Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന bowtie2-align-s കമാൻഡാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
bowtie2-align-s - സീക്വൻസിംഗിനെ വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള അൾട്രാഫാസ്റ്റും മെമ്മറി കാര്യക്ഷമവുമായ ബാക്കെൻഡ് ടൂൾ
ദൈർഘ്യമേറിയ റഫറൻസ് സീക്വൻസുകളിലേക്ക് വായിക്കുന്നു
വിവരണം
ബെൻ ലാങ്മീഡിന്റെ ബൗട്ടി 2 പതിപ്പ് 2.2.6 ([ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു], www.cs.jhu.edu/~langmea)
USAGE
bowtie2-align [ഓപ്ഷനുകൾ]* -x {-2 -2 | -U } [-എസ് ]
സൂചിക ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ് (മൈനസ് ട്രെയിലിംഗ് .X.bt2). ശ്രദ്ധിക്കുക: Bowtie 1, Bowtie 2 സൂചികകൾ
അനുയോജ്യമല്ല.
#1 ഇണകളുള്ള ഫയലുകൾ, ഫയലുകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു .
#2 ഇണകളുള്ള ഫയലുകൾ, ഫയലുകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു .
ജോടിയാക്കാത്ത വായനകളുള്ള ഫയലുകൾ.
SAM ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഫയൽ (ഡിഫോൾട്ട്: stdout)
, , കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റുകളാകാം (വൈറ്റ്സ്പെയ്സ് ഇല്ല) കൂടാതെ വ്യക്തമാക്കാനും കഴിയും
പല തവണ. ഉദാ '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.
ഓപ്ഷനുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി in പരാൻതീസിസ്)
ഇൻപുട്ട്:
-q അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ FASTQ .fq/.fastq ആണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
--qseq ക്വറി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ഇല്ലുമിനയുടെ qseq ഫോർമാറ്റിലാണ്
-f അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ (multi-)FASTA .fa/.mfa ആണ്
-r ക്വറി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ഓരോ വരിയിലും റോ വൺ സീക്വൻസ് ആണ്
-c , , ഫയലുകളല്ല, ക്രമങ്ങളാണ്
-s/--ഒഴിവാക്കുക
ആദ്യത്തേത് ഒഴിവാക്കുക ഇൻപുട്ടിൽ വായിക്കുന്നു/ജോടിയാക്കുന്നു (ഒന്നുമില്ല)
-u/--വരെ
ആദ്യം ശേഷം നിർത്തുക വായിക്കുന്നു/ജോടികൾ (പരിധിയില്ല)
-5/--ട്രിം5
ട്രിം റീഡുകളുടെ ഇടത് അറ്റത്ത് 5' മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (0)
-3/--ട്രിം3
ട്രിം വായനയുടെ വലത് അവസാനം 3' മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (0)
--phred33
ഗുണങ്ങൾ Phred+33 (ഡിഫോൾട്ട്)
--phred64
ഗുണങ്ങൾ Phred+64 ആണ്
--int-quals
സ്പെയ്സ്-ഡീലിമിറ്റഡ് പൂർണ്ണസംഖ്യകളായി എൻകോഡ് ചെയ്ത ഗുണങ്ങൾ
പ്രീസെറ്റുകൾ:
സമാനമായത്:
വേണ്ടി --അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ:
--വളരെ വേഗത്തിൽ -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i എസ്,0,2.50
--വേഗത -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,0,2.50
--സെൻസിറ്റീവ് -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,1,1.15 (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
--വളരെ സെൻസിറ്റീവ് -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.50
വേണ്ടി --പ്രാദേശിക:
--വളരെ-വേഗത-പ്രാദേശിക -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i എസ്,1,2.00
--വേഗത-പ്രാദേശിക -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,1,1.75
--സെൻസിറ്റീവ്-ലോക്കൽ -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.75 (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
--വളരെ സെൻസിറ്റീവ്-ലോക്കൽ -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.50
വിന്യാസം:
-N
വിത്ത് വിന്യാസത്തിൽ പരമാവധി # പൊരുത്തക്കേടുകൾ; 0 അല്ലെങ്കിൽ 1 (0) ആകാം
-L
വിത്ത് സബ്സ്ട്രിംഗുകളുടെ നീളം; >3, <32 (22) ആയിരിക്കണം
-i
സീഡ് സബ്സ്ട്രിംഗുകൾക്കിടയിലുള്ള ഇടവേള w/r/t റീഡ് ലെൻ (S,1,1.15)
--എൻ-സെയിൽ
aln-ൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി # നോൺ-എ/സി/ജി/ടികൾക്കുള്ള func (L,0,0.15)
--dpad
ഉൾപ്പെടുന്നു ഡിപി ടേബിളിന്റെ വശങ്ങളിൽ അധിക റെഫർ അക്ഷരങ്ങൾ (15)
--gbar
ഉള്ളിലെ വിടവുകൾ അനുവദിക്കരുത് വായന അതിരുകടന്നതിന്റെ ന്യൂക്സ് (4)
--അവഗണിക്കുക-ക്വാൾസ്
എല്ലാ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളും ഫ്രെഡ് സ്കെയിലിൽ 30 ആയി കണക്കാക്കുക (ഓഫ്)
--nofw റീഡ് (ഓഫ്) എന്നതിന്റെ ഫോർവേഡ് (യഥാർത്ഥ) പതിപ്പ് അലൈൻ ചെയ്യരുത്
--നോർക്ക് വായനയുടെ (ഓഫ്) റിവേഴ്സ്-കംപ്ലിമെന്റ് പതിപ്പ് വിന്യസിക്കരുത്
--no-1mm-മുന്നോട്ട്
ഒപ്റ്റിമൽ സീഡിനായി സ്കാൻ ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് 1 പൊരുത്തക്കേട് വിന്യാസം അനുവദിക്കരുത്
വിന്യാസങ്ങൾ
--അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ
മുഴുവൻ വായനയും വിന്യസിക്കണം; ക്ലിപ്പിംഗ് ഇല്ല (ഓൺ)
OR
--പ്രാദേശിക
പ്രാദേശിക വിന്യാസം; അറ്റങ്ങൾ മൃദുവായ ക്ലിപ്പ് ആയിരിക്കാം (ഓഫ്)
സ്കോറിംഗ്:
--മാ
മാച്ച് ബോണസ് (0-ന് --അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ, ഇതിനായുള്ള 2 --പ്രാദേശിക)
--mp
പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പരമാവധി പിഴ; കുറഞ്ഞ ക്വാൽ = കുറഞ്ഞ പെനാൽറ്റി (6)
--np
റീഡ്/റെഫറിലെ നോൺ-എ/സി/ജി/ടികൾക്കുള്ള പിഴ (1)
--rdg ,
വായന വിടവ് തുറക്കുക, പിഴകൾ നീട്ടുക (5,3)
--rfg ,
റഫറൻസ് വിടവ് തുറന്നു, പിഴകൾ നീട്ടുക (5,3)
--സ്കോർ-മിനിറ്റ് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്വീകാര്യമായ അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ w/r/t റീഡ് ലെങ്ത്
(ലോക്കലിന് G,20,8, അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ L,-0.6,-0.6)
റിപ്പോർട്ടിംഗ്:
(സ്ഥിരസ്ഥിതി)
MAPQ ഉപയോഗിച്ച് ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾക്കായി നോക്കുക, മികച്ചതായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
OR
-k
വരെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഓരോ വായനയ്ക്കും alns; MAPQ അർത്ഥപൂർണ്ണമല്ല
OR
-a/--എല്ലാം
എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക; വളരെ പതുക്കെ, MAPQ അർത്ഥവത്തല്ല
ശ്രമം:
-D
ശേഷം നീട്ടുന്നത് ഉപേക്ഷിക്കുക പരാജയപ്പെട്ടത് തുടർച്ചയായി നീളുന്നു (15)
-R
ആവർത്തിച്ചുള്ള വിത്ത് വായിക്കാൻ, ശ്രമിക്കുക വിത്തുകൾ (2)
ജോടിയാക്കിയ അവസാനം:
-I/--മിനിൻസ്
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശകലത്തിന്റെ നീളം (0)
-X/--മാക്സിൻസ്
പരമാവധി ശകല ദൈർഘ്യം (500)
--fr/--rf/--ff -1, -2 ഇണകൾ fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)
--മിശ്രിതമല്ല
ജോടിയാക്കിയ വായനകൾക്കായി ജോടിയാക്കാത്ത അലൈൻമെന്റുകൾ അടിച്ചമർത്തുക
--വിയോജിപ്പില്ല
ജോടിയാക്കിയ വായനകൾക്കായി ഡിസോർഡന്റ് അലൈൻമെന്റുകൾ അടിച്ചമർത്തുക
--നോ-ഡോവെറ്റൈൽ
ഇണകൾ പരസ്പരം നീട്ടുമ്പോൾ യോജിപ്പില്ല
--അടങ്ങിയിട്ടില്ല
ഒരു ഇണയുടെ വിന്യാസത്തിൽ മറ്റൊന്ന് അടങ്ങിയിരിക്കുമ്പോൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല
--ഓവർലാപ്പ് ഇല്ല
ഇണകൾ ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ യോജിപ്പില്ല
ഔട്ട്പുട്ട്:
-t/--സമയം
തിരച്ചിൽ ഘട്ടങ്ങളാൽ എടുത്ത വാൾ-ക്ലോക്ക് സമയം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
--നിശബ്ദമായി
ഗുരുതരമായ പിശകുകളല്ലാതെ stderr-ലേക്ക് ഒന്നും പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്
--met-file
ഫയൽ ചെയ്യാൻ മെട്രിക്സ് അയയ്ക്കുക (ഓഫ്)
--met-stderr
stderr-ലേക്ക് മെട്രിക്സ് അയയ്ക്കുക (ഓഫ്)
--കണ്ടുമുട്ടി
ഇന്റേണൽ കൗണ്ടറുകളും മെട്രിക്സും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക സെക്കന്റ് (1)
--no-unal
വിന്യസിക്കാത്ത വായനകൾക്കായി SAM റെക്കോർഡുകൾ അടിച്ചമർത്തുക
--ഇല്ല-തല
ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക, അതായത് @ ൽ തുടങ്ങുന്ന വരികൾ
--ഇല്ല-ചതുരശ്ര
@SQ ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക
--rg-id
@RG ലൈനിലും RG:Z: opt ഫീൽഡിലും പ്രതിഫലിക്കുന്ന റീഡ് ഗ്രൂപ്പ് ഐഡി സജ്ജമാക്കുക
--ആർജി
ചേർക്കുക ("lab:value") SAM ഹെഡറിന്റെ @RG ലൈനിലേക്ക്. ശ്രദ്ധിക്കുക: @RG ലൈൻ മാത്രം പ്രിന്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
എപ്പോൾ --rg-id സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.
--omit-sec-seq
ദ്വിതീയ വിന്യാസങ്ങൾക്കായി SEQ, QUAL ഫീൽഡുകളിൽ '*' ഇടുക.
പ്രകടനം:
-p/--ത്രെഡുകൾ സമാരംഭിക്കാനുള്ള അലൈൻമെന്റ് ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം (1)
--പുനഃക്രമീകരിക്കുക
ഇൻപുട്ട് റീഡുകളുടെ ക്രമം പൊരുത്തപ്പെടുത്തുന്നതിന് SAM ഔട്ട്പുട്ട് ഓർഡർ നിർബന്ധിക്കുക
--മില്ലീമീറ്റർ സൂചികയ്ക്കായി മെമ്മറി-മാപ്പ് ചെയ്ത I/O ഉപയോഗിക്കുക; നിരവധി 'ബോട്ടികൾക്ക് പങ്കിടാനാകും
മറ്റുള്ളവ:
--qc-ഫിൽട്ടർ
QSEQ ഫിൽട്ടർ അനുസരിച്ച് മോശമായ വായനകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത് (0)
--നിർണ്ണായകമല്ലാത്തത് വിത്ത് റാൻഡ്. ജനനം. റീഡ് ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം ഏകപക്ഷീയമായി
--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-h/--സഹായം
ഈ ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bowtie2-align-s ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക