ് അറേ നിർമ്മിക്കപ്പെടും
ഉൽപ്പാദിപ്പിക്കുന്ന വിന്യാസം. ജീനോം വലുതായിരിക്കുമ്പോൾ ഇത് വളരെ സാവധാനത്തിലാകാം (ഉദാ: മനുഷ്യൻ).
പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ജീനോമിന്റെ സഫിക്സ് അറേ മുൻകൂട്ടി കണക്കാക്കുന്നതാണ് നല്ലത് സന്യാസി(1), ഒപ്പം
തുടർന്ന് ഉപയോഗിക്കുന്ന കമാൻഡ് ലൈനിൽ സഫിക്സ് അറേ വ്യക്തമാക്കുക -സ genome.fa.sa.

ഓപ്ഷണൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ഏകദേശം മൂന്ന് വിഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു: ആങ്കറിംഗ് നിയന്ത്രണം,
അലൈൻമെന്റ് സ്കോറിംഗ്, ഔട്ട്പുട്ട്.

ഡിഫോൾട്ട് ആങ്കറിംഗ് പാരാമീറ്ററുകൾ ചെറിയ ജീനോമുകൾക്കും 5% വരെ ഉള്ള സാമ്പിളുകൾക്കും അനുയോജ്യമാണ്
റഫറൻസ് ജീനോമിൽ നിന്നുള്ള വ്യതിചലനം. വേഗതയും സംവേദനക്ഷമതയും നിയന്ത്രിക്കുന്ന പ്രധാന പാരാമീറ്റർ
ആകുന്നു -minMatch പരാമീറ്റർ. മനുഷ്യ ജീനോം വിന്യാസത്തിന്, 11 അല്ലെങ്കിൽ അതിലും ഉയർന്ന മൂല്യമാണ്
ശുപാർശ ചെയ്ത. അലൈൻമെന്റുകൾ വേഗത്തിലാക്കാൻ പല രീതികളും ഉപയോഗിച്ചേക്കാം
സംവേദനക്ഷമത കുറയാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.

മാപ്പിംഗ് സമയത്ത്, ഇവയുടെ എണ്ണം പരിമിതപ്പെടുത്തിക്കൊണ്ട് വളരെ ആവർത്തിച്ചുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ അവഗണിക്കപ്പെട്ടേക്കാം
കൂടെ ഒരു റീഡ് മാപ്പുകൾ സ്ഥാപിക്കുന്നു -maxAnchorsPerPosition ഓപ്ഷൻ. 500-നും ഇടയിലുള്ള മൂല്യങ്ങൾ
1000 മനുഷ്യ ജീനോമിൽ ഫലപ്രദമാണ്.

ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ബിഎസികൾ പോലുള്ള ചെറിയ ജീനോമുകൾക്ക്, ഡിഫോൾട്ട് പാരാമീറ്ററുകൾ മതിയാകും
പരമാവധി സംവേദനക്ഷമതയ്ക്കും നല്ല വേഗതയ്ക്കും.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ

വായിക്കുന്നു

വായിക്കുന്നു.ബാം
വായനകളുടെ ഒരു PacBio BAM ഫയൽ. ഇതാണ് മുൻഗണന നൽകുന്ന ഇൻപുട്ട് blasr
കാരണം ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള മൂല്യം (ഉൾപ്പെടുത്തൽ, ഇല്ലാതാക്കൽ, പകരം വയ്ക്കൽ
ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങൾ) വിവരങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കുന്നു. അധിക ഗുണനിലവാരം
വിവരങ്ങൾ വേരിയന്റ് കണ്ടെത്തലും മാപ്പിംഗ് വേഗതയും മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു.

വായിക്കുന്നു.fasta
ഏതൊരു ഫാസ്റ്റ ഫയലും സാധുവായ ഇൻപുട്ടാണെങ്കിലും റീഡുകളുടെ ഒരു മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽ

reads.bax.h5|വായിക്കുന്നു.plx.h5
പഴയത് നിരസിച്ചു SMRT റീഡുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്.

input.fofn
ഫയൽ നാമങ്ങളുടെ ഫയൽ

-സ suffixArrayFile
വായനയും ദിയും തമ്മിലുള്ള പൊരുത്തങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് 'sa' എന്ന സഫിക്‌സ് അറേ ഉപയോഗിക്കുക
റഫറൻസ്. എന്ന സഫിക്സ് അറേ തയ്യാറാക്കിയിട്ടുണ്ട് സന്യാസി(1) പ്രോഗ്രാം.

-ctab ടാബ്
പൊരുത്തത്തിന്റെ പ്രാധാന്യം കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ട്യൂപ്പിൾ കൗണ്ടുകളുടെ ഒരു പട്ടിക. ഇത് വഴിയാണ്
പ്രോഗ്രാം 'printTupleCountTable'. അത് ഈച്ചയിൽ വേഗത്തിൽ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുമ്പോൾ,
ധാരാളം അഭ്യർത്ഥനകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ blasr, ctab മുൻകൂട്ടി കണക്കാക്കുന്നത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്.

-regionTable മേശ (നിരസിച്ചു)
റീഡുകളുടെ ഭാഗങ്ങൾ മറയ്ക്കാൻ എച്ച്ഡിഎഫ് ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഒരു റീഡ് റീജിയൻ ടേബിളിൽ വായിക്കുക.
ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഫോഫ്നുണ്ടെങ്കിൽ ഇത് ഒരൊറ്റ പട്ടികയായിരിക്കാം. എപ്പോൾ
റീജിയൻ ടേബിൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്, reads.plx.h5-നുള്ളിലെ ഏതെങ്കിലും റീജിയൻ ടേബിൾ അല്ലെങ്കിൽ
reads.bax.h5 ഫയലുകൾ അവഗണിച്ചു.
(ഒഴിവാക്കിയത്) ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി പരിഷ്ക്കരിച്ചുകൊണ്ട് വായിക്കുന്നു.

a-യിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്ന വായനകളുടെ ഉപസ്‌ട്രിംഗുകളെക്കുറിച്ചുള്ള അനുബന്ധ വിവരങ്ങൾ ഉണ്ട്
ഓരോ റീഡ് ഫയലിനും 'region table'. HDF ഉപയോഗിക്കുന്നതിനാൽ, റീജിയൻ ടേബിൾ ആയിരിക്കാം
.bax.h5 അല്ലെങ്കിൽ .plx.h5 ഫയലിന്റെ ഭാഗം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു പ്രത്യേക ഫയൽ. തുടർച്ചയായി വായിക്കുന്ന ഒന്ന്
ടെംപ്ലേറ്റിൽ നിന്നുള്ള സബ്‌സ്ട്രിംഗ് ഒരു ഉപവായനയാണ്, ഏത് വായനയിലും ഒന്നിലധികം അടങ്ങിയിരിക്കാം
ഉപവായനകൾ. റീജിയൻ ടേബിളിൽ നിന്ന് ഉപവായനകളുടെ അതിരുകൾ അനുമാനിക്കാം
നേരിട്ടോ അല്ലെങ്കിൽ അഡാപ്റ്റർ അതിരുകളുടെ നിർവചനം വഴിയോ. സാധാരണയായി മേഖലാ പട്ടികകൾ
ഉയർന്നതും താഴ്ന്ന നിലവാരമുള്ളതുമായ പ്രദേശങ്ങളുടെ സ്ഥാനം സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
വായിക്കുന്നു. ശൂന്യമായ ZMW-കളിൽ നിന്നുള്ള വ്യാജ വായനകൾ നിർമ്മിക്കുന്ന വായനകൾക്ക് ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള തുടക്കമുണ്ട്
ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള അവസാനത്തിന് തുല്യമായ കോർഡിനേറ്റ്, ഉപയോഗയോഗ്യമായ വായനയൊന്നും ഉണ്ടാക്കുന്നില്ല.

-useccs
സർക്കുലർ കൺസെൻസസ് സീക്വൻസ് (ccs) വിന്യസിക്കുക, തുടർന്ന് ഇതിന്റെ വിന്യാസങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ccs മാപ്പ് ചെയ്ത വിൻഡോയിലേക്ക് ccs subreads. യുടെ വിന്യാസങ്ങൾ മാത്രം
ഉപവായനകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്നു.

-useccsall
സമാനമായ -useccs, എല്ലാ ഉപപാഠങ്ങളും വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നതൊഴിച്ചാൽ, മാത്രമല്ല
ccs-നെ വിളിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന subreads. ഭാഗം മാത്രം ഉൾക്കൊള്ളുന്ന വായനകൾ ഇതിൽ ഉൾപ്പെടും
ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ.

-useccsdenovo
സർക്കുലർ സമവായം വിന്യസിക്കുക, കൂടാതെ ccs യുടെ വിന്യാസം മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ക്രമം.

-noSplitSubreads (തെറ്റായ)
അഡാപ്റ്ററുകളിൽ ഉപപാഠങ്ങൾ വിഭജിക്കരുത്. എപ്പോൾ മാത്രമേ ഇത് സാധാരണയായി ഉപയോഗപ്രദമാകൂ
അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ അൺറോൾ ചെയ്ത പതിപ്പിലെ ജീനോം, കൂടാതെ ടെംപ്ലേറ്റ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു-
അഡാപ്റ്റർ-റിവേഴ്സ്_ടെംപ്ലേറ്റ് സീക്വൻസ്.

-മേഖലകളെ അവഗണിക്കുക (തെറ്റായ)
റീജിയൻ ടേബിളിലെ ഏതെങ്കിലും വിവരങ്ങൾ അവഗണിക്കുക.

HQRegions - അവഗണിക്കുക (തെറ്റായ)
റീജിയൻ ടേബിളിലെ ഏതെങ്കിലും എച്ച്‌ക്യു മേഖലകൾ അവഗണിക്കുക.
വിന്യാസങ്ങൾ ലേക്ക് റിപ്പോർട്ട്

-മികച്ച n (10)
മുകളിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക n വിന്യാസങ്ങൾ.

- ഹിറ്റ് പോളിസി (എല്ലാം)
[എല്ലാം, മികച്ചത്, ക്രമരഹിതം,
ക്രമരഹിതം, ഇടത് അറ്റത്ത്]

എല്ലാം എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.

എല്ലാം നല്ലത്
എല്ലാ ടോപ്പ് സ്കോറിംഗ് വിന്യാസങ്ങളും തുല്യമായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.

ക്രമരഹിതം ക്രമരഹിതമായ വിന്യാസം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.

ക്രമരഹിതമായ
ഒന്നിലധികം തുല്യ ടോപ്പ് സ്‌കോറിംഗിൽ നിന്ന് ക്രമരഹിതമായ വിന്യാസം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
വിന്യാസങ്ങൾ.

ഇടതുവശത്ത്
മികച്ച അലൈൻമെന്റ് സ്‌കോർ ഉള്ളതും ഉള്ളതുമായ ഒരു വിന്യാസം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ഏത് റഫറൻസിലും ഏറ്റവും ചെറിയ മാപ്പിംഗ് കോർഡിനേറ്റ്.

-സ്ഥലം ആവർത്തിക്കുന്നു ക്രമരഹിതമായി (തെറ്റായ)
ഒഴിവാക്കി! ശരിയാണെങ്കിൽ, ഇതിന് തുല്യമാണ് - ഹിറ്റ് പോളിസി ക്രമരഹിതമായ.

- ക്രമരഹിത വിത്ത് (0)
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത്. ഡിഫോൾട്ടായി (0), നിലവിലെ സമയം വിത്തായി ഉപയോഗിക്കുക.

-noSortRefinedAlignments (തെറ്റായ)
സ്‌പാർസ് ഡൈനാമിക് വഴി കാൻഡിഡേറ്റ് അലൈൻമെന്റുകൾ സൃഷ്‌ടിക്കുകയും സ്‌കോർ ചെയ്യുകയും ചെയ്‌തുകഴിഞ്ഞാൽ
പ്രോഗ്രാമിംഗ്, പ്രാദേശിക വിന്യാസം ഉപയോഗിച്ചാണ് അവ വീണ്ടെടുക്കുന്നത്
വ്യത്യസ്ത പിശക് പ്രൊഫൈലുകൾ. പ്രാദേശിക വിന്യാസത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള റിസോർട്ട് മാറിയേക്കാം
ഹിറ്റുകൾ തിരികെ നൽകുന്ന ക്രമം.

-AllowAdjacentIndels
വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ, തൊട്ടടുത്തുള്ള ചേർക്കൽ അല്ലെങ്കിൽ ഇല്ലാതാക്കലുകൾ അനുവദനീയമാണ്. അല്ലെങ്കിൽ,
അടുത്തുള്ള ഉൾപ്പെടുത്തലും ഇല്ലാതാക്കലും ഒരു പ്രവർത്തനത്തിലേക്ക് ലയിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. ഉപയോഗിക്കുന്നത്
ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ നയിക്കുന്നതിനുള്ള ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങൾ ഉയർന്നത് എന്ന് നിർദ്ദേശിക്കാം
പ്രോബബിലിറ്റി അലൈൻമെന്റിൽ അടുത്തുള്ള ഉൾപ്പെടുത്തലുകളോ ഇല്ലാതാക്കലുകളോ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. നിലവിലുള്ളത്
GATK പോലുള്ള ഉപകരണങ്ങൾ ഇത് അനുവദിക്കുന്നില്ല, അതിനാൽ അവ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തിട്ടില്ല
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി.
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകൾ ഒപ്പം ഫയലുകൾ

-പുറത്ത് പുറത്ത് (അതിതീവ്രമായ)
ഔട്ട്പുട്ട് എഴുതുക പുറത്ത്.

-സാം SAM ഫോർമാറ്റിൽ ഔട്ട്പുട്ട് എഴുതുക.

-m t SAM പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നില്ലെങ്കിൽ, അലൈൻമെന്റിന്റെ ഔട്ട്‌പുട്ട് പരിഷ്‌ക്കരിക്കുക.

എപ്പോൾ t ഇതാണ്:

0 പ്രിന്റ് ബ്ലാസ്റ്റ് പോലെ ഔട്ട്പുട്ട് |

1 ഒരു സംഗ്രഹം മാത്രം അച്ചടിക്കുക: സ്കോറും പോസും.

2 Compare.xml ഫോർമാറ്റിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

3 അശ്ലീല ഫോർമാറ്റിൽ അച്ചടിക്കുക (നിരസിച്ചു).

4 വിന്യാസത്തിന്റെ ദൈർഘ്യമേറിയ പട്ടിക പതിപ്പ് അച്ചടിക്കുക.

5 വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു മെഷീൻ-പാഴ്‌സബിൾ ഫോർമാറ്റിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
compareSequences.py.

-തലക്കെട്ട്
ഉള്ളടക്കം വിവരിക്കുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ ആദ്യ വരിയായി ഒരു തലക്കെട്ട് അച്ചടിക്കുക
ഓരോ നിരയുടെയും.

-ശീർഷകപ്പട്ടിക ടാബ് (ശൂന്യം)
റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ശീർഷകങ്ങളുടെ ഒരു പട്ടിക നിർമ്മിക്കുക. റഫറൻസ് സീക്വൻസുകളാണ്
വരി, 0,1,... റഫറൻസ് സൂചിക വിന്യാസത്തിൽ അച്ചടിച്ചിരിക്കുന്നു
പൂർണ്ണമായ റഫറൻസ് നാമത്തേക്കാൾ ഫലങ്ങൾ. ഇത് ഔട്ട്പുട്ട് സംക്ഷിപ്തമാക്കുന്നു,
പ്രത്യേകിച്ചും റഫറൻസ് നാമങ്ങളിൽ വാചാലമായ ശീർഷകങ്ങൾ ഉള്ളപ്പോഴെല്ലാം.

- വിന്യസിച്ചിട്ടില്ല ഫയല്
വിന്യസിച്ചിട്ടില്ലാത്ത ഔട്ട്പുട്ട് റീഡുകൾ ഫയല്

- ക്ലിപ്പിംഗ് [ആരും|ഹാർഡ്|ഉപവായന|മൃദു] (ഒന്നുമില്ല)

SAM/BAM ഔട്ട്‌പുട്ടിന് മാത്രം, നോ/ഹാർഡ്/സബ്‌റെഡ്/സോഫ്റ്റ് ക്ലിപ്പിംഗ് ഉപയോഗിക്കുക.

-printSAMQV (തെറ്റായ)
SAM ഔട്ട്‌പുട്ടിലേക്ക് ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-cigarUseSeqMatch (തെറ്റായ)
SAM/BAM ഔട്ട്‌പുട്ടിലെ CIGAR സ്ട്രിംഗുകൾ സീക്വൻസ് പൊരുത്തം പ്രതിനിധീകരിക്കാൻ '=', 'X' എന്നിവ ഉപയോഗിക്കുന്നു
കൂടാതെ 'M' എന്നതിന് പകരം പൊരുത്തക്കേടും.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ആങ്കറിംഗ് വിന്യാസം പ്രദേശങ്ങൾ.

ഇത് വേഗതയിലും സംവേദനക്ഷമതയിലും ഏറ്റവും വലിയ സ്വാധീനം ചെലുത്തും.

-minMatch m (12)
കുറഞ്ഞ വിത്ത് നീളം. ഉയർന്ന minMatch വിന്യാസം വേഗത്തിലാക്കും, പക്ഷേ കുറയും
സംവേദനക്ഷമത.

-maxMatch l (inf)
lcp ദൈർഘ്യം എത്തുമ്പോൾ ജീനോമിലേക്ക് ഒരു റീഡ് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നത് നിർത്തുക l. ഇതാണ്
ചോദ്യം റഫറൻസിന്റെ ഭാഗമാകുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ്, ഉദാഹരണത്തിന് എപ്പോൾ
ഡി നോവോ അസംബ്ലിക്കായി ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു.

-maxLCPL നീളം l (inf)
അത് പോലെ തന്നെ -maxMatch.

-maxAnchorsPerPosition m (10000)
ഒരു സ്ഥാനത്ത് കൂടുതൽ പൊരുത്തപ്പെടുന്നുണ്ടെങ്കിൽ അതിൽ നിന്ന് ആങ്കറുകൾ ചേർക്കരുത് m ലെ സ്ഥാനങ്ങൾ
ലക്ഷ്യം.

-advanceExactMatches E (0)
പൊരുത്തം ഉപയോഗിച്ച് അലൈൻമെന്റുകൾ വേഗത്തിലാക്കുന്നതിനുള്ള മറ്റൊരു തന്ത്രം - E ​​കുറച്ച് ആങ്കറുകൾ.
ഓരോന്നിലും വായനയ്ക്കും ജനിതകഘടനയ്ക്കും ഇടയിലുള്ള ആങ്കറുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുപകരം
വായനയിലെ സ്ഥാനം, ഒരു വായനയിൽ i എന്ന സ്ഥാനത്ത് ഒരു ആങ്കർ കണ്ടെത്തുമ്പോൾ
നീളം L, ഒരു ആങ്കർ കണ്ടെത്താനുള്ള ഒരു റീഡിലെ അടുത്ത സ്ഥാനം i+LE ആണ്. ഉപയോഗിക്കുക
ഇതിനകം കൂട്ടിച്ചേർത്ത കോണ്ടിഗുകൾ വിന്യസിക്കുമ്പോൾ ഇത്.

-n സ്ഥാനാർത്ഥികൾ n (10)
വരെ തുടരുക n മികച്ച വിന്യാസത്തിനുള്ള സ്ഥാനാർത്ഥികൾ. n വിന്റെ വലിയ മൂല്യം
സ്ലോ മാപ്പിംഗ് കാരണം വേഗത കുറഞ്ഞ ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഘട്ടങ്ങൾ പ്രയോഗിക്കുന്നു
വായിക്കുമ്പോൾ നിരക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുന്ന ഘട്ടമായേക്കാവുന്ന ആങ്കറുകളുടെ കൂടുതൽ ക്ലസ്റ്ററുകൾ
വളരെ നീണ്ട.

-കൺകോർഡന്റ് (തെറ്റായ)
ഒരു zmw (ദ്വാരം) യുടെ എല്ലാ സബ്‌റെഡുകളും മാപ്പ് ചെയ്യുക, എവിടെയാണ് ഏറ്റവും നീളം കൂടിയ ഫുൾ പാസ് സബ്‌റെഡ്
zmw വിന്യസിച്ചു. ഇതിന് റീജിയൻ ടേബിളും എച്ച്‌ക്യു റീജിയണുകളും ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
വായനകൾ ബേസ് അല്ലെങ്കിൽ പൾസ് h5 ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ പ്രവർത്തിക്കൂ.

-കോൺകോർഡന്റ് ടെംപ്ലേറ്റ് (മീഡിയൻ സബ്ബ്രെഡ്)
കൺകോർഡന്റ് മാപ്പിംഗിനായി ഒരു zmw-യുടെ ഒരു പൂർണ്ണ പാസ് സബ്‌റെഡ് ടെംപ്ലേറ്റായി തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
longestsubread - ദൈർഘ്യമേറിയ ഫുൾ പാസ് ഉപയോഗിക്കുക subread mediansubread - ഉപയോഗിക്കുക
മീഡിയൻ ലെങ്ത് ഫുൾ പാസ് സബ്‌റെഡ് സാധാരണ സബ്‌ബ്രെഡ് - രണ്ടാമത്തെ ഏറ്റവും നീളം കൂടിയത് ഉപയോഗിക്കുക
ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ ഫുൾ പാസ് സബ്‌റീഡിന്റെ ദൈർഘ്യം ഒരു ഔട്ട്‌ലിയർ ആണെങ്കിൽ subread പാസ് ചെയ്യുക

-fastMaxInterval (തെറ്റായ)
അലൈൻമെന്റ് കാൻഡിഡേറ്റുകളായി വേഗത്തിലുള്ള തിരയൽ പരമാവധി വർദ്ധിക്കുന്ന ഇടവേളകൾ. അന്വേഷണം
സ്ഥിരസ്ഥിതി പോലെ സമഗ്രമല്ല, എന്നാൽ വളരെ വേഗതയുള്ളതാണ്.

-അഗ്രസീവ്ഇന്റർവൽകട്ട് (തെറ്റായ)
വാഗ്‌ദാനം ചെയ്യാത്ത അലൈൻമെന്റ് കാൻഡിഡേറ്റുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ, സമ്മതത്തോടെ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
കുറഞ്ഞത് ഒരു വാഗ്ദാനമുള്ള സ്ഥാനാർത്ഥി. ഈ ഓപ്ഷൻ ഓണാക്കിയാൽ, blasr is
ALU ഘടകങ്ങളുടെ ഹ്രസ്വ വിന്യാസങ്ങൾ അവഗണിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.

-ഫാസ്റ്റ്എസ്ഡിപി (തെറ്റായ)
സ്പേസ് ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് വേഗത്തിലാക്കാൻ ഫാസ്റ്റ് ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി പരിഷ്കരിക്കുന്നു ഹിറ്റുകൾ

-sdpTupleSize K (11)
നീളത്തിന്റെ പൊരുത്തങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക K ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് വിന്യാസങ്ങൾ വേഗത്തിലാക്കാൻ. ഈ
ഒരിക്കൽ മാപ്പിംഗ് ചെയ്യുമ്പോൾ ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളിൽ വിടവുകൾ നൽകുന്നതിന്റെ കൃത്യത നിയന്ത്രിക്കുന്നു
മാപ്പിംഗ് സെൻസിറ്റിവിറ്റി എന്നതിലുപരി കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്.

-സ്കോർ മാട്രിക്സ് സ്കോർ മാട്രിക്സ് സ്ട്രിംഗ്
ഫാസ്റ്റ റീഡുകൾ സ്കോർ ചെയ്യുന്നതിനായി ഒരു ഇതര സ്കോർ മാട്രിക്സ് വ്യക്തമാക്കുക. മാട്രിക്സ് ആണ്
ഫോർമാറ്റിൽ

എ.സി.ജി.ടി.എൻ
ഒരു abcde
C fghij
ജി ക്ലെംനൊ
ടി pqrst
N uvwxy

a...y മൂല്യങ്ങൾ ഉദ്ധരിച്ച സ്‌പെയ്‌സ് വേർതിരിച്ച സ്‌ട്രിംഗായി ഇൻപുട്ട് ചെയ്യണം: "abc
... y". ലോവർഫ് സ്‌കോറുകൾ മികച്ചതാണ്, അതിനാൽ പൊരുത്തങ്ങൾ പൊരുത്തക്കേടുകളേക്കാൾ കുറവായിരിക്കണം
ഉദാ a,g,m,s = -5 (പൊരുത്തം), പൊരുത്തക്കേട് = 6.

-അഫിൻ ഓപ്പൺ മൂല്യം (10)
ഒരു അഫൈൻ അലൈൻമെന്റ് തുറക്കുന്നതിനുള്ള പിഴ സജ്ജീകരിക്കുക.

-affineExtend a (0)
അഫൈൻ (വിപുലീകരണം) വിടവ് പിഴ മാറ്റുക. കുറഞ്ഞ മൂല്യം കൂടുതൽ വിടവുകൾ അനുവദിക്കുന്നു.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ഓവർലാപ്പ്/ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് വിന്യാസങ്ങൾ ഒപ്പം ജോടിയായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുക വേണ്ടി de നോവോ
അസംബ്ലി.

-യുസ് ക്വാളിറ്റി (തെറ്റായ)
സ്കോർ ഗ്യാപ്പിനായി സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ/ഇൻസേർഷൻ/ഇല്ലാതാക്കൽ/ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങൾ ലയിപ്പിക്കുക എന്നിവ ഉപയോഗിക്കുക
പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളിലെ പൊരുത്തക്കേട് പിഴകൾ. കാരണം ഉൾപ്പെടുത്തലും
ഇല്ലാതാക്കൽ നിരക്ക് പകരംവയ്ക്കുന്നതിനേക്കാൾ വളരെ കൂടുതലാണ്, ഇത് പലരെയും ഉണ്ടാക്കും
വിന്യാസം ഒരു പകരം വയ്ക്കൽ/ഇല്ലാതാക്കൽ എന്നിവയെ അനുകൂലിക്കുന്നു.nNaive consensus
കോളിംഗ് രീതികൾ പിന്നീട് പലപ്പോഴും സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ പോളിമോർഫിസങ്ങൾ നഷ്ടപ്പെടും. ഈ ഓപ്ഷൻ
ക്വിവർ രീതി ഉപയോഗിച്ച് സമവായം വിളിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കണം. കൂടാതെ,
അലൈൻമെന്റുകൾ സ്കോർ ചെയ്യാൻ ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാത്തപ്പോൾ, കുറവായിരിക്കും
ഹോമോലിമർ മേഖലകളിലെ സമവായ കൃത്യത.

-അഫിൻഅലൈൻ (തെറ്റായ)
അഫൈൻ ഗൈഡഡ് അലൈൻ ഉപയോഗിച്ച് അലൈൻമെന്റ് പരിഷ്കരിക്കുക.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ഫിൽട്ടറിംഗ് വായിക്കുന്നു ഒപ്പം വിന്യാസങ്ങൾ

-minReadLength l (50)
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യം കുറവുള്ള വായനകൾ ഒഴിവാക്കുക l. ഉപവിവരങ്ങൾ ചെറുതായിരിക്കാം.

-minSubreadLength l (0)
ദൈർഘ്യത്തിൽ കുറവുള്ള ഉപപാഠങ്ങൾ വിന്യസിക്കരുത് l.

-minRawSubreadScore m (0)
റീജിയൻ ടേബിളിൽ ഗുണമേന്മയുള്ള സ്‌കോർ കുറവുള്ള ഉപവായനകൾ വിന്യസിക്കരുത് m
(ഗുണമേന്മയുള്ള സ്‌കോറുകൾ [0, 1000] പരിധിയിലായിരിക്കണം).

-മാക്സ് സ്കോർ m (-ക്സനുമ്ക്സ)
ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള പരമാവധി സ്കോർ (ഉയർന്നത് മോശം, നെഗറ്റീവ് നല്ലത്).

-minAlnLength
(0) വിന്യാസങ്ങൾ അവയുടെ നീളം minAlnLength-നേക്കാൾ കൂടുതലാണെങ്കിൽ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.

-minPct സമാനത (0) അലൈൻമെന്റുകൾ അവയുടെ ശതമാനം സാമ്യമാണെങ്കിൽ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
minPct സമാനതയേക്കാൾ വലുത്.

-minPct കൃത്യത
(0) അലൈൻമെന്റുകളുടെ ശതമാനം കൃത്യതയേക്കാൾ കൂടുതലാണെങ്കിൽ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
സൂക്ഷ്മത.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി സമാന്തരമായി വിന്യാസം

-nproc N (1)
ഉപയോഗിച്ച് വിന്യസിക്കുക N പ്രക്രിയകൾ. സഫിക്സ് അറേ പോലുള്ള എല്ലാ വലിയ ഡാറ്റാ ഘടനകളും
ഒപ്പം ട്യൂപ്പിൾ കൗണ്ട് ടേബിളും പങ്കിട്ടു.

-ആരംഭിക്കുക S (0)
വിന്യസിക്കാൻ തുടങ്ങുന്ന ആദ്യ വായനയുടെ സൂചിക. ഒന്നിലധികം ആയിരിക്കുമ്പോൾ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഉദാഹരണങ്ങൾ ഒരേ ഡാറ്റയിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു, ഉദാഹരണത്തിന് ഒരു മൾട്ടി-റാക്കിൽ ആയിരിക്കുമ്പോൾ
ക്ലസ്റ്റർ

- കുതിക്കുക S (1)
വായിക്കുന്ന ഓരോന്നും വിന്യസിക്കുക S വായിക്കുന്നു.
ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ഉപസാമ്പിൾ വായിക്കുന്നു.

- ഉപസാമ്പിൾ (0)
ക്രമരഹിതമായി ഉപസാമ്പിളിലേക്കുള്ള വായനകളുടെ അനുപാതം (ദശാംശമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു) കൂടാതെ
വിന്യസിക്കുക.

-ദ്വാരസംഖ്യകൾ പട്ടിക
വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ, ZMW ഹോൾ നമ്പറുകൾ ഉള്ള റീഡുകൾ മാത്രം വിന്യസിക്കുക പട്ടിക. പട്ടിക
'1,2,3,10-13' പോലെയുള്ള ശ്രേണികളുടെ കോമ-ഡീലിമിറ്റഡ് സ്ട്രിംഗ് ആണ്. ഈ ഓപ്ഷൻ
bam, bax.h5 അല്ലെങ്കിൽ plx.h5 ഫോർമാറ്റിൽ വായിക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ.

-h സഹായ വിവരങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക.

CITATION

BLASR ഉദ്ധരിക്കുന്നതിന്, ദയവായി ഉപയോഗിക്കുക: ചെയ്‌സൺ എംജെ, ടെസ്‌ലർ ജി., മാപ്പിംഗ് സിംഗിൾ മോളിക്യൂൾ
തുടർച്ചയായ പരിഷ്കരണത്തോടുകൂടിയ അടിസ്ഥാന പ്രാദേശിക വിന്യാസം (BLASR) ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസിങ് റീഡിംഗ്: സിദ്ധാന്തം
ആപ്ലിക്കേഷനും, ബിഎംസി ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 2012, 13:238.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് blasr ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക