bp_search2gffp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_search2gff

സിനോപ്സിസ്

ഉപയോഗം:

bp_search2gff [-o outputfile] [-f reportformat] [-i inputfilename] അല്ലെങ്കിൽ ഫയൽ1 ഫയൽ2 ..

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു SearchIO റിപ്പോർട്ട് (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) GFF ആക്കി മാറ്റും.

ഓപ്ഷനുകൾ ഇവയാണ്:

-i infilename - (ഓപ്ഷണൽ) inputfilename, വായിക്കും
ഒന്നുകിൽ ARGV ഫയലുകൾ അല്ലെങ്കിൽ STDIN-ൽ നിന്ന്
-o ഫയൽനാമം - ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് [ഡിഫോൾട്ട് STDOUT]
-f ഫോർമാറ്റ് - തിരയൽ ഫല ഫോർമാറ്റ് (ബ്ലാസ്റ്റ്, ഫാസ്റ്റ, വാബ, ആക്സ്റ്റ്)
(അന്വേഷണം ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റാണ്). സ്ഥിരസ്ഥിതി സ്ഫോടനമാണ്.
-t/--type seqtype - നിങ്ങൾക്ക് അന്വേഷണം കാണാനോ വിവരങ്ങൾ ഹിറ്റ് ചെയ്യാനോ താൽപ്പര്യമുണ്ടെങ്കിൽ
GFF റിപ്പോർട്ടിൽ
-s/--source - ഉറവിടം വ്യക്തമാക്കുക (അൽഗോരിതം നാമമായിരിക്കും
അല്ലെങ്കിൽ BLASTN പോലെ)
--രീതി - ഫീച്ചറുകളുടെ മെത്തേഡ് ടാഗ് (primary_tag).
(ഡിഫോൾട്ട് സമാനതയാണ്)
--scorefunc - പാഴ്‌സ് ചെയ്യുമ്പോൾ മൂല്യനിർണ്ണയം ചെയ്യുന്ന ഒരു സ്ട്രിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഫയൽ
ഒരു ഫീച്ചർ കൈമാറുന്ന അടച്ചുപൂട്ടലിലേക്ക്
ഒബ്ജക്റ്റ്, അത് പ്രിന്റ് ചെയ്യേണ്ട സ്കോർ തിരികെ നൽകുന്നു
--locfunc - പാഴ്‌സ് ചെയ്യുമ്പോൾ മൂല്യനിർണ്ണയം ചെയ്യുന്ന ഒരു സ്ട്രിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഫയൽ
രണ്ടായി കടന്നുപോകുന്ന ഒരു ക്ലോസറിലേക്ക്
സവിശേഷതകൾ, അന്വേഷണം, ഹിറ്റ്, കൂടാതെ റിട്ടേൺസ്
ലൊക്കേഷൻ (ബയോ::ലൊക്കേഷൻഐ കംപ്ലയിന്റ്).
ഓരോ എച്ച്എസ്പിക്കും വേണ്ടി സൃഷ്ടിച്ച GFF3 ഫീച്ചർ; അടച്ചുപൂട്ടൽ
clone_loc(), create_loc() എന്നിവ ഉപയോഗിക്കാം
സൗകര്യാർത്ഥം പ്രവർത്തനങ്ങൾ, അവരുടെ POD-കൾ കാണുക
--onehsp - ഓരോ ഹിറ്റിനും ആദ്യ HSP ഫീച്ചർ മാത്രം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
-p/--parent - HSP സവിശേഷതകൾ പരാമർശിക്കേണ്ട രക്ഷകർത്താവ്
ഇല്ലെങ്കിൽ ഹിറ്റിന്റെയോ ചോദ്യത്തിന്റെയോ പേര് (അനുസരിച്
ഓൺ --ടൈപ്പ്)
--target/--notarget - എപ്പോഴും ടാർഗെറ്റ് ടാഗ് ചേർക്കണോ വേണ്ടയോ എന്ന്
-h - ഈ സഹായ മെനു
--version - ഉപയോഗിക്കാനുള്ള GFF പതിപ്പ് (gff 3 ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ഇവിടെ ഒരു 3 ഇടുക)
--ഘടകം - GFF ഘടക ഫീൽഡുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക (ക്രോമസോം)
-m/--match - ഒരു കണ്ടെയ്‌നറായ ഒരു 'പൊരുത്തം' ലൈൻ സൃഷ്ടിക്കുക
എല്ലാ സമാനതകളും എച്ച്എസ്പികൾ
--addid - --match-ന്റെ അഭാവത്തിൽ ഐഡി ടാഗ് ചേർക്കുക
-c/--cutoff - ഒരു മൂല്യനിർണ്ണയ കട്ട്ഓഫ് വ്യക്തമാക്കുക

കൂടാതെ കമാൻഡ്-ലൈനിൽ നിങ്ങൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ട ഫയലുകളുടെ പേരുകൾ വ്യക്തമാക്കുക. ഫയലുകൾ ഇല്ലെങ്കിൽ
വ്യക്തമാക്കിയ ശേഷം STDIN ഇൻപുട്ട് അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു. ഇങ്ങനെ ചെയ്തുകൊണ്ട് നിങ്ങൾ ഇത് വ്യക്തമാക്കുന്നു: bp_search2gff <
ഫയൽ1 ഫയൽ2 ഫയൽ3

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_search2gffp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക